초과보수액이 손금불산입되는 상여에 해당하는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지

피고가 원고에게 한 별지 1 목록 기재 2021. 6. 1.자 각 법인세 부과처분(고지세액) 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분, 별지 1 목록 기재 2021. 6. 4.자 각 소득금액변동통지 중 ‘차액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분, 별지 1 목록 기재 2021. 11. 12.자 경정거부처분을 모두 취소한다

• 가. 원고는 2013. 6. 24. 플라스틱 성형 제조 및 도소매업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인이고, 원고의 대표자 사내이사최AA는 원고의 지분 100%를 보유하고 있다.
• 나. 원고는 2018년 ~ 2020년 사이에 반도체 Tray 및 RS Case(폴리에틸렌으로 만들어진 반도체 칩 포장상자로 방사능을 차폐하여 반도체 칩을 보호하는 역할을 하는 제품, 이하 ‘이 사건 제품’이라고 한다)를 생산하여 판매하였다.
• 다. 원고는최AA에게 급여 명목으로 2018년에 1,360,000,000원을, 2019년에 650,500,000원을, 2020년에 950,000,000원을 각 지급하였다.
• 라. 서울지방국세청장은 원고의 2017 ~ 2019 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과 ① 원고가 2018 ~ 2019 사업연도에최AA에게 지급한 급여는 법인의 이익을 대표자에게 분여하기 위해 급여의 형식만 취한 것으로서 실질은 이익처분이라고 보아 매출액이 유사한 동종업체 중 대표이사 급여가 높은 상위 3개 업체((주)○○테크닉스, (주)○○패키지, (주)○○산업, 이하 ‘비교업체들’이라고 한다)의 대표이사 급여 평균액(이하 ‘이 사건 기준금액’이라고 한다)을 초과하는 금액을 손금불산입하고, ② 원고가 2018 ~ 2019 사업연도에 특수관계법인인 주식회사 BB(이하 ‘BB’라고 한다)에 무상으로 원자재 및 부자재(박스, 파렛트)를 제공한 가액에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 익금산입한 결의서 내역을 피고에게 통보하였다.
• 마. 피고는 세무조사 결과의 취지에 따라 2021. 6. 1. 원고에게 2018 사업연도 법인세 398,166,090원(가산세 포함)을, 2019 사업연도 법인세 353,858,290원(가산세 포함)을 각 경정·고지하는 처분을 하였고, 2021. 6. 4. 대표자최AA를 소득의 귀속자로 하여 2018년 귀속 소득금액을 1,175,211,213원으로, 2019년 귀속 소득금액을 394,517,018원으로 하는 각 소득금액변동통지를 하였다. 바. 원고는 위 처분의 취지에 따라 2020 사업연도에최AA에게 지급한 급여 중 당해 연도 비교업체들 대표이사 급여 평균액을 초과한 712,166,667원을 손금불산입하여 2020 사업연도 법인세 576,722,196원2)을 신고하였다.
• 사. 원고는 2021. 9. 17. 위 바.항과 같이 신고한 2020 사업연도 법인세 576,722,196원과최AA에게 지급한 급여 중 손금불산입한 712,166,667원을 손금에 산입하여 산출한 2020 사업연도 법인세 434,288,863원3)의 차액 142,433,333원(= 576,722,196원 – 434,288,863원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 11. 12. 원고의 경정청구를 거부하였다.
• 아. 별지 1 목록 기재 각 처분의 구체적 내용은 아래 표 기재와 같다(이하 위 마.항의 법인세 경정·고지와 소득금액변동통지, 위 사.항의 경정청구거부를 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).
• 자. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 9. 13. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의1 내지 6, 제2, 3호증, 을 제1호증의1, 2, 제2호증의1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 초과급여 명목 금액 손금불산입 부분 1)최AA는 이 사건 제품에 맞는 폴리에틸렌 시트(Polyethylene Sheet)를 개발하였고, 이 사건 제품에 고객사의 상표를 인쇄하는 잉크의 혼합 방법을 고안하였으며, 재단·오시 작업을 위한 재단지그 및 오시금형을 개발하였고, 폴리에틸렌 시트를 접합하는 초음파 자동 융착기 및 스태킹 장비를 개발하는 등 이 사건 제품의 개발은 전적으로최AA의 아이디어와 노력에 의하여 이루어졌다.최AA는 원고의 제품 개발, 생산 및 영업, 판매 등에 이르기까지 사업 전반을 총괄하면서 실질적으로 대표이사 이상의 역할을 수행하였으므로, 원고가최AA에게 지급한 급여 전액을 정당한 직무수행의 대가로 인정하여야 한다.

