세무조사기간 연장의 위법성 여부

사 건 2024구합1512 부가가치세등부과처분무효확인 원 고 aaa 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 24. 판 결 선 고

2025. 10. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 부가가치세 제2기 10,859,700원, 2020년 귀속 부가가치세 제1기 9,679,780원, 제2기 4,355,260원(각 가산세 포함)의 부과처분이 각 무효임을 확인한다.

• 가. 원고는 ○○시 ○○동에서 aa 등의 상호로 해외직구 구매대행업을 영위하는 사람이다.
• 나. 피고는 2023. 8. 4. 원고에게 2023. 8. 28.부터 2023. 9. 26.까지의 30일을 세무조사 기간으로 하는 세무조사 사전통지(이하 ‘이 사건 사전통지’라 한다)를 한 후, 원고에 대한 비정기 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였다.
• 다. 원고는 2023. 8. 31. 소명자료 준비를 위하여 필요하다는 이유로 세무조사 연장신청을 하였고, 피고는 2023. 9. 12. 원고의 신청을 일부 받아들여 세무조사 기간을 2023. 8. 28.부터 2023. 10. 21.까지의 55일로 연장(이하 ‘이 사건 연장’이라 한다)하였다.
• 라. 원고는 2023. 9. 27. 소명자료 준비를 위하여 필요하다는 이유로 2023. 10. 5.부터 2023. 10. 21.까지 세무조사 중지 신청을 하였고, 피고는 2023. 10. 5. 원고의 신청을 받아들여 세무조사 기간을 2023. 8. 28.부터 2023. 11. 7.까지의 55일로 변경하였다.
• 마. 원고는 2023. 10. 26. 소명자료 준비를 위하여 필요하다는 이유로 2023. 10. 30.부터 2023. 11. 9.까지 세무조사 중지 신청을 하였고, 피고는 2023. 10. 27. 원고의 신청을 받아들여 세무조사 기간을 2023. 8. 28.부터 2023. 11. 18.까지의 55일로 변경(이하 ‘이 사건 2차 변경’이라 한다)하였다. 그후 피고는 2023. 11. 18.이 토요일을 확인하고 이 사건 세무조사 기간을 2023. 8. 28.부터 2023. 11. 17.까지의 54일로 (직권)변경하였다.
• 바. 이 사건 세무조사를 마친 후 피고는 2023. 11. 30. 아래와 같이 종합소득세 및 부가가치세를 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 사. 원고는 2024. 3. 5. 이 사건 처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2024. 5. 16. 위 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 처분에는 아래와 같은 절차적 하자가 존재하고 그 하자가 중대하고 명백하므로 이 사건 처분은 무효이다.

• 가. 세무조사 사전통지 관련 절차적 하자 국세기본법 제81조의7 제1항 은 세무조사를 하는 경우 세무조사 사유를 납세자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다. 피고는 이 사건 사전통지 당시 원고에게 세무조사 사유를 원고에게 통지하지 않았다. 나. 세무조사 기간 관련 절차적 하자

① 국세기본법 제81조의8 제2항 에 따르면 연간 수입금액이 100억 원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간의 한도는 20일로 정하여져 있음에도, 피고는 연간 수입금액이 100억 원 미만인 원고에 최초 세무조사 기간을 30일로 설정하였으므로 이 사건 처분에는 절차적 하자가 있다.

② 뿐만 아니라 국세기본법 제81조의8 제3항 은, 세무조사 기간을 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아야 하며 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다고 규정하고 있으므로, 과세관청이 세무조사 기간을 40일 이상으로 설정하기 위해서는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아야 한다. 그런데 이 사건 연장 등을 통하여 원고에 대한 세무조사 기간은 54일로 연장되었는데 피고는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 거치지 않았으므로 이 사건 처분에는 절차적 하자가 있다.

별지 기재와 같다.

• 가. 세무조사 사전통지 관련 절차적 하자 주장에 관한 판단 앞서 든 증거, 을 제15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사실에 비추어 볼 때, 이 사건 처분에 원고 주장과 같은 하자가 있다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장을 받아들이지 않는다.

