폐기물처리용역에 대한 대가로서 면세적용대상 여부

사 건 2023구합71903 부가가치세경정처분취소 원 고

□□ 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2024.7.17. 판 결 선 고 2024.10.23.

1. 피고가 2022. 2. 10. 및 2022. 5. 10. 원고에게 한 별지1 목록 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2015. 10. 30. 설립된 회사로서 B시설(이하 '이 사건 시설'이라고 한다)의 건설·관리 및 운영 등을 목적으로 하고 있다.
• 나. ⭕⭕시장은 2014. 12. 24. 이 사건 시설 조성사업 민간투자사업(이하 '이 사건 사업'이라고 한다)을 추진하기 위해 제3자 제안공고를 수립·고시하고, 2015. 1. 23. 원고를 이 사건 사업의 우선협상대상자로 선정하였다. 이후 ⭕⭕시장은 원고를 사업시행자로 지정하고 2015. 11. 3. 원고와 사이에 이 사건 사업 실시협약(이하 '이 사건 실시협약'이라고 한다)을 체결하였으며, 2015. 12. 16. 사회기반시설에 대한 민간투자법(이하 '민간투자법'이라고 한다) 제15조에 따라 이 사건 사업 실시계획을 승인·고시하였다.
• 다. 이 사건 사업은 민간투자법 제4조 제1호 에서 정한 수익형민자사업(BTO, Build-Transfer-Operate) 방식으로, 원고가 이 사건 시설을 건설하여 ⭕⭕시에 소유권을 이전하는 대신 15년간 사용·운영 권한을 부여받고, 이 사건 시설을 운영함으로써 발생하는 수익으로 투자금을 회수하는 것이다. 이 사건 실시협약의 주요 내용은 아래와 같다. 이 사건 실시협약 제2조(사업의 추진방식)

① 본 사업은 민간투자법 제4조 제1호 에 정한 방식에 따라 수익형민자사업(BTO, Build-Transfer-Operate) 방식으로 추진한다.

② 본 사업시설의 이용 및 기능에 효율성을 제공하고 주무관청의 재정부담을 완화하기 위해 전력, 열 및 재활용품 등의 판매 등을 함께 추진하기로 한다.

③ 본 사업시설의 건설을 위해 사업시행자가 투자한 자금은 본 협약에서 정한 바에 따라 사업시행자가 주무관청에 청구하여 지급받는 사용료, 기타운영수입으로 회수되며 시설의 운영 및 유지관리에 소요되는 비용은 본 협약에서 정한 바에 따라 산정되는 운영비용으로 충당된다. 제3조(용어의 정의)

① 본 협약에 달리 규정되지 아니하는 한, 본 협약에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

12. 관리운영권: 사업시행자가 본 사업시설의 준공확인을 받은 후 실시협약으로 정한 기간 동안 동 시설을 무상으로 사용·수익하고 유지·관리하며 시설이용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 민간투자법 제26조 (사회기반시설의 관리운영권)에 의한 권리를 말한다.

19. 기타운영수입: 사용료 수입과는 별개로 열 및 유가물 등의 판매대금 등을 말한다.

35. 본 사업시설: 민간투자법 제4조 제1호 에 의한 방식으로 추진되는 폐기물 전처리 및 자원화시설(가연성폐기물 연료화시설), 재활용선별시설(생활자원회수센터), SRF열병합 발전시설, 바이오가스 연료화 시설(유기성폐자원 바이오가스화시설), 슬러지 처리시설(하수찌꺼기 처리시설)로서 그 부속시설을 포함한다.

46. 사용료: 사업시행자가 본 사업시설을 이용하여 처리하는 폐기물 반입량에 대한 대가로서 주무관청으로부터 지급받는 금액을 말한다.

