법인세법 제55조의2 제4항 제4호, 같은 법 시행령 제92조의2 제4항 제4호의 적용범위는 법인세법 제55조의2 제1항, 같은 법 시행령 제92조의2 제2항 각호의 제외 주택에 해당하는 범위에서 제한하여 해석하는 것이 법령의 체계에 균형적으로 부합하고, 위 각 규정들 사이의 모순․충돌을 피하는 조화로운 해석 방법임
법인세법 제55조의2 제4항 제4호, 같은 법 시행령 제92조의2 제4항 제4호의 적용범위는 법인세법 제55조의2 제1항, 같은 법 시행령 제92조의2 제2항 각호의 제외 주택에 해당하는 범위에서 제한하여 해석하는 것이 법령의 체계에 균형적으로 부합하고, 위 각 규정들 사이의 모순․충돌을 피하는 조화로운 해석 방법임
사 건 2024구합61170 법인세경정거부처분취소 원고(피항소인) 주식회사 AAA 피고(항소인)
○○세무서장 변 론 종 결
2024. 12. 18. 판 결 선 고
2025. 2. 19.
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 1. 13. 원고에게 한 2021 사업연도 법인세 865,585,000원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.
이 사건 조항은 법인의 토지 등 양도소득에 대해 일반 법인세에 추가하여 동일한 소득에 대하여 중복하여 과세하는 것이어서 조세법률주의에 따라 그 적용 범위 등에 관하여 엄격하게 해석해야 한다. 그런데 법인세법 제55조의2 제4항 제3호 는 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 토지 등 양도소득에 대해서는 중과조항인 이 사건 조항을 적용하지 않는다고 규정하고, 그 위임을 받은 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는 ‘주택을 신축하여 판매(임대주택법에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 일정 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득’을 법인세법 제55조의2 제1항의 적용 대상에서 제외하고 있다. 그런데 원고가 이 사건 임대주택을 분양한 것은 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 중 괄호 안에 정한 “임대주택법에 따른 민간건설임대주택을 동법에 따라 분양”한 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 임대주택 분양으로 인한 원고의 양도소득에 대해서는 이 사건 조항이 적용되지 않는다.
1. 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조). 한편 국가의 법체계는 그 자체로 통일체를 이루고 있으므로 상․하규범 사이의 충돌은 최대한 배제하여야 하고, 또한 규범이 무효라고 선언될 경우에 생길 수 있는 법적 혼란과 불안정 및 새로운 규범이 제정될 때까지의 법적 공백 등으로 인한 폐해를 피하여야 할 필요성에 비추어 보면, 하위법령의 규정이 상위법령의 규정에 저촉되는지 여부가 명백하지 아니한 경우에, 관련 법령의 내용과 입법 취지 및 연혁 등을 종합적으로 살펴 하위법령의 의미를 상위법령에 합치되는 것으로 해석하는 것이 가능한 경우라면, 하위법령이 상위법령에 위반된다는 이유로 쉽게 무효를 선언할 것은 아니다(대법원 2016. 12. 15. 선고 2014두44502 판결). 마찬가지 이유에서, 어느 하나가 적용우위에 있지 않은 서로 다른 영역의 규범들 사이에서 일견 모순․충돌이 발생하는 것처럼 보이는 경우에도 상호 조화롭게 해석하는 것이 가능하다면 양자의 모순․충돌을 이유로 쉽게 어느 일방 또는 쌍방의무효를 선언할 것은 아니다(대법원 2018. 6. 21. 선고 2015두48655 전원합의체 판결 참조).
2. 이 사건 조항인 법인세법 제55조의2 제1항 은 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물 등(이하 ’토지 등‘이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여, 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다고 규정하고, 그 제2호는 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 적용하도록 규정하고 있다. 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제92조의2제2항 은 위 법 제55조의2 제1항 제2호 본문에서 ’대통령령으로 정하는 주택‘이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다고 규정하면서 해당 법인이 임대하는 임대 주택법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택 등으로서 대지면적, 임대기간, 기준시가 등 일정한 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택(제1의2호), 위 임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조 제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 임대 주택법 제6조 1항 제11호 에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다) 해당 등록 말소 이후 1년 이내에 양도하는 주택(제1의14호) 등을 열거하고 있다. 한편 법인세법 제55조의2 제4항 은 도시 및 주거환경정비법이나 그 밖의 법률에 따른환지 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득(제3호)에 대하여 제1항을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 은 위 법인세법 제55조의2 제4항 제3호 에서 ’대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득‘이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다고 규정하면서 ’주택을 신축하여 판매(임대 주택법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 일정한 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득(제4호)‘을 열거하고 있다. 한편 임대 주택법 제43조 제1항 은 임대사업자로 하여금 일정한 임대의무기간 동안 민간임대주택을 계속 임대해야 하고, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수없도록 규정하고 있는데 임대 주택법 제43조 제4항, 제6조 제1항 제11호에 따라 그럼에도 불구하고 종전의 임대주택법(법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2호 제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조 제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 신청 당시 체결된 임대차계약이 있으면 임차인의 동의를 얻어 임대의무기간 중이라도 임대사업자 등록을 말소하고 임대주택 양도를 할 수 있도록 규정하고 있다.