2. 피고가 선정한 비교업체들은 도시락, 페트병 용기, 홀더 등의 제품을 제조하는 회사이므로 반도체용 포장박스를 제조하는 원고와 경쟁관계에 있지 않고, 그에 따라 제품의 단가와 매출액, 영업이익은 물론 거래처 등도 달라 원고와 동종업체로 볼 수 없다. 이 사건 제품은 방사능으로부터 반도체를 보호하는 역할을 하는 고부가가치 상품이므로 원고와 비교업체들은 대표자급여 차감 전 영업이익율 등에서 차이가 있다.

3. 그럼에도 피고가 이 사건 기준금액을 초과한 금액을 대표자급여 명목의 실질적인 이익분여로 보아 손금불산입한 것은 위법하다.

• 나. 원재료 무상양도에 의한 익금산입 부분 BB가 원고 소유의 원재료를 가공하여 원고에게 이 사건 제품의 제조용역을 무상으로 제공한 것이라면, 원고가 BB에 이 사건 제품의 원재료를 무상으로 양도함으로써 이익을 분여한 것이 아님은 분명하다. 원고가 BB에 이 사건 제품의 원재료를 무상으로 양도하였음을 전제로 하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수는 없다. 그럼에도 피고가 원재료 가액 상당의 금액을 익금산입한 것은 위법하다.

별지 2 기재와 같다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 초과급여 명목 금액을 손금불산입한 것이 적법한지

