종합부동산세 합산배제 대상 토지인지 여부

사 건 2023구합70542 종합부동산세등부과처분취소 원 고 aaa 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 3. 27. 판 결 선 고

2025. 4. 24.

1. 피고가 2021. 11. 1. 원고에게 한 2015년 귀속 종합부동산세 7,233,520원 및 농어촌특별세 1,446,900원, 2016년 귀속 종합부동산세 6,923,280원 및 농어촌특별세 1,384,850원, 2017년 귀속 종합부동산세 6,847,730원 및 농어촌특별세 1,369,740원, 2018년 귀속 종합부동산세 6,462,660원 및 농어촌특별세 1,292,730원, 2019년 귀속 종합부동산세 10,328,910원 및 농어촌특별세 2,065,980원, 2020년 귀속 종합부동산세 10,207,390원 및 농어촌특별세 2,041,670원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2006. 5. 23. ○○ ○○구 ○○동 ○○ 일대 약 22만평(가칭 ○○ 제4지구)의 부동산개발사업 등을 영위할 목적으로 설립되었다. 원고와 bbb은 2014. 2. 6.1) 원고가 bbb으로부터 ○○ ○○구 ○○동 325-176 답 3,954㎡(1,196평)(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 대금 3,324,880,000원에 매수하기로 하는 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라고 한다)을 체결하였다.
• 나. 원고는 2015. 9. 25. 피고에게 조세특례제한법 시행령 제104조의18 제1항 에 따라 이 사건 토지에 대하여 종합부동산세 과세표준 합산배제 신고를 하였다. 피고는 이에 따라 원고에게 2015년부터 2020년까지 각 해당 연도 귀속 종합부동산세를 결정․고지하지 않았다.
• 다. 피고는 2021. 9. 24. 원고에게 과세예고 통지를 하였다. 과세예고 내용은 다음과 같다.
• 라. 피고는 2021. 11. 1. 원고에게 이 사건 토지에 관하여 2015년부터 2020년까지의 종합부동산세 합계 48,003,490원 및 농어촌특별세 합계 9,601,870원을 납부할 것을 결정․고지하였다(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라고 한다). 구체적인 연도별 부과액은 아래 표 기재와 같다
• 마. 원고는 2022. 1. 28. 조세심판원에 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였다(조심 2022중2855). 조세심판원은 2023. 5. 4. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6호증(가지번호 포함. 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 토지는 지방세법 시행령 제102조 제1항 제2호 (가)목의 ‘실제 영농에 사용되고 있는 개인이 소유하는 농지’로서 분리과세대상 토지에 해당하고, 종합합산과세 대상 토지에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 토지가 종합합산과세대상 토지에 해당한다는 이유로 원고에게 종합부동산세 등을 부과한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.
• 나. 원고는 농지법에 따라 이 사건 토지를 소유할 수 없어 실시계획인가를 받는 것을 정지조건으로 하여 이 사건 매매계약을 체결하였으나, 원고가 실시계획인가를 받지못해 조건이 성취되지 않아 이 사건 토지의 소유권을 이전받지 못한 점, 이 사건 토지의 매도인인 bbb이 이 사건 매매계약 체결 이후부터 현재까지 이 사건 토지를 경작하면서 사용․수익 및 처분권한을 행사하고 있는 점 등을 고려하면, 원고가 이 사건 토지를 ‘사실상 소유’하고 있다고 볼 수 없다. 원고가 재산세 납세의무자 및 종합부동산세 납세의무자에 해당하지 않으므로, 이 사건 각 부과처분은 이 점에서도 위법하다.

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

• 가. 관계 법령 및 쟁점

1. 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 과세대상토지가 종합합산과세 대상이며 공시가격을 합한 금액이 5억 원을 초과하면 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다(종합부동산세법 제12조 제1항 제1호). 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분하는데, 종합합산과세대상은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지를 말하고[구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제106조 제1항], 전․답․과수원으로서 과세기준일 현재 실제 영농에 사용되고 있는 개인이 소유하는 농지는 분리과세대상에 해당한다[구 지방세법 제106조 제1항 제3호 (가)목, 지방세법 시행령 제102조 제1항 제2호 (가)목]. 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있는데(구 지방세법 제107조 제1항 본문), 종합부동산세법 및 지방세법의 입법 목적과 성격 등에 비추어 보면 구 지방세법 제107조 제1항 본문에서 말하는 ‘재산을 사실상 소유하고 있는 자’는 공부상 소유자로 등재된 여부를 불문하고 해당 재산에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말한다고 보아야 한다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2010두9105 판결 등 참조).

