끼워넣기 거래의 외관을 창출하여 사실과 다른 매입세금계산서를 수취한 자의 매입세금계산서를 불공제한 이 사건 처분은 적법함

사 건 2023구합65625 부가가치세부과처분등 취소 원 고 윤A, 윤B, 윤C 피 고 AA세무서장, BB세무서장 변 론 종 결 2024.8.29. 판 결 선 고 2024.10.27.

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지

1. 피고 BB세무서장이 2021. 11. 23. 원고 윤A에게 한 별지1 목록 기재 각 종합소득세 합계 1,235,063,050원(가산세 포함)의 부과처분 및 피고 AA세무서장이 2021. 11. 22. 원고 윤A에게 한 별지2 목록 기재 각 부가가치세 합계 2,481,781,510원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 피고 AA세무서장이 2021. 11. 22. 원고 윤B에게 한 별지3 목록 기재 각 부가가치세 합계 619,101,230원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 피고 AA세무서장이 2021. 11. 22. 원고 윤C에게 한 별지3 목록 순번 3 내지 9 기재 각 부가가치세 합계 494,945,640원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고 윤A은 2009년경부터 GG시 AA구 00-00에서 ‘P수산식품’을 운영하면서 건어물 가공 제조업 및 도소매업을 영위하고 있는 사람이고, 원고 윤B는 원고 윤A의 아들이며, 원고 윤C은 원고 윤A의 딸이다.
• 나. 원고 윤B는 2013. 9. 1. 상호를 ‘P’, 사업장소재지를 위 P수산식품과 동일한 GG시 AA구 00-00, 사업의 종류를 무역업(도매 및 소매업)으로 하는 사업자 등록을 하였고, 원고 윤C은 2017. 9. 21.부터 2021. 12. 31.까지 P의 공동사업자였다. P의 설립으로 인한 거래 구조의 변화는 다음 그림과 같다.
• 다. LL지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2021. 8. 26.부터 2021. 10. 31.까지 원고들에 대한 개인통합조사를 실시한 결과 원고 윤A의 P수산식품이 베트남 및 거래처로부터 P수산식품 제품의 원재료인 쥐포 등 건어물을 직접 수입하거나 매입한 당사자임에도 실체가 없는 P을 거래에 끼워 넣은 것으로 판단하고 이를 피고들에게 통보하였다.
• 라. 1) 피고 AA세무서장은 원고 윤A이 실물거래 없이 P으로부터 매입세금계산서를 수취한 것으로 보고 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 에 근거하여 매입세액을 불공제하여 2021. 11. 22. 원고 윤A에게 별지2 목록 기재와 같은 2016년 제2기~2020년 제2기 부가가치세 합계 2,481,781,510원(가산세 포함, 이하 같다)을 부과․고지하였다. 그리고 피고 BB세무서장은 구 국세기본법(2021. 12. 21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조에 근거하여 P과 관련하여 발생한 원고 윤B 및 윤C의 소득을 해당년도 종합소득금액에서 제외하고, 이를 원고 윤A의 종합소득금액으로 합산하여 2021. 11. 23. 원고 윤A에게 별지1 목록 기재 각 종합소득세 합계 1,235,063,050원(가산세 포함)을 부과․고지하였다.

2. 피고 AA세무서장은 P의 매출세액 및 매입세액을 전부 부인하고 환급하면서 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것) 제60조 제3항 제1, 2호 및 부가가치세법 제60조 제3항 제1, 2호에 근거하여 2021. 11. 22. 원고 윤B에게 별지3 목록 기재와 같은 2016년 제2기~2020년 제2기 부가가치세 가산세에서 기납부세액을 공제한 합계 619,101,230원(2017년 2기분까지는 2%, 2018년 1기분부터는 3%)을 부과․고지하였고, 원고 윤C에게 P의 공동사업자였던 기간인 별지3 목록 순번 3 내지 9와 같은 2017년 제2기~2020년 제2기 부가가치세 가산세 합계 494,945,640원을 부과․고지하였다(이하 원고들에 대한 피고들의 위 각 부과처분을 통칭하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

