실물거래 없는 가공계산서인지 여부

사 건 2023구합75127 종합소득세등부과처분취소 원 고 aaa 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 3. 27. 판 결 선 고

2025. 4. 17.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 8. 1. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 17,223,200원, 2018년 귀속 종합소득세 73,313,520원, 2017년 2기 부가가치세 6,769,420원, 2018년 1기 부가가치세 6,883,260원, 2018년 2기 부가가치세 6,656,710원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2016. 2. 20. ○○시 ○○구 ○○로○○번길 ○○ 지상 건물에서 ‘○○양곱창’(이하 ‘이 사건 사업장’이라고 한다)이라는 상호로 음식점업을 운영하기 시작하여 2022. 8. 12. 폐업한 사업자이다.
• 나. 원고는 2017년 1기부터 2018년 2기 부가가치세 과세기간까지(이하 ‘이 사건 과세기간’이라고 한다) 주식회사 bbb(이하 ‘bbb’라고 한다)로부터 아래 표와 같이 공급가액 154,442,851원의 계산서 14매(이하 ‘이 사건 계산서’라고 한다)를 수취하여 부가가치세 신고를 하면서 이를 의제매입세액으로 공제하고, 종합소득세 신고를 하면서 이를 필요경비로 계상하였다.
• 다. □□세무서장은 2021. 8. 26.부터 2021. 12. 14.까지 bbb에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 bbb를 자료상으로 적발하고, 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 라. 피고는 2022. 5. 26.부터 2022. 6. 22.까지 원고에 대한 개인통합조사를 실시하여 원고가 이 사건 과세기간 동안 bbb로부터 수취한 이 사건 계산서 154,442,851원을 가공 계산서로 보고, 필요경비로서 적격의 증빙이 없는 37,691,270원을 필요경비로 인정하지 않기로 하여 2022. 8. 1. 원고에게 아래와 같이 부가가치세와 종합소득세를 각 경정․고지(이하 합하여 ’이 사건 처분‘이라고 한다)하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022. 12. 16. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 8. 10. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 5, 제2호증, 을 제1호증, 제2호증의 1, 2, 3, 제3호증의 1, 2, 3, 제4호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지]

별지 1 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 계산서는 실물거래가 없는 가공 계산서가 아니라, 원고가 운영하던 ’○○양곱창‘ 상호를 사용하는 전국의 각 식당에 독점적으로 축산물을 공급하던 주식회사 ccc(이하 ’ccc‘라고 한다)의 대표자 ddd이 공급처가 발행한 계산서라고하여 이를 믿고 이 사건 계산서를 수취한 것으로 원고는 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였고, 설령 이와 달리 보더라도 원고가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우이므로 가산세는 면제되어야 한다. 원고는 2017년 2기 부가가치세와 2017년 귀속 종합소득세 전부, 2018년 귀속 종합소득세 중 필요경비 부인에 대하여는 이를 다투지 않으나, 2018년 1기 부가가치세와 2018년 2기 부가가치세, 2018년 귀속 종합소득세 중 이 사건 계산서와 관련하여 부과된 부분은 위법하다고 다툰다.
• 나. 인정사실

1. □□세무서장이 2021. 8. 26.부터 2021. 12. 14.까지 bbb에 대한 법인세 통합조사를 실시하고 작성한 조사종결보고서의 주요 내용은 아래와 같다.

2. 원고가 2018년 1기와 2018년 2기에 ccc 또는 ddd에게 입금한 내역과 ccc 및 bbb가 매입한 금액을 정리한 내역은 별지 2의 표 1, 2 기재와 같다.

3. 이 사건 사업장에 대한 부가가치율은 아래와 같다.

4. 원고는 2016년 2기 과세기간에 거래처 주식회사 eee(이하 ’eee‘라고 한다)로부터 수취한 계산서 50,001,000원이 가공거래라는 이유로 매입액 공제가 부인된 적이 있고, eee와 bbb의 사업장 소재지 등은 아래 표 기재와 같다.

5. 원고가 2016년경부터 2020년경까지 수취한 계산서를 거래처별로 정리한 내역은 아래 표 기재와 같다.

6. 원고는 조세심판과정에서 ccc의 대표자 ddd의 금전차용증서(채무자 ddd, 채권자 원고, 금액 13,500,000원, 차용일 2019. 10. 7., 상환일 2021. 10. 7., 이자율 연 3%) 등을 제출하였다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 제4호증의 1, 2, 제5호증의 1, 2, 제8호증의 1, 2, 제10호증의 1, 2, 3, 을 제1호증, 제5호증, 제6호증의 1, 2, 제7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지]

• 다. 본세 부분에 관한 판단 1) 부가가치세법 제42조 제1항 에 의하면 사업자가 제26조 제1항 제1호 또는 제27조 제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 면세농산물 등을 원재료로 하여 제조․가공한 재화 등의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우에는 면세농산물 등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 면세농산물 등의 가액에 일정한 공제율을 곱하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다. 부가가치세법 시행령 제84조 제5항 에 의하면 사업자가 의제매입세액을 공제받으려면 관할 세무서장에게 의제매입세액 공제신고서와소득세법제163조 또는법인세법제121조에 따른 매입처별 계산서합계표 등을 제출하여야 한다. 부가가치세법이 규정한 의제매입세액 공제는 과세사업자가 면세사업자로부터 원재료를 구입하여 제조ㆍ가공한 재화 등의 공급에 과세되는 경우, 즉 면세가 중간 단계에 설정된 경우 법령이 규정한 계산방식에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있게 하여 면세 단계의 면세 효과가 최종소비자까지 유지될 수 있도록 하려는 데에 있다.