2. 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보고(조세특례제한법 제104조의19 제1항 제1호), 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다(조세특례제한법 제104조의19 제3항). 3) 이 사건 각 부과처분은 조세특례제한법 제104조의19 제3항 에 따라 이 사건 토지가 ‘종합합산과세대상’임을 전제로 종합부동산세와 농어촌특별세2)를 부과한 것이므로, 이 사건 토지가 ‘실제 영농에 사용되고 있는 개인이 소유하는 농지’로서 분리과세대상인지 문제된다.

• 나. 판단

1. 을 제4 내지 7호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고가 2014년 경 이 사건 토지에 대한 취득세를 납부한 사실, ② 원고가 2014년경부터 2020년경까지 이 사건 토지에 대한 재산세를 납부하여 온 사실, ③ 원고가 bbb에게 이 사건 매매 계약에서 정한 잔금을 전부 지급한 사실, ④ bbb이 원고에게 이 사건 토지를 매도하였다는 내용으로 부동산 거래신고를 한 사실, ⑤ bbb이 2014. 4. 17. ○○세무서장에게 이 사건 토지를 양도하였음을 이유로 양도소득과세표준 신고를 하고 양도소득세를 납부한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정 사실에 의하면 원고가 이 사건 토지를 사실상 소유하고 있다고 볼 여지도 있다.

2. 그러나 갑 제5, 7호증의 각 기재와 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정에 비추어 보면, 이 사건 토지는 ‘실제 영농에 사용되고 있는 개인이 소유하는 농지’로 판단되므로 분리과세대상에 해당한다.

• 가) 이 사건 토지는 현재 bbb 명의로 소유권이전등기가 마쳐져 있고, 갑 제7호증 (이 사건 토지 항공사진)의 영상에 의하면 이 사건 토지는 2015년경부터 2020년경까지 실제 영농에 사용되어 왔던 것으로 확인된다.
• 나) 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다(농지법 제6조 제1항). 농지법 제6조 제1항 에도 불구하고 일정한 경우에는 농지를 소유할 수 있는데(같은 조 제2항), 원고와 같은 법인은 도시개발법 제19조 제1항 제8호 에 따라 도시개발사업에 관한 실시계획에 대한 인가를 받으면 농지전용허가를 받거나 농지전용협의를 거친 것으로 의제되어 농지를 소유할 수 있다(농지법 제6조 제2항 제7호, 제8호). 원고와 같은 법인은 위와 같이 농지전용허가를 받거나 농지전용협의를 거친 것으로 의제되어 농지를 소유할 수 있는 경우 외에는 농지를 임대하거나 무상사용하게 할 수 없다(농지법 제23조 제1항 제1호). 그런데 원고가 도시개발법에 따라 도시개발사업에 관한 실시계획인가를 받지 못한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원고는 농지법 제6조 제1항 에 따라 이 사건 토지를 소유할 수 없을 뿐만 아니라 농지법 제23조 제1항 제1호 에 따라 이 사건 토지를 임대하는 등의 행위를 할 수 없다.
• 다) 소유자는 법률의 범위내에서 그 소유물을 사용, 수익, 처분할 권리가 있다(민법 제211조). 사용․수익․처분권한은 소유권 유무를 판단하는 핵심적인 징표이다. 그런데 앞서 본 바와 같이 bbb이 2015년경부터 2020년경까지 이 사건 토지를 경작하면서 사용․수익하여 왔고, 소유권이전등기의 명의인인 bbb에게 이 사건 토지를 처분할 수 있는 법적 권한이 있으므로, 원고가 이 사건 토지를 ‘사실상 소유’하고 있다고 보기 어렵다.
• 다. 소결론 이 사건 토지는 실제 영농에 사용되고 있는 개인이 소유하는 농지로서 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 (가)목, 지방세법 시행령 제102조 제1항 제2호 (가)목에 따라 분리과세대상에 해당한다. 따라서 이 사건 토지가 종합합산과세대상임을 전제로 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.