• 마. 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 2022. 2. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2023 1. 31. 원고들의 심판청구를 모두 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 제6 내지 14호증, 제49호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 각 처분은 다음과 같은 이유에서 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 위법한 세무조사 주장 조사청은 구 국세기본법 제81조의7 제1항 에 규정된 사전통지 없이 2021. 8. 26. 세무조사를 실시하였고, 구 조사사무처리규정(2022. 4. 1. 국세청훈령 제2494호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제21조 제2항에 위배하여 어떠한 사유로 사전통지를 생략하였는지 설명하지 아니하였다. 따라서 이 사건 각 처분은 하자있는 세무조사에 기초한 것으로서 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 실물거래 존재 주장 원고 윤A은 2011. 1. 26. 위암 수술을 받고 아들인 원고 윤B에게 가업승계를 시작해야겠다는 생각에 P수산식품의 수산물 수입 및 국내유통 사업 중에서 수입사업만을 분리하여 이를 수행할 사업체로서 P을 원고 윤B 명의로 설립하였다. 이에 따라 원고 윤B가 운영하는 P은 수산물 수입사업을 담당하고 원고 윤A이 운영하는 P수산식품은 P이 수입한 가공식품 등을 매입하여 국내에 유통 및 판매하는 사업을 담당하게 되었다. P은 해당 사업을 영위하기 위한 사업형태를 갖추고 있었고 자기 책임과 계산 하에 거래를 수행하였으므로 독립된 사업자에 해당하고 거래의 실체 역시 존재한다. 그럼에도 피고들은 P이 부가가치세법상 사업자에 해당하는지, P과 P수산식품 사이에 실물거래가 존재하는지 여부에 관한 잘못된 판단 하에 이 사건 각 처분을 하였다.

별지4 기재와 같다.

• 가. 위법한 세무조사 주장에 관한 판단

1. 관련 규정

• 가) 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되는 것이므로(헌법재판소 1998. 5. 28. 선고 96헌바4 전원재판부 결정 등 참조), 세무공무원이 세무조사권 등을 행사하는 경우에도 이러한 적법절차의 원칙은 마찬가지로 준수되어야 한다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52236 판결 등 참조).
• 나) 구 국세기본법 제81조의7 제1항 은 ‘세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 "사전통지"라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고, 제4항은 ‘세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 세무조사를 하는 경우 세무조사를 개시할 때, 1. 사전통지사항, 2. 사전통지를 하지 아니한 사유, 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다’고 규정하고 있다. 그리고 세무조사의 기본적인 사항과 절차를 규정한 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정 제21조 제1항 제1호는 ‘거짓 세금계산서․계산서 수수 또는 무자료 거래 등 유통질서 문란행위 및 신용카드 변칙거래로 세금을 탈루하거나 탈루하게 한 혐의가 있는 경우’를 구 국세기본법 제81조의7 제1항 단서가 규정하는 ‘사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우’ 중의 하나로 규정하고 있고, 구 조사사무처리규정 제21조 제2항은 ‘사전통지를 생략하고 세무조사를 시작한 경우에는 세무조사 시작 시 사전통지를 하지 않은 사유 등이 기재된 세무조사 통지(별지 제2호 서식)를 교부하여야 한다’고 규정하고 있다.