① 이 사건 세무조사는 2023. 8. 28. 시작되었고, 원고는 2023. 8. 31. 이 사건 연장 신청을 하였다. 이 사건 연장을 신청할 당시 원고는 ‘기존 신고내용이 현재 확인되지 않아 이를 파악하고 찾는데 시간이 소요되고, 원고의 심리상태가 매우 불안정하므로 시간적 여유가 필요하다’는 점을 연장 신청사유로 기재하였고(을 제1호증), 피고는 ‘세금탈루혐의에 대한 소명 등을 위해 납세자가 세무조사 기간의 연장을 신청하였다’는 이유로 원고의 신청을 받아들였다(을 제2호증). 이 사건 세무조사가 시작되기 전 원고는 세금탈루혐의로 인하여 세무조사가 진행됨을 알고 있었던 것으로 보인다.

② 원고는 이 사건 사전통지 당시 조사 사유가 기재되지 않았다는 근거로 2023. 8. 4.자로 시행된 세무조사 사전통지서(갑 제1호증)를 제시하고 있다. 그런데 위 사전통지서에는 세무조사 기간이, 이 사건 사전통지 당시 세무조사 기간으로 예정되었던 ‘2023. 8. 28.부터 2023. 9. 26.까지’로 쓰여 있는 것이 아니라, 이 사건 2차 변경 등 이후 세무조사 기간으로 변경된 ‘2023. 8. 28.부터 2023. 11. 17.까지’로 쓰여 있다. 그렇다면 위 사전통지서는 적어도 이 사건 2차 변경이 이루어진 2023. 10. 27. 이후에 작성된 것임을 알 수 있다. 위 사전통지서가 이 사건 사전통지 당시에 작성ㆍ시행된 것이라고 보기는 어려우므로, 위 사전통지서에 조사 사유가 기재되어 있지 않다는 사정만으로 이 사건 사전통지 당시 피고가 조사 사유를 제시하지 않았다고 보기는 어렵다.

③ 구 국세기본법 제81조의7 (2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것) 제1항 본문은 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사 사유 등을 통지하여야 하도록 규정하고 있으나, 그 단서는 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지 없이 조사를 할 수 있다고 규정하고 있다. 이 사건 세무조사는 원고가 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 인하여 이루어 진 것이다. 피고가 이 사건 세무조사 당시 원고에게 조사 사유 등을 사전에 통지하지 않았다고 하더라도, 그러한 절차상 하자가 이 사건 처분을 위법하게 하는 사유가 된다고 보기는 어렵다.

• 나. 세무조사 기간 관련 절차적 하자 주장에 관한 판단 아래에서 보는 바와 같이 국세기본법은, 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억 원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 하되(국세기본법 제81조의8 제2항), 위 세무조사를 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다고 정하면서(국세기본법 제81조의8 제3항 본문), 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우에는 세무조사 기간의 제한 및 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니한다고 규정하고 있다(국세기본법 제81조의8 제3항 단서). 국세기본법 제81조의8(세무조사 기간)

① 세무공무원은 조사대상 세목ㆍ업종ㆍ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다.

6. 세무조사 대상자가 세금탈루혐의에 대한 해명 등을 위하여 세무조사 기간의 연장을 신청한 경우로서 납세자보호관등이 이를 인정하는 경우

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사 기간을 정할 경우 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 한다.

③ 제2항에 따라 기간을 정한 세무조사를 제1항 단서에 따라 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. 다만, 다음 각호에 해당하는 경우에는 제2항의 세무조사 기간의 제한 및 이 항 본문의 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니한다.

3. 명의위장, 이중장부의 작성, 차명계좌의 이용, 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우 세금을 탈루한 혐의로 원고에 대하여 30일을 세무조사 기간으로 한 이 사건 세무조사가 개시된 사실, 원고의 연장 요청에 따라 관할 세무관서의 장인 피고는 세무조사 기간을 2023. 8. 28.부터 2023. 10. 21.까지의 55일로 연장한 사실, 원고의 세무조사 중단 요청 등으로 인하여 세무조사 기간이 2023. 8. 28.부터 2023. 11. 17.까지의 54일로 변경된 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 세무조사는 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 이루어 진 것으로 보이고, 이 경우 원고의 연간 수입금액이 100억 원 미만일지라고 하더라도 국세기본법 제81조의8 제2항 에 정한 세무조사 기간 20일의 제한이 적용되지 않고, 1회에 한하여 세무조사 기간이 연장된 이 사건 세무조사에서는 관할 상급 세무관서의 장의 승인이 필요하지도 아니하다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장을 받아들이지 않는다.

• 다. 소결론 이 사건 처분에는 원고 주장과 같은 하자가 존재하지 아니하므로 이 사건 처분에 존재하는 하자가 중대하고 명백한지 여부에 관하여 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.