고용의사로 근무하는 자를 공동사업자로 본 당초처분은 부적법함

사 건 2023구합76588 종합소득세부과처분취소 원 고 HHH 피 고 A세무서장 원 심 판 결 2025.4.24 판 결 선 고 2025.6.19

1. 피고가 2022. 11. 1. 원고에게 한 별지 1 목록 기재 각 종합소득세 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 캐나다 국적 외국인으로 국내에서 치과의사자격을 취득하여 A시 A구 A로 소재 ‘Z치과’ 병원(이하 ‘이 사건 병원’라고 한다)에서 근무하면서 2012. 10. 1. 이후 이 사건 병원에서 지급받은 금액을 근로소득으로 신고·납부하였다.
• 나. 1) B세무서장은 2022. 5. 26.부터 2022. 8. 5.까지 원고에 대한 종합소득세 조사를 실시한 결과, 원고가 이 사건 병원의 대표자인 이씨와 공동사업자의 지위에 있었음에도 이씨와 허위의 근로계약을 체결하고, 이 사건 병원에서 지급받은 금액을 근로소득으로 신고함으로써 종합소득세를 과소하게 신고·납부한 것으로 보아 피고에게 관련 과세자료를 통보하였다.

2. 피고는 2022. 11. 1. 원고에게 2012년 귀속분부터 2020년 귀속분까지 원고의 종합소득세 합계 431,459,260원을 경정·고지하였다(이하 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다). 귀속연도 본세 가산세(원) 합계(원) 2012 28,067,220 과소신고(부당) 8,827,324 납부불성실 26,403,683 63,298,220 2013 37,585,180 과소신고(부당) 35,337,678 납부불성실 31,241,932 104,164,790 2014 29,085,410 과소신고(부당) 27,898,777 납부불성실 20,991,816 77,976,000 2015 33,509,380 과소신고(부당) 13,403,754 납부불성실 20,505,396 67,418,530 2016 29,737,000 과소신고(부당) 11,894,800 납부불성실 14,940,760 56,572,560 2017 20,610,000 과소신고(부당) 8,244,000 납부불성실 8,098,286 36,952,280 2018 2,260,000 과소신고(부당) 904,000 납부불성실 806,142 3,970,140 2019 7,217,400 과소신고(부당) 2,886,962 납부불성실 1,323,526 11,427,880 2020 6,421,920 과소신고(부당) 2,568,768 납부불성실 688,172 9,678,860 합계 431,459,260

• 다. 원고는 2023. 1. 16. 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 9. 12. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 제2호증의1, 2, 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 2 기재와 같다.

아래와 같은 이유에서 이 사건 각 처분은 위법하다.

• 가. 이 사건 병원의 2012. 9.경 당시 대표였던 이씨는 동업을 하고 있던 정A와 동업계약을 해지하기로 한 후 원고에게 동업을 제안하였고, 원고는 이씨와 동업으로 이 사건 병원을 운영하기로 하였다. 그러나 원고는 한국 국적이 아니어서 금융기관에서 대출을 받을 수 없어 동업계약에 따른 출자의무를 이행할 수 없었고, 이에 원고와 이씨는 동업계약을 무효로 하기로 하였으며, 이후 원고는 이 사건 병원에서 봉직의로 근무하였다.
• 나. 원고가 사업소득을 외국인근로자에 대한 과세특례를 적용하여 근로소득으로 신고·납부하였다고 하더라도 이는 세법의 무지나 착오에 의한 것이므로 원고에 대한 소득세의 부과제척기간은 5년이 적용되어야 한다. 그럼에도 피고는 원고가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 소득세를 포탈하였다고 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 2012년부터 본세 및 부당과소신고, 납부불성실 가산세를 적용하였다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 인정사실

