조세범칙조사 전환시, 납세자권리헌장을 다시 교부하지 아니한 것이 과세처분을 취소할 정도의 중대한 절차적 하자에 해당하는지

사 건 2023구합67768 부가가치세등부과처분취소 원 고 주식회사 ㅇㅇㅇㅇㅇ 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결 2024.4.4. 판 결 선 고 2024.5.2.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에게 한 2021년 제2기 부가가치세 364,488,390원(가산세 포함)에 대한 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고(변경 전 상호 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ)는 소프트웨어 개발 공급 자문업 등을 하는 회사로서 2021년 제2기 과세기간(2021. 7. 1.~2021. 12. 31.)에 2개 업체로부터 공급가액 합계 2,060,909,000원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부받아 관련 매입세액을 공제하고 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 피고는 2022. 8. 1. 원고에게 2021년 제2기 과세기간에 관하여 무자료거래, 위장․가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우에 해당한다고 보아 2022. 8. 2.부터 2022. 9. 21.까지 세무조사(이하 ‘이 사건 일반세무조사’라 한다)를 실시하겠다고 통지하였다. 피고는 이 사건 일반세무조사를 진행하던 중 원고의 신청에 따라 2022. 9. 7.부터 2022. 10. 12.까지 이를 중지하였다.
• 다. 피고는 2022. 10. 13. 원고와 그 법률대리인에게 이 사건 일반세무조사 재개 통지를 하고 조사를 계속하다가, 원고가 재화나 용역을 공급받지 않고 이 사건 세금계산서를 수취한 혐의가 있다고 보아 2022. 10. 19. 원고 측에 조세범칙조사(이하 ‘이 사건 조세범칙조사’라 한다) 개시 통지를 하였다.
• 라. 피고는 2022. 12. 1. 원고가 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 원고에게 2021년 제2기 과세기간 부가가치세 364,488,390원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다).
• 마. 원고는 2023. 1. 9. 심사청구를 제기하였으나, 국세청장은 2023. 3. 8. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 5, 6호증, 을 제1호증의 1 내지 12, 을 제2호증의 1 내지 8, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증, 을 제5호증의 2, 4 내지 10의 기재, 변론 전체의 취지

피고는 원고에 대하여 이 사건 일반세무조사를 시작하였다가 2022. 10. 19. 이 사건 조세범칙조사를 개시하였다. 세무조사와 조세범칙조사는 별개의 절차이므로, 피고는 이 사건 조세범칙조사를 개시하면서 다시 납세자권리헌장을 교부하여야 하고, 조세범칙조사 절차와 관련한 ‘권리의 고지’를 해야 함에도 이를 하지 않았다. 이는 중대․명백한 절차적 하자로서 이를 기초로 한 이 사건 과세처분은 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 법령의 내용과 법리

1. 세무조사는 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부․서류 또는 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 활동이다(국세기본법 제2조 제21호). 조세범칙조사는 세무공무원이 조세범칙행위 등을 확정하기 위하여 ｢조세범 처벌법｣ 위반행위의 혐의가 있는 사건에 대하여 행하는 조사활동으로(｢조세범 처벌절차법｣ 제2조 제3호), 세무공무원은 조세범칙조사를 하기 위하여 필요한 경우에는 조세범칙행위 혐의자 또는 참고인을 심문하거나 압수 또는 수색할 수 있다(같은 법 제8조).

2. 현행 법령상 조세범칙조사의 법적 성질은 기본적으로 행정절차에 해당하므로 ｢조세범 처벌절차법｣ 등 관련 법령에 조세범칙조사를 담당하는 세무공무원에게 압수․수색 및 혐의자 또는 참고인에 대한 심문권한이 부여되어 있어 그 업무의 내용과 실질이 수사절차와 유사한 점이 있고, 이를 기초로 수사기관에 고발하는 경우에는 형사절차로 이행하는 측면이 있다 하여도, 달리 특별한 사정이 없는 한 이를 형사절차의 일환으로 볼 수는 없다(대법원 2022. 12. 15. 선고 2022도8824 판결).

