정상가격 산출방법 및 비교대상업체 선정이 적법한지 여부

사 건 2022구합75045 법인세등부과처분취소 원 고 레○○○○○ 주식회사 피 고

○○세무서장 외 1명 변 론 종 결

2023. 9. 6. 판 결 선 고

2023. 11. 8.

1. 피고들이 원고에게 한 별지1 목록 제1항 기재 각 소득금액변동통지 및 제2항 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 이 사건 거래

1. 원고는, 이BB가 1986. 12. 27. ‘주식회사 ㅇㅇ스프링’이라는 상호로 설립한 전자부품, 스프링 제조 및 판매업 등을 영위하는 법인으로, 2014년 11월 현재의 상호로 변경하였다. 이BB의 큰아들이자 원고의 대표이사인 이AA이 원고 지분의 49.03%를 보유하고 있고, 이AA을 포함한 가족들이 원고의 지분 90% 이상을 보유하고 있다.

2. 원고는 2005년 건강가전사업부를 신설하여 침구청소기 제조⋅판매를 시작하였는데, 2011년 11월부터 원고와 특수관계가 없는 ‘시ㅁㅁ(xxxxxx)’라는 일본 전자제품 도매업체를 통하여 일본에 침구청소기를 수출하였다.

3. 이AA은 2012년 6월경 전액을 출자(엔화 500만 엔)하여 레ㅇㅇㅇㅇ(xxxxx xxxxx Inc., 이하 ‘레ㅇㅇㅇㅇ’이라 한다)을 설립하였다. 원고는 2013년 5월경부터 레ㅇㅇㅇㅇ을 통해 일본에 침구청소기를 수출하기 시작하였고(이하 ‘이 사건 거래’라 한다), 거래흐름도는 아래와 같다.

• 나. 원고의 법인세 신고

1. 원고가 2011년 11월 시ㅁㅁ와 체결한 공급계약에 따라 시ㅁㅁ에 판매한 침구청소기 가격은 구형모델(BG-200) 기준 대당 미화 102.3달러(약 114,324원)이다.

2. 이 사건 거래 이후 원고의 레ㅇㅇㅇㅇ에 대한 판매가격은 대당 6,438엔(약 70,045원)이고, 레ㅇㅇㅇㅇ의 시ㅁㅁ에 대한 판매가격은 기존과 마찬가지로 미화 102.3달러(약 114,324원)이다. 원고는 레ㅇㅇㅇㅇ이 단순판매기능만을 수행하는 것이 아니라 원고와 함께 각자 기술과 마케팅무형자산을 보유한 상태에서 이 사건 거래를 한 것으로 보아, 구 국제조세조정에 관한 법률(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제5조 제1항 제4호에 따른 이익분할방법을 적용하여 이 사건 거래가 정상가격 범위에 해당하는 것으로 판단하고, 2014년 내지 2016년 각 법인세를 신고하였다.

3. 원고와 레ㅇㅇㅇㅇ의 침구청소기 관련 매출액, 영업이익 등 현황은 아래와 같다.

• 라. 이 사건 처분의 경위

1. 피고 ㅇㅇ지방국세청장은 2018. 9. 10.부터 2018. 12. 27.까지 원고의 2014년 내지 2016년 각 사업연도 법인제세 통합조사를 실시하여, 레ㅇㅇㅇㅇ이 단순판매 기능만을 수행한다고 보아, 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제5호 에 따른 거래순이익률방법을 적용해 이 사건 거래의 정상가격을 산출하였다.

2. 피고 ㅇㅇ지방국세청장은 레ㅇㅇㅇㅇ을 분석대상법인으로 정한 다음 레ㅇㅇㅇㅇ의 비교대상회사로 xxxxx Group Co. Ltd, xxxxxx Co., Ltd., xxxxx Co.,Ltd., xxxxxx Co., Ltd., xxxxx Co., Ltd. 등 5개 회사(이하 ‘선행 비교대상회사들’이라 한다)를 선정하고 레ㅇㅇㅇㅇ의 영업이익률 중 선행 비교대상회사들 영업이익률의 중위값을 초과하는 부분을 소득조정율로 하여 이전가격 소득조정금액을 산출하였다. 피고 ㅇㅇ지방국세청장은 별지1 목록 제1항 ‘당초 이전소득금액(A)’란 기재 각 돈을 원고의 2014년 및 2015년 과세기간 익금에 산입하도록 피고 ㅇㅇ세무서장에게 통보하고, 원고에게 위 돈을 레ㅇㅇㅇㅇ 귀속 배당으로 소득처분하는 내용으로 각 소득금액변동통지를 하였다. 피고 ㅇㅇ세무서장은 피고 ㅇㅇ지방국세청장의 조사 결과 통보에 따라, 2020. 3. 16. 원고에게 별지1 목록 제2항 ‘당초 고지세액(가산세 포함, A)’란 기재 2014년 사업연도 및 2015년 사업연도 각 법인세를 경정‧고지하였다.

