조정지역내 3주택 이상을 보유하고 있는 경우 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 적법함

사 건 2024구단2624 양도소득세 중과세율 처분취소 원 고 박씨 피 고 AA세무서장 변 론 종 결 2025.3.11. 판 결 선 고 2025.4.8.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 10. 26. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 136,259,980원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2011. 11. 9. AA시 00빌라 지하층 0호(55.24㎡, 이하 ‘장기임대주택’이라 한다)를 취득하여 장기임대주택으로 보유하고, 2014. 7. 14. AA시 11아파트 000동 000호(34.05㎡, 이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하고, 원고의 배우자인 인씨는 2020. 5. 23. 경기도 BB시 22아파트 000동 000호(84.9020㎡, 이하 ‘대체주택’이라 한다)를 매수하여 2020. 8. 21. 그 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2020. 10. 24. 매수인과 사이에 이 사건 주택을 3억 4,200만 원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하고 2020. 12. 23. 매수인에게 이 사건 주택을 양도하였으며, 2021. 1. 31. AA세무서에 이 사건 주택의 양도가 1세대 1주택 비과세대상에 해당됨을 전제로 한 양도소득세를 신고하였다. 원고가 이 사건 주택을 양도할 당시 다음과 같이 주택들을 보유하고 있었다. 순번 구분 물건 소재지 취득일 양도일 1 장기임대주택 AA시 00빌라 2011.11.30

• 2 이 사건 주택 AA시 11아파트 2014.7.14. 2020.12.23. 3 대체주택 BB시 22아파트 2020.8.21.

• 다. 원고 보유 주택들은 이 사건 주택의 양도 당시 모두 소득세법이 정하는 조정대상지역 내에 있다.