1. 관련 규정 및 법리 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의하면 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액을 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 하고 있다. 구 법인세법 제26조 제1호 에 의하면 인건비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 하고 있고, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조 제1항에 의하면 법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 그러나 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적·계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 구 법인세법 시행령 제43조 제1항 에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 본 사실에 앞서 든 증거들, 갑 제4호증의1 내지 5, 제5호증, 제6호증의1, 2, 제7 내지 10호증, 을 제3호증의1, 2, 3, 제4호증의1 내지 5, 제5 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 2018 ~ 2020 사업연도에 최AA에게 지급한 급여는 대표이사의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 보수의 형식을 취한 것으로서 실질적인 이익처분에 해당하므로 구 법인세법 제26조 제1호 에 따라 손금불산입의 대상이 된다고 봄이 타당하다. 피고는 이 사건 기준금액을 직무집행의 대가에 해당한다고 보고최AA의 급여 중 이 사건 기준금액을 초과한 부분만을 손금불산입하였는데, 원고가 제출한 증거들만으로는최AA의 적정한 직무집행의 대가가 위 금액을 초과한다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 원고의 2018 ~ 2020 사업연도의 매출총이익, 영업이익, 대표자급여 등은 아래 표 기재와 같다. 원고는 2018 ~ 2020 사업연도에 위와 같이 당기순이익이 발생하였음에도 배당을 실시하지 않았고, 대표자급여 차감 전 영업이익의 대부분 즉, 2018년에는 94.98%, 2019년에는 89%, 2020년에는 76.02%에 해당하는 금액을최AA에게 급여로 지급하였다.최AA는 원고의 발행주식 100%를 보유하는 1인 주주이자 대표자로서 자신과 다른 직원들의 보수를 자유롭게 정할 수 있는 지위에 있었고, 이익배당 여부 및 배당금의 액수 등을 결정할 수 있는 지위에도 있었다.
• 나) 원고와 비교업체들(원고와 동종업체인 포장용 플라스틱 성형용기 제조업체 10개 중 대표이사 급여가 높은 상위 3개 업체)의 2018 ~ 2020 사업연도 매출액, 매출총이익, 대표자급여, 매출총이익 대비 대표자급여 비율은 아래 표 기재와 같다. 원고와 비교업체들의 3년간(2018 ~ 2020 사업연도) 평균 매출총이익, 평균 대표자급여 차감 전 영업이익, 평균 대표자급여 등은 아래 표 기재와 같다. 이에 따르면 원고가최AA에게 지급한 급여 액수는 비교업체들의 대표자급여의 평균액 대비 3배를 초과하는 수준으로 현저히 높고, 평균 매출총이익 대비 평균 대표자급여 비율, 평균 대표자급여 차감 전 영업이익 대비 대표자급여 비율도 현저히 높다. 다) 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 피고의 비교업체들 선정이 부적절하다고 보기 어렵다. ① 비교업체들의 사업 분야는 원고와 동일한 ‘포장용 플라스틱 성형용기 제조업’인데, 한국표준산업분류에 의하면 ‘포장용 플라스틱 성형용기 제조업’은 ‘플라스틱 물질을 성형하여 병, 통, 상자 등의 플라스틱 포장용 또는 운반용의 용기, 마개 및 관련 제품을 제조하는 산업활동’을 의미하므로, 비교업체들과 원고는 같은 매출업종코드(252901)에 해당한다. 매출업종코드는 국세청이 사업자가 영위하는 사업의 종류를 식별하기 위하여 사업자가 제공하는 재화나 용역의 특성 등에 따라 분류하여 부여한 각각의 고유의 인식번호이고 세무 관련 자료에 필수적으로 기재하도록 하고 있다. 따라서 피고가 동일한 매출업종코드에 해당하는 업체들을 비교대상으로 선정한 것은 일응 적정한 기준에 의한 것이라고 판단된다. ② 비교업체들은 도시락, 페트병 용기, 홀더 등의 제품을 제조하고 있고, 원고는 반도체용 포장박스를 제조하고 있어 그 고객층이 다르므로 현재 생산하는 제품들이 시장에서 서로 경쟁하는 관계에 있다고 보기는 어렵다. 그러나 영업의 종류나 매출구조가 본질적으로 다르지 않다면 비교대상을 반드시 경쟁관계에 있는 업체로 선정하여야 할 법률적·사실적 근거가 없는 점, (주)DD(이하 ‘DD’이라고 한다)의 대표이사로 근무한 손CC이 수원고등법원 2024누12920 사건(이하 ‘관련사건 소송’이라고 한다)에 증인으로 출석하여 ‘이 사건 제품의 방사능 차폐 기능은 탄화수소 복합체인 폴리에틸렌 소재의 물적 특성에 기인한 것이고, 위 소재를 활용하는 외에 별도로 방사능 차폐 기능을 위한 공정을 하는 것은 아니다.’ 라는 취지로 진술한 점 등에 비추어 보면, 비교업체들이 비록 경쟁관계에 있지 않다고 하더라도 영업의 종류나 매출구조가 본질적으로 다르지 아니하므로 그러한 사정만으로 동종업체로서 비교대상으로 삼은 것이 부적절하다고 보기 어렵다. ③ 원고의 2018 ~ 2020 사업연도 평균 매출액 대비 평균 대표자급여 차감 전 영업이익율은 아래 표 기재와 같이 17.15%8)이고, 이는 같은 기간 비교업체들의 영업이익율과 큰 차이가 나지 아니하므로, 고부가가치 상품으로서 영업이익율이 높다는 등의 원고 주장 사정만으로 원고와 비교업체들을 비교하는 것이 부적절하다고 볼 수 없다. 또한 피고는 원고에게 유리하도록 10개의 동종업체 중 대표자급여가 높은 상위 3개 업체를 최종 비교업체로 선정하였으므로 비교업체 선정이 원고에게 부당하게 불리하다고 볼 수도 없다.
• 라) 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고 주장 사정 및 제출된 증거들만으로는 최AA가 동종업체의 대표자와는 근본적으로 다른 업무수행이나 특별한 기여를 하였다고 인정하기에 부족하다. ①최AA는 세무조사 과정에서 ‘이 사건 제품 원재료를 구하기 위해 사방으로 찾다가 주식회사 EE(이하 ’EE‘라고 한다) 사장에게 이런 재질의 원재료를 원한다고 설명하니, 본인이 배합하여 보내줄 수 있다고 하였다.’, ‘폴리에틸렌 시트 원재료를 매입하기 위해 물색했으나 매입할 수 없었는데, 그 때 EE 사장이 먼저 전화로 연락이 와서 원재료를 공급해주겠다고 해서 원재료를 받아서 제작하게 되었다.’, ‘주식회사 FF(이하 ’FF‘라고 한다)의 이GG로부터 재질을 폴리에틸렌(PE)으로만 만들어 달라고 들었고, 이 사건 제품의 특성은 모르고 제품의 형태에만 관여하였다.’라는 취지로 진술하였다. ② 원고는 EE와 주식회사 HH를 통하여 제조업체인 JJ과 주식회사 KK부터 폴리에틸렌 시트를 공급받은 것으로 보이므로,최AA가 폴리에틸렌 시트의 배합비율을 연구·개발하는 데에 결정적인 역할을 한 것으로 보기 어렵다. ③최AA가 이 사건 제품과 관련하여 폴리에틸렌 시트의 두께와 프레스 압력치를 조정하는 방식으로 이 사건 제품의 클레임을 해결하였고, 지그 도면을 직접 그려 업체(신세기레이저)에 의뢰하여 재단지그를 만들었으며, 오시 작업(폴리에틸렌 시트에 압력을 가하여 접힘선을 그어 놓는 작업)을 할 수 있는 오시금형을 개발하였고, 폴리에틸렌 시트 접합 등을 위한 초음파 자동 융착기나 스태킹 장비를 외부업체(에이스초음파 등)에 의뢰하여 제작하였으며, 상표 인쇄용 잉크 문제를 해결할 만한 인쇄업체를 물색하여 상표 인쇄를 의뢰하는 등의 기여를 한 것으로 보인다. 그러나 폴리에틸렌 시트의 두께와 프레스 압력치를 조정하는 해결방법이 독창성이나 고도의 기술력을 필요로 하는 것으로 보기는 어려운 점, 재단지그, 오시금형, 초음파 융착 장비, 스태킹 장비 등은 업계에서 일반적으로 사용되는 기술 내지 장비인 점,최AA의 업무성과평가 또는 급여산출내역 등최AA의 높은 급여액을 뒷받침하는 구체적 자료가 제출되지 않은 점 등에 비추어, 원고 주장 사정 및 제출된 증거들만으로는최AA의 기여도가 고액의 급여를 정당화할 수 있을 정도로 비교업체들의 대표자들에 비하여 높게 평가되어야 한다고 인정하기 어렵다. 마)최AA는 세무조사 과정에서 대표자급여가 2017년에 264,000,000원, 2018년에 1,360,000,000원, 2019년에 650,500,000원으로 크게 증가한 이유에 대하여, ‘FF에서 단가를 낮추려 해서 원가를 높여 이익을 낮아 보이게 하려고 급여를 올렸다.’라고 진술하였다. 위와 같은최AA의 진술에 의하면최AA는 매출처의 단가 인하에 대한 방어 차원에서 고액의 급여를 지급받은 것이고, 원고는 동일한 금액이 배당금으로 지급되었을 경우에 발생하였을 법인세를 절감하는 효과를 누린 것이므로,최AA에게 법인세 절감의 주관적 의도가 없었던 것으로 보기도 어렵다.
• 바) 원고와 같은 1인 주주인 주식회사는 그 특성상 1인 주주가 자의적으로 보수를 확대 계상해 법인 자금을 보수 명목으로 손쉽게 유출하고 법인의 조세 부담을 부당하게 감소시킬 가능성이 존재하여, 임원 등의 보수에 대하여 앞서 본 구 법인세법 등 관련 규정을 마련하여 둔 것이므로, 공평과세와 조세정의 실현을 위해 그러한 위험을 방지할 수 있도록 위 관련 규정은 엄격하게 지켜질 필요가 있다. 대표자 등에게 과다하게 지급된 급여 부분을 구 법인세법 등 관련 규정상 손금불산입 대상(실질적 이익처분에 의한 보수)에 해당하지 않는다고 판단한다면, 대표자 등에게 고액의 보수를 지급하는 방식으로 구 법인세법 등 관련 규정상 손금불산입에 관한 규제를 손쉽게 회피할 수 있게 된다.
• 나. 원재료 무상양도로 보아 그 가액 상당 금액을 익금산입한 것이 적법한지 위 인정사실에 을 제3호증의1, 2, 제4호증의1, 2, 제9, 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고는 특수관계법인인 BB에 원고 소유의 원재료를 무상으로 제공하였으므로, 이는 부당행위계산부인에 따른 익금산입 대상에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

