1세대 3주택 이상인 경우에 해당함

사 건 2023구단1259 양도소득세경정거부처분취소 원 고 A 피 고 B세무서장 변 론 종 결

2024. 4. 26. 판 결 선 고

2024. 5. 24.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 12. 15. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 9. 15. 성남시 C, D호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하였다가 2020. 12. 22. 21억 5,000만 원에 양도한 뒤 2021. 1. 31. 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 46,853,982원을 신고·납부하였다.
• 나. 위 양도 당시 원고는 다음과 같이 주택을 보유하고 있었다. 순번 구분 물건 소재지 취득일 양도일 1 이 사건 주택 (생략) 2004.9.15. 20020.12.22. 2 대체주택 2019.8.13.

• 3 장기임대주택 2008.8.6.

• 4 5 6 7 8 9 10 2011.3.21. 11 2013.12.12. 12 2014.11.4.

• 다. 피고는 원고가 이 사건 주택 양도 당시 조정대상지역에 1세대 3주택 이상을 보유한 자에 해당한다고 보아 양도차익 중 9억 원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 기본세율에 20%를 가산한 중과세율을 적용하여 수정신고를 할 것을 권고하였고, 원고는 이에 따라 2021. 4. 16. 2020년 귀속 양도소득세 484,990,460원을 수정신고·납부하였다.
• 라. 원고는 2021. 7. 19. 위 수정신고한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 12. 15. 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2022. 10. 18. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 원고는 2004. 9. 15. 이 사건 주택을 취득한 뒤 2008년부터 2014년까지 11차례에 걸쳐 임대 목적으로 장기임대주택을 취득하였고, 2018. 10. 5. 주택임대업을 영위하는 사업자로 등록을 마쳤다. 이 사건 주택의 노후화, 고령인 원고의 건강상 이유로 2019. 8. 13. 대체주택을 취득한 다음 이 사건 주택을 처분하고자 하였으나 집값 폭등과 가중된 과세 등 정부의 정책 잘못으로 인하여 매도가 지연되었을 뿐 사회통념상 일시적이라고 인정되는 기간 내에 이 사건 주택을 처분하였고, 이 사건 주택의 양도가 부동산 투기와는 전혀 관련이 없으므로 원고는 장기임대주택을 제외하면 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 정하는 '일시적 2주택자'에 해당한다. 이 사건 주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’의 경우 양도소득세율을 제55조 제1항에 따른 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 제95조 제2항 본문의 괄호 규정에서는 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’은 장기보유특별공제 대상에서도 제외하도록 규정하고 있다. 한편 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 “ 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.”라고 규정하면서 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택을 들고 있는바, 1세대가 소유하는 주택의 수를 계산할 때에는 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 해당하는 주택(수도권 및 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만 산입되지 않을 뿐 나머지 각 호에 해당하는 주택은 비록 그것이 장기임대주택 등이라 할지라도 모두 산입되고, 단지 그 해당 주택 자체가 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는 것으로 봄이 타당하다. 결국 원고 세대의 소유 주택수를 계산할 때에는 이 사건 주택과 양도 당시 원고가 소유한 장기임대주택, 대체주택이 모두 포함되므로, 이 사건 주택의 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 가 정한 '조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택'을 양도한 경우에 해당하고, 이 사건 주택의 양도차익 중 9억 원을 초과하는 부분에 대하여는 중과세율이 적용되고 장기보유 특별공제 대상에서도 제외될 수밖에 없다.

2. 한편 이러한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 관한 중과세율의 적용 취지는 투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 것이므로 종전주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다고 할 것이지만(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 참조), 이러한 특별한 사정의 존재에 대하여는 중과세율의 적용 배제를 주장하는 원고에게 입증책임이 있다고 볼 수밖에 없다. 갑 제1호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면 원고가 2019. 8. 13. 대체주택을 취득한 사실을 인정할 수 있는바, 원고의 주장에 의하더라도 당시 집값이 폭등하던 시기여서 매수인을 물색하는 것이 어려웠을 것으로 보이지 않는데다 달리 추가적인 매도금액 상응의 기대 이외에 달리 이 사건 주택을 대체주택 취득일부터 1년 4개월 동안 보유할 만한 이유를 찾기 어려운 점에 비추어 보면 원고가 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3. 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

따라서 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.