나대지 위에 주택을 건축하여 주택과 부수토지의 보유기간이 다르게 된 경우에는 주택부수토지로서의 보유기간을 적용함

사 건 2024구단13518 양도소득세경정거부처분취소 원 고 김○○ 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결 2025.04.22. 판 결 선 고 2025.05.27.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 9. 7. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2019. 1. 21. ○○시 ○○면 AA리 287-33(이하 ‘AA리 287-33’이라 한다) 임야 1,488㎡ 중 BBB 소유 지분(15058분의 14381) 중 3분의 2(면적대비 661.4㎡, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 대금 90,000,000원에 취득하였다. 위 AA리 287-33 토지는 2021. 6. 24. 지목이 임야에서 대로 변경되었다. 나. 원고는 2019. 1. 21. BBB로부터, 같은리 287-29 도로 1,579㎡에 관하여 BBB 소유 지분 중 16,390분의 686 지분을 6,000,000원에 취득하고, 같은리 287-32 임야 393㎡에 관하여 BBB 소유 지분 중 8분의 2 지분을 9,000,000원에 취득하였다.
• 다. 원고는 2021. 6. 30. 이 사건 토지 지상에 단독주택(1층 75.69㎡, 이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 신축하여 취득하고 2021. 8. 9. 그 명의의 소유권보존등기를 마쳤다. AA리 287-33 토지는 2021. 12. 16. 분할되어 면적이 992㎡로 되었고 분할된 496㎡는 같은리 287–38에 이기되었다.
• 라. 원고와 CCC은 2022. 3. 24. AA리 287-33 대 992㎡ 중 CCC이 보유한 지분 3분의 1(면적대비 330.6㎡)과 같은리 287-38 대 496㎡ 중 원고가 보유한 지분 3분의 2를 교환하기로 하는 토지교환계약을 체결하여 원고가 2022. 3. 30. AA리 287-33 대 992㎡(=661.4㎡ + 330.6㎡)를 취득하였다.
• 마. 원고는 2023. 2. 12. DDD에게, 이 사건 토지를 포함한 AA리 287-33 대 992㎡, 이 사건 주택, 같은리 287-29 도로 1,579㎡ 중 16,390분의 686 지분과 같은 리 287-32 도로 393㎡ 중 8분의 2 지분(이하 위 토지들을 이 사건 건물과 함께 통칭할 경우 ‘이 사건 양도 부동산’이라 합니다)을 대금 3억 4천만 원에 모두 매도하기로 하는 매매계약을 체결하고 2023. 3. 13. DDD에게 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
• 바. 원고는 2023. 4. 7. 이 사건 양도 부동산 중 이 사건 토지에 대하여 토지의 양도소득 과세표준에 대하여 소득세법 제104조 제1항 제2호 에 따라 이 사건 주택의 2년 미만 보유에 따른 60%의 세율을 적용하는 등으로 2023년 귀속 양도소득세 53,259,690원을 신고·납부하였다. 원고는 2023. 7. 11. 피고에게 이 사건 양도 부동산 중 이 사건 주택과 CCC으로부터 토지교환으로 취득한 AA리 287-33 대 992㎡ 중 CCC으로부터 취득한 3분의 1 토지의 보유기간은 모두 2년 미만이지만 이 사건 토지의 보유기간은 2년 이상이므로 이 사건 토지의 양도소득 과세표준에 대하여는 소득세법 제104조 제1항 제1호 에 따라 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율(24%)이 적용되어야 한다고 주장하면서 경정청구를 하였다. 피고는 2023. 9. 7. 원고에게, 이 사건 주택의 보유기간이 1년 이상 2년 미만이고 이 사건 토지는 이 사건 주택에 딸린 토지에 해당하므로 이 사건 토지의 양도소득 과세표준에 대하여 소득세법 제104조 제1항 제2호 에 따른 원고에 의해 신고된 당초 세율이 적용된다는 이유로, 경정을 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 사. 원고는 2023. 10. 24. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 4. 15. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 보유기간이 다른 주택과 토지를 양도함에 있어서는 그 자산별로 따로 세율을 적용하여 산출세액을 산정하여야 한다. 이 사건 토지는 원고가 2년 이상 보유하고 있어 양도소득 과세표준에 대하여 소득세법 제104조 제1항 제1호 에 따라 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율(24%)이 적용되어야 한다. 따라서 피고가 소득세법 제104조 제1항 제2호 에 따라 이 사건 토지가 이 사건 주택에 딸린 토지로 보고 이 사건 주택의 보유기간을 기준으로 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만에 해당함을 전제로 양도소득 과세표준에 60%의 세율을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 판단

