소송으로 수용보상금이 증액된 경우, 수용토지의 양도시기

사 건 2023구합62534 양도소득세환급거부처분취소 원 고 이AA 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2023. 9. 20. 판 결 선 고

2023. 11. 8.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20**. 7. 1. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 16,728,640원 부과처분을 취소한다.

• 가. 당사자의 지위

1. 원고는 1980. 4. 15. BB시 PP동 224-1 전 1,201㎡(이하 ‘이 사건 제1 토지’라 한다), 같은 동 225-2 전 2,040㎡(이하 ‘이 사건 제2 토지’라 하고, 이 사건 제1 토지와 합하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 관하여 1978. 5. 27. 자 협의분할에 의한 재산상속을 원인으로 소유권이전등기를 각 경료하였다.

2. 사업시행자인 한국토지주택공사, BB시장이 시행하는 공공주택사업[BBPP지구 공공주택사업(제1차)]의 사업 부지에 이 사건 각 토지가 편입되었다.

• 나. 수용재결 및 토지보상 경위

1. 중앙토지수용위원회의 2018. 11. 8. 자 수용재결(수용개시일: 2019. 1. 2.)을 거쳐, 한국토지주택공사가 2019. 2. 22. 이 사건 각 토지에 관하여 2019. 1. 1. 자 토지수용을 원인으로 소유권이전등기를 각 경료하였다.

2. 원고는 2018. 12. 4. 이 사건 제2 토지에 관한 보상금 1,346,808,000원을 수령하였다. 그러나 원고는 이 사건 제1 토지에 대한 보상금(953,894,250원)은 수령하지 않았고, 한국토지주택공사는 2018. 12. 27. 위 보상금을 공탁하였으며, 원고가 2019. 2. 8. 이를 수령하였다.

3. 원고는 이 사건 각 토지의 수용에 관하여 중앙토지수용위원회에 이의재결을 신청을 한 후 이의재결 결과에 불복하여 행정소송을 제기하였다. 수원지방법원은 2020. 12. 10. 원고에 대하여 일부 승소 판결을 선고하였는데(수원지방법원 2019구합*), 그 판결은 2021. 1. 5. 그대로 확정되었다(이하 ‘토지보상 판결’이라 한다). 원고에 대한 보상금은 아래 표와 같이 변경되었다(‘법원감정’은 위 판결에서의 법원감정을 의미한다).

• 다. 양도소득세 부과 처분 경위

1. 원고는 2018. 12. 28. 및 2019. 2. 27. 피고에게 이 사건 각 토지에 관한 2018년 귀속 양도소득 과세표준 (예정)신고서를 제출하였다.

2. 원고는 토지보상 판결이 확정된 후인 2021. 3. 31. 피고에게 ‘토지보상 판결에 의하여 보상금이 증액되어 추가 수령하였는데, 국세청 해석에 따르면 이의재결 또는 소송에 의해 보상금이 증액되는 경우 양도시기는 공탁일이 아닌 변동보상금 확정일과 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 되어야 하는바, 2018년 귀속분으로 신고한 이 사건 각 토지의 양도소득세 신고분 중 이 사건 제1 토지 부분을 2019년 귀속분으로 경정하여 신고한다.’는 취지로 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2021. 8. 20. ‘이 사건 제1 토지의 양도시기를 한국토지주택공사가 보상금을 공탁한 2018. 12. 27.로 보아 위 경정청구를 거부하였다.

3. 원고는 위 거부 처분에 불복하여 2021. 10. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2022. 5. 17. 이 사건 제1 토지의 양도일자는 수용개시일인 2019. 1. 2.이라고 보아 원고의 청구를 인용하는 결정(이하 ’관련 조세심판원 결정‘이라 한다)을 하였다.

4. 피고는 위 조세심판원 결정에 따라 이 사건 제1 토지의 양도소득세 귀속시기를 토지 수용재결 이의재결 법원감정 이 사건 제1 토지 1,346,808,000원 975,632,350원 980,016,000원 이 사건 제2 토지 953,894,250원 1,391,688,000원 1,434,732,000원 합계 2,300,702,250원 2,367,320,350원 2,414,748,000원 2019년으로 경정하였다. 그리고 피고는 과세예고 통지를 거쳐 2022. 7. 1. 원고에게 이 사건 제2 토지 또한 같은 절차에 따라 보상금이 증액⋅확정되었으므로 그 양도시기를 대금 청산일(2021. 1. 5.), 수용개시일(2019. 1. 2.) 또는 소유권이전등기 접수일(2019. 2. 22.) 중 빠른 날인 수용개시일(2019. 1. 2.)이라고 보아 양도시기를 직권으로 2019년으로 하여 증액된 보상금(47,427,650원)에 대해 과소신고⋅납부한 2019년 귀속 양도소득세 16,728,640원(가산세 포함)을 경정⋅고지(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다)하였다.

5. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 8. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 12. 7. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(각 가지번호 있는 서증은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 원고는 2018. 12. 4. 이 사건 제2 토지에 관한 대금을 청산하였고, 이후 토지보상 판결에 따라 보상금이 증액되었다. 그러나 피고는 국세청의 일관된 해석에 반하게, 이 사건 제2 토지의 양도소득세 귀속시기를 2019년으로 직권 변경하였는바, 이 사건 처분은 조세법률주의를 위반한 것이다.
• 나. 원고는 관련 조세심판원 결정에서 이 사건 제1 토지의 양도일자에 대하여만 다투었을 뿐 이 사건 제2 토지의 양도일자를 다투지 않았다. 그러나 피고는 관련 조세심판원 결정을 이 사건 제2 토지의 양도소득세 귀속시기까지 적용하였는바, 이는 관련 조세심판원 결정의 기판력에 반하고, 불고불리의 원칙에 위반되는 것이다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 관련 법리 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 자산의 취득시기 및 양도시기에 관하여 대통령령에 포괄적으로 위임하고 있고, 그 위임에 의하여 소득세법 시행령 제162조 에서 취득시기 또는 양도시기를 구체적으로 규정하고 있는바, 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석․적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것이다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 등 참조). 또한 법률의 규정에 의한 소유권이전이 있는 경우에도 법률행위에 의한 소유권이전이 있는 경우와 마찬가지로 위 각 규정에 의하여 자산의 양도 및 취득시기를 정하여야 한다(대법원 1998. 4. 14. 선고 97누13856 판결, 1994. 10. 25. 선고 94누6154 판결 등 참조).
• 나. 구체적 판단 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음 각 사정을 종합하여 보면, 피고가 이 사건 제2 토지의 양도시기를 수용개시일로 보고 한 이 사건 처분은 적법하다고 봄이 타당하다. 1) 소득세법 제98조 는 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호 는‘대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우란 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘토지 보상법’이라 한다)이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날(다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다)을 말한다.’고 규정하고 있다. 앞서 본 바와 같이 이 사건 제2 토지는 한국토지주택공사가 토지보상법 등 공익사업을 위하여 수용하였으므로, 그 양도시기는 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제7호에 따라야 하는바, 원고는 이 사건 제2 토지가 포함된 이 사건 각 토지의 수용에 관하여 중앙토지수용위원회의 이의재결을 거쳐 행정소송을 통해 보상금 증액을 받았으므로, 대금을 청산한 날인 토지보상 판결의 확정일(2021. 1. 5.), 수용의 개시일(2019. 1. 2.) 또는 소유권이전등기접수일(2019. 2. 22.) 중 빠른 날인 수용개시일(2019. 1. 2.)이 양도시기에 해당하고, 이를 조세법률주의 위반이라고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다. 한편 과세관청인 피고가 이 사건 제2 토지에 대한 양도시기를 원고가 이 사건 제2 토지에 관한 보상금을 수령한 2018. 12. 4.로 보아 과세한다는 점에 관하여 원고에게 어떠한 신뢰를 부여하였다고 볼 아무런 사정이 없는 이상 피고가 직권으로 이 사건 제2 토지의 양도시기를 수용개시일(2019. 1. 2.)로 보아 한 이 사건 처분이 신뢰 보호의 원칙에 반하는 위법한 처분이라고 할 수도 없다

2. 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것)은 제81조에서 심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다고 규정하고, 제80조 제1항, 제2항에서 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다고 규정하고 있으며, 제65조 제1항 제3호에서 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소⋅경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다고 규정하고 있다. 과세처분에 관한 불복절차에서 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 위 법 규정의 취지에 비추어 동일사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다(대법원 2019. 1. 31. 선고 2017두75873 판결 참조). 그러나 원고도 인정하고 있는 바와 같이, 원고는 관련 조세심판원 결정에서 이 사건 제1 토지의 양도일자에 대하여만 다투었을 뿐 이 사건 제2 토지의 양도일자를 다투지 않았는바, 이 사건 제2 토지의 양도시기는 관련 조세심판원 결정의 청구의 대상이 된 처분에 해당하지 않으므로 그 결정의 기속력이 미치지 않는다. 또한 과세관청은 부과제척기간의 제한 내에서 납세자의 신고나 과세처분에 오류가 있는 경우 언제든지 이를 경정할 수 있다. 그러므로 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.