2. 구체적 판단 살피건대, 앞서 본 사실 및 증거들, 갑 제5호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 P의 대표자들인 원고 윤B, 윤C이 P수산식품의 대표자인 원고 윤A의 자녀들이었고 두 사업체의 소재지가 동일하였던 점, 조사청이 국세 전산망을 통해 원고 윤B가 아래에서 보는 것과 같이 조사대상 기간 중 대상 주식회사 등 타 사업장에 상시 근로자로 근무하였고 원고 윤C이 WW어린이집의 상시근로자로 근무하였던 사실을 확인할 수 있었던 것으로 보이는 점, P의 매출처는 100% P수산식품이었고 P의 매입처는 과거 P수산식품의 매입처였던 점, 조사청은 구 조사사무처리규정 제21조 제2항, 별지 제2호 서식과 동일한 형식의 세무조사 통지서(갑 제5호증)를 교부하면서 조사사유를 ‘ 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 의 규정에 따라 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사를 실시’한다고 기재하고, 표 하단에 ‘세무조사를 하기에 앞서 사전통지를 하고 있으나 귀하(귀사)에 대하여는 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니하였습니다’라고 기재하였던 점 등을 고려하면, 조사청으로서는 구 국세기본법 제81조의7 제1항 단서, 구 조사사무사무처리규정 제21조 제1항 제1호에 근거하여 사전통지를 하지 아니할 타당한 이유가 존재하였고, 구 조사사무처리규정 제21조 제2항의 절차 역시 준수한 것으로 판단된다. 따라서 조사청의 세무조사에 구 국세기본법 제81조의7 제1항, 구 조사사무처리규정 제21조를 위반한 절차적 하자가 있다고 보기 어렵고, 이와 다른 전제에서 한 원고들의 주장은 이유 없다.

• 나. 실물거래 존재 주장에 관한 판단

1. 관련 규정 및 법리 부가가치세법 제2조 제3호 는 ‘사업자’란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다고 규정하고, 제9조 제1항은 ‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다’고 규정하고 있다. 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되면서 제39조 제1항 제2호로 변경되었다)는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재 사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조), 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 입증책임은 과세관청이 부담한다. 이러한 사실과 다른 세금계산서의 한 유형으로 중간자가 대금을 지급하고 재화의 공급을 받는 것과 같은 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래는 형식에 불과하다고 볼 여지가 있는 ‘끼워 넣기 거래’를 들 수 있고, 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 한다 (대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 갑 제50, 51호증의 각 기재에 의하면, 원고들은 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등), 조세범처벌법위반으로 수사기관에 고발되었으나, 서울중앙지방검찰청 검사는 원고 윤A, 윤B에 대하여 혐의없음(증거불충분) 결정을 하고, 원고 윤C에 대한 고발을 각하하는 결정을 한 사실은 인정된다.
• 나) 그러나, 행정재판은 검찰의 불기소처분 사실에 의하여 구속받는 것이 아니고 증거에 의한 자유심증으로 그와 반대되는 사실을 충분히 인정할 수 있는바(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조), 앞서 본 사실 및 증거들에 갑 제15, 16호증, 제31 내지 33호증, 제45호증, 을 제4 내지 19호증, 제22 내지 28호증의 각 기재 또는 영상, 증인 박씨, 이충환의 각 일부증언, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 실질적으로 동남아 수입업체나 거래처로부터 건어물을 수입하거나 매입하여 이를 매출처에 판매하는 당사자는 모두 원고 윤A의 P수산 식품임에도 P이 건어물을 수입․매입하여 P수산식품에 공급한 것처럼 명목상 끼워 넣기 거래를 행한 것이라고 봄이 상당하다. 따라서 P과 P수산식품 사이에 실물거래는 존재하지 않는다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 원고들의 주장은 받아들이기 어렵다.