• 라. 원고의 주민등록상 전입 내역은 아래와 같다. 전입일 소유자 주소 2007.4.19. 원고 배우자 AA시 33아파트 2013.5.23. 자녀 AA시 44아파트 2020.8.21. 원고 배우자 대체주택 물건 소재지 2020.11.9 자녀 AA시 44아파트 2023.9.11 원고 배우자 대체주택 물건 소재지
• 마. 피고는, 원고가 이 사건 주택의 양도 당시 조정대상지역에 있는 주택으로서 이 사건 주택 외에 원고와 원고 배우자 명의로 대체주택과 장기임대주택을 소유하고 있는 사실을 확인하고, 원고 세대가 이 사건 주택의 양도 당시 조정대상지역에 1세대 3주택 이상의 주택을 소유하고 있다고 보아 1세대 3주택 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제 적용을 배제하여 2023. 10. 26. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 136,259,980원(가산세 포함)을 결정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 1. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 4. 29. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(각 가지번호 생략)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 원고는 장기임대주택과 이 사건 주택을 보유한 상태에서 투기 목적 없이 주거이전을 위하여 대체주택을 취득하고 4개월이 지나지 않아 이 사건 주택을 양도한 것으로 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 해당하므로 이 사건 주택의 양도와 관련하여 중과세율 적용을 배제하고 장기보유특별공제가 적용된 양도소득세가 부과되어야 한다. 설령 이 사건 주택의 양도와 관련하여 중과세율이 적용되더라도 위와 같은 사정에 따라 원고는 장기임대주택을 제외하면 ‘일시적 2주택자’에 해당하고 장기임대주택의 취득 시 비조정대상지역에 있었으므로 장기임대주택은 주택 수에서 제외되어 1세대 2주택만에 대한 중과세율이 적용되어야 한다. 그럼에도 이 사건 주택의 양도가 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도임을 전제로 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제 적용을 배제한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법령상 중과세율 및 장기보유특별공제 적용 여부 주장에 대한 판단 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조). 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’의 경우 양도소득세율을 제55조 제1항에 따른 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 제95조 제2항 본문의 괄호 규정에서는 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’은 장기보유 특별공제 대상에서도 제외하도록 규정하고 있다. 한편 구 소득세법 시행령 제167조의3제1항 은 “ 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.”라고 규정하면서 그중 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택을 들고 있는바, 1세대가 소유하는 주택의 수를 계산할 때에는 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 해당하는 주택(수도 권 및 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만 산입되지 않을 뿐 나머지 각 호에 해당하는 주택은 비록 그것이 장기임대주택 등이라 할지라도 모두 산입되고, 단지 그 해당 주택 자체가 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는 것으로 봄이 타당하다. 원고는 2011. 11. 30. 취득한 주택인 장기임대주택과 관련하여 임대사업자등록이 되어 있으므로 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 의 주택 수 계산에서 제외되어야 한다고 주장한다. 1세대 3주택자의 주택수 계산에 관하여 구 소득세법시행령 제167조의3 제1항 제2호 가목에서는 ① 민간임대주택법 제5조 에 따라 임대사업자등록 및 ② 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록을 2018년 3월 31일까지 한 경우에 한하여 주택수에서 제외한다고 규정하고 있는데, 을 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 장기임대주택을 2020. 7. 25.에 민간임대주택법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 하였고, 같은 날 구 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록신청을 하였으므로 장기임대주택은 1세대가 3주택을 보유한 경우의 주택 수 계산에서 제외되는 주택에 해당하지 않고, 그 밖에 원고 세대가 구 소득세법시행령 제167조의3의 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 보유하고 있지 않으므로 원고는 1세대 3주택자에 해당한다. 그리고 구 소득세법 제104조 에서는 1세대가 조정대상지역에 3주택 이상을 보유하다가 1주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율이 적용된다고 규정하고 있는데, 이는 취득 시점이 아닌 양도 시점 기준으로 조정지역 내 3주택 이상을 보유한 경우에 적용됨은 문언상 명백하다. 원고 세대가 보유하는 주택들이 이 사건 주택의 양도 당시 모두 소득세법이 정한 조정대상지역에 해당되고 원고 세대의 소유 주택수를 계산할 때에는 이 사건 주택과 이 사건 주택의 양도 당시 원고 세대가 소유한 장기임대주택과 대체주택이 모두 포함되는 사정은 앞에서 본 바와 같으므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 주택의 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 가 정한 '조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택'을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용되고 장기보유 특별공제 대상에서도 제외된다. 이와 배치되는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2. 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 인정되는지 여부 주장에 대한 판단 한편 이러한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 관한 중과세율의 적용 취지는 투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 것이므로 종전주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 참조). 그리고 이러한 특별한 사정의 존재에 대하여는 중과세율의 적용 배제를 주장하는 원고가 이를 증명할 책임이 있다. 그런데 앞서 본 증거와 변론 전체의 취지에 따라 인정되는 이 사건 주택의 양도와 대체주택의 취득 경위 등에 관한 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 사정을 고려하더라도 원고에게 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 먼저 주택을 투기 목적으로 양도하는 경우에만 중과세가 적용되는지에 대하여 본다. 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 의 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 중과세 대상이 되는 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 ‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택’이라고 규정하는 한편, ‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택’이기만 하면 일괄적으로 중과세 대상이 된다고 할 경우 불합리를 방지하기 위하여 각 호에서 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에서 제외되는 주택에 대하여 상세히 규정하고 있는 점, 이러한 예외에 해당하지 않는 한 모두 중과세 대상에 포함하려는 것이 당초 입법의도로 보이는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하며, 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 의 ‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택’을 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정하여 적용되는 것으로 제한해석할 수는 없다.
• 나) 원고는 이 사건 주택의 취득 목적 및 용도에 대하여, 이 사건 주택을 월세 수입으로 생활비에 보탤 목적으로 취득하였고 장기임대주택과 함께 계속하여 이를 임대하였다고 진술하였다(소장 4쪽). 갑 제3호증의 1의 기재에 변론 전체의 취지에 따르면, 원고가 이 사건 주택의 양도 이전인 2020. 1. 30. 이 사건 주택에 대한 임대차계약을 체결하고 이를 임대하여 임대료를 수령하여 온 사실이 인정된다. 이에 더하여 앞에서 본 원고의 주민등록상 전입내역에 따르면 원고가 이 사건 주택에 거주 목적으로 실제 거주한 적은 없었던 것으로 보인다.
• 다) 주민등록상 전입내역에 따르면 원고는 2020. 8. 21.부터 2020. 11. 8.까지 대체주택에 일시 전입하였다가 자녀 주택으로 전출하였고 다시 2023. 9. 11. 대체주택에 전입하였으므로 대체주택을 실제 거주할 목적으로 취득하였다고 단정하기도 어렵다. 원고는 원고의 배우자가 대체주택을 취득하게 된 경위에 대하여, 원고 부부가 자녀 주택에 거주하고 있던 중 자녀 주택을 급히 임대하여야 할 사정이 생겼다는 자녀들의 요청에 따라 자녀 주택에 대해 2020. 4월경에 2020. 8월을 입주조건으로 전세계약을 체결하고 원고 부부는 자녀 주택에서 퇴거하여 다른 거주지를 찾다가 대체주택을 매수하여 취득하게 되었다는 취지로 주장하고 있는데(소장 4쪽, 갑 제1호증의 6의 기재 참조), 원고의 배우자가 대체주택을 취득한 후에도 2020. 11. 9.부터 2023. 9. 10.까지 종전의 자녀 주택에 주민등록상 전입등록되어 있었던 사정에 비추어 원고의 이 부분 주장은 믿기 어렵다. 원고는 위 기간 동안 대체주택에서만 실제 거주하였다고 주장하나 위 주장사실을 인정할 수 있는 객관적인 자료는 제출되어 있지 않다.
• 라) 원고 배우자는, 이 사건 주택에 대한 매매계약(2020. 10. 24.) 체결 전인 2020. 5. 23. 대체주택에 대한 매매계약을 체결하고 2020. 8. 21. 그 명의로 이전등기를 마쳤으며, 그로부터 4개월 정도 지나 2020. 12. 23. 이 사건 주택의 양도가 이루어졌는데, 이와 같이 원고 세대가 당초 의도한 대로 대체주택 취득 후에 이 사건 주택의 양도가 이루어졌고, 그 과정에서 대체주택의 매도인이나 이 사건 주택 매수자의 요구에 따라 잔금지급기일을 조정하는 등으로 인하여 대체주택 취득과 이 사건 주택의 양도 순서가 바뀌는 등의 특별한 사정도 없어서, 그와 같은 매매경위가 원고 부부의 계획에 따라 이루어진 것으로서 달리 불가피한 사정에 의한 것이라고 보기 어려운 점, 원고 세대로서는 이 사건 주택을 먼저 양도한 후에 이를 대체할 다른 주택을 취득함으로써 3주택 이상을 보유하지 않을 수 있었던 점 등에 비추어 볼 때 대체주택의 취득과 이 사건 주택의 양도 사이의 기간이, 주택거래의 현실 등에 비추어 반드시 거래사회 통념상 일시적인 경우에 해당한다고 단정하기 어렵다.
• 라. 소결론 따라서 이 사건 주택의 양도와 관련하여 장기보유특별공제가 적용되지 않고 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도임을 이유로 중과세율이 적용된 이 사건 처분에 원고 주장과 같은 위법이 있다고 볼 수 없다. 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.