이 사건 토지는 비사업용토지에 해당함

사 건 2024구단10953 양도세경정처분취소 원 고 조ㅇㅇ 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결

2024. 12. 17. 판 결 선 고

2025. 1. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송 비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 피고가 2022. 5. 9. 원고에 대하여 한 양도소득세경정처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1990. 5. 1. ○○시 △△동 293-14 전 430㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하였다가 2016. 4. 29. 주식회사 A에 262,812,000원에 양도한 뒤 2016. 6. 30. 이 사건 토지의 양도와 관련하여 일반세율(35%)과 장기보유특별공제를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 20,764,340원을 신고·납부하였다.
• 나. 피고는 2022. 5. 9. 이 사건 토지가 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 에서 정하는 비사업용 토지인 농지에 해당한다는 이유로 장기보유 특별공제를 배제하고 중과세율(48%)을 적용하여 원고에 대하여 2016년 귀속 양도소득세 50,900,520원(과소신고가산세 3,032,374원, 납부불성실가산세 17,544,406원 포함)을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 12. 1. 원고의 청구를 기각하였다.
• 라. 한편 원고는 1968. 10. 20.부터 2009. 4. 28.까지 서울 B구, C구, D구, E구에서 거주하였고, 2009. 4. 28.부터 현재까지 이 사건 토지로부터 30㎞가 넘게 떨어져 있는 □□시 ●●동에서 거주하고 있다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4, 5호증, 을 제1, 2, 3, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 토지는 이 사건 토지 일원을 대상으로 한 ○○ ▲▲지구 도시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 개발계획이 수립되어 그 사업구역의 지정 및 고시가 있었던 2008. 1. 14.부터는 도시개발법 제9조 제5항 및 제9항, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제58조 제1항 제3호 에 의해 사용이 제한되었고, 그렇지 않더라도 이 사건 사업구역 내 유적 지역에 대하여 2005. 12.경 ■■■청장에 의하여 매장문화재 보존대책이 발하여진 때로부터 2017. 8.경 최종적인 보존조치가 발하여진 때까지는 구 매장문 화재 보호 및 조사에 관한 법률(2023. 8. 8. 법률 제19587호 매장유산 보호 및 조사에관한 법률로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 매장문화재법’이라 한다)에 따라 사용이 제한되었으므로, 이 사건 토지는 소득세법 제104조의3 제2항, 동법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’로서 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 에서 농지라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말하고, 구 소득세법제104조의3의 규정을 적용함에 있어 농지의 판정은 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의하되, 사실상의 현황이 분명하지 않은 경우에는 공부상의 등재 현황에 의하는바(구 소득세법 시행령 제168조의8 제1항, 제168조의7), 을 제4, 5,6호증의 각 기재에 의하면 이 사건 토지의 공부상 지목이 ‘전’인 사실을 인정할 수 있는 반면, 이 사건 토지의 사실상의 현황이 위 공부상 지목과 다르다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 이 사건 토지는 구 소득세법 제104조의3 제2항 의 예외조항에 해당하지 않는 한 같은 조 제1항 제1호 가목, 나목에 의하여 원칙적으로 비사업용 토지에 해당한다.

2. 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에서 말하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다고 할 것이고, 여기에서 ‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 하는바(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두7886 판결 등 참조),구 도시개발법 제9조 제6항 제2호, 같은 법 시행령 제16조 제3항에서는 허가를 받지않고도 할 수 있는 행위들을 규정하면서 그 제2호에서 ‘경작을 위한 토지의 형질변경’을 두고 있어 경작을 위한 형질변경과 경작행위 자체가 금지되거나 제한되는 것은 아니므로, 구 도시개발법 제9조 제5항 으로 인해 이 사건 토지가 농지 본래의 용도로 사용하는 것까지 금지 또는 제한된다고 볼 수 없다. 다만 구 도시개발법 제36조 제1항 에 의하여 환지 예정지가 지정되면 소유자와 임차권자등은 환지 예정지 지정의 효력발생일부터 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없으므로, 을 제6호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 이 사건 사업의 환지예정지 지정 효력발생일인 2014. 6. 27.부터는 이 사건 토지의 사용이 법령상 제한된다고 보아야 한다.

3. 갑 제7 내지 11, 15, 16호증(일부 가지번호 생략, 이하 같다), 을 제7, 9호증의 각 기재 내지 영상에 의하면 이 사건 사업구역 부지에 대한 지표조사 결과 2005. 12. ■■■청장이 매장문화재 보존대책통보를 한 뒤 이 사건 토지가 포함된 1지점 147,007㎡에 대하여 2009. 4. 6.부터 2009. 9. 30.까지 문화재 시굴조사가 실시된 사실, 문화재 시굴 및 발굴조사 지역 내에서 조사를 실시하는 동안에는 매장문화재가 훼손될 가능성과 안정상의 이유로 경작행위가 제한되는 사실을 인정할 수 있으므로, 2009. 4. 6.부터 2009. 9. 30.까지는 이 사건 토지의 사용이 법령상 제한되었다고 볼 수 있다. 한편 위 증거들에 의하면 2010. 11. 22.부터 2015. 12. 14.까지 위 1지점 중 22,723㎡에 대하여 정밀발굴조사가 실시된 사실, 2017. 8. 이 사건 사업구역 중 합계 17,188㎡에 대하여 현지보존 조치가 이루어진 사실을 각 인정할 수 있기는 하나, 2009. 9. 30. 이후 이 사건 토지에 대하여 정밀발굴조사가 이루어진 사실을 인정할 뚜렷한 증거가 없는 이상, 원고가 제출한 증거들만으로는 2009. 9. 30. 이후로도 법령상이 사건 토지의 사용이 제한되었다는 점이 입증되었다고 보기 어렵다. 원고는 ■■■청장이 매장문화재 보존대책통보를 한 2005. 12.경부터 이 사건 토지가 포함된 1지점과 관련한 최초 부분완료조치가 이루어진 2014. 5. 1.까지의 기간 전부에 대하여 법령상 사용제한의 효력이 유지되는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 구 매장문화재법 제4조, 제8조, 제9조, 제10조의 규정 취지에 비추어 볼 때 건설공사 시행자의 개발사업이나 허가 없는 조사·발굴 행위를 제한하는 것일 뿐 실제 발굴조사가 이루어지지 않는 농지의 경작행위까지 제한된다고 보기는 어렵다.

4. 결국 이 사건 각 토지의 사용이 법령상 제한되지 않은 기간이 양도일 직전 5년 중 2011. 4. 29.부터 2014. 6. 26.까지로 2년을 초과하고, 직전 3년 중 2013. 4. 29.부터 2014. 6. 26.까지로 1년을 초과하며, 소유기간 약 26년 중 1990. 5. 1.부터 2009. 4. 5.까지, 2009. 10. 1.부터 2014. 6. 26.까지 23년 이상으로 40%를 초과하는 것이 계산상 분명하므로, 이 사건 각 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 의 기간기준을충족하여 비사업용 토지에 해당하고, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.