1. 원고와 이씨가 2012. 10. 1. 작성한 ‘Z 치과 의원에 대한 공동계약서’(이하 ‘동업계약서’라고 한다)의 주요 내용은 아래와 같다. 제3조 자본금 기존 건물을 담보로 얻은 4억 6,000만 원과 갑(이씨, 이하 같다)의 신용대출로 받은 2억 8,000만 원, 갑의 장인어른에게 빌린 1억 2,000만 원은 갑과 을(원고, 이하 같다)의 공동 빚으로 하며 수익금에서 매월 일정부분 상환하는 것으로 한다. 제4조 지분 갑과 을의 지분은 각각 50%로 한다. 제8조 수익금 및 지출 수익금이란 Z 치과 병원을 운영하며 생긴 보든 이익과 수익금 및 의료보험공단에서 지불하는 모든 수입 포함을 말하며, 보험수입금 전액을 세금 및 병원발전기금으로 적립한다. 지출은 의료사고 발생시 배상, 병원세금, 병원 확장 등으로 이용할 수 있으며, 갑, 을에게 통보한다. 단, 갑, 을의 사적인 용무로 이용할 수 없다. 제9조 회계 및 배분 월 회계결산은 갑이 하고 결산 후 을에게 보고한다. 수익금 지불 이외에는 갑과 을이 병원 수익금에 관여할 수 없다. 수익금의 배분은 갑과 을에게 각 50%씩 지불하며 월 회계결산 후 각 익월 5일에 지불한다. 회계는 각 달의 마지막 날에 한다. 제15조 공동 개원 계약 파기자 계약을 위반하며 파기시킨 자는 투자금 4억 원을 기준으로 1억 원의 위자료를 지불한다. 위자료 지불을 뺀 나머지 3억 원 중 1회 2억 원을 계약 해지일로부터 1개월 안으로 지불하며 나머지 1억 원은 1회 1,000만 원씩 10개월 안에 지불한다. 계약을 파기한 자는 투자금 4억 원 중 3억 원만 받고 나가며 병원 지분 및 건물 소유분은 남아있는 자가 가진다. 단, 사고 및 어쩔 수 없이 계약을 파기해야 하는 경우 갑, 을이 동의하는 경우는 위자료를 지불하지 않는다. 지불방법은 1회 4억 원을 계약 해지일로부터 1개월 안으로 지불하며 나머지 1억 원은 월 1,000만 원씩 10개월 안에 지불한다. 병원의 임대지분은 나머지 남아있는 사람이 소유하며 그에 따른 이전비용 등 세금은 병원에서 지불한다.

2. 원고가 원고의 전 배우자인 김A을 상대로 명의신탁해지를 원인으로 한 소유권 이전등기절차의 이행을 구하는 소송(수원지방법원 2020가단540802, 이하 ‘관련 소송’이라고 한다)에서 인정된 사실관계는 아래와 같다. O 원고(원고)와 피고(원고의 전 배우자)는 1998. 8. 29. 혼인신고를 마친 부부 사이이다. O 이씨, 김B, 정A, 변씨은 2002. 4. 30. A시 A구 A로 소재 001호 294.44㎡ 및 002호 91.48㎡ 중 각 1/4 지분에 관하여 소유권이전등기를 마치고, 김C와 함께 위 각 호실과 서울 BB구 소재 건물 등에서 치과병원을 네트워크 형식으로 운영하였다. O 위 002호는 2005. 1. 28. 위 001호에 합병되었고(이하 합병된 후의 001호를 ‘이 사건 001호’라고 한다), 이씨, 김B, 정A는 같은 날 각 그 배우자인 최씨, 정B, 임씨에게 이 사건 001호 중 1/4 지분에 관하여 2005. 1. 1. 증여를 원인으로 한 지분 이전등기를 마쳐 주었다. O 이씨, 김B, 정A, 변씨, 김C는 2005. 11. 1. 병원을 추가로 신설하여 사업을 확장하기로 하면서 원고를 동업자로 영입하였고, 원고는 출자금 5억 원을 납입하고 위 동업관계에 참여하였다. O 변씨은 위 동업관계에서 탈퇴하면서 2008. 1. 2. 이씨의 배우자인 최씨에게 이 사건 001호 중 1/4 지분을 매도하고 2008. 1. 4. 지분이전등기를 마쳐주었다. O 원고와 이씨 외 4인 사이의 동업관계는 탈퇴 등의 사유로 변동되어 오다가, 2012. 10. 1.부터 원고와 이씨 둘이서 이 사건 001호에서 Z치과 병원을 운영하고 있다. O 한편, 피고는 2012. 8. 30. 이 사건 001호 중 1/2 지분에 관하여 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤는데, 이 사건 001호에서 A시 A구 A로 소재 002호 부동산이 공유물분할되어 2020. 7. 1. 피고의 단독 소유로 되었다. O 피고는 이후 이씨와 사이에 위 지분 내지 위 002호에 관한 임대차계약을 체결하고 차임을 지급받아 왔다.