1. 관련 법령 및 법리 소득세법 제94조 는 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득으로 한다고 규정한다. 소득세법 제104조 제1항 은 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다고 규정하고, 제1호로 소득세법 제94조 제1항 제1호 ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산은 소득세법 제55조 제1항 에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)로, 제2호로 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것은 양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60], 제3호로 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것은 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 70)으로 정하고 있다. 소득세법 시행령 제167조의5 는 소득세법 제104조 제1항 제2호 에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 해당 주택이 정착된 면적에 지역별로국토의 계획 및 이용에 관한 법률제6조 제1호에 따른 도시지역 내의 토지 중수도권정비계획법제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 호에서 “수도권”이라 한다) 내의 토지 중 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 내의 토지는 3배(제1호 가목), 수도권 내의 토지 중 녹지지역 내의 토지는 5배(제1호 나목), 수도권 밖의 토지는 5배(제1호 다목)의 각 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지이고 그 밖의 지역의 토지에 대하여는 10배(제2호)의 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다고 규정한다. 한편, 소득세법에서 “주택에 부수되는 토지”란 당해 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 주거생활공간으로 인정되는 토지를 뜻하고 주거용 건물과 한 울타리 안에 있는 토지는 특별한 용도구분이 있는 등의 다른 사정이 없는 한 주택의 부수 토지라고 보아야 한다(대법원 1992. 8. 18. 선고 91누10367 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 든 증거들, 을 제 8, 9, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 토지가 소득세법제104조 제1항 제2호에서 정한 ‘주택에 딸린 토지’에 해당한다는 이유로 건물인 이 사건 주택과 별도로 보유기간을 산정하지 아니하고 이 사건 주택(이에 딸린 토지 포함)의 보유기간에 따른 세율을 양도소득 과세표준에 적용한 이 사건 처분이 위법하다고 할 수 없다. 이 사건 처분에 원고가 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 할 수 없다.

• 가) 원고는 2019. 1. 21. 이 사건 토지를 취득하고 이 사건 토지 지상에 이 사건 주택을 신축하여 2021. 6. 30. 취득(사용)하였다가 이 사건 토지가 포함된 AA리 287-33 토지 및 이 사건 주택을 2023. 3. 13. 양도하였다. 이 사건 주택이 신축된 부지 등에 해당하는 이 사건 토지는 2021년 초경 AA리 287-33 토지에 대한 개발행위허가에 따른 단독주택 부지 조성 사업에 따라 개발된 토지로서 주택부지 조성사업 결과 등에 따라 토지의 개별공시지가가 상승하였다.
• 나) 원고는 2023. 2. 12. 이 사건 토지를 포함한 AA리 287-33 대 992㎡와 이 사건 주택 등을 일체로 양도하였다.
• 다) 앞서 본 바와 같이 소득세법 시행령 제167조의5 는 ‘주택에 딸린 토지’를 해당 주택이 정착된 면적에 지역별로 각 호의 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지라고 정의하면서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조 제1호에 따른 도시지역 내의 토지가 아닌 그밖의 토지에 대하여는 해당 주택이 정착된 면적의 10배 이내라고 규정하고 있다. 이 사건 토지는 같은 법 시행령 제167조의5 제2호의 국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조 제1호에 따른 도시지역 밖의 토지에 해당한다. 이 사건 주택 면적이 등기부에 75.69㎡, 건축물대장에 78.44㎡로 기재되어 있으므로 위 조항에 따라 산정된 이 사건 주택에 딸린 토지의 범위는 그 주택 면적의 10배 이내인 756.9㎡ 또는 784.4㎡가 되며, 한편 이 사건 토지의 면적이 661.4㎡이므로 이 사건 토지는 소득세법 시행령 제167조의5 에 따라 산정된 주택에 딸린 토지의 범위 내에 있다. 이에 대해 원고는 이 사건 토지에 이 사건 양도 부동산 중 AA리 287-29 및 287-32 각 도로의 면적 164.338㎡를 더하면 위 조항이 정한 주택이 정착된 면적의 10배를 초과한다고 주장하나, AA리 287-29 및 287-32 토지는 도로로서 주택에 딸린 토지인 이 사건 토지와 용도 자체가 다르고, 이 사건 주택에만 전용으로 사용하는 도로가 아니고 다른 주택(세대)과 함께 사용하는 사도에 해당하는 것으로 보이므로 이들 도로는 위 조항에서 정한 주택에 딸린 토지로 볼 수 없다.
• 라) 이 사건 토지는 이 사건 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 그 면적, 현황 등에 비추어 소득세법 제104조 제1항 제2호 에서 말하는 ‘주택에 딸린 토지’에 해당하고, 달리 이 사건 토지가 사회통념상 이 사건 주택과 별도의 사용용도를 가진 토지라고 인정할 만한 증거가 없다.
• 마) 이 사건 토지는 소득세법 제104조 제1항 제2호 에서 말하는 주택에 딸린 토지이고 이 사건 주택의 보유기간이 1년 이상 2년 미만이므로 위 조항에 따라 양도소득세를 산정함에 있어 이 사건 토지에 대한 양도소득 과세표준에 같은 호가 정한 세율인 60%가 적용된다.
• 바) 국세청 및 기획재정부도 나대지 위에 주택을 건축하여 주택과 부수토지의 보유기간이 다르게 된 경우에 전체 토지 보유기간이 아닌 주택 부수토지로서의 보유기간을 적용하여 세율을 정하여 오고 있다.
• 사) 그 밖에도 소득세법 제104조 제1항 각 호 외의 본문은 “다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 세액으로 한다고 하면서, 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.”고 규정하고 있는데, 설령 원고 주장에 따라 이 사건 토지에 대해 소득세법 제104조 제1항 제1호 의 기본세율을 일응 적용한다고 하더라도, 이 사건 토지가 주택에 딸린 토지에 해당하는 이상 그 보유기간은 1년 이상 2년 미만으로 보게 되고, 이러한 경우 앞에서 본 바와 같이 소득세법 제104조 제1항 제2호 에 따라 60% 세율이 적용되므로, 결국 이 사건 토지에 대한 세액은 하나의 자산이 소득세법 제104조 제1항 각 호의 세율 중 둘 이상에 해당하는 경우로서 기본세율과 60% 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하게 된다(즉 이러한 경우에도 60%의 세율이 적용된 세액으로 된다).

그렇다면 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.