47. 사용료수입: 사업시행자가 주무관청으로부터 사용료로서 지급받는 금액의 총액을 말한다. 제8조(사업시행자의 의무)

⑤ 사업시행자는 본 시설에 반입되는 폐기물을 전량 처리하여야 한다. 제9조(소유권의 귀속)

① 본 사업시설의 소유권은 본 사업시설의 준공과 동시에 주무관청에 귀속된다. 제10조(관리운영권 설정기간)

① 본 협약에서 달리 정함이 없는 한, 본 사업시설의 관리운영권 설정기간은 15년으로 한다. 제42조(유지관리 및 운영 관련 계약)

① 사업시행자는 협상대상자 선정을 위한 평가단계에서 직접운영을 수행하는 것으로 평가를 받은 출자자 또는 본 사업에의 참여 확약서를 제출한 전문운영회사(이하 "운영자"라 한다)와 본 사업시설의 유지관리 및 운영을 위한 위임 또는 위탁계약을 체결하여야 하며, 계약체결 후 즉시 위임 또는 위탁계약의 체결결과 및 증빙자료를 주무관청에 제출하여야 한다.

④ 사업시행자는 본 사업시설에 대한 유지관리 및 운영에 대하여 해당업무를 수임자 또는 수탁자가 수행하고 있다는 것을 이유로 본 협약 규정에 의거 부여된 사업시행자의 의무 또는 책임으로부터 면제되지 아니한다. 제44조(유지관리 및 운영을 위한 계획)

⑩ 폐기물반입량 대비 최종처리물 발생량이 설계기준을 초과하는 물량에 대해서는 사업자의 비용으로 처리한다. 제46조(사업수익률) 본 사업의 사업수익률은 세전 실질수익률로서 5.50%(세후 4.91%)로 하고, 본 협약 종료시점까지 변경되지 아니한다. 다만 제41조(법인세법 변경시 처리) 및 제70조(자금재조달에 따른 이익의 공유)에 따른 조정에 따라 세전 실질수익률이 변경되는 경우에는 그러하지 아니하다. 제47조(사용료 및 전력판매단가의 결정)

② 본 사업의 기준사용료는 85,260원/톤(2009. 9. 1. 불변가격 기준, 부가가치세 별도)으로 하며, 최초사용료는 기준사용료에 2009. 9. 1.부터 운영개시일 전월까지의 소비자물가 변동률을 반영하여 산정하되 다음 각 호의 사항이 포함된 서류를 첨부하여 운영개시일 30일 전까지 주무관청에게 신고하고 승인을 득하여야 한다. 각호 생략.

③ 최초사용료를 제외한 연도별 사용료는 원칙적으로 매년 1월 1일을 기준으로 연 1회에 한하여 조정하며, 사업시행자는 매 사업연도에 적용할 사용료를 전년도 말까지의 소비자물가지수 변동분의 범위 내에서 산정 적용하여 주무관청에 매년도 1월말까지 제출하고, 주무관청과 협의하여 최종적인 사용료를 2월말까지 결정하여, 이를 1월부터 소급적용한다.

⑥ 본 사업시설의 발전시설에서 생산된 전기에 대한 전력판매단가 기준가격은 전 운영기간 중 동일하게 SMP 116.24원/kWh(불변가격 기준)을 적용한다. 다만, 기준가격의 급격한 등락이 있어 시설의 원활한 운영이 어렵다고 주무관청이 인정할 경우 주무관청과 사업시행자는 환경부, 산업통상자원부에서 지정하는 지침 또는 기준 등을 참고하여 협의하여 변경할 수 있다. 제48조(사용료의 청구 및 초과수입의 환수)

① 사업시행자는 본 협약에 따라 관리운영권기간 동안 본 사업시설을 사용하는 주무관청으로부터 사용료를 청구할 배타적 권리를 갖는다.

