납세의무자의 신고행위에 하자가 존재하더라도 그 하자가 중대하고 명백하지 않은 한 당연무효라 볼 수 없음

사 건 2023구합74384 부가가치세등부과처분취소 원 고 정씨 피 고 SS세무서장, AA세무서장 변 론 종 결 2025.6.26. 판 결 선 고 2025.9.18.

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 각 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고들이 원고에게 한 별지1 기재 각 부가가치세 및 종합소득세 부과처분은 무효임을 확인한다.

• 가. 원고는 그 소유의 SS시 JJ로 소재 건물 501호, 601호(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)에서 상호를 GG, 개업일을 2003. 12. 1.로 하여 서비스업(대중탕)에 대한 사업자등록을 마치고 그 무렵부터 서비스업(대중탕) 및 이용원, 피부관리실의 부동산 임대업을 영위하다가(이하 ‘이 사건 사업장’이라고 한다), 2014. 9. 19. 서비스업(대중탕)을, 2018. 2. 20. 부동산 임대업을 각 폐업하였다.
• 나. 별지1 기재와 같이 피고 SS세무서장은 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제48조 제1항, 제3항에 따른 부가가치세 예정ㆍ무납부고지(이하 ‘이 사건 각 부가가치세 고지’라고 한다)를, 피고 AA세무서장은 소득세법 제80조 제1항, 제3항에 따른 종합소득세 무신고 결정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 종합소득세 고지’라고 한다)를 각 하였다(이하 위 각 고지를 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).
• 다. 원고는 이에 불복하여 2023. 1. 1. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 8. 17. 위 심판청구가 각 고지서 송달일로부터 90일이 경과한 이후 제기되었다는 이유로 이를 각하하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 16호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지2 기재와 같다.

원고는 2014. 6. 5. 이 사건 부동산 및 사업장을 양도하여 그 후로는 이 사건 부동산에 관한 임대업을 실제로 영위하지 않아 임대차계약 및 그에 따른 매출ㆍ소득이 없었다. 그럼에도 피고들은 원고가 거래하는 세무사의 신고내용만을 근거로 원고에게 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이는 실제과세원칙, 조세평등원칙을 위반한 것으로서 이 사건 각 처분에는 중대ㆍ명백한 하자가 있다. 따라서 원고는 이 사건 각 처분의 무효확인을 구한다.

4. 피고들의 본안 전 항변에 관한 판단

• 가. 본안 전 항변의 요지

1. 피고 SS세무서장 피고 SS세무서장이 원고에게 한 이 사건 각 부가가치세 고지는 원고가 신고한 내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지하였던 것으로서, 이는 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분이다. 그리고 2015년 2기분 부가가치세, 2016년 1기 부가가치세의 가산세 부분(2015년 2기분 18,771원, 2016년 1기분 20,596원)은 신고ㆍ납세의무 위반에 대한 행정상 제재이다. 따라서 위 각 고지는 과세처분이라고 볼 수 없으므로, 그에 대한 무효확인 청구는 부적법하다.

2. 피고들 원고는 이 사건 각 처분의 고지서를 송달받은 날로부터 90일이 지난 뒤에 조세심판청구를 제기하였던바, 이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 않은 것으로서 부적법하다.

• 나. 피고 SS세무서장의 본안 전 항변에 관한 판단

1. 신고납세방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고함으로써 납세의무가 구체적으로 확정된다. 따라서 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 신고한 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 것은 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수는 없다(대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두8180 판결 등 참조). 다만, 사업자가 부가가치세의 납부세액신고를 하였으나 그 납부세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 이에 대하여 납부불성실 가산세액을 합하여 납세고지를 하는 처분을 하였다면 이는 사업자의 신고에 의하여 확정된 부가가치세액의 납부를 명하는 징수처분과 그 가산세의 부과 및 징수처분이 혼합된 처분으로 항고소송의 대상이 된다 할 것이고(대법원 1992. 4. 28. 선고 91누13113 판결 등 참조), 확정된 세액의 납부를 명하는 징수처분 자체에 고유한 하자가 있거나, 납세의무를 확정시킨 신고행위 등에 하자가 있고 그것이 당연무효 사유에 해당한다면, 징수처분의 효력을 다툴 수 있다고 할 것이므로(대법원 2006. 9. 8. 선고 2005두14394 판결, 대법원 2012. 1. 26. 선고 2009두14439 판결 취지 등 참조), 징수처분이라고 하여 일률적으로 항고소송의 대상이 될 수 없다고 볼 것은 아니다.

2. 살피건대, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 각 고지에 관하여 과세대상인 거래가 없다고 주장하는바, 이는 그에 관한 신고에도 당연무효사유에 해당하는 하자가 있다는 취지로 보이는 점, ② 2015년 2기, 2016년 1기 부가가치세 고지는 당초 원고가 신고한 세액에 납부지연으로 인한 가산세액을 합하여 고지가 이루어진 것으로서, 원고의 신고에 의하여 확정된 부가가치세액의 납부를 명하는 징수처분과 그 가산세의 부과 징수처분이 혼합된 처분으로서의 성질을 갖는다고 보이는 점 등을 종합해 보면, 원고는 이 사건 각 부가가치세 고지에 관한 하자를 다툴 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 피고 SS세무서장의 이 부분 본안 전 항변은 이유 없다.