① 법인세법 제55조의2 의 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례제도’는 2001. 12. 31. 종전의 특별부가세제도가 폐지되면서 신설된 제도로서 법인이 양도하는 주택의 경우 지역적 요건 없이 추가 과세하는 것은 2003. 12. 30. 법률 제7005호로 법인세법 제55조의2 제1항 이 개정되면서 마련되었다. 이는 법인의 부동산 투기를 억제하고 개인에 대하여 부과되는 고율의 양도소득세와의 과세형평을 도모하기 위하여 법인이일정한 토지 및 건물을 양도하는 경우 각 사업연도소득에 관한 법인세 외에 추가로 양도소득에 대한 법인세를 과세하는 것을 원칙으로 하는 제도이다.
② 이처럼 이 사건 조항인 법인세법 제55조의2 제1항 은 내국법인에 대하여 일정한 토지 등을 양도하는 경우 추가 법인세를 납부하는 것을 원칙으로 규정하고 있는데, 그 위임을 받은 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 은 위 과세중과가 적용되는 주택을‘국내에 소재하는 주택’으로 포괄적으로 정하여 원칙적으로 중과 대상이 되고 예외적으로 일정한 요건을 갖춘 주택을 그 범위에서 제외하고 있다. 구체적으로 보면, 해당 법 인이 임대하는 임대주택법에 따른 민간건설임대주택으로서 대지면적이나 임대기간, 기준시가 등 일정한 요건을 갖춘 주택이 2호 이상인 경우(제1의2호)나 위와 같은 임대주택으로서 임대 주택법 제6조 제1항 제11호 에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(그 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정) 해당 등록 말소 이후 1년 이내 양도하는 주택(제1의14호) 등을 과세중과의 적용에서 배제되는 주택으로 한정하여 규정하고 있다.
③ 한편 법인세법 제55조의2 제4항, 같은 법 시행령 제92조의2 제4항은 주택을 신축하여 판매(임대주택법에 의한 건설임대주택 등을 동법에 의하여 분양하는 경우를 포함)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 일정한 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득(제4호)에 대해서는 법인세법 제55조의2 제1항 을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.
④ 그런데 원고는 임대주택법이 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되면서 단기민간임대주택이 폐지됨에 따라 임대 주택법 제43조 제4항 제3호, 제6조 제1항 제11호,부칙(법률 제17482호, 2020. 8. 18.) 제5조 제1항에 의하여 임차인의 동의를 얻어 의무임대기간(4년) 중 자발적으로 임대사업자 등록을 말소하고 이 사건 임대주택을 임차인들에게 분양하였는데, 원고가 이 사건 임대주택의 임대일인 2020. 7. 3.부터 불과 약 8개월에서 1년 4개월 만인 2021. 3.경부터 2021. 11.경까지 이 사건 임대주택을 분양전환, 양도하여 의무임대기간의 2분의 1 이상(2년 이상)을 임대한 경우에 해당하지 않으므로, 이 사건 임대주택은 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1의14호의 과세중과가 배제되는 주택에 해당하지 않는다. 그럼에도 원고의 주장처럼 이 사건 조항 및 그 위임에 따른 시행령 제92조의2 제2항에서 정하는 중과제외 주택에 해당하는지 여부를 고려하지 않고 법인세법 제55조의2 제4항 제3호, 같은 법 시행령 제92조의2 제4항 제4호에 따라 ‘임대주택법에 따른 민간건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각’하기만 하면 토지 등 양도소득에 대한 과세중과가 아예 배제된다고 해석하면, 민간건설임대주택을 임대주택법에 따라 분양 또는 매각하는 모든 경우가 이사건 조항에 따른 법인 양도소득 중과 대상에서 제외되고, 임대주택법에 따른 민간건설임대주택 중 임대기간, 대지면적, 기준시가 등과 관련하여 일정한 요건을 갖추거나 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우 등에 한하여 토지 등 양도소득에 대한 과세중과가 적용되는 주택에서 제외하고 있는 위 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 의 규정이 사실상 무의미해지는 결과가 된다.
⑤ 그렇다면 앞서 본 법인세법 개정 취지와 목적, 법인세법 제55조의2 규정 내용 및 체계 등에 비추어 보면, 이와 같은 법인이 보유하는 민간건설임대주택의 경우 같은법 제55조의2 제4항 및 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제92조의2 제4항의 각 호에서 정하는 요건에 해당되어 법인 양도소득 중과대상에서 일응 제외되는 것처럼 보이더라도 결국 그 위의 이 사건 조항 법인세법 제55조의2 제1항 및 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 각호 등에서 정하는 제외 주택에도 해당하는 경우에만 위과세중과 조항이 배제되는 것으로 해석함이 타당하고, 결국 법인세법 제55조의2 제4항 제4호, 같은 법 시행령 제92조의2 제4항 제4호의 적용범위는 법인세법 제55조의2 제1항, 같은 법 시행령 제92조의2 제2항 각호의 제외 주택에 해당하는 범위에서 제한하여 해석하는 것이 법령의 체계에 균형적으로 부합하고, 위 각 규정들 사이의 모순․충돌을 피하는 조화로운 해석 방법이다.
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.