② 사업시행자는 본 협약에 따라 관리운영권설정기간 동안 본 사업시설에서 처리되는 생활폐기물량 및 유기성폐기물량을 계량하여 산정된 사용료를 익월 10일(공휴일인 경우에는 익영업일)까지 주무관청에 청구하기로 하며, 주무관청은 동청구 접수일로부터 15일 이내에 청구된 사용료를 사업시행자에게 지급한다. [별첨1] 본 사업의 범위

2.1 본 사업시설의 범위 구분 처리시설 비고 설계·시공

1. 사업지역: 경기도 ⭕⭕시 c 및 d 일원2. 사업규모:- 자원화시설가연성폐기물 연료화시설(폐기물 전처리 및 자원화시설) 250톤/일생활자원회수센터(재활용 선별시설) 50톤/일srf열병합 발전시설 130톤/일하수찌꺼기 처리시설(슬러지 처리시설) 184톤/일유기성폐자원 바이오가스화시설(바이오가스 연료화시설) 210톤/일- 기타관리동주민편익시설: 다목적 스포츠센터, 홍보영상관, 물놀이시설, 야외골프연습장, 야구장, 체력단련실 등- 부지면적 68,066㎡- 건축면적 5,698.26㎡(연면적 49,974㎡) 본 사업시설

• 라. 원고는 이 사건 시설을 준공한 후 운영하면서, ⭕⭕시로부터 이 사건 실시협약 제48조에 따라 산정된 사용료(이하 '이 사건 사용료'라고 한다)를 지급받고, 이를 부가가치세법 시행령 제35조 제12호 의 부가가치세 면세대상으로 보아 관련 부가가치세 신고를 하였다.
• 마. 중부지방국세청은 2021. 8. 23.부터 2021. 9. 9.까지 피고에 대한 종합감사를 실시한 후 이 사건 사용료가 부가가치세 과세용역의 공급에 따른 대가라고 판단하고, 위와 같은 감사지적사항을 피고에게 통보하였다.
• 바. 피고는 2022. 2. 10. 및 2022. 5. 3. 원고에게 별지1 목록 기재와 같이 2019년 제2기분부터 2021년 제2기분 각 부가가치세 합계 3,495,117,740원을 경정·고지(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)하였다.
• 사. 원고는 2022. 5. 3. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2023. 4. 3. '⭕⭕시장이 원고에게 지급한 이 사건 사용료가 이 사건 시설의 사용대가로 지급된 것인지 아니면 원고가 제공한 폐기물처리용역과 관련하여 지급된 것인지 여부 등에 대해서 재조사를 실시한 후 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정'하도록 하는 재조사결정(이하 '이 사건 재조사결정'이라고 한다)을 하였다.
• 아. 피고는 2023. 6. 1. 원고에 대하여 이 사건 처분이 정당하다는 취지의 현장확인 결과 통지서를 송달하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 재조사결정은 이 사건 사용료가 이 사건 시설의 사용대가로 지급된 것인지 아니면 원고가 제공한 폐기물처리용역과 관련하여 지급된 것인지 여부 등에 대해서 재조사를 하도록 하였으나, 피고는 실질적인 재조사 없이 당초 처분을 그대로 유지하였다. 이 사건 처분은 이 사건 재조사결정의 기속력에 위반되어 위법하다.
• 나. 원고는 폐기물처리업 허가 또는 폐기물처리시설 설치승인을 받은 사업자이고, 이 사건 사용료는 원고가 ⭕⭕시에 폐기물처리용역을 공급한 대가로 지급받은 것이므로 부가가치세가 면제되는 용역에 해당한다. 이 사건 처분은 처분사유가 부존재하여 위법하다.

별지2 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 이 사건 재조사결정의 기속력 위반 여부 1) 국세기본법 제65조 제5항 에 의하면, 재조사결정이 있는 경우 처분청은 재조사결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 재조사결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로, 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다. 따라서 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사결정의 기속력에 저촉된다(대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결 등 참조).