3. 원고는 각 소득금액변동통지 및 각 법인세 경정처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2021. 12. 3. ‘이 사건 거래의 정상가격 산출방법으로 거래순이익률방법을 적용하되 비교대상 선정과 비교가능성을 높이기 위한 합리적인 차이조정 등에 대하여 재조사를 해 그 결과에 따라 과세표준 및 세액 등을 경정하라.’는 취지의 결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라 한다)을 하였다.

4. 이 사건 재조사 결정에 따라 피고 ㅇㅇ지방국세청장은 이 사건 거래의 정상가격을 거래순이익률방법으로 산출하되, 레ㅇㅇㅇㅇ의 비교대상회사로 xxxx xxxxx Corporation, xxxx xxxxx Co. Ltd., xxxxx Co. Ltd., xx xxxx xxxxxx, xxxxxx Co. Ltd., xxxx xxxxxx 등 6개 회사(이하 ‘이 사건 비교대상회사들’이라 한다)를 재선정하고, 레ㅇㅇㅇㅇ의 영업이익률 중 이 사건 비교대상회사들의 영업이익률의 중위값을 초과하는 값을 소득조정율로 하여 이전가격 소득조정금액을 재산출하였다. 피고 ㅇㅇ지방국세청장은 2022. 5. 20. 원고에게 ① 2014 사업연도 이전가격 소득조정금액을 10,704,611,900원 감액하여 28,322,618,985원으로, ② 2015 사업연도 이전가격 소득조정금액을 6,013,592,757원 감액하여 8,554,335,698원으로 각 경정⋅고지하였다[이하 각 소득금액변동통지 중 감액되고 남은 부분이 별지1 목록 제1항 ‘이 사건 이전소득금액(=A-B)’이다].

5. 피고 ㅇㅇ세무서장은 2022. 5. 20. 원고에게, ① 2014 사업연도 귀속 법인세 중 3,820,497,418원을, ② 2015 사업연도 귀속 법인세 중 1,852,759,000원을 각 감액하여 경정⋅고지하고, 감액된 세액을 환급하였다[각 법인세 경정처분 중 감액되고 남은 부분이 별지1 목록 제2항 ‘이 사건 취소세액(=A-B)’이다. 이하 각 소득금액변동통지 중 감액되고 남은 부분, 각 법인세 부과처분 중 감액되고 남은 부분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다]. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 있는 서증은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 3, 4, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제5호 거래순이익률방법에 따라 정상가격을 산출하는 경우 비교대상거래와의 사이에 비교가능성이 확보되거나 비교되는 상황 간 차이가 합리적으로 조정되어야 한다. 그러나 이 사건 비교대상회사들은 순이익에 중대한 영향을 주는 취급 제품의 종류, 품목의 수, 판매 채널, 사업활동의 기능 등에 있어서 레ㅇㅇㅇㅇ과 본질적 차이가 있으므로, 이 사건 비교대상회사의 이익률을 기준으로 정상가격을 산정한 것은 위법하다.
• 나. 피고들은 비교대상업체를 선정함에 있어 ‘레ㅇㅇㅇㅇ과 유사한 기능을 수행했는지 여부 등을 검토하라.’는 취지의 이 사건 재조사 결정에 기속되어 그 결정에 따른 재처분을 하여야 하나, 위 내용에 대한 제대로 된 검토 없이 이 사건 비교대상회사들을 선정하였는바, 이는 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하다.
• 다. 정상가격 산출방법을 선택할 때 ‘기준 거래와 비교대상 거래 사이의 비교가능성’을 반드시 고려하여야 하는데[구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29525호 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제5조제2항], 비교되는 상황 사이의 차이가 거래의 순이익에 중대한 영향을 주고, 그 영향에 의한 차이를 합리적으로 조정할 수 없는 경우에는 비교가능성이 높지 않아 거래순이익률방법을 적용해 과세할 수 없다. 그러나 피고들은 앞서 본 바와 같이 레ㅇㅇㅇㅇ과 이 사건 비교대상회사들의 차이를 합리적으로 조정하지 않았으므로 레ㅇㅇㅇㅇ과 이 사건 비교대상회사들의 영업이익률을 비교하는 거래순이익률방법을 적용해 이 사건 거래의 정상가격을 산출해서는 안된다. 오히려 원고는 특수관계에 있는 레ㅇㅇㅇㅇ과 고도로 통합된 기능을 수행하고 있으므로 이익분할방법이 가장 합리적인 정상가격 산출 방법이라고 할 것이므로, 이 사건 거래에 거래순이익률방법을 적용해 산출한 가격은 적법한 정상가격이 아니다.

