양도소득세 취득가액 및 필요경비 적정 여부

사 건 2023구단12259 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 9. 11. 판 결 선 고

2024. 10. 16.

• 가. 원고는 2006. 10. 10. CCC으로부터 JJ시 ㅇㅇ구 KK동 642-1 대지 205.3㎡ 중 2분의 1 지분에 관하여 거래가액 559,000,000원으로 하여 소유권이전등기를 경료받았다.
• 나. 위 KK동 642-1 토지는 2007. 4. 9. 수원지방법원 JJ지원 20XX자XXX호 화해조서에 의해 KK동 642-1 대지 102.7㎡와 KK동 642-9 대 102.6㎡로 분할되었고, 위 642-1 토지는 원고의 소유로, 위 642-9 토지는 CCC으로 소유로 되었다.
• 다. 한편 원고는 2009. 7. 13. CCC 소유의 위 KK동 642-9 대 102.6㎡와 KK동 642-2 대 200.3㎡ 및 그 지상 건물을 매매를 원인으로 거래가액 20억 원으로 하여 소유권을 취득하였다.
• 라. 원고는 2010. 10. 13. 위 KK동 642-2 단층건물을 멸실한 후 2010. 10. 21. KK동 642, 642-1, 642-2, 642-9 토지(이하 ‘이 사건 대지’라 한다) 지상에 지하3층, 지상 6층 근린생활시설(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하고 소유권보존등기를 경료하였다.
• 마. 원고는 2019. 7. 22. 주식회사 WWWW에게 이 사건 대지 및 건물을 매매를 원인으로 매매가액 114억 원에 매도하고, 2019. 9. 30. 소유권이전등기를 경료하여 주었다.
• 바. 원고는 2019. 11. 29. 이 사건 대지 및 지상 건물의 양도에 관하여 전체 양도가액을 114억 원, 취득가액을 7,231,348,915원, 기타 필요경비를 506,105,000원으로 보아 양도소득세 과세표준을 2,848,789,170원, 양도소득세를 1,161,091,451원으로 산정하여 2019년 귀속 양도소득세 신고서를 제출하였다.
• 사. 원고가 양도소득세 신고서상 기재한 취득가액과 필요경비의 구체적인 내역은 아래와 같다.
• 아. BB지방국세청장은 원고의 2019년 양도소득세 신고서에 대해 세무조사를 실시한 결과, 아래와 같이 결정가액을 산정하고 이를 피고에게 통보하였다.
• 자. 피고는 BB지방국세청장의 양도소득세 과세자료 통보에 따라 2021. 12. 1. 원고의 2019년 귀속 양도소득세 457,146,085원(본세 349,893,295원, 신고불성실가산세 34,989,329원, 납부지연가산세 72,263,461원)을 경정·고지하였다.
• 차. 원고는 이에 불복하여 행정심판을 제기하였고, 조세심판원은 2023. 5. 15. 원고의 취득가액 관련 주장은 기각하였으나, 명도비 1억 원을 필요경비로 산입하여야 한다는 주장을 인용하여 ‘피고가 2022. 4. 26. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 457,146,080원의 부과처분은 원고가 2019. 9. 30. 양수인인 주식회사 WWWW에게 지급한 명도비용 1억 원을 필요경비에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 재결을 하였다.
• 카. 피고는 위 재결에 따라 이 사건 당초 처분 세액 457,146,085원에서 46,094,378원(가산세 포함)을 감액 경정하였고, 결국 이 사건 토지 및 건물에 관한 2019년 귀속 양도소득세 잔존세액을 411,051,707원(본세 314,613,295원, 신고불성실 가산세 31,461,329원, 납부지연가산세 64,977,083원)으로 처분하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5, 13, 14호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장 이 사건 대지 중 642-2, 642-9 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 실제 매매대금은 2,457,000,000원인바, 이를 양도소득세 산정시 적용하면 피고가 원고에게 부과한 양도소득세 중 168,907,200원이 감액되어져야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 참조).

2. 앞서 든 증거들, 을 제7호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의해 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 토지의 실제 매매대금을 원고가 주장하는 금액으로 인정할 수 없고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기 부족하다. 따라서 원고의 주장을 받아들이지 않는다.