2. 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면 이 사건 계산서는 가공 계산서라고 판단되므로, 원고가 처분의 적법 여부를 다투고 있는 2018년 1기 부가가치세와 2018년 2기 부가가치세, 2018년 귀속 종합소득세 중 이 사건 계산서 관련 본세 부분에 원고가 주장하는 위법사유가 없다.

• 가) □□세무서장이 실시한 법인세 통합조사 결과 bbb는 2016. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지의 과세기간 동안 매출계산서 합계 391억 원 중 99.8%인 390억 원이 가공 매출계산서를 발행한 자료상으로 조사되었다. bbb의 대표자 이○○은 위 조사 당시 전체 매출을 가공거래로 시인하였고, □□세무서장은 bbb의 매출처인 원고에게도 소명을 요구하였으나 원고는 이에 대하여 회신하지 않았다.
• 나) 원고가 ccc 또는 ddd에게 입금한 내역 중 bbb로부터 수취한 계산서와 일자 및 금액 등이 일치하는 금융거래내역이 존재하지 않는다. 원고는 이에 대하여 선금을 지급하고 물건을 받으면 선금에서 공제하는 방식으로 거래하였기 때문이라고 진술하고 있으나, 계산서 내역을 그대로 기재한 것에 불과한 매입장 내역 외에 선금 지급과 입고 내역에 따른 공제내역을 확인할 수 있는 실거래 장부 등 이를 뒷받침 할 만한 자료가 없고, 원고가 2018년 1기와 2018년 2기의 과세기간 동안 ccc 또는 ddd에게 입금한 금액의 합계가 위 과세기간 동안 ccc 및 bbb로부터 매입한 금액의 합계액에 미치지 못한다.
• 다) bbb로부터 수취한 계산서를 실물거래로 보아야 정상적인 부가가치율이 산정된다는 등의 사정도 찾아볼 수 없다. 오히려 2017년 2기부터 2018년 2기까지의 과세기간 동안 이 사건 사업장의 부가가치율은 17~33%이고, 원고가 bbb로부터 수취한 이 사건 계산서 상당의 매입금액을 제외하면 46~52% 정도가 되는데, 이는 2019년 1기부터 2020년 1기까지의 과세기간의 부가가치율 49~55%에 근접한 수치이다(원고는 과세기간 동안 방송 등 영향으로 매출이 증가하여 발생한 부가가치율의 변화라고 설명하고 있으나, 매출 증가가 그대로 식자재 매입 증가로 이어지는 음식점 업종의 특성 및 구조상 이를 그대로 신뢰하기 어렵고, 달리 원고 주장을 뒷받침할 만한 실거래 장부 등 자료가 제출되어 있지 않다).
• 라) 원고는 ’○○양곱창‘ 상호를 사용하는 전국의 각 식당에 독점적으로 축산물을 공급하던 회사의 대표자 ddd이 도매업체라고 하여 ddd을 믿고 거래하였다고 주장한다. 원고는 이전에도 eee로부터 수취한 2016년 2기 계산서 50,001,000원이 가공거래라는 이유로 의제매입세액 공제가 부인되었던 적이 있고, eee와 bbb는 동일한 장소를 사업장 소재지로 하고 있는 업체이다. 그럼에도 원고가 ccc와 bbb와의 관계, bbb의 대표자나 담당 직원, 거래 전ㆍ후로 bbb가 축산물을 판매하기 위한 기본적인 물적 시설을 갖추고 있는지 여부 등을 확인하는 노력을 기울였다고 볼 자료가 없다.
• 라. 가산세 부분에 관한 판단 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하되, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조). 이 사건 계산서는 가공거래에 기한 것이라고 판단되므로 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 원고가 처분의 적법 여부를 다투고 있는 2018년 1기 부가가치세와 2018년 2기 부가가치세, 2018년 귀속 종합소득세 중 이 사건 계산서 관련 가산세 부분에 원고가 주장하는 위법사유가 없다.
• 마. 소결론 따라서 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 별지 1 관계 법령 ■ 부가가치세법 제26조 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품[식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과임산물로서 대통령령으로 정하는 것 제27조 (재화의 수입에 대한 면세) 다음 각 호에 해당하는 재화의 수입에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 1. 가공되지 아니한 식료품(식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물 및 임산물을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것 제42조 (면세농산물등 의제매입세액 공제특례)

① 사업자가 제26조 제1항 제1호 또는 제27조 제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(제28조에 따라 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외한다)에는 면세농산물등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 면세농산물등의 가액(대통령령으로 정하는 금액을 한도로 한다)에 다음 표의 구분에 따른 율을 곱하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항을 적용받으려는 사업자는 제48조 및 제49조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다2).

③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 면세농산물의 범위 등 면세농산물 등의 의제매입세액공제액 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ■ 부가가치세법 시행령 제84조 (의제매입세액 계산)

⑤ 법 제42조 제1항에 따라 매입세액을 공제받으려는 사업자는 기획재정부령으로 정하는 의제매입세액 공제신고서와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, 제조업을 경영하는 사업자가 농어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만제출한다. 1.소득세법제163조 또는법인세법제121조에 따른 매입처별 계산서합계표 ■ 소득세법 제163조 (계산서의 작성ㆍ발급 등)

② 부가가치세법제26조 제1항 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물ㆍ임산물의 위탁판매의 경우나 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자 또는 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서 등을 작성하여 해당 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서 등을 발급하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 사업자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출ㆍ매입처별 합계표(이하 "매출ㆍ매입처별 계산서합계표"라 한다)를 대통령령으로 정하는 기한까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계산서의 합계표는 제출하지 아니할 수 있다. ■ 소득세법 시행령 제55조 (사업소득의 필요경비의 계산)

① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다. 1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련한 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다). 끝.