별지2 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 인정사실 앞서 든 증거, 갑 제9 내지 17, 21 내지 24호증, 을 제5 내지 10, 15 내지 30호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 보태어 보면 아래 각 사실이 인정된다.

1. 원고는 침구청소기를, 2013년 4월까지 일본 도매업체 시ㅁㅁ에 직접 수출하다, 2013년 5월부터 9월까지는 시ㅁㅁ 및 레ㅇㅇㅇㅇ에 수출하였고, 2013년 10월부터는 레ㅇㅇㅇㅇ에만 수출하였다. 한편 원고의 대표이사, 기획팀장은 2016년 중반까지 레ㅇㅇㅇㅇ 매출 대부분은 시ㅁㅁ를 통해 이루어졌다고 진술하였다.

2. 원고는 2013년경까지 일본 내 침구청소기 광고비를 전액 부담하였으나, 2014~2015년에는 레ㅇㅇㅇㅇ의 광고비 약 15~16% 정도를 부담하였다.

3. 레ㅇㅇㅇㅇ의 의뢰로 2013년 4월 일본 소비자를 대상으로 실시된 조사 결과 침구청소기에 대한 인지도는 18.1%, 브랜드 ‘ㅇㅇㅇ’에 대한 인지도는 14.5%로 나타났다. 레ㅇㅇㅇㅇ은 위 조사 결과에 따라 침구청소기에 대한 구매의향도, 만족도를 향상시키는 내부 전략을 수립하고 다양한 매체에서 마케팅 활동을 하고, 여러 상표권을 등록하기도 하였는데, 2014년 4월 일본 소비자를 대상으로 실시한 조사 결과 침구청소기에 대한 인지도 76.5%, 브랜드 ‘레ㅇㅇ’에 대한 인지도 41.1%를 기록하기도 하였다.

4. 레ㅇㅇㅇㅇ의 2014~2015 각 사업연도 매출액, 광고선전비 현황은 아래와 같다.

5. 원고와 레ㅇㅇㅇㅇ의 시험연구비 지출액 현황은 아래와 같다.

6. 원고의 연구, 디자인, 영업 등 각 부서 직원들은 일본으로 2013년 8회, 2014년 28회, 2015년 38회, 2016년 30회, 2017년 18회 출장을 다녀왔다.

7. 원고가 dd회계법인에 이 사건 거래에 관한 이전가격 산정을 의뢰하여 dd회계법인이 2016년 9월 원고에게 보고한 원고 국외특수관계자거래에 대한 이전가격 연구보고서 중 레ㅇㅇㅇㅇ의 판매 및 마케팅 관련 내용은 아래와 같다.

8. 레ㅇㅇㅇㅇ의 2017~2021 각 사업연도의 손익계산서의 내용은 아래와 같은데, 같은 기간 지속적으로 영업손실이 발생하였다.

9. xxxxxxx검찰청은 2018. 8. 28. 원고, 이AA 등에 관한 관세법위반 혐의(레ㅇㅇㅇㅇ 관련 가격조작의 점) 등에 대하여 공소를 제기하였는데, xxxx지방법원은 2019. 11. 27. 위 부분에 대하여 무죄를 선고하였고(xxxxx지방법원 20xx고단xxxx), 검사가 항소하였으나 항소가 기각되어 그대로 확정(이하 ‘관세법위반 형사판결’이라 한다)되었다(xxxx지방법원 20xx노xxxx). 관세법위반 형사판결(제1심)의 주요 내용은 아래와 같다.