2. 갑 제6호증의 기재에 의하면, 이 사건 재조사결정은 주문에서 '⭕⭕시장이 원고에게 지급한 이 사건 사용료가 이 사건 시설의 사용대가로 지급된 것인지 아니면 원고가 제공한 폐기물처리용역과 관련하여 지급된 것인지 여부 등에 대해서 재조사를 실시한 후 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정'하도록 하였고, 그 판단의 근거는 ① 이 사건 사용료의 대가로 제공된 용역이 폐기물처리용역에 해당한다면, 원고는 민간투자법에 따라 폐기물처리업의 허가 또는 설치승인을 받은 사업자로 의제될 수 있으므로, 이 사건 사용료는 면세용역의 제공과 관련된 것으로 봄이 합리적이라는 점, ② 다만, 이 사건 실시협약에 따르면, 이 사건 시설에서 처리되는 생활폐기물량 및 유기성폐기물량을 계량하여 산정된 사용료를 원고가 ⭕⭕시에 청구하는 것으로 되어 있어, 원고가 제공하는 용역이 폐기물처리용역이라고 단정하기는 어려운 점, ② 설령 이를 폐기물처리용역이라고 보더라도 해당 용역의 실제 공급자가 원고인지 E 주식회사(이하 'E'라고만 한다)인지 불분명해 보이는 점 등을 들고 있다. 그렇다면, 피고는 이 사건 재조사결정에 따라 위와 같이 불분명한 점을 해소한 후 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

3. 을 제1호증의 기재에 의하면, 이 사건 재조사결정에 따라 피고는 2023. 5. 22.부터 2023. 5. 26.까지 현장확인을 실시하여, 이 사건 실시협약의 내용 및 기준사용료 산정 근거, 폐기물 사용료 수입 청구단가내역 등에 관하여 재조사를 실시하였다.

4. 피고는 위와 같이 재조사한 사실을 바탕으로 '이 사건 사용료는 ⭕⭕시가 원고에게 이 사건 실시협약의 내용에 따라 이 사건 시설의 사용대가로 지급한 것'이라고 판단하여 당초 처분을 유지한 것이므로, 이 사건 처분을 유지하였다는 사실만으로 이 사건 재조사결정의 기속력에 반한다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 나. 처분 사유 존부

1. 관련 규정 가) 부가가치세법 제26조 제1항 제5호 는 의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 면제하는 것으로 규정하고, 그 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제35조 제12호 는 ' 폐기물관리법 제25조 에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역'을 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역에 해당하는 것으로 규정하고 있다. 나) 폐기물관리법 제25조 에 의하면, 폐기물의 수집·운반, 재활용 또는 처분을 업(이하 "폐기물처리업"이라 한다)으로 하려는 자는 환경부장관 또는 시·도지사의 허가를 받아야 하고(제1항, 제3항), 같은 법 제29조 제2항은 '제25조 제3항에 따른 폐기물처리업의 허가를 받았거나 받으려는 자 외의 자가 폐기물처리시설을 설치하려면 환경부장관의 승인을 받아야 한다'고 정하고 있다. 다) 민간투자법 제15조 에 의하면, 사업시행자는 민간투자사업을 시행하기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업의 실시계획을 작성하여 주무관청의 승인을 받아야 하고(제1항), 주무관청은 실시계획을 승인하였을 때에는 이를 고시하여야 한다(제2항). 민간투자법 제17조 제1항 은, '주무관청이 위와 같이 실시계획을 고시한 때에는 해당 민간투자사업과 관련된 관계법률에서 정하고 있는 인가·허가 등과 관계법률에 따라 인가·허가 등을 받은 것으로 보는 다른 법률의 인가·허가 등을 받은 것으로 보며, 관계법률 및 다른 법률에 따른 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다'고 정하고 있다.

2. 원고가 폐기물처리업 허가 등을 받은 사업자인지 여부 가) 위 인정사실, 갑 제7호증의 기재, ⭕⭕시장에 대한 사실조회결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래의 사실 또는 사정을 위 관련 규정에 비추어 보면, 원고는 부가가치세법 시행령 제35조 제12호 에서 정한 ' 폐기물관리법 제29조 에 따른 폐기물처리시설의 설치승인(이하 '폐기물처리업 허가 등'이라고 한다)을 받은 사업자'에 해당한다.