3. 이씨는 관련 소송에서 아래와 같은 내용이 포함된 사실확인서를 제출하였다. 저는 HHH 원장(원고)과 동업으로 치과를 운영하고 있는 이씨입니다. 저와 H원장은 2012년도부터 지금 소송에서 문제되고 있는 상가에서 치과를 동업하였는데, 상가 부동산을 저의 배우자 최씨와 H원장의 배우자 김A의 공동명의로 등기해놓고 동업을 파기할 때 탈퇴하는 쪽의 지분을 남는 사람이 모두 갖기로 계약하였습니다.

4. 최씨와 김A이 2020. 7. 10. 작성한 동업해지계약서에는 공동지분이었던 이 사건 병원 건물을 분할하여 등기하기로 합의하였다는 내용이 기재되어 있다.

5. 원고와 이씨 사이에 작성된 2015. 1. 2.자 ‘고용계약확정서’의 내용은 아래와 같다. O 고용기간: 2015. 1. 2.부터 O 취업장소: 이 사건 병원 O 취업시간: 오전 10 시부터 오후 7 시까지 O 휴일: 상호협의 O 임금: 차인지급액 15,000,000 원(4 대 보험, 근로소득세는 총 월급에 포함) O 수당: 인센티브는 월 병원 매출에 따라 상호협의하에 지급함 O 입금지급: 매월 1 일, 전월 급여 지급 O 기타: 1 년 계약직으로 하며 상호 합의하에 매년 자동연장하기로 한다. 퇴직금은 Z치과에서 퇴직적립금으로 모아두고 향후 완전 퇴사시 일시불로 지급하기로 한다.

6. 원고는 이 사건 병원에서 근무하는 직원들과 거래처 대표 명의로 작성된 확인서를 제출하였다. 위 각 확인서에는 이 사건 병원의 대표는 이씨가고, 원고는 월급의사로 진료에만 참여하였다는 내용이 기재되어 있다.

7. 이씨와 원고에게 급여 명목으로 지급되는 금액은 매월 1~5일 사이에 출금되었고，일반 직원들에게 급여 명목으로 지급되는 금액은 매월 23~25일 사이에 출금되었다.

8. 이 사건 병원의 연도별 매출액 및 원고의 급여액은 아래와 같다. 귀속연도 상호 매출액(원) 원고의 급여(원) 2012 Z치과 633,580,230 (2012.9.11.~2012.12.31.) 77,000,000 (2012.9.11.~2012.12.31.) 2013 1,886,839,130 298,582,420 2014 1,660,537,749 235,000,000 2015 1,560,994,819 226,156,280 2016 1,484,319,430 240,700,000 2017 1,340,289,040 218,000,000 2018 1,184,886,771 115,500,000 2019 1,326,255,620 187,158,500 2020 1,147,506,330 144,203,000 2021 1,058,212,870 83,700,000

9. 2022. 3. 31.자 퇴직소득원천징수영수증에 의하면 원고의 퇴직소득은 120,000,000원이고, 원천징수되는 퇴직소득세와 지방소득세의 합계는 9,302,700원이다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의1, 2, 을 제1 내지 5호증, 제6호증의1 내지 8, 제7호증, 제8호증의1 내지 9의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 나. 구체적 판단

1. 종합소득세과세처분 취소소송에서 과세요건사실의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명할 책임을 부담한다. 한편, 어떤 사업이 단독사업인지 공동사업인지 여부를 구별하기 위하여는, 계약서의 형식이 동업계약 혹은 조합계약의 형태를 취하고 있는지 여부뿐만 아니라 당사자 사이에 개별적인 출자 여부, 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정의 유무, 공동사업에 필요한 재산에 대하여 합유적 귀속 유무, 사업운영에 내부적인 공동관여 유무, 사업의 대외적인 활동 주체와 형식 등 구체적·실질적 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

2. 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 증인 이씨의 증언을 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 병원의 공동사업자에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.

