민간임대주택에 관한 특별법 개정에 의한 임대사업자등록은 당연말소되었으므로 이 사건 주택은 종합부동산세 과세표준 합산 대상에 해당함

사 건 2023구합62718 종합부동산세부과처분취소 원 고

1. 오AA, 2. 오BB 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결 2024.3.21. 판 결 선 고 2024.5.9.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 2. 3. 원고 오AA에 대하여 한 2021년도 귀속 종합부동산세 31,794,190원 및 농어촌특별세 6,359,030원 합계 38,153,220원의, 2022. 2. 7. 원고 오BB에 대하여 한 2021년도 귀속 종합부동산세 61,296,060원 및 농어촌특별세 12,259,410원 합계 73,555,470원의 각 부과처분을 취소한다 1).

• 가. 원고들은 2013. 11. 11. ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 69-2 지상 건물 제301호 내지 제913호 합계 91개 호실(이하 위 부동산을 통틀어 ‘이 사건 주택’이라 한다)에 관하여 각 지분 17.5%씩 원고들 명의로 소유권보존등기를 경료하였다. 원고들의 2021년도 귀속 종합부동산세 부과처분 과세기준일인 2021. 6. 1. 현재 이 사건 주택을 포함한 부동산 소유 내역은 아래 표와 같다. 소유자 소재지 구분 공시가격(원) 원고 오AA ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 69-2, 301호~913호(이 사건 주택) 아파트 (도시형 생활주택) 1,905,735,108 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 703, 405동 603호 아파트 283,500,000 합계 2,189,235,108 원고 오BB ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 69-2, 301호~913호(이 사건 주택) 아파트 (도시형 생활주택) 1,905,735,108 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 496-9 단독주택 1,262,000,000 ㅇㅇ ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 407 토지 5,616,371 합계 3,173,351,479
• 나. 원고들은 2013. 10. 21. 이 사건 주택에 관하여 구 임대주택법(2014. 5. 28. 법률 제12704호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 임대주택법’이라 한다) 제6조 제1항 및 제2조 제2호 가목에 따른 건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다. 이 사건 주택의 임대개시일은 2013. 10. 21.이다.
• 다. 경기도지사의 2020. 8. 21.자 구 민간임대주택에 관한 특별법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 일부개정된 것으로, 2021. 3. 16. 법률 제17944호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘2020. 8. 18. 개정 법률’이라 한다)시행에 따른 폐지유형 임대주택 자동말소 대상통보 공문에 따라, 국토교통부에서 ㅇㅇ시에 원고들의 이 사건 주택을 포함한 자동말소 대상주택 명단을 통보하였으며, 이에 따라 ㅇㅇ시장은 2020. 9. 1. 원고들의 임대사업자등록이 2020. 8. 18. 개정법률 제6조 제5항에 따라 그 시행일인 2020. 8. 18.자로 말소되었다고 보아 이를 자동말소하였다.
• 라. 피고는 원고들의 임대사업자 등록이 2020. 8. 18. 개정 법률 제6조 제5항에 따라 2020. 8. 18. 개정 법률 시행일인 2020. 8. 18.자로 당연말소되어 과세기준일인 2021. 6. 1. 이 사건 주택이 구 종합부동산세법(2022. 9. 15. 법률 제18977호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법’이라 한다) 제8조 제1항, 제2항 제1호, 구 종합부동산세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32425호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법 시행령’이라 한다) 제3조 제1항에 따른 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2022. 2. 3. 원고 오AA에 대하여 2021년도 귀속 종합부동산세 31,794,190원 및 농어촌특별세 6,359,030원 합계 38,153,220원, 2022. 2. 7. 원고 오BB에 대하여 2021년도 귀속 종합부동산세 61,296,060원 및 농어촌특별세 12,259,410원 합계 73,555,470원을 각 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2022. 5. 2. 피고에 대한 이의신청을 거쳐 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 12. 5. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 10, 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 이 법원의 ㅇㅇ시청에 대한 사실조회회신결과, 변론 전체의 취지

별지 관계 법령의 기재와 같다.

