공동주택조합으로의 토지 현물출자는 신탁결의라는 의사표시만으로는 이행되었다고 볼 수 없고, 신탁등기로써 그 이행이 완료되었다고 봄이 타당

사 건 2024구단15026 양도소득세부과처분취소 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 17. 판 결 선 고

2026. 1. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024... 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 ,,***원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. ‘○○도시 환지공동주택조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)‘은 ’○○시 ○○구 ○○동 (소재지 생략, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)‘에 공동주택을 건설하고 이를 제3자에게 분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 하여 그 수익금을 배분하는 것을 목적으로 설립된 단체이고, 원고는 이 사건 조합의 조합원이다.
• 나. 피고는 2024.00.00. 원고에게, ‘현물출자한 토지에 대해 무신고’를 사유로 다음과 같이 2016년 귀속 양도소득세 ,,***원을 부과할 예정이라고 세무조사 결과를 통지하였다. (다음 생략)
• 다. 피고는 2024.00.00. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 ,,원(무신고 가산세 ,,원, 납부불성실 가산세 ,,***원 포함)을 결정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024.00.00. 기각결정을 받았다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제17, 19, 20, 32호증, 을 제2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

1. 원고는 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 현물출자함으로써 사업시행에 따른 수익 배분을 받을 수 있는 ‘사원의 지위’를 취득하였고, 이는 소득세법상 양도소득세 과세원인인 ‘양도’에 해당한다. 원고가 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 양도한 시기는 이 사건 조합의 제2차 총회에서 현물출자 결의를 한 2015.00.00.이다. 이 사건 처분은 무신고로 인한 부과제척기간 7년(2023. 5. 31.)이 지나 이루어졌다.

2. 피고가 원고에게 과세전적부심사 기회를 부여하지 않고 행한 이 사건 처분에는 절차적 하자가 있다.

• 나. 인정 사실

1. 공동주택용지에 대한 환지처분

• 가) 재정경제부는 개발사업을 위해 2003. 8. 11. 인천 중구 등을 인천경제자유구역으로 지정하였다. 사업시행자인 ○○도시개발공사와 ○○토지주택공사(이하 사업시행자를 ‘○○공사’라고만 한다)는 2006.00.00. ‘○○지구 ○○도시 개발사업’ 실시계획 승인을 받았는데, 원고 소유 토지는 환지 대상 토지에 포함되었다.
• 나) 2009.00.00. 환지계획이 인가되고, 2009.00.00. 환지예정지 지정 공고가 있었다. 환지예정지는 단독주택용지와 공동주택용지로 구분되었는데, ○○공사는 도시개발법 시행규칙 제9조 에 따라 공동주택용지를 공유로 하여 환지를 지정하고, 원고 소유 토지는 공동주택용지로 환지예정지 지정을 받았다. ○○도시 개발사업 환지시행규칙 제11조는, 공동주택용지에 환지를 지정받은 토지 중 권리면적의 2/3이상, 소유자 수의 1/2이상이 공동주택 처리방안을 결정할 경우, 그 결정에 반대하는 토지소유자에 대하여는 금전청산 대상자로 환지계획을 변경할 수 있다고 규정하였고, 이러한 내용이 환지예정지 지정 당시 안내되었다.
• 다) 공동주택용지(A15, A56, A66 구역)에 공동주택을 건설하여 분양하는 사업의 진행을 위해 ‘○○도시 환지대책위원회’가 구성되었고, 위 대책위원회는 2009.00.00. 창립총회를 개최하여, 창립총회에서 ‘개발사업 및 조합창립 결의’, ‘조합정관 인준’ 안건 등이 의결되고, 조합장 등이 선임되어 이 사건 조합이 설립되었다. 위 정관상 이 사건 조합은 설립등기나 조합설립인가를 받을 것을 예정하였으나, 실제 설립등기나 조합설립인가를 받지 않았다. 위 정관상 조합원 자격은 ○○도시 개발사업의 공동주 택용지 중 A15, A16, A56 토지를 소유한 자(환지주)이다(제11조 제1항).
• 라) ○○공사는 2013.00.00., 2013.00.00 A15 구역 환지처분 대상자 중 공동 주택 건설에 동의한 사람은 A15 구역으로, 동의하지 않는 사람은 A56, A66 구역으로 구분하여 환지계획을 변경하고, 2014.00.00. 도시개발법 제40조 에 따라 환지처분을 공 고하였다. 환지처분에 따라 A15 구역 면적, 원고의 공유지분 등 이 사건 토지의 공유자 및 공유지분이 확정되었다.