(1) P의 사업자등록증상 사업장소재지는 GG시 AA구 00-00로 P수산식품의 소재지와 동일하다. 조사청이 2021. 8. 26. 세무조사를 실시할 당시 위 소재지에 P의 사무실은 별도로 존재하지 않았고, 다만 당시 조사관은 원고 윤A으로부터 P수산식품 소속 박씨의 옆자리에 있는 책상이 P의 사업장으로 원고 윤B가 사용하는 책상이라는 답변을 들었을 뿐이다. 이에 대하여 원고들은, 2021. 9. 1. 원고 윤B가 위 사업장소재지의 임대인인 최씨와 사이에 보증금 1,000만 원, 월세 매월 100만 원으로 하는 임대차계약을 체결하였고, 원고 윤B의 자리에는 수입신고필증, 적화보험 서류, 인보이스 등 P의 수입업무에 필요한 서류들이 구분되어 보관되어 있었으므로 P수산식품과 구별되는 사업장이 존재하였다고 주장한다. 그러나 원고들이 원고 윤B의 자리라고 주장하는 책상에는 업무용 PC나 전화기 등 사업에 필요한 기본적인 장치조차 존재하지 않았던 점, 이에 따라 베트남 수입업체인 NNN과 사이의 거래계약서(을 제23호증), 상업용 송장(을 제24호증)에 P수산식품 박씨의 유선번호가 기재된 점, 이에 대하여 박씨는 이 법원에 증인으로 출석하여 “P이라는 회사의 수입 업무를 잠깐잠깐 보는데 따로 사용하지 않아도 된다는 판단 하에 전화, 메일 등을 같이 사용했고, P수산, P 같은 메일이기 때문에 외부에서 원고 윤B가 볼 수도 있고, 원고 윤A 자리에서도 P 메일에 같이 들어가서 볼 수 있고, 공용으로 같이 썼습니다”라고 진술하였는데(녹취서 제15쪽) 이는 오히려 두 업체의 사업장과 업무가 실질적으로 구분되어 있지 않음을 알 수 있는 유력한 사정이 되는 점 등을 고려하면, 임대차계약서의 존재만으로 P이 P수산식품과 구별되는 독립한 사업장의 형태를 갖추었다고 보기 어렵다.

(2) 원고 윤B는 2013. 9. 1. P에 대한 사업자등록 이후 2014. 11. 10.경부터 2015. 1. 3.경까지 치킨집에서 근무하였고, 2015. 4. 8.경부터 2015. 6. 30.경까지는 백화점에서 근무하였으며 2015. 7. 3.경부터 2020. 12. 10.경까지는 모 주식회사의 근로자로 근무하였다. 또한 원고 윤C은 2011. 3. 1.경부터 세무조사 당시까지 WW시에 위치한 어린이집에 근무하고 있었고[원고 윤A은 원고 윤C을 P의 공동사업자로 추가한 이유에 관하여 ‘원고 윤B 단독 사업자일 때 소득세가 부담이 되어 공동사업자로 변경하였다’는 취지로 진술하기도 하였다(을 제26호증 제5쪽)], P에는 다른 직원은 존재하지 않았다. 이처럼 이 사건 각 처분의 과세대상기간뿐만 아니라 그 전후에도 원고 윤B, 윤C이 건어물의 수입과는 무관한 직종에서 근로자로 근무하였다는 사정은 P 명의로 작성된 서류들이 끼워 넣기 거래의 외관을 창출하는 과정에서의 부수적으로 수반된 결과물에 불과하다는 점을 뒷받침한다. 이에 대하여 원고들은, P의 주 업무는 매월 1~2회 가량 말린 쥐포와 아귀포 합계 12,000kg 내외를 수입하는 단순반복 업무로서 팩스나 전화 한 통이면 발주가 이루어지고, 입항이후 절차(입항-결제-보세운송-통관-납품운송)는 모두 P의 고정거래 운송회사(○○○로지스틱스, ○○로엑스)나 관세사(○○관세사무소) 등에 의해 시스템적으로 진행되었기 때문에 원고 윤B, 윤C이 다른 직종에서 근로자로 근무하면서도 P을 운영하고 업무를 처리하는 것이 가능하였다고 주장한다. 그러나 P이 고정적으로 거래하였다는 운송회사나 관세사는 기존에 P수산식품과 거래하였던 업체들이고, 오히려 원고들의 주장과 같이 P의 업무가 어떠한 전문성이나 특별한 시간과 노력을 필요로 하지 않는 것에 불과하였다면, P수산식품에서 수입 업무만을 분리하여 P이 이를 수행하였어야 할 이유는 없었던 것으로 보인다.

(3) 또한 P수산식품은 위와 같은 거래의 과정에서 기존에 P수산식품이 고정적으로 거래하던 운송회사의 보세창고 등을 통한 운송 절차를 거쳐 곧바로 물품을 인도받은 것으로 보이고, 이와 별개로 P이 새로이 지배하는 장소로부터 P수산식품으로 재화가 이전되었다는 사정을 찾아볼 수 없다.