① 원고는 이 사건 토지에 대한 양도소득세 신고시 취득가액을 2,436,081,490원 (토지 가액 20억원+영수증 금액 4억원+취등록세 6,081,490원+중개수수료및소개비 3,000만원)으로 신고하였다가 이 사건 세무조사에 이르러서야 토지의 가액을 2,457,000,000원이라고 주장하였다.

② 피고는 종전 소유자의 양도소득세 신고서상 양도가액과 원고의 양도소득세 신고시 제출된 매매계약서를 신뢰하고 이를 근거로 이 사건 토지 취득가액을 산정한 것이다.

③ 이 사건 토지의 취득가액과 기타 필요경비는 매매계약서, 매매대금 지급 증빙 등의 방법으로 실제 지급되었음이 확인되는 것에 한하여 양도소득의 수입금액에서 공제할 수 있을 뿐이고, 이 같은 지급 증빙 등의 증명책임은 납세의무자인 원고에게 있으며, 자의적으로 추정하는 금액은 취득가액 등 필요경비로 인정될 수 없다.

④ 원고는 2019. 11. 29. 이 사건 토지에 대한 양도소득세를 신고하면서, 매매대금이 20억 원이라고 기재되어 있는 매매계약서를 첨부하고, 매매대금 20억 원에 실제 이 사건 토지의 취득과 관련하여 지출되었다는 4억 1,200만 원과 취·등록세를 더한 2,436,081,490원을 취득가액으로 신고하였다.

⑤ 원고는 당초 예정신고시 제출한 매매계약서는 다운계약서이고, 매매대금이 2,457,000,000원이라고 기재된 매매계약서 사본을 제출하면서 위 매매계약서가 실제 매매계약서이며 그 차액 4억 원은 현금으로 지급하였고, 영수증(갑9-3,4,5)을 받았다고 주장한다. 그런데 종전 소유자인 CCC은 이 사건 토지 및 건물을 원고에게 20억 원에 양도하였고, 거래가액이 20억 원으로 기재된 매매계약서가 실제 매매계약서라는 취지로 진술하고 있다. 을 제6호증의 부동산매매계약서에 의하더라도, 매매대금이 20억원으로 기재되어 있고, CCC과 원고의 도장이 날인되어 있다. 원고는 4억 원이라는 금액을 CCC에게 현금으로 지급하였다는 것인데, 갑 제9호증의 2에 의하면, CCC은 2009. 7. 20. 원고에게 이 사건 토지 매매대금으로 계약금과 잔금을 포함하여 20억 원을 지급받았다는 취지의 영수증을 작성하여 교부하였다.

⑥ 위 매매계약를 중개한 중개인이 PPP인데, PPP은 자신이 이 사건 매매계약의 실질적인 중개 역할을 한 게 아니라 원고와 매수인 CCC이 서로 잘 아는 사이로서 그들이 금액을 결정한 것이고, 자신의 기억으로는 계약서 작성이 3번인가 이렇게 반복이 되었던 것으로 기억이 난다고 진술하여 원고와 CCC이 공식으로 행정기관에 제출한 20억 원으로 된 계약서 이외에 다른 계약서를 쉽게 인정하기 어렵다.

⑦ 원고는 CCC에게 대금을 지급하고 CCC으로부터 받았다는 영수증(갑9-1 내지8)을 제출하고 있는데, 이들 영수증을 살펴보면, 갑 제9호증의 5, 7, 8은 그 기재내용으로 보아 매매대금이 아님이 분명하고, 갑 제9호증의 9 기재 금액은 위 같은 날자 갑 제9호증의 2의 기재에 비추어 이에 포함된다고 봄이 타당하다. 그런데 계약금조로 기재된 갑 제9호증의 1, 3, 4는 원고가 주장하는 다운계약서(갑1)나 원고 스스로 진정한 계약서라고 주장하는 갑제3호증에 비추어 보더라도 그 계약금 2억 원을 계약시 지불하고, 나머지 금액은 2009. 7. 20.에 지불하기로 기재되어 있는 점에 비추어 계약금 2억 원을 초과한 금액이 계약금으로 지급되었다고 보기 어렵고, 갑 제9호증의 2에 비추어 이 역시 위 갑제9호증의 2의 금액에 이미 포함되었다고 봄이 타당하다. 원고로서는 20억 원 이외에 4억 5,700만 원 상당을 추가로 현금 등으로 지급하였다면 위 금액에 대해서는 그 증빙자료가 더욱 필요함에도 이를 보여주는 자료가 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.