(1) ⭕⭕시장이 이 사건 사업의 실시계획을 승인·고시한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 사업 및 실시협약의 내용에 비추어 폐기물관리법은 이 사건 사업과 관련된 관계법률에 해당하며, 이 사건 시설은 생활폐기물을 모두 재활용하는 시설이므로, 원고는 민간투자법 제17조 제1항 에 의해 폐기물관리법 제29조 제2항 에 따라 생활폐기물 재활용용역에 관해 폐기물처리시설 설치승인을 받은 사업자라고 봄이 타당하다.

(2) ⭕⭕시장은 2022. 4. 21. 기획재정부장관에게 이 사건 사업에 따른 사업시행자를 폐기물관리법에 따른 폐기물처리시설 설치승인을 받거나 그 설치신고를 한 사업자로 보는지 문의하였고, 기획재정부장관은 2022. 5. 3. ⭕⭕시장에게 '폐기물관리사업에 해당하는 민간투자사업의 사업시행자로 지정되어 실시계획이 고시된 경우, 사업시행자는 폐기물관리법에서 정하고 있는 폐기물처리시설의 설치승인을 받은 것으로 의제하여야 하고, 폐기물처리업을 운영하는 적법한 사업시행자로 보아야 한다'고 회신하였다.

(3) ⭕⭕시장은 2024. 3. 26. 이 법원의 사실조회에 대하여, '이 사건 시설은 ⭕⭕시에서 경기도로부터 폐기물처리시설 설치승인 및 설치신고를 득하였고, 원고를 폐기물관리법에서 정하는 폐기물처리시설 설치승인 등을 받은 것으로 의제되는 사업시행자로 볼 수 있다'고 회신하였다.

(4) 조세심판원은 이 사건 재조사결정 당시 '원고가 폐기물처리업 허가 또는 폐기물처리시설 설치승인을 받은 사업자로 의제될 수 있다'는 취지로 판단하였다.

• 나) 이에 대하여 피고는, 민간투자법에 따라 원고가 폐기물관리법 허가 등을 받은 것으로 의제되는 것은 허가나 승인 없이 폐기물처리용역을 수행하여도 폐기물관리법상 제재를 받지 않는다는 것일 뿐 원고가 제공하는 용역을 부가가치세가 면세되는 것으로 본다는 의미가 아니라고 주장한다. 그러나 아래와 같은 이유로 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 그렇지만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2017. 10. 12. 선고 2016다212722 판결 등 참조).

(2) 앞서 본 바와 같이 원고는 민간투자법 제17조 제1항 에 따라 폐기물관리법에 따른 폐기물처리업 허가 등을 받은 사업자로 의제되므로, 원고가 부가가치세법 시행령 제35조 제12호 에서 정한 '폐기물관리법에 따른 폐기물처리업 허가 등을 받은 사업자'에 해당한다고 보는 것이 문언에 부합하는 해석이고, 이를 확장해석이나 유추해석이라 할 수 없다.

(3) 민간부문이 ⭕⭕시 폐기물 전처리 및 자원화시설, 재활용 선별시설 등의 설계, 건설, 유지관리 및 사업시행을 위한 재원조달을 수행하도록 ⭕⭕시장이 원고와 이 사건 실시협약을 체결하고 원고의 비용으로 이 사건 시설을 준공함과 동시에 그 소유권이 ⭕⭕시에 귀속되었다. 폐기물의 발생을 최대한 억제하고 발생된 폐기물을 적정하게 처리함으로써 환경보전과 국민생활의 질적 향상에 이바지하고자 하는 폐기물관리법의 목적, 폐기물처리용역을 부가가치세 면제대상으로 보고 있는 부가가치세법령의 취지, 원고가 이 사건 실시협약에 따라 수행하는 역할 등을 고려하면, 원고를 부가가치세가 면제되는 폐기물처리용역을 제공하는 사업자라고 보는 것은 합목적적인 해석에도 해당한다.