10. 피고 ㅇㅇ지방국세청장은 이 사건 재조사 결정 이후 그 결정 취지에 따라 1~4 차에 걸쳐 비교대상회사를 선정하는 작업을 진행하였다. 피고 ㅇㅇ지방국세청장은 비교대상회사의 영업이익률, 본점 소재지, 취급 품목의 유사성 등을 검토하는 분석절차를거쳐 2022년 4월 이 사건 비교대상회사들을 선정하였는데, 이 사건 비교대상회사들에 대한 분석 내용은 아래와 같다.

11. 레ㅇㅇㅇㅇ과 이 사건 비교대상회사들의 취급 제품, 판매 채널은 아래와 같다.

12. 이 사건 비교대상회사들 중 xxxxxx xxxxxx Co. Ltd.는 2014 사업연도에 약 3,300백만 엔(매출액 대비 약 16.3%)의 광고선전비를 지출하였다고 공시하였으나, 나머지 회사들은 광고선전비 지출 내역을 별도로 공시하지 아니하였다. 다만 이 사건 비교대상회사들의 2014 사업연도 기준 매출액 대비 판매비와 관리비의 비중은 약 12~38%에 이른다.

• 나. 관련 규정 및 법리

1. 관련 규정

• 가) 정상가격 산출방법 구 국제조세조정법 제4조 제1항 은 ‘과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 제5조 제1항은 ‘정상가격은 비교가능 제3자 가격방법(제1호), 재판매가격방법(제2호), 원가가산방법(제3호), 이익분할방법(제4호), 거래순이익률방법(제5호), 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법(제6호) 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다.’고 규정하고, ‘그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법(제6호)은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.’고 규정하고 있다. 그리고 구 국제조세조정법 시행령 제5조 제1항 은 ‘구 국제조세조정법 제5조 제1항 에 따라 정상가격을 산출할 때 ① 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것(제1호), ② 사용되는 자료의 확보ㆍ이용 가능성이 높을 것(제2호), ③ 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래를 비교하기 위하여 설정된 경제 여건, 경영 환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것(제3호), ④ 사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상가격에 미치는 영향이 적을 것(제4호), ⑤ 특수관계가 있는 자 간의 거래와 정상가격 산출방법의 적합성이 높을 것(제5호)을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.‘고 규정하고 있고, 위 제1호의 비교가능성이 높다는 것은 (i) 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우(가목), (ii) 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 그 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우(나목) 중 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다(구 국제조세조정법 시행령 제5조 제1항 제1호 각 목 참조).
• 나) 거래순이익률방법의 내용 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제2항 은 ’구 국제조세조정법 제5조 제1항 제5호 에 따른 거래순이익률방법을 적용할 때 ① 통상의 거래순이익률은 (i) 매출에 대한 거래순이익의 비율, (ii) 자산에 대한 거래순이익의 비율, (iii) 매출원가 및 영업비용에 대한 거래순이익의 비율, (iv) 영업비용에 대한 매출총이익(거래순이익과 영업비용을 합산한 것을 말한다. 이하 같다)의 비율, (v) 그 밖에 합리적이라고 인정될 수 있는 거래순이익률을 기초로 산출하고, ② 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이장에서 같다)가 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래와 비슷한 거래를 특수관계가 없는 자와는 한 적이 없는 경우에는 (i) 국외특수관계인과 특수관계가 없는 자 간의 거래, (ii) 특수관계가 없는 제3자 간의 거래 중 해당 거래의 조건과 상황이 비슷한 거래의 거래순이익률을 사용할 수 있다.‘고 규정하고 있다. 또한 구 국제조세조정에 관한 법률 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제717호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 제5호는 ’구 국제조세조정법 시행령 제5조 제3항 에 따라 적합성이 높은지를 평가하는 경우에는 거래순이익률방법을 적용함에 있어 거래순이익률 지표(구 국제조세조정법 시행령 제4조 제2항 제1호 각 목의 거래순이익률을 말한다)와 영업활동의 상관관계가 높은지 여부를 고려하여 분석하여야 한다. 이 경우 그 밖의 정상가격 산출방법보다 더 엄격하게 특수관계 거래와 비교가능 거래의 유사성이 확보될 수 있거나 비교되는 상황 간의 차이가 합리적으로 조정될 수 있어야 한다.‘고 규정하고 있다.

