1세대 3주택자의 쟁점주택의 양도에 대해 중과세율 및 장기보유특별공제가 배제되는지 여부

사 건 2023구단13351 양도소득세경정거부처분취소 원 고 신AA 외 1 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 10. 30. 판 결 선 고

2024. 11. 27.

1. 피고가 원고들에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 양도소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.

청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고들은 부부로, 2010. 12. 29. OO시 OO구 OO로 O, OOO동 OOO호(OO동, OO마을)(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 각 1/2지분씩 취득하여 2020. 12. 30. 23억원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하고, 1세대 1주택 고가주택 비과세 및 장기보유특별공제액을 공제하여 양도소득금액을 계산하고, 일반세율을 적용하여 산출한 각 양도소득세 12,529,318원을 신고·납부하였다.
• 나. 이 사건 양도 당시 원고의 주택 보유 현황은 아래와 같다.
• 다. 피고는 2022. 3.경 원고들에게 이 사건 주택의 양도가 1세대 1주택 고가주택의 양도에 해당하나 조정지역 내 3주택을 보유한 것으로 확인되므로 이 사건 주택의 양도가 조정대상지역 내 3주택자의 양도에 해당하여 소득세법 제55조 제1항 에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율(이하 ‘중과세율’이라 한다)이 적용되고, 장기보유특별공제가 적용되지 않는 것으로 수정신고 안내를 하였다.
• 라. 원고 EEE은 2022. 3. 14. 피고의 수정안내에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세 236,208,789원으로, 원고 김승미는 2022. 3. 31. 양도소득세 236,208,807원으로 각 수정신고를 하였고, 2022. 6. 30. 각각 양도소득세 226,180,940원(가산세 포함)을 추가로 납부하였다.
• 마. 원고들은 2022. 10. 4. 피고에게 이 사건 주택의 양도와 관련하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여야 하므로 당초 신고납부한 양도소득세 중 223,679,489원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였는데, 피고는 2022. 10. 20. 원고들의 위 경정 청구에 대해 거부처분을 하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 행정심판을 제기하였는데, 조세심판원은 2023. 6. 28. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 5, 6(각 가지번호 포함), 을 제1, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 원고 주장 원고들이 주거를 이전하기 위하여 이 사건 대체주택을 취득하였다는 점, 이 사건 대체주택을 취득한 후 이 사건 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 사회통념상 일시적이라고 볼 수 있는 점에 비추어 보면, 원고들에게는 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 존재하고, 또한 이 사건 주택의 취득일이 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호, 2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것) 제14조 제1항(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)에서 정한 ‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지’이므로, 위 부칙조항에 따른 특례에 따라 구 소득세법 제104조 제1항 제1호 에서 정한 일반세율을 적용하여야 함에도 중과세율 적용을 전제로 한 이 사건 거부처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 2 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 법률의 개정 시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 참조). 이는 경과규정 뿐 아니라 다른 부칙조항에서도 마찬가지라 할 것이다. 이 사건 부칙조항 이후에 여러 차례 소득세법의 개정이 있었지만, 이 사건 부칙조항을 삭제하거나 그에 대한 경과규정(예를 들어 ‘0000. 00. 00.까지의 양도분에 한해서만 적용한다’)을 두는 등 의 명시적인 조치가 없었고, 현재까지 그대로 존속하고 있다. 이 사건 부칙조항 자체에 효력기한이나 적용기한이 설정된 것도 아니다.

2. 법률의 부칙도 본칙과 동일한 효력을 갖는다. 이 사건 부칙조항은 ‘제104조 제1항 제4호의 규정에도 불구하고’라고 되어 있고, 당시 제104조 제1항 제4호는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세율 규정이다. 이 사건 부칙조항의 의미는 결국 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 하더라도, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조 제1항(일반세율)에 따른 세율을 적용한다’라는 것이다. 즉 위 기간 동안 취득한 자산은 그 양도시기에 관계없이 특례를 규정한 것이다.

3. 이 사건 부칙조항이 적용되는 취득기간은 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지이고, 원고는 그 기간 내인 2010. 12. 29. 이 사건 주택을 취득하여 2년 이상 보유하다 양도하였으므로, 이 사건 부칙조항에 따른 일반세율이 적용되어야 한다. 그럼에도 일반세율이 아닌 중과세율 적용을 전제로 한 이 사건 거부처분은 더 나아가 살필 필요 없이 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.