• 다) 피고는, 원고가 E에 폐기물처리용역을 위탁하여 처리하였으므로 폐기물처리용역을 제공한 사업자는 원고가 아니라 E라는 취지로 주장한다. 그러나 아래와 같은 이유로 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 원고는 이 사건 사업의 사업시행자로 지정되었고, 이 사건 사업의 실시계획이 승인·고시됨으로써 폐기물처리업 허가 등을 받은 사업자가 되었다.

(2) 원고는 이 사건 실시협약에 따라 이 사건 시설의 유지관리 및 운영에 책임을 지고, 이 사건 시설에 반입되는 폐기물을 전량 처리할 의무를 진다(제8조 제2항, 제5항). 이 사건 실시협약 제42조에 의하면, 원고는 유지관리 및 운영에 관한 위탁계약을 체결하여 전문운영회사에게 운영을 위탁하여야 하며(제1항), 해당업무를 수탁자가 수행하고 있다는 것을 이유로 원고의 의무 또는 책임이 면제되지 않는다(제4항).

(3) 원고가 이 사건 실시계약에 따라 E와 이 사건 시설에 관한 관리운영위탁계약을 체결하고, E가 위 위탁계약에 따라 이 사건 시설을 직접 운영한다고 하더라도, E가 ⭕⭕시에게 폐기물처리용역을 직접 공급하는 사업자라고 볼 수는 없다.

3. 이 사건 사용료가 폐기물처리용역에 대한 대가인지 여부 가) 위 인정사실, 앞서 든 증거들, 을 제2호증의 기재 또는 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래의 사실 또는 사정을 위 관련 규정에 비추어 보면, 이 사건 사용료는 부가가치세법 시행령 제35조 제12호 에서 정한 ' 폐기물관리법 제29조 에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역'에 해당한다.

(1) 폐기물관리법에 의하면, '생활폐기물'이란 사업장폐기물 외의 폐기물을 말하고(제2조 제2호), '사업장폐기물'이란 대기환경보전법, 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 또는 소음·진동관리법에 따라 배출시설을 설치·운영하는 사업장이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업장에서 발생하는 폐기물을 말한다(제2조 제3호). 또한, "재활용"이란 ① 폐기물을 재사용·재생이용하거나 재사용·재생이용할 수 있는 상태로 만드는 활동 또는 ② 폐기물로부터 에너지법 제2조 제1호 에 따른 에너지를 회수하거나 회수할 수 있는 상태로 만들거나 폐기물을 연료로 사용하는 활동으로서 환경부령으로 정하는 활동을 말하고(제2조 제7호), 위 조항의 위임을 받은 같은 법 시행규칙 제3조 제1항은 '가연성 고형폐기물로부터 에너지를 회수하는 활동', '폐기물을 에너지를 회수할 수 있는 상태로 만드는 활동', '폐타이어 등 폐기물을 시멘트 소성로 등 시설에서 연료로 사용하는 활동' 등을 폐기물을 연료로 사용하는 활동으로 규정하고 있다(상세한 내용은 별지 관계 법령 참조).