2. 관련 법리

• 가) 과세관청이 거주자와 국외 특수관계자 사이의 거래에 대하여 구 국제조세조정법 제4조 제1항 을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 사이의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조). 한편 구 국제조세조정에 관한 법률(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것) 제11조, 제13조, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것) 제7조, 제23조 등에 의하면, 국외 특수관계자와 국제거래를 행하는 납세의무자는 국제거래명세서를 제출할 의무, 가장 합리적인 정상가격산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고 시 제출할 의무, 정상가격 산출방법과 관련하여 필요한 자료를 비치⋅보관할 의무 등을 부담한다. 따라서 과세관청이 스스로 위와 같은 정상가격의 범위를 찾아내 고려해야만 하는 것은 아니므로, 국외 특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우에는 비교 가능성이 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상가격의 범위를 구성할 수 있다는 점 및 당해 국외 특수관계자와의 이전가격이 정상가격의범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747, 1754 판결 참조).
• 나) 거래순이익률방법은 매출원가 및 판매비와 일반관리비 등 영업비용이 반영된 순이익률지표 또는 영업이익률에 기초하여 정상가격을 산정하므로, 다른 정상가격 산출방법 중 거래가격에 기초하는 비교가능 제3자 가격방법이나 매출총이익률에 기초하는 재판매가격방법이나 원가가산방법과 달리 상품의 차이나 거래단계 등 사업활동의 기능상 차이 등에 의한 영향이 적다. 따라서 정상가격 산출 시 거래순이익률방법을 적용하는 경우 과세관청이 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래를 행하는 비교대상업체를 선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 정상가격을 산출하였다면, 특별한 사정이 없는 한 거래품목이나 비교대상업체와의 거래단계 등의 차이에 따른 별도의 조정을 하지 아니하였다는 이유만으로 그와 같이 산출한 정상가격이 틀렸다고 단정할 수는 없다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747, 1754 판결 참조). 다만 국외특수관계자 거래와 비교대상거래 사이에 상품이나 거래단계의 차이가 현저하여 양자가 본질적으로 다르고 그로 인하여 거래에 수반되는 위험이나 사용되는 자산 등 다른 비교가능성 분석요소의 차이를 야기하며 나아가 그러한 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 미친다면, 그 비교대상거래는 합리적인 차이조정이 이루어지지 아니하는 한 비교가능성이 높다고 할 수 없어 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래라고 할 수 없으므로, 그러한 비교대상거래를 기초로 거래순이익률방법에 따라 산출한 가격은 적법한 정상가격이라고 할 수 없다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 참조).
• 다. 구체적 판단 위 규정 및 법리에 비추어 이 사건 처분의 적법 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실에다가 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 피고들의 이 사건 비교대상회사들과의 거래순이익률방법에 따른 이 사건 거래의 정상가격 산정은 적법하다고 볼 수 없다. 따라서 위 정상가격을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

1. 레ㅇㅇㅇㅇ의 주주는 이AA 1인인 점, 원고도 2014~1015년에는 레ㅇㅇㅇㅇ의 광고비를 부담하고, 레ㅇㅇㅇㅇ이 판매하는 침구청소기 관련 시험연구비를 지출한 반면, 레ㅇㅇㅇㅇ은 원고의 침구청소기를 일본에 판매하기 위한 디자인 및 컨셉 개발, 재판매 등 사업을 한 점, 이 사건 거래 이후에도 2016년 중반까지는 일본 현지 매출은 시ㅁㅁ를 통해 이루어진 점 등을 고려할 때, 레ㅇㅇㅇㅇ이 원고와 고도로 통합된 기능을 수행했다고 보기는 어렵다. 그러므로 이를 전제로 이 사건 거래에 반드시 이익분할방법을 적용해 정상가격을 산출해야 한다고 볼 수 없는바, 이 사건 거래에 거래순이익률방법을 적용해 정상가격을 산출한 이 사건 처분이 적법한지 여부에 관하여 본다.