2. 이 사건 조합의 2015.00.00.자 제2차 총회 결의

• 가) 이 사건 조합은 2015.00.00. 제2차 총회(이하 ‘이 사건 총회’라 한다)를 개최하 여, 정관 개정(환지처분에 따라 확정된 이 사건 토지만 사업시행구역으로 하고, 조합원도 A15 토지 소유자로 하며, 사업의 시행방법에 신탁개발 방식을 추가하는 내용, 이하 ‘개정 정관’이라 한다) 및 이 사건 토지 지상에 공동주택 및 부대복리시설을 건축하기 위한 사업계획을 승인하는 내용의 ‘개발사업 및 신탁결의’ 안건을 의결하였다.
• 나) 이 사건 조합은 개정 정관을 통해 조합원에게 출자된 비율에 따라 수익을 배분 (제5조)하기로 사업시행방법을 정하고, 조합원은 조합에 대해 ‘사업이익의 출자비율에 따른 이익배당권(제12조)’을 가지며, ‘사업을 통해 발생된 이익금에서 사업비를 제외한 개발이익을 조합원에게 권리금액의 비율대로 분배(제42조)’하기로 정하였다. 그 밖에 개정 정관은 조합원이 소유 토지를 양도하면 조합원 자격이 자동 상실되도록 정하였는 바, 사업시행 및 신탁등기에 관한 부분은 아래와 같다.(아래 생략)
• 다) 이 사건 조합은 이 사건 총회의 제2호 안건 결의에 따라 이 사건 조합의 조합원들에게 아래와 같은 ‘사업결의 및 신탁결의서’(이하 ‘이 사건 신탁결의서’라 한다)를 제출하도록 하였고, 원고도 2015.00. 이 사건 조합에 이 사건 신탁결의서를 제출하였다.(아래 생략)

3. 신탁계약의 체결 및 신탁등기

• 가) 이 사건 조합은 2015.00.00. 신탁사인 주식회사 ○○신탁(이하 법인명에서 ‘주식회사’ 기재는 생략한다), 시공사 ○○산업, 시행업무대행사 ○○홀딩스와 이 사건 사업 시행을 위한 사업협약을 체결하였다.
• 나) 이 사건 조합은 2015.00.00. 제3차 총회를 개최하여, 시공사 선정, 환지등기 및 신탁등기 실행 안건(환지 촉탁등기, 이 사건 조합 명의로 신탁등기, 신탁사 명의로 신탁등기를 같은 날 경료한다는 내용)을 의결하였다.
• 다) 2016.00.00. ○○토지주택공사의 환지촉탁에 따라 도시개발사업에 따른 환지처분으로 인한 이 사건 토지 공유지분자들의 지분이전등기가 이루어지고, 같은 날 원고 등 이 사건 조합원들은 이 사건 조합과 신탁계약(이하 ‘이 사건 신탁계약’이라 한다)를 체결하였으며, 이 사건 조합을 수탁자로 하는 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기 및 한국자산신탁을 수탁자로 하는 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기(이하 이 사건 조합을 수탁자로 하는 신탁등기와 ○○신탁을 수탁자로 하는 신탁등기를 통틀어 ‘이 사건 신탁등기’라 한다)가 순차적으로 이루어졌다.
• 라) 이 사건 신탁등기의 원인 중 이 사건 신탁계약의 내용은 아래와 같다.(아래 생략)

4. 이 사건 신탁의 변경 및 이 사건 토지 지분에 관한 부담 말소

• 가) 이 사건 조합은 위 제3차 종회에서 주택공급에 관한 규칙 제16조 제1항의 입주자모집 조건 충족을 위하여 조합원들의 환지 전 토지에 관하여 설정된 저당권·가등기 담보권·가압류·가처분·전세권·지상권 및 등기되는 부동산임차권 등(이하 ‘이 사건 부담’ 이라 한다)을 금융기관 PF대출(이하 ‘이 사건 대출’이라 한다)금으로 말소시키기로 결의하였다.
• 나) ○○신탁이 이 사건 사업에 대한 투자심의를 보류하자, 이 사건 조합은 2016.00.00. 임시총회를 개최하여 ○○신탁으로의 신탁사 변경과 담보신탁을 통한 증환지 대금 및 개인채무 상환, 필수경비 조달 등을 의결하고, 2016.00.00. ○○신탁과 신탁계약을 체결하였다.
• 다) 이 사건 조합은 2016.00.00. 이 사건 대출을 실행하여 이 사건 조합원 29명의 이 사건 부담을 말소시켜 2016.00.00. 원고의 이 사건 토지 지분에 관한 근저당권설정 등기도 말소되었다.
• 라) 이 사건 조합은 2023.00.00. 제9차 임시총회에서야 이 사건 부담의 말소를 위하여 차입한 이 사건 대출금의 해당 조합원에 대한 회수 금리를 기존 개인별 대출금리가 아닌 증환지 사용자 금리의 1/2인 연 4.31%를 적용하기로 결의하기도 하였다.