(2) 이 사건 시설은 자원화시설과 기타 관리동, 주민편익시설로 구성되어 있고, 자원화시설은 가연성폐기물 연료화시설(폐기물 전처리 및 자원화시설), 생활자원회수센터(재활용 선별시설), SRF열병합 발전시설, 하수찌꺼기 처리시설(슬러지 처리시설), 유기성폐자원 바이오가스화시설(바이오가스 연료화시설)로 구성되어 있음은 앞서 본 바와 같다. 원고는 이 사건 시설의 작업과정에 관하여, ⭕⭕시로부터 생활폐기물이 반입되면 재활용 선별시설에 투입하여 분류한 후, 가연성 고형폐기물의 경우 폐기물 전처리 및 자원화시설을 이용하여 고형연료제품으로 만들어 이를 사용하여 SRF열병합발전시설에서 스팀을 생산하며, 음식물류 폐기물의 경우 바이오가스 연료화시설을 이용하여 혐기성 소화 방법으로 바이오가스를 회수하고 그 과정에서 발생하는 하수슬러지는 슬러지 처리시설을 이용하여 건조 후 소각한다고 주장한다. 위와 같은 작업과정은 폐기물을 재사용·재생이용하거나 재사용·재생이용할 수 있는 상태로 만드는 활동 또는 폐기물로부터 에너지를 회수하거나 회수할 수 있는 상태로 만들거나 폐기물을 연료로 사용하는 활동에 해당하므로, 이 사건 시설은 생활폐기물의 재활용시설로 봄이 타당하다. 달리 이 사건 시설에서 처리하는 폐기물이 사업장폐기물이라거나 처리과정이 재활용시설이 아니라고 볼 증거가 없고, 피고가 이 점을 적극적으로 다투고 있지도 않다.

(3) 이 사건 실시협약 제3조 제1항 제46호는 '사용료'를 '사업시행자가 본 사업시설을 이용하여 처리하는 폐기물 반입량에 대한 대가로서 주무관청으로부터 지급받는 금액'이라고 정의하고, 제47조 제2항 및 제3항은 '기준사용료'를 85,260원/톤으로 하며, 기준사용료에 소비자물가 변동률을 반영하여 최초사용료와 연도별 사용료를 산정하도록 정하고 있다. 위와 같은 사용료의 정의, 산정방식에 비추어 보면, 이 사건 사용료는 원고가 공급하는 폐기물처리용역에 대한 대가라고 봄이 타당하다.

• 나) 이에 대하여 피고는, 이 사건 실시협약에 '사용료'라는 명칭을 사용하고 있고, 폐기물의 종류에 상관없이 동일한 단가를 적용하여 사용료를 산정하고 있으므로, 이 사건 사용료는 폐기물처리용역에 대한 대가가 아니라 이 사건 시설의 사용료라고 주장한다. 또한 피고는, 이 사건 시설에는 자원화시설뿐만 아니라 주민편익시설도 포함되므로, 이 사건 사용료 가운데 적어도 원고가 운영하는 주민편익시설의 사용료에 관해서는 부가가치세가 면제되지 않는다고 주장한다. 그러나 이 사건 사용료의 성격은 명칭만이 아니라 이 사건 실시협약의 내용을 전체적으로 고려하여 보아야 하고, 생활폐기물의 종류에 따라 처리비용을 달리 결정하는 것이 필수적인 것은 아니다. 이 사건 시설에 주민편익시설이 포함되어 있기는 하나, 이 사건 사용료가 폐기물 톤당 85,260원으로 결정된 점, 이 사건 실시협약은 이 사건 사용료와 별개로 '전력, 열 및 재활용품 등의 판매대금'을 기타운영수입으로 정하고 있으나 주민편익시설 사용료에 대해서는 규정이 없는 점, 피고의 현장확인 종결 보고서(을 제1호증)에는 원고가 '⭕⭕시에 소유권을 이전한 시설 중 자원화시설과 관련 부대시설의 운영권만 획득한 것으로 확인됨'이라고 기재되어 있는 점 등을 고려하면, 원고가 주민편익시설까지 함께 관리·운영하고 있다거나 이 사건 사용료에 주민편익시설 관리·운영에 대한 대가가 포함되어 있다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
• 다. 소결 이 사건 처분은 이 사건 재조사결정의 기속력에는 반하지 않으나, 이 사건 사용료가 폐기물처리업 허가 등을 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역에 대한 대가라고 보지 않고 면세 대상에 해당하지 않는다는 전제에서 이루어졌으므로 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.