2. 레ㅇㅇㅇㅇ은 침구청소기 단일 제품을 원고로부터 수입하여 일본 현지 유통망을 통해 판매하는 이외에 다른 제품을 취급하지 않는다. 반면 이 사건 비교대상회사들은 금속제품, 공작기계, 물류보관용품, 연구관리용품 등 약 50만 개의 제품을 판매하거나(xxxxx xxxxxx xxxxxx), 의류, 생활용품, 가구 및 식품, 잡화 등 약 7,500개 제품을 판매하거나(xxxxx xxxxx Co. Ltd.), 인테리어, 외장 상품, 조명기구, 벽지 제품 등을 판매하거나(xxxxxx Co. Ltd.), 과학기기, 비품, 의료기기 비품 등을 판매하거나(xx xxx xxxxxx), 종이 봉투 등 포장제품, 비닐봉투, 사무용품 등을 판매하거나(xxxxxx Co. Ltd.), 광산물, 산업용 펌프, 환경 설비, 석유화학 플랜트 공사 설계, 건축 자재 판매, 부동산 입대업 등을 영위하는 회사(xxxx xxxxxxxxxx)로 구성돼 있다. 피고들은 레ㅇㅇㅇㅇ의 업종을 도매업으로 본 다음 도매업을 영위하는 이 사건 대상회사들을 선정하였다.1) 레ㅇㅇㅇㅇ이 원고로부터 침구청소기를 수입하여 시ㅁㅁ를 통해 일본 소비자들에게 이를 판매하는 거래구조를 택하고 있어서 이를 도매업으로 분류할 수 있으나, 이 사건 대상회사들 중에는 일본 내 직영점을 통해 판매하는 회사(xxxxx xxxxx Co. Ltd.), 직영 점포를 통해 소매업을 영위하는 회사(xxxxxx Co.Ltd.), 환경설비나 플랜트 설비를 직접 설계한 후 제작하여 이를 판매하는 회사(xxxxxx)도 포함돼 있어서 이 사건 대상회사들의 거래단계가 레ㅇㅇㅇㅇ과 유사하다고 보기 어려운 측면이 있다. 원고가 레ㅇㅇㅇㅇ과 이 사건 거래를 시작할 당시 일본에서 침구청소기 시장이 막 형성되기 시작해 매출이 급증하던 시기여서 이와 유사한 비교대상회사를 선정하기 어려웠다고 하더라도, 이 사건 비교대상회사들은 레ㅇㅇㅇㅇ과 비교하여 취급하는 상품이나 거래단계의 차이가 현저하다.

3. 피고들은 레ㅇㅇㅇㅇ이 연구개발이 아닌 판매활동만을 수행하는 것을 전제로 이 사건 비교대상회사들을 선정하였다. 그러나 관세법위반 형사판결에서 인정된 바와 같이 레ㅇㅇㅇㅇ은 연구개발직을 비롯하여 총 50여명의 인력과 조직까지 구비하여 실체가 존재하는 회사로 대한민국에서 개발⋅제작된 침구청소기의 일본에서의 판매를 위한 디자인 및 컨셉 개발, 반품 재판매 등 사업을 영위함으로써 2014년부터 2018년까지 매년 약 2,800건에서 8,500건의 판매 후(A/S) 서비스 처리, 일본 내 마케팅과 프로모션을 담당하였고, 일본 소비자의 트렌드와 니즈를 파악하여 원고에게 신제품 기획을 제안하는 역할, 상표권 등록 역할등도 수행하였다. 이 사건 거래를 통하여 레ㅇㅇㅇㅇ이 원고와 시ㅁㅁ 사이에 편입된 이후에도 원고로부터 수입한 물품 중 상당 물량을 시ㅁㅁ를 통해 판매하기는 하였으나, 이는 일본가전시장의 폐쇄성으로 인한 것으로 볼 수 있고, 레ㅇㅇㅇㅇ이 수행한 다양한 역할을통하여 높은 영업이익률을 거둘 수 있었던 것으로 보인다. 반면 이 사건 대상회사들은 일부 회사(xxx xxxxx Co. Ltd.)를 제외하고는 판매비와 관리비 항목에서 광고선전비 항목을 별도로 공시하지 않고 있고, 피고들도 인정하고 있는 바와 같이 주로 판매 업무만 수행하고 있을 뿐이다. 이러한 사정을 고려할 때 피고들의 주장과 같이 레ㅇㅇㅇㅇ이 단순히 원고로부터 수입한 침구청소기의 판매 업무만 담당한 회사로서 이 사건 비교대상회사들과 수행하는 기능이 유사한 회사라고 볼 수 없는바, 이와 같은 기능의 차이에 대한 조정이 필요함에도 피고들은 그와 같은 조치를 취하지 않았다.

