신고내용 검증 및 확인행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하는지 여부

사 건 2024구합60719 법인세부과처분취소 원 고 AA 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 18. 판 결 선 고

2025. 12. 11.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 4. 3. 원고에 대하여 한 2020 사업연도 귀속 법인세 0,000,000,070원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 의료기기 개발, 제조, 판매업 등을 하는 회사이다.
• 나. B지방국세청은 2022. 11. 15.부터 2023. 3. 16.까지 원고의 2017~2021 사업연도에 대한 법인 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 원고와 국외 특수관계법인 사이의 거래가격이 정상가격에 미치지 못하는 점 등을 지적하는 조사결과를 통지하였다.
• 다. 이에 따라 피고는 2023. 4. 3. 원고의 2020 사업연도 귀속 법인세 0,000,000,000원(가산세 000,000,000원 포함)을 증액․경정하는 처분(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다을 하였다.
• 라. 원고가 이 사건 과세처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였으나 2023. 10. 18. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 16, 17호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

피고와 B지방국세청은 2021년 7월 무렵 원고에 대한 세무조사를 이미 실시했으므로, 이 사건 세무조사는 국세기본법 제81조의4 제2항 에 따라 금지되는 재조사에 해당하고 같은 항 각호에서 정한 예외 사유도 없다. 따라서 이 사건 세무조사는 위법하고, 그에 기초하여 이루어진 이 사건 과세처분도 위법하므로 취소되어야 한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 관련 법리 세무공무원의 조사행위가 그후 재조사를 할 수 없게 하는 ‘세무조사’에 해당하는지는, 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상 그에 뒤따르는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 영업의 자유에 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).
• 나. 인정사실 앞서 든 증거, 갑 제1 내지 15, 24호증, 을 제2, 7호증의 각 기재, 증인 D, 송근국의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래 사실을 인정할 수 있다.

1. 원고의 지위

• 가) 원고의 주요 생산 제품은 혈액이나 분비물로 감염을 진단하는 의료기기이고, 종전에 수원시에 있던 생산시설을 옮기기 위해 C시 C구 C읍 C리에 새로운 공장(이하 ‘C 공장’이라 한다)을 지어 2014년 4월부터 사업을 개시하였다.
• 나) 원고는 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항에서 정한 사유인 ‘수도권과밀억제권역 밖으로 공장시설을 전부 이전’한 경우에 해당한다는 이유로 세액감면을 신청해, 2015 사업연도부터 2020 사업연도 법인세를 감면받았다(2020 사업연도에 관한 감면 신청은 2021. 3. 31. 있었다).

2. 원고의 1차 자료제출 경위

• 가) 피고는 2021. 7. 12. “2014년 공장 지방이전 관련 세액감면(공장의 수도권 밖 지역이전 세액감면) 적정 여부”에 관하여, “2014년~2020년 업종별 매출액 현황, 공장 지방이전 관련 세액감면 현황, 업종별 감면세액 계산내역 등”의 소명자료 제출을 요청하였다.
• 나) 원고와 피고는 2014년부터 2017년의 경우 부과제척기간이 도과했다는 등의 사유가 있으므로 자료 제출 범위를 줄이기로 했고, 그에 따라 원고는 2021. 7. 23. 전자우편을 통해 2018~2020 사업연도에 대한 소명자료로 업종별 매출액 현황, 감면세액 계산서, 소득구분자료를 제출하였다.
• 다) 피고는 2021. 8. 30. 원고에게 ‘소명자료 제출에 대한 검토결과 안내’라는 제목으로 2014년 공장 지방이전 전 업종과 지방이전 이후 업종이 동일한 것으로 판단되므로 해당 과세자료는 ‘활용처리(과세하지 않음)’ 되었다고 안내하였다.