이 사건 주택은 원고들이 임대 목적으로 건설하여 임대하는 ‘민간건설임대주택’이므로 2020. 8. 18. 개정 법률 제6조 제5항 전단의 ‘종전의 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택’ 또는 같은 항 후단의 ‘종전의 민간임대주택법 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택’에도 해당하지 않는다. 그럼에도 불구하고 원고들의 임대사업자 등록이 2020. 8. 18. 개정 법률 제6조 제5항에 따라 2020. 8. 18. 개정 법률의 시행일인 2020. 8. 18.자로 당연말소되었음을 전제로 행한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 관련 법리 행정처분은 그 근거 법령이 개정된 경우에도 경과 규정에서 달리 정함이 없는 한 처분 당시 시행되는 개정 법령과 그에서 정한 기준에 의하는 것이 원칙이고, 그 개정 법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우에도 그러한 사실 또는 법률관계가 개정 법률이 시행되기 이전에 이미 완성 또는 종결된 것이 아니라면 이를 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수는 없으며, 그러한 개정 법률의 적용과 관련하여서는 개정 전 법령의 존속에 대한 국민의 신뢰가 개정 법령의 적용에 관한 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 인정되는 경우에 그러한 국민의 신뢰보호를 위하여 그 적용이 제한될 수 있는 여지가 있을 따름이다(대법원 2000. 3. 10. 선고 97누13818 판결, 대법원 2020. 7. 23. 선고 2019두31839 판결 등 참조).
• 나. 구체적 판단

1. 구 종합부동산세법 제8조 제1항, 제2항 제1호, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 및 제2호에 의하면, 임대사업자로서 과세기준일 현재 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대 또는 소유하고 있는 민간임대주택법 제2조 제2호 에 다른 민간건설임대주택 또는 민간임대주택법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택은 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니한 것으로 보게 된다. 이 사건의 경우, 피고가 원고들의 이 사건 주택에 관한 임대사업자 등록이 2020. 8. 18. 개정 법률 제6조 제5항에 따라 2020. 8. 18. 개정 법률 시행일인 2020. 8. 18.자로 당연말소되었음을 전제로 이 사건 주택이 위와 같은 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 사건 처분을 행하였으므로, 이 사건 주택이 2020. 8. 18. 개정 법률 제6조 제5항 전단의 ‘종전의 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택’ 또는 같은 항 후단의 ‘종전의 민간임대주택법 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택’에 해당하는지 여부가 문제된다.

2. 먼저 을 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 주택은 원고들이 임대 목적으로 건설하여 임대하는 ‘민간건설임대주택’에 해당하므로, 이 사건 주택은 2020. 8. 18. 개정 법률 제6조 제5항 전단의 ‘종전의 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(주택법 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것)를 임대하는 민간매입임대주택’에 해당하지 않는다.

3. 그러나 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 주택은 2020. 8. 18. 개정 법률 제6조 제5항 후단의 ‘종전의 민간임대주택법 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택’에 해당한다 할 것이므로, 원고들의 임대사업자 등록은 2020. 8. 18. 개정 법률 제6조 제5항에 따라 2020. 8. 18. 개정 법률 시행일인 2020. 8. 18.자로 당연말소되었다고 봄이 타당하다.