1. BB는 2018. 3. 2. 플라스틱 성형제품 제조업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인이고,최AA는 BB의 지분 100%를 보유하고 있다. 2)최AA는 이 사건 제품 제작에 특화된 생산시스템을 갖추고 있는 BB에서 이 사건 제품을 전담하여 생산하는 것이 효율성 측면에서 낫다고 판단하여, BB가 설립된 이후부터는 BB가 이 사건 제품을 임가공을 하는 방식으로 생산시스템을 변경하였다.

3. 원고는 BB가 이 사건 제품을 생산하는데 필요한 원·부자재를 대신 구입하여 BB에 무상으로 제공하였다. 원고와 BB는 모두 이 사건 제품을 생산하여, 원고는 주요 매출처인 FF 등에게, BB는 주요 매출처인 DD 등에게 이 사건 제품을 각각 판매하였다. 따라서 원고가 이 사건 제품을 공급받기 위하여 BB에 원고 소유의 원·부자재를 일시적으로 제공하였다고 보기 어렵다. 4)최AA는 세무조사 과정에서 원고의 세무대리인이 입회한 상황에서 아래와 같은 내용의 확인서에 서명·날인을 하였다. 무상공급 내역에 원고가 BB의 임가공을 거쳐 판매한 이 사건 제품의 원·부자재 가액이 포함되어 있다면최AA가 아래와 같은 무상공급 내역의 금액을 확인하고도 확인서에 서명·날인을 하지는 않았을 것으로 보인다. 원고가 BB의 임가공을 거쳐 판매한 이 사건 제품의 원·부자재 가액이 포함되어 있다고 인정할 만한 회계장부 등의 자료도 제출되지 않았다.

5. BB는 원고가 판매한 이 사건 제품에 대하여 원고에게 임가공 용역을 무상으로 제공함으로써 원고에게 이익을 분여하였고, 원고는 BB가 판매한 이 사건 제품에 대하여 BB가 부담하여야 하는 원·부자재 비용을 대신 부담함으로써 BB에 이익을 분여하였으므로, 과세관청은 원고와 BB 모두에게 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.