3. 원고의 2차 자료제출 경위

• 가) B지방국세청은 2021. 7. 14. 원고에게, 2020 사업연도 법인세 신고 서류를 검토한 결과 아래와 같은 문제점이 발견되었으므로 해명자료를 제출해달라는 내용의 ‘법인세 신고관련 해명자료 제출 안내’를 하였다.
• 나) 원고는 2021. 7. 30. “2020년 이후 주문물량의 증가로 인해 평택시에 있는 창고(이하 ‘평택 창고’라 한다)를 임차하여 일부 제품의 품질검사 및 물류창고의 용도로만 사용하고 있으며 제품 생산을 위한 어떠한 설비도 보유하고 있지 않으므로, 2020사업연도에 평택 창고에서 발생한 소득(제품 매출)은 없다”는 취지의 해명서와 함께 평택 창고 내부 사진을 첨부하여 제출하였다.
• 다) B지방국세청 ‘법인2팀’ 소속 D 등 2명의 세무공무원이 2021. 8. 23. 평택 창고에 가서 작업 현장을 보고 왔다.
• 라) D은 2021. 9. 15. 휴대전화 문자메시지로 원고에게 ‘회사 전체 조직도, 청원 공장 생산라인 사진 및 생산 품목, 매출원장 계정, 소득구분계산서 계산 근거’를 전자우편으로 보내달라는 요청을 하였다. 원고는 2021. 10. 7. 요청받은 자료를 전자우편으로 제출하였다.
• 마) 원고의 직원인 E, F은 2021. 10. 13. B지방국세청에 가서 그날 11:06경부터 11:49경까지 약 40분간 머물렀다.
• 바) B지방국세청은 원고의 2020 사업연도 법인세 세액감면 신청과 관련하여 2021. 10. 13. 서면분석을 종결하였다.
• 사) B지방국세청은 2021. 10. 19. 제출한 해명자료 검토 결과 적정한 것으로 확인된다는 취지의 안내를 하였다.
• 다. 이 사건 세무조사가 금지되는 ‘재조사’인지 위에서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래 사정을 고려하여 보면, 과세관청의 자료 제출 요청과 그에 수반된 일련의 행위는 ‘세무조사’에 해당한다고 보기 어려우므로, 이 사건 세무조사는 ‘재조사’로서 금지되는 것이 아니다. 원고 주장은 받아들이지 않는다.

1. 과세관청의 요청은 ‘실제로 수도권 밖으로 공장을 전부 이전한 것이 맞는지’라는 특정한 사실만을 확인하고자 하는 것이었고, 이는 원고가 먼저 그 사유를 들어 세액감면 신청을 했고 그러한 신청이 정당했음을 뒷받침할만한 자료를 보완할 필요가 생겼기 때문이다.

2. B지방국세청 측은 원고가 해명을 위해 낸 문서(갑 제7호증)에 첨부된 사진만으로는 평택 창고가 제품을 생산하는 곳이 아님을 분명히 알 수 없어 조사관 D등이 2021. 8. 23. 직접 가본 것이고, 약 1시간가량 머물렀을 뿐이므로 현장을 둘러보는 정도를 넘어 포괄적인 질문조사까지 할 시간적 여유는 없었을 것으로 보인다.

3. 원고가 피고 측 요청에 따라 2018~2020 사업연도에 대한 소명을 위해 제출한 ‘업종별 매출액 현황, 감면세액계산서, 소득구분자료’는, 그전부터 갖고 있던 재무제표나 법인세 신고 관련 서류들을 통해 손쉽게 준비할 수 있는 문서이고, 이를 제출함으로써 영업의 자유가 침해될 우려가 크다고 보기 어렵다.

4. 원고는 B지방국세청에 ‘회사 전체 조직도, 청원 공장 생산라인 사진 및 생산품목, 매출원장 계정, 소득구분계산서 계산 근거’ 서류를 제출하였는데, 마찬가지로 원고가 이미 보유하고 있는 자료를 이용해 큰 노력 없이 준비할 수 있는 문서이거나 이미 피고에게 제출한 것과 동일한 서류이다(매출원장 계정의 경우 법인세법 제112조 에 따라 원고가 당연히 비치․기장하여야 할 서류이기도 하다).