• 나. 구체적 판단 위 기초사실, 앞서 든 증거, 갑 제8호증, 을 제5호증의 1, 3, 을 제6호증의 1, 2의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 과세처분이 위법한 조세범칙조사에 기초해 이루어졌다고 볼 수 없다[이 사건 과세처분에 앞서 이 사건 일반세무조사와 이 사건 조세범칙조사가 연속하여 이루어졌고, 이 사건 과세처분의 기초가 된 자료가 둘 중 어느 절차에서 수집된 것인지는 기록상 불분명하다. 그러나 원고는 ‘이 사건 조세범칙조사의 위법’을 주장하고 있고 피고도 이에 대하여 다투고 있으므로, 이하에서는 이 사건 조세범칙조사의 위법성에 관하여만 판단한다].

1. 국세기본법이 납세자권리헌장을 제정, 교부하고 그 요지를 낭독하도록 규정한 것은 납세자에게 세무조사 및 조세범칙조사의 수행에 관한 법 규정과 그 과정에서 납세자가 가지는 권리를 알려줌으로써 납세자가 적정하게 방어권을 행사할 수 있도록 하는 데에 그 목적이 있다. 피고는 2022. 8. 2. 이 사건 일반세무조사를 개시하면서 원고 대표자에게 납세자권리헌장을 교부하고 요지를 낭독하였으며 이 사건 일반세무조사를진행하던 중인 2022. 10. 19. 기본적 사실관계가 동일한 조세범칙행위 혐의로 이 사건 조세범칙조사를 개시하였으므로, 이 사건 조세범칙조사를 개시하면서 재차 납세자권리헌장을 교부하고 그 요지를 낭독할 필요가 있다고 보이지 않는다. 국세청의 ‘2019년 국세기본법 개정에 따른 범칙조사 절차 관련 업무처리지침(갑 제8호증)’은 세무조사 중 조세범칙조사를 개시할 경우 납세자권리헌장을 다시 교부하고 그 요지를 낭독하도록 규정하고 있기는 하나, 위 지침은 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 법규가 아니므로, 그에 따르지 않았다고 하여 곧바로 이 사건 조세범칙조사가 위법하다고 보기는 어렵다.

2. 원고는 조세범칙조사와 형사절차의 유사성을 이유로 ‘권리의 고지’가 필요하다고 주장하는 듯하다. 그러나 앞서 본 바와 같이 조세범칙조사는 기본적으로 행정절차에 해당하고 이를 형사절차의 일환으로 볼 수는 없으며, 형사소송법에서조차도 수사를 개시할 때 피의자에게 절차상 권리를 포괄적으로 고지해야 한다는 규정을 두고 있지 않고 체포, 구속, 피의자신문 등 개별 절차를 진행할 때 진술거부권, 변호인조력권을 고지하도록 규정하고 있을 뿐이다. ｢조세범 처벌절차법｣이나 국세기본법은 조세범칙조사에서의 ‘권리의 고지’에 관하여 별도의 규정을 두고 있지 않고, 다만 국세청 훈령인 ｢조사사무처리규정｣은 조세범칙행위 혐의자에 대한 심문 절차에 앞서 진술거부권, 변호인 등 조력권을 고지하도록 규정하는데(제87조의2), 이 사건에서는 원고 대표자 등 혐의자에 대한 심문이 이루어지지도 않았다. 따라서 원고가 주장하는 ‘권리의 고지’가 없었다고 하더라도 이 사건 조세범칙조사에 중대․명백한 절차적 하자가 있다고 볼 수 없다.

3. 원고는 이 사건 일반세무조사 중 2022. 8. 31. 국세기본법 제81조의5 에 따른 세무조사 시 조력을 받을 권리의 일환으로 세무사를 선임한 점, 원고는 이 사건 일반세무조사 중 2022. 9. 6. 조사중지를 신청하였고, 피고는 이를 받아들여 2022. 9. 7.부터 2022. 10. 12.까지 조사를 중지한 점, 피고는 2022. 10. 13. 이 사건 일반세무조사를 재개하며 이를 원고에게 통지하였고, 2022. 10. 19. 이 사건 조세범칙조사가 개시되었음을 원고에게 별도로 통지한 점, 피고는 2022. 11. 10. 원고에게 세무조사 결과를 통지하고, 2022. 12. 1. 이 사건 과세처분을 한 점 등을 종합하면, 이 사건 일반세무조사 및 조세범칙조사 과정에서 원고의 절차적 권리는 충분히 보장되었다고 보인다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.