• 다. 피고들의 본안 전 항변에 관한 판단 살피건대, 원고가 2024. 12. 12. 제2차 변론기일에서 2024. 10. 12.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 진술하여 이 사건 각 고지의 무효확인을 구하는 것으로 청구취지를 변경하였음은 기록상 분명하고, 행정소송법 제38조 제1항 은 무효 등 확인소송에 관하여 행정심판 전치주의에 관한 같은 법 제18조를 준용하지 않는바, 피고가 주장한 행정심판 전치주의는 불복하는 처분의 취소 또는 부작위위법확인의 소를 제기하는 경우에만 적용될 뿐, 무효확인의 소에 대하여는 적용되지 않으므로, 이와 다른 전제에 있는 피고들의 이 부분 본안 전 항변은 이유 없다.

• 가. 이 사건 각 처분의 무효 여부에 관한 판단

1. 관련 법리

• 가) 민사소송법이 준용되는 행정소송에서 증명책임은 원칙적으로 민사소송의 일반원칙에 따라 당사자 사이에 분배된다. 항고소송은 그 특성에 따라 해당 처분의 적법성을 주장하는 피고에게 적법사유에 대한 증명책임이 있으나, 예외적으로 행정처분의 당연무효를 주장하여 무효의 확인을 구하는 행정소송에서는 원고에게 행정처분이 무효인 사유를 주장ㆍ증명할 책임이 있다(대법원 1992. 3. 10. 선고 91누6030 판결, 대법원 2023. 6. 29. 선고 2020두46073 판결 등 참조).
• 나) 신고납세방식을 채택하고 있는 부가가치세, 종합소득세에 있어 과세관청이 납세의무자의 신고에 의하여 납세의무가 확정된 것으로 보고 그 이행을 명하는 징수처분으로 나아간 경우, 납세의무자의 신고행위에 하자가 존재하더라도 그 하자가 당연무효 사유에 해당하지 않는 한 그 하자가 후행처분인 징수처분에 그대로 승계되지는 않는 것이고, 납세의무자의 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지 여부는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2006. 9. 8. 선고 2005두14394 판결 취지 등 참조). 일반적으로 과세대상이 되는 법률관계나 소득 또는 행위 등의 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이지만 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조).

2. 인정사실 앞서 든 증거들, 갑 제1, 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

• 가) 원고는 2014. 6. 5. 권씨와 사이에 원고가 권씨에게 이 사건 부동산 및 사업장을 양도하고, 권씨가 2014. 6. 5.부터 이 사건 사업장을 운영하되 2014. 6. 16.까지 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마치며 2014. 6. 10.까지 이 사건 부동산에 관한 담보대출금 채무 1,560,000,000원을 인수하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다.
• 나) 이씨는 2014. 9. 19.을 개업일로 하여 사업자등록을 마치고 이 사건 사업장(대중탕)을 운영하다가 2016. 5. 12. 폐업신고를 하였다.
• 다) 원고는 세무 대리인을 통하여 2014. 7. 25. 과세표준의 업태ㆍ종목을 ① 업태: 부동산업, 종목: 비주거용 건물임대업(점포, 자기땅), ② 업태: 협회 및 단체, 수리, 종목: 개인서비스업ㆍ욕탕업으로 하여 2014년 1기 부가가치세 확정신고를 하였고(과세표준 금액 138,696,490원), 2014. 9. 19. 서비스업(대중탕)을 폐업한 뒤에는 과세표준의 업태ㆍ종목을 업태: 부동산업, 종목: 비주거용 건물임대업(점포, 자기땅)으로만 하여 2014년 2기(과세표준 금액 20,730,958원), 2015년 1기(과세표준 금액 30,719,041원)ㆍ2기(과세표준 금액 30,630,136원), 2016년 1기(과세표준금액 30,447,540원) 부가가치세 확정신고를 하였으며, 2015년 1기ㆍ2기, 2016년 1기 과세기간 중 GG사우나에게 이 사건 부동산을 보증금 50,000,000원, 월 임대료 5,000,000원에 임대하였다는 부동산임대공급가액명세서를 제출하였다(이하 위 2014년 2기, 2015년 1기ㆍ2기, 2016년 1기 부가가치세 신고를 ‘이 사건 각 신고행위’라고 한다).
• 라) 피고 SS세무서장은 위 각 부가가치세 신고에 따라 이 사건 각 부가가치세 고지를 하였고, 피고 AA세무서장은 원고가 2016년 종합소득세를 신고하지 않자 소득세법 제80조 에 따라 2016년 1기 부가가치세 신고의 과세표준 금액을 2016년 사업소득액으로 보아 이 사건 종합소득세 고지를 하였다.

3. 구체적 판단 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 앞서 본 바와 같이 원고는 세무 대리인을 통해 이 사건 각 신고행위를 하였으므로, 피고들에게는 이 사건 각 처분 당시 원고에게 납세의무가 있다고 볼 만한 객관적 사정이 있었던 것으로 보이는 점, ② 설령 원고의 주장과 같이 임대수입이 없었다고 하더라도 이는 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우에 해당하여 이 사건 각 신고행위에 명백한 하자가 있다고 보이지 않는 점, ③ 원고는 과세요건에 중대한 하자가 있고, 법적 구제수단이 미비함에도 결과를 시정하지 않고 납세의무자에게 불이익을 감수시키는 것이 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 경우에 해당하여 예외적으로 이 사건 신고행위가 당연무효라는 취지로도 주장하나, 국세인 부가가치세, 종합소득세 대하여는 경정청구 등 법적 구제수단이 마련되어 있고, 원고의 의사에 따라 이 사 건 각 신고행위가 이루어졌던 것으로 보이는 점 등을 고려하면 그 주장은 받아들이기 어려운 점 등을 종합해 보면, 이 사건 각 신고행위가 당연무효라고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 이유 없다.

• 나. 소결론 이 사건 각 처분은 당연무효라고 볼 수 없다.

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.