• 가) 원고들의 임대사업자등록증에 의하면, 이 사건 주택은 임대기간 5년의 민간건설임대주택으로 등록되어 있는바, 2013. 10. 21. 임대사업자 등록이 이루어질 당시 시행중이던 구 임대 주택법 제2조 제2호 가목에서 규정하는 ‘건설임대주택(임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택)’으로 등록되었던 것으로 보인다. 또한 구 임대 주택법 제16조 제1항 제4호 및 구 임대 주택법 시행령(2013. 12. 4. 대통령령 제24911호로 일부개정되기 전의 것) 제13조 제1항에 의하면, 이 사건 주택의 임대의무기간은 임대개시일인 2013. 10. 21.부터 5년이다.
• 나) 이후 2015. 8. 28. 전부개정된 구 민간임대주택에 관한 특별법(2015. 8. 28. 법률 제13499호로 전부개정된 것으로, 2018. 1. 16. 법률 제15356호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘2015. 8. 28. 전부 개정 법률’이라 한다)은 제2조에서 ‘준공공임대주택’을 ‘일반형임대사업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택’(제5호)으로, ‘단기임대주택’을 ‘일반형임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택’(제6호)으로 각 정의하였다. 이와 관련하여 당초 부칙(법률 제13499호, 2015. 8. 28., 이하 ‘2015. 8. 28. 전부 개정 법률 부칙’이라 한다) 제3조 제2항은 ‘종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용한다’라고 규정하였으나, 2020. 6. 9. 위 부칙 조항은 삭제되었고, 2020. 8. 18. 제3조 제3항으로 종전의 민간임대주택법 제16조 제1항 제4호 에 따른 민간건설임대주택을 2015. 8. 28. 전부 개정 법률 제2조 제6호에서 정의하는 단기임대주택으로 간주하는 규정이 신설되었다. 이에 따르면 이 사건 주택은 2015. 8. 28. 전부 개정 법률 제2조 제6호가 정의하는 단기임대주택으로 보아야 한다.
• 다) 2018. 1. 16. 개정된 구 민간임대주택에 관한 특별법(2018. 1. 16. 법률 제15356호로 일부개정된 것으로, 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘2018. 1. 16. 개정 법률’이라 한다)은 제2조에서 ‘장기일반민간임대주택’을 ‘임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택’(제5호)으로, ‘단기민간임대주택’을 ‘임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택’(제6호)으로 각 정의하면서, 부칙(법률 제15356호, 2018. 1. 16., 이하 ‘2018. 1. 16. 개정 법률 부칙’이라 한다) 제5조 제5항에서 ‘이 법 시행 당시 종전 규정에 따라 등록한 단기임대주택은 이 법에 따른 단기민간임대주택으로 본다’라고 규정하였다. 위와 같은 2018. 1. 16. 개정 법률 및 부칙 규정에 의하면, 이 사건 주택은 2018. 1. 16. 개정 법률 제2조 제6호가 정의하는 단기민간임대주택으로 간주된다고 할 수 있다.
• 라) 2020. 8. 18. 개정 법률은 종전 ‘단기민간임대주택’에 관한 정의 규정인 제2조 제6호를 삭제하였고, 제6조 제5항에서 ‘종전의 민간임대주택법 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다’라고 규정하면서 부칙 제7조를 두어 ‘제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다’라고 규정하였다. 위와 같은 2020. 8. 18. 개정 법률 및 부칙 규정에 의하면, 이 사건 주택은 2020. 8. 18. 개정 법률의 시행일인 2020. 8. 18. 그 등록이 말소된 것으로 보게 되므로, 2020. 8. 18 등록 말소의 효력이 발생하였다 할 것이다.