5. 이 사건 조합원의 변동 이 사건 총회 이후 이 사건 조합원 AAA, BBB, CCC, DDD, EEE, FFF 은 전부 2015.00.00. 이 사건 토지 중 공유 지분을 이 사건 조합에 매도하고 각 잔금 지급일을 양도시기로 하여 각 양도소득세를 신고·납부하였으며, 조합원이던 GGG의 재산을 상속한 HHH는 2015.00.00. 공유 지분에 관하여 상속등기 후 바로 이 사건 조합에 양도하였다. 한편, 조합원이던 III는 이 사건 총회 이후인 2016.00.00. 이 사건 토지 공유 지분을 JJJ에게 증여하였고, JJJ는 2016.00.00. 이 사건 조합과 신탁계약을 체결하고, 이 사건 신탁등기가 마쳐졌다.

6. 이 사건 사업의 완료

○○신탁이 이 사건 사업을 시행하여, 2018.00.00. 이 사건 토지에 8개동 000세대 공동주택이 준공되었고, 이 사건 조합은 2018.00.00. 이 사건 대출채무를 모두 상환하였으며, 일반분양에 따른 분양수익금을 2019.00.경부터 2023년경까지 조합원들의 지분비율대로 정산하여 지급하였다. [인정 근거] 갑 제1~16, 32, 35, 36, 38, 39호증, 을 제1, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 다. 법령 및 법리

1. 소득세법은, ‘양도’란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하고(제88조 제1호), 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다(제98조). 조합에 출자된 자산은 출자자의 개인재산과 구별되는 별개의 조합재산을 이루어 조합원의 합유로 되고 출자자는 그 출자의 대가로 조합원의 지위를 취득하는 것이므로, 조합에 대한 자산의 현물출자는 자산의 유상이전으로서 양도소득세의 과세원인인 양도에 해당하고, 그 양도시기는 조합에 현물출자를 이행한 때이다(대법원 2002. 4. 23. 선고 2000두5852 판결 참조). 2) 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 는 ‘세무조사 결과 통지를 하는 날부터 국세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에는 과세전적부심사를 적용하지 아니하는 것으로 규정하고, 같은 법 시행령 제63조의14 제4항 단서는 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있도록 규정하고 있다. 과세전적부심사제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이기는 하지만, 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아닐뿐만 아니라 납세자에게 신용실추, 자력상실 등의 사정이 발생하여 납기전 징수의 사유가 있는 경우에도 조세 징수권의 조기 확보를 위하여 그 대상이나 심사의 범위를 제한할 필요가 있다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결 참조).

• 라. 판단

1. 부과제척기간 경과 여부

• 가) 현물출자의 대가인 사원 지위의 확정

(1) 이 사건 조합은 고유의 목적(이 사건 토지에 공동주택을 건설하고 이를 제3자에게 분양하여 수익금을 배분)을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약(정관)을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등의 조직을 갖추고 있고, 기관의 의결이나 업무집행방법이 다수결의 원칙에 의하여 행하여지며, 구성원의 가입, 탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 단체 그 자체가 존속되고, 그 조직에 의하여 대표의 방법, 총회나 이사회 등의 운영, 사업시행방법, 개발이익분배 등 단체로서의 주요사항이 확정되어 있으므로 비법인사단으로서 실체를 가진다.