5. 원고의 직원인 E, F이 2021. 10. 13. B지방국세청에 가서 조사관 D을 만났으나, 머문 시간이 불과 40분 정도에 불과해 본격적인 질문조사가 이루어지기에는 너무 짧다. F은 B지방국세청 측으로부터 와달라는 요구를 받고 간것이라고 증언했으나, ① 그는 원고의 재무회계 담당 간부로 근무하다가 이 사건 과세처분 무렵 퇴직하기까지 약 11년간 재직했고 이른바 ‘스톡옵션’을 아직 보유하고 있는 등 중립적 지위에 있다고만은 보기 어렵고, ② D은 ‘(F과 E이) 인사를 하러 오겠다고 해서 “올 필요 없다”라고 했는데도 찾아왔고, 사무실 밖에서 인사만 하고 그들이 “조사국에 인사를 드리러 가겠다”고 해서 헤어졌다’는 취지로 전혀 다르게 증언하고 있으며, ③ B지방국세청의 원고의 법인세 세액감면 신청에 대한 서면분석은 F 등이 방문한 당일인 2021. 10. 13. 종결되었고 내부적으로 처리기한을 2021. 10. 14.로 잡아두고 있었기 때문에 굳이 그날 원고 직원을 불러 무언가를 조사해야 할 이유가 뚜렷하지 않으므로, 그 증언은 믿기 어렵다. F의 증언에 의하더라도, 그날 만난 세무공무원과 “회사가 이렇게 갑자기 커진 이유가 뭐냐”, “향후 어떤 준비를 하고 어떻게 될 것 같냐”, “매출이 (국내외) 어느 지역으로 주로 나가느냐”는 등의 질문과 답변을 가벼운 이야기 식으로 주고받았다는 것이어서, ‘세무조사’로 볼 만한 문답으로는 보기 어렵다.

6. 법인세는 기본적으로 납세자의 신고로 세액이 확정되나, 신고서나 그 밖의 서류에 미비한 점이 있거나 오류가 있을 때에는 과세관청이 보정을 요구할 수 있다(법인세법 제60조 제6항). 이러한 보정요구를 모두 세무조사로 취급한다면, 과세관청으로서는 당장 보정이 필요한 사항은 그리 중대하지 않더라도 혹시 나중에 미비한 점이 또 발견되었을 때 이를 밝히기 위한 조처가 중복 세무조사로서 금지될 위험을 피하려고 불필요하게 광범위한 조사를 할 수밖에 없게 되고, 오히려 납세자의 권익을 더 심하게 침해할 수 있다. 이 사건에서 과세관청이 한 것처럼 원고가 대답하거나 참을 의무가 없는 정도로 과세자료를 수집하고 신고내용의 정확성을 검증하려는 조처까지 재조사를 금지시키는 세무조사에 해당한다면, 차라리 처음부터 정식 세무조사에 착수했어야 할 것인데 이러한 결과는 누구에게도 이득이 되지 않는다.

7. 결국 중복 조사가 금지되는 세무조사인지 여부를 판단함에 있어서는 납세자의 영업의 자유 등에 큰 제약을 초래하는지 여부가 중요한 판단요소라고 할 것인데, 그에 관한 판단은 결국 납세자의 권익과 공정하고 원활한 과세라는 공익의 비교형량에 의할 수밖에 없는바, 공정한 과세 역시 소홀히 해서는 안 되는 중요한 공익이라고 할 것이고, 이 사건의 경우 원고가 과세관청의 요청에 대응하는 과정에서 진 부담에 비해 공정한 과세라는 공익이 더 크다고 판단된다.

• 라. 소결론 결국 이 사건 세무조사 전 과세관청의 조처가 재조사를 금지시키는 ‘세무조사’에 해당한다고 보기 어려운 이상, 이 사건 세무조사 당시 국세기본법 제81조의4 제2항 각호에서 정한 사유가 있었는지 여부에 대해서는 더 나아가 살필 필요 없이 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.