• 마) 이에 대하여 원고들은 ① 이 사건 주택은 당초 구 임대주택법상의 ‘건설임대주택’으로 등록하였을 뿐, 2018. 1. 16. 개정 법률 부칙 제5조 제5항이 규정하는 ‘단기임대주택’으로 등록하지 않았으므로 위 부칙 조항의 규정이 적용되지 않는다는 점, ② 이 사건 주택은 2020. 8. 18. 개정 법률의 시행일인 2020. 8. 18.부터 위 개정 법률이 신설한 2015. 8. 28. 전부 개정 법률의 부칙 제3조 제3항 제3호에 의하여 2015. 8. 28. 전부 개정 법률 제2조 제6호가 규정하는 ‘단기임대주택’으로 간주된다는 점, ③ 2015. 8. 28. 전부 개정 법률 부칙 제3조 제2항은 2020. 6. 9. 법률 제17452호로 개정된 법률의 시행일 전날인 2020. 12. 9.까지 효력이 유지되고 있었다는 점 등을 들어 이 사건 주택이 2020. 8. 18. 개정 법률 제6조 제5항이 규정하는 ‘단기민간임대주택’에 해당하지 않는다고 주장한다. 살피건대, 우선 원고들의 위 주장은 2015. 8. 28. 전부 개정 법률 부칙 제3조 제2항 및 제3항의 개정(제2항의 삭제 및 제3항의 신설)에 따른 개정 부칙 규정의 효력 발생 시기와 관련하여, 부칙의 각 개정일에 개정된 각 법률의 부칙에서 정한 각 법률의 시행일에 개정된 2015. 8. 28. 전부 개정 법률 부칙 조항의 효력도 발생한다는 것이나, 삭제되기 전 부칙 제3조 제2항(종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용한다)의 규정 내용이 신설된 부칙 제3조 제3항의 간주 규정 효과를 배제하는 것이라고 단정하기 어려운 점, 원고들의 주장에 의할 경우 신설된 부칙 제3조 제3항에 따라 위 부칙 조항의 효력발생일인 2020. 8. 18. 이 사건 주택이 2015. 8. 28. 전부 개정 법률 제2조 제6호에 따른 단기임대주택으로 간주되었음에도 2020. 12. 9.까지는 여전히 삭제되기 전 부칙 제3조 제2항에 따라 부칙 제3조 제3항에 따른 간주 효과가 발생하지 않는다는 것인데, 이는 개정규정의 취지와 문언에 어긋나는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 원고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다. 특히 2015. 8. 28. 전부 개정 법률 부칙 제3조 제2항이 삭제되고 제3조 제3항이 신설된 것은 임대주택의 유형에 따라 적용되는 법령이 달라 혼선이 발생하던 문제점을 해결하고 제도 운영의 미비점을 보완하기 위한 것이며, 구 임대주택법을 적용받은 민간임대주택 등에 대하여도 개정된 민간임대주택법을 적용하기 위한 입법자의 의도에 기한 것인 점을 고려하더라도, 위와 같이 삭제된 2015. 8. 28. 전부 개정 법률 부칙 제3조 제2항을 근거로 하는 원고들의 주장은 받아들일 수 없다. 또한 이 사건 처분은 과세기준일 당시 법령에 따른 사실관계에 의하여 그 적법여부를 판단하여야 하는바, 2015. 8. 28. 전부 개정 법률 부칙 제3조 제2항은 삭제되었고, 위 부칙 제3조 제3항은 신설되어 이 사건 주택은 2015. 8. 28. 전부 개정 법률 부칙 제3조 제3항에 따라 위 개정 법률 제2조 제6호가 규정하는 ‘단기임대주택’으로 간주되었으며, 2018. 1. 16. 개정 법률 부칙 제5조 제5항에 따라 위 개정 법률 제2조 제6호가 규정하는 ‘단기민간임대주택’으로 순차 간주되었으므로, 2020. 8. 18. 개정 법률 제6조 제5항이 규정하는 ‘단기민간임대주택’에 해당되어 등록말소의 대상이 된다고 할 것이고, 이에 따라 이 사건 처분의 과세기준일인 2021. 6. 1. 당시 원고들의 임대사업자 등록이 말소되어 유효하지 아니하였다.
• 다. 소결론 따라서 원고들의 임대사업자 등록이 2020. 8. 18. 개정 법률 제6조 제5항에 따라 2020. 8. 18. 개정 법률 시행일인 2020. 8. 18.자로 당연말소되었음을 전제로 행한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 원고들은 청구취지 변경신청서에서 취소의 대상이 되는 부과처분을 원고 오AA의 경우 ‘종합부동산세 등 38,153,220원’, 원고 오BB의 경우 ‘종합부동산세 등 73,555,470원’으로 각 특정하였으나, 기록에 의하면, 원고 오AA의 경우 ‘종합부동산세 31,794,190원 및 농어촌특별세 6,359,030원 합계 38,153,220원’, 원고 오BB의 경우 ‘종합부동산세 61,296,060원 및 농어특별세 12,259,410원 합계 73,555,470원’임이 분명하므로, 그 세목 및 세액을 특정하여 위와 같이 정정한다.