• 가) 원고와 이씨가 2012. 10. 1. 작성한 공동계약서에 원고와 이씨가 각 지분을 50%로 하여 이 사건 병원을 공동으로 운영하기로 한다는 기재가 있고, 이씨는 관련 소송에서 원고와 동업으로 이 사건 병원을 운영하고 있다는 내용의 사실확인서를 작성, 제출하였다. 그러나 이씨는 이 법원에 증인으로 출석하여 ‘외국인인 원고의 대출 편의를 위하여 원고와 동업계약서를 작성하였으나 원고가 대출을 받지 못하여 동업계약은 파기된 것으로 알고 있었고, 이후 원고는 이 사건 병원에서 봉직의로서 월급을 받으며 근무를 하였으며, 원고에게 기본급에 인센티브를 주기로 하는 계약을 하였다. 동업계약이 파기된 것으로 알고 있었기 때문에 동업계약서를 갖고 있지 않다. 원고가 파기된 동업계약서를 관련 소송에서 사용하였다는 것을 알고 다투었다. 원고가 같은 치과에서 일을 하고 있으나 운영 주체는 자신이라는 첫 문구가 눈에 띄었고, 관련 소송 과정에서 고통을 겪는 것을 보았기 때문에 상가 건물이 원고에게 넘어가는 것이 자신의 이익에 부합된다고 생각해서 사실확인서를 써 준 것이다.’라는 등의 진술을 하였다. 이씨는 이법정에서 원고와 동업계약서를 작성한 경위, 동업계약서 작성 이후 동업계약의 실제 이행 여부, 동업계약서에도 불구하고 원고가 봉직의로 근무한 경위, 원고가 이 사건 병원에서 근무를 중단한 경위, 관련 소송에 제출된 사실확인서의 작성 경위 등을 일관되고 구체적으로 진술하였고, 여기에 이씨의 증언 태도, 원고와 이씨의 관계 등을 종합하면 이씨의 진술은 충분히 믿을 수 있다.
• 나) 관련 소송 판결문에 원고는 출자금 5억 원을 납입하고 이씨 외 4인과의 동업관계에 참여하였다는 기재가 있다. 그러나 이 부분 사실인정은 관련 소송에서 쟁점이 된 사항에 관한 것이 아니고, 원고가 출자금 5억 원을 납입하였다고 인정할 자료도 없으므로, 이 사건에서 위 사실인정을 그대로 채택하기는 어렵다.
• 다) 동업계약서 제15조에 ‘계약을 위반하며 파기시킨 자는 투자금 4억 원을 기준으로 1억 원의 위자료를 지불한다.’, ‘계약을 파기한 자는 투자금 4억 원 중 3억 원만 받고 나가며 병원지분 및 건물 소유분은 남아있는 자가 가진다.’라는 내용이 포함되어 있다. 그러나 원고의 주장에 의하면 원고가 동업계약에 따른 출자의무를 이행하지 못하였음에도 원고와 이씨 사이에 동업계약서 제15조에 따른 정산을 거친 사실이 없다.
• 라) 원고는 이씨으로부터 2021. 8. 30. 10,000,000원, 2022. 3. 8. 50,000,000원, 2022. 3. 10. 50,000,000원 합계 110,000,000원을 지급받았다. 2022. 3. 31.자 퇴직소득원천징수영수증에 의하면 원고의 퇴직소득이 120,000,000원이고, 원천징수되는 퇴직소득세와 지방소득세의 합계가 9,302,700원이므로, 원고가 지급받은 110,000,000원은 퇴직금 명목으로 볼 여지가 상당하다.
• 마) 원고가 김A의 명의로 2012. 8. 30. 이 사건 병원 건물의 지분 1/2을 취득한 사실, 원고에 대한 급여 지급일과 일반 직원들에 대한 급여 지급일이 다른 사실, 원고에게 지급된 급여가 일정하지 않은 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 이씨가 정A와의 기존 동업계약 정산 및 원고와의 동업계약 체결을 위하여 원고에게 이 사건 병원 건물의 지분 1/2 취득을 권유하였으나 원고가 금융기관에서 대출을 받지 못하여 동업계약이 파기되었다는 이씨의 진술, 매월 1일 급여를 지급하고 기본급 15,000,000원에 병원 매출액에 따라 수당을 지급하기로 약정한 고용계약에 따라 급여액의 변동이 발생하였을 가능성을 배제할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 사정만으로 원고가 근로자가 아닌 이 사건 병원의 공동사업자에 해당한다고 단정할 수는 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한