4. 피고들은, 원고가 선행적으로 침구청소기에 대한 마케팅 및 광고 활동을 하였기 때문에 레ㅇㅇㅇㅇ이 비교적 높은 영업이익률을 거둘 수 있었고, 그 이익의 상당 부분이 원고의 대표이사에게 급여 및 배당의 형식으로 귀속되었다는 취지로 주장한다. 그러나 ① 원고는 1990년대말부터 한국내 주력사업인 자동차부품사업의 정체와 중국 동관에 설립한 현지법인에 대한 무리한 투자 등으로 차입금이 증가하던 중 의사이던 원고의 대표이사 이AA이 가업을 승계한 후 신사업으로 개발⋅출시한 침구청소기를 2011년부터 일본에 수출하기 시작하였는데 일본 특유의 양판점 중심의 폐쇄적인 유통구조상 시ㅁㅁ와 같은 도매상을 통한 거래에 대한 돌파구로 침구청소기의 홍보, 판매촉진, 반품 관리와 재판매 등을 담당할 레ㅇㅇㅇㅇ을 설립하기에 이른 점, ② 원고로서는 대한민국에서 세계최초로 개발한 침구청소기의 일본 내 판매를 위하여 외국회사에 폐쇄적인 일본의 특유한 양판점 유통구조 개척에 심혈을 기울일 필요가 있었던 점, ③ 비록 원고가 이 사건 거래 전에 비하여 낮게 책정한 가격에 레ㅇㅇㅇㅇ에 침구청소기를 공급하기는 하였으나, 레ㅇㅇㅇㅇ은 수출가격 조정을 통하여 마련한 금원 중 상당액은 침구청소기의 일본시장에서의 안착, 그와 관련한 인적, 물적 시설의 마련을 위한 투자 및 마케팅과 광고에 지출한 것으로 보이는 점, ④ 원고가 2013년 5월 레ㅇㅇㅇㅇ에 침구청소기를 판매한 금액 6,438엔은 그해 해외시장에 진출한 국가별 판매단가(중국 60달러, 홍콩 65달러, 인도네시아 60달러, 체코 55달러)와 차이가 별로 없는 비슷한 가격인 점, ⑤ 레ㅇㅇㅇㅇ은 이 사건 거래를 할 당시인 2014년 및 2015년 광고선전비로 연평균 약 1,693,045,000엔을 지출한 점, ⑥ 원고가 시ㅁㅁ에 침구청소기를 직접 판매할 때와 레ㅇㅇㅇㅇ을 통해 수출할 경우와의 수출가격 차액 중 주된 부분은, 직원들에 대한 급여와 광고ㆍ판매촉진ㆍPR활동ㆍ콜센터 운영 등 판매비 및 관리비, 개발비, 영업외 비용, 제세공과금, 반품을 인수하거나 제품 개선 등 정상적인 영업을 유지하기 위한 비용으로 지출됨으로써 레ㅇㅇㅇㅇ 자체에 소요 내지 귀속된 것으로 보이는 점 등을 보태어 보면, 레ㅇㅇㅇㅇ은 침구청소기의 일본 내 판매 확대를 위한 독자적인 역할을 수행하였고, 그로 인하여 높은 영업이익률을 기록할 수 있었다고 봄이 타당하며, 이 사건 거래로 인하여 원고의 대주주가 부당한 이익을 수취하였다고 볼 수없다.

• 라. 이 사건 처분의 취소 범위 이 사건 처분의 취소의 범위에 관하여 보건대, 이 사건 처분은 앞서 본 바와 같이 위법하므로, 이 사건 처분 중 이 사건 변론종결 시까지 제출된 원고의 2015~2016 각 사업연도 각 법인세에 대한 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액 및 이전소득금액을 심리⋅확정한 후 이를 각 초과하는 부분만을 취소하는 것이 원칙이다. 그러나 제출된 모든 자료에 의하여도 정당한 세액 등이 산출되지 않는 경우라면, 법원은 과세관청이 아니므로 부득이 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 정당한부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니라 할 것인바(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조), 이 사건의 경우 변론종결 당시까지 제출된 모든 자료에 의하더라도 과세근거에 의한 정상가격 산출의 위법성이 모두 제거되는 경우 2015~2016 각 사업연도의 전체적인 법인세액 계산내역을 확인할 수 없어 이를 전제로 이 사건 거래에 관한 정당한 법인세 및 가산세의 각 세액 전부를 새로이 산정하는 것은 불가능한 경우에 해당하므로, 이 사건 처분을 모두 취소하기로 한다.

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.