(4) 세무조사 당시 조사자와의 문답 과정에서 원고 윤A은 ‘박씨가 P의 개업부터 2020년 12월 원고 윤B의 주식회사 대상 퇴사 전까지 P의 수입, 통장거래, 세금계산서 등 모든 업무를 처리하였고, 책상에서 발견된 P의 통장정리철은 원고 윤A 자신이 직접 작성한 것이다‘는 취지로 진술하였고(을 제4호증 제4쪽), 박씨도 ’P의 수입업무, 세금계산서 발행업무는 자신이 하고 있고, 기타 경리, 재무업무는 원고 윤A이 하고 있다‘는 취지로 진술하였다(을 제5호증 제3~4쪽). 박씨은 증인신문 당시 위와 같이 진술한 사실이 없다는 취지로 진술하기도 하였으나, 원고 윤A, 박씨은 당시 해당 문답서를 열람하고 본인이 진술한 내용대로 작성된 사실을 확인한 후 서명 날인하였는바, 세무조사 과정에서의 위 문답서가 강제로 작성되었다는 등의 특별한 사정을 찾아볼 수 없으므로 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없는 점(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 취지 참조), 세무조사 당시 원고 윤A의 책상에서 P의 매입장과 통장정리철이 발견되었던 점, 박씨의 책상에서 P과 P의 업무자료가 함께 발견되었고 세무조사 착수 당시에도 박씨이 P의 업무인 수입절차와 관련된 메일을 주고받고 있었던 것으로 보이는 점, P의 거래처였던 증인 이씨는 원고들에게 유리한 진술을 하면서도 P의 주문의 일부를 박씨가 하기도 하였다는 취지로 진술한 점(녹취서 제8쪽) 등을 고려하면, 위와 같은 문답서의 기재의 신빙성을 부정할 수 없다.

(5) 원고 윤B 역시 2021. 10. 20. 진행된 조세범 처벌법 범칙 혐의자 조사 당시 자신의 공인인증서가 원고 윤A의 PC에 저장되어 있는 이유는 원고 윤A이 P의 자금 관리를 함께 해주었기 때문이라고 진술하였는데(을 제17호증 제5쪽), 이와 같이 P의 자금 관리에 지속적으로 원고 윤A이 관여하였다는 것은 단순히 P 개업 초기 수입업무를 P으로 분리하는 과정에서 원고 윤B에게 도움을 주는 차원을 넘어서는 것에 해당한다.

(6) 여기에 P의 매입처는 과거 P수산식품의 매입처였고 P수산식품은 P이 수입업체로부터 수입한 건어물을 전량 매입하였던 점, P수산식품이 P의 계좌에 돈을 입금하면 P이 수입업체에 대한 대금 및 경비를 결제하였던 점 등을 더하여 보면, P은 실질적으로 P수산식품에게 권리와 의무가 귀속되는 수입업무 등을 행하면서 다만 그 명의로 신용장을 개설하고 거래처와 계약하며 선적이나 화물인도 관련 서류 및 출고의뢰서를 작성하는 등 세금계산서 발행에 필요한 외관을 형성한 것에 불과한 것으로 판단된다.

(7) 원고들이 그 주장의 근거로 들고 있는 대법원 2022도13690 판결은 거래의 구조, 형태, 순서가 이 사건과는 사안이 다르고, 그 외 사건들 역시 이 사건과는 구체적 사실관계를 달리하여 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다. 나아가 설령 원고들의 주장과 같이 P과의 거래에 대하여 거래처인 주식회사 ㅇㅇ푸드 등에 대하여 세무조사가 이루어졌고 그 결과 별도의 조치나 처분이 이루어지지 않았다고 하더라도, 이는 해당 거래처가 P을 상대방으로 인식하였는지와 관련된 문제로서, P과 P수산 식품 사이에 실질적인 거래가 있었는지에 관한 이 사건의 쟁점과는 직접적인 관련이 없고, 같은 맥락에서 앞서 본 것과 같은 사정들이 존재하는 이상 원고 윤B와 직접 거래를 하였다는 거래처들의 사실확인서 등만으로 P과 P수산식품사이에 실질적인 거래가 존재하였다고 보기 어렵다.

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.