(2) 비법인 사단의 사원이 집합체로서 물건을 소유할 때에는 총유로 한다(민법 제275조). 사원의 권리는 사단의 관리‧운영에 참여하는 것(공익권) 외에도, 사단으로부터 이익을 추구하는 권리(사익권), 예컨대 이익배당청구권 또는 잔여재산분배청구권도 포함된다. 즉 총유는 합유와 같이 합유물에 대한 지분이 없지만, 비법인사단의 사원은 ‘사원의 지위’를 통해 총유물의 관리‧처분에 참여할 수 있는 권리나 확정된 총유물에 대한 권리를 사단에 대해 청구할 수 있는 권리를 갖게 된다. 이 사건 조합원은 개정정관과 이 사건 신탁결의 및 이 사건 조합 제3차 결의 등에 따라 이 사건 부담의 말소 역시 비법인사단의 사원으로서 부담하는 의무라 할 것이다. 총유물에 관한 사원의 권리의무는 사원의 지위를 취득상실함으로써 취득상실한다(민법 제277조).

(3) 이 사건 토지는 이 사건 사업의 시행구역 내의 종전 토지 소유자들 000명의 공유로 환지되었다. 이 사건 총회 이후라도 얼마든지 신탁을 통한 이 사건 사업 구조와 방법에 따라 해당 조합원이 부담하는 개별 조건에 대한 이견이나 기타 사정으로 비법인사단인 이 사건 조합의 사원으로서의 지위를 더 이상 유지할 수 없게 되는 경우가 발생할 수 있고, 실제로도 이 사건 총회 이후 이 사건 토지 공유자 7명이 이 사건 사업에 동의하지 아니하고 이 사건 조합에서 탈퇴하였으며, 결국 이 사건 조합과 이 사 건 토지 공유지분에 관하여 이 사건 신탁계약을 체결한 이 사건 조합원은 최종 000명이 되었다.

• 나) 현물출자의 이행

(1) 이 사건 조합으로부터 신탁등기 이행의 소를 제기당할 수도 있는 이 사건 조합원들의 공유지분에 관한 신탁등기의 이행은, 개정 정관 조항만으로는 부족하고 이 사건 사업의 핵심구조인 이 사건 신탁계약에 따라 구체적으로 발생하는 특정 조합원의 의무사항으로, 이 사건 조합의 이 사건 사업을 위한 이 사건 토지의 ‘신탁등기가 조합원의 공유 토지 출자행위’에 해당한다.

(2) 000명의 토지소유자들이 이 사건 토지를 공유로 취득한 이후 이 사건 조합과 신탁계약을 체결하지 않은 상태에서는 이 사건 총회 결의만으로 이 사건 토지에 관한 각자의 지분을 이 사건 조합에 출자하였다고 평가하기 어렵다. 원고를 포함한 이 사건 조합원 000명이 이 사건 신탁계약을 체결함으로써 비로소 자신의 공유지분을 출자한 것으로 볼 여지가 있게 된다.

(3) 원고가 이 사건 총회 결의로써 이 사건 토지 지분의 대가적 급부를 사회통념상 거의 전부 이행하여 이 사건 조합으로 하여금 명목상 사용권원을 확보케 하는데 그치는 것이 아니라 실질적인 소유권을 취득시켰다고 보기는 어렵다.

• 다) 소결 위와 같은 법 규정과 법리 등에 비추어 앞서 살펴 본 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 ‘양도’한 법률상 기준 시점이 되는 ‘현물출자’는, 환지된 이 사건 토지를 신탁의 방법으로 운용하는 이 사건 사업상 이 사건 신탁 결의라는 의사표시(총의)만으로 이행되었다고 볼 수 없고, 적어도 이 사건 신탁계약, 나아가 이 사건 신탁등기로써 그 이행이 완료되었다고 보는 것이 타당하다. 따라서 이 사건 처분은 이 사건 토지 지분의 현물출자에 관한 양도소득세 과세표준 확정신고기간 만료일 다음날인 2017. 6. 1.부터 부과제척기간인 7년 이내에 이루어졌다고 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 과세전적부심사 요부 국세기본법 제81조의15 제2항, 제3항의 규정에 의하면, 과세전적부심사제도가 사전적 구제제도이기는 하나, 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있어 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아닌 점, 2016년 귀속 양도소득세 부과제척 기간은 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호, 소득세법 제110조 제1항 에 따라 2024. 5. 31.이 되는데, 이 사건 세무조사 결과 통지일인 2024.00.00. 기준으로 위 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하이므로, 국세기본법 및 같은 법 시행령이 과세전적부 심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 해당하는 점 등을 종합하면, 이 사건 처분은 국세기본법 제81 조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 생락하고 이루어졌다 하더라도 원고의 과세전적부심사 청구권을 침해하였다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다.