부동산매매업자에 대한 장기보유특별공제 적용 여부

사 건 2022구합61954 종합소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 ㅇㅇㅇ세무서장 변 론 종 결 2023.6.21. 판 결 선 고 2023.8.23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 10. 8. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 83,565,381원(가산세 포함)의 부과 처분 중 35,824,342원2)을 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 부동산업(공장용지매매업)을 영위하는 자로 2023. 10. 20. 화성시 서신면 ㅁㅁ리 2503-3 외 6필지 합계 73,790㎡를 BBB 외 15명과 공동으로 취득하였고, 이후 위 토지를 분할하여 원고는 별지 1 목록 기재와 같은 각 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 소유하게 되었다.
• 나. 원고는 2017. 4. 3., 2017. 6. 13., 2017. 12. 28. 이 사건 토지를 3차례에 걸쳐 양도하면서 다음과 같이 토지 등 매매차익예정신고를 하였다.
• 다. 원고는 2018. 5. 29. 이 사건 토지의 양도에 따른 소득금액을 계산하면서 이 사건 토지 매매가액에 단순경비율을 적용하여 2017년 귀속 종합소득세 136,996,005원을 신고, 납부하였다.
• 라. 피고는 2019. 6. 20.부터 2019. 7. 9.까지 원고에 대한 종합소득세 조사를 실시하였다. 조사 결과 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 단순경비율에 의한 소득금액을 부인하였고, 이 사건 토지의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 이 사건 토지의 취득가액을 개별공시지가로 평가한 13,329,998원으로 판단하여 2019. 10. 8. 원고에게 2017년 귀속 종합소득세 259,207,710원을 증액 경정, 고지하였다.
• 마. 원고가 위 처분에 불복하여 2019. 10. 10. 이의신청을 제기하였는바, 피고는 2019. 12. 6.경 이 사건 토지의 취득가액을 실지거래가액으로 하는 한편, 일부 필요경비를 인정하여 2017년 귀속 종합소득세 중 48,918,500원을 감액 경정, 고지하였고, 2019. 12. 20. 원고의 나머지 이의사유에 관하여는 기각결정을 하였다.
• 바. 원고는 ‘피고가 2019. 10. 8. 원고에게 한 2017년 귀속 종합소득세 210,289,210원(= 259,207,710원 – 48,918,500원)의 부과처분’에 불복하여 2020. 3. 19. 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2021. 6. 22. ‘피고는 원고의 자본적 지출액 및 취득세 등의 필요경비를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 결정을 하였다.
• 사. 피고는 2021. 8. 13. 필요경비 96,596,597원을 추가로 공제하여 2017년 귀속 종합소득세 중 126,723,829원을 다시 감액 경정[피고가 2019. 10. 8. 원고에게 한 2017년 귀속 종합소득세 부과처분 중 최종 경정된 금액 83,565,381원(= 259,207,710원 – 48,918,500원 – 126,723,829원, 가산세 15,890,144원 포함)에 대한 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다], 고지하였다.
• 아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 8. 28. 조세심판을 청구하였으나, 2021. 12. 2.경 기각결정을 받았다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

주위적으로, 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제64조 제1항 제1호의 종합소득 산출세액 산정시 장기보유특별공제가 적용되어야 한다. 이 경우 구 소득세법 제64조 제1항 제1호 의 종합소득 산출세액은 139,406,255원이고, 동조 제1항 제2호의 비교산출세액은 172,820,347원이므로 다액인 172,820,347원이 원고의 종합소득 산출세액이 된다. 따라서 이 사건 처분 중 원고가 최초 신고, 납부한 136,996,005원을 제외한 35,824,342원(= 172,820,347원 – 136,996,005원)을 초과하는 부분은 위법하다. 예비적으로, 이 사건 처분은 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제143조 제3항 제1호 또는 제1의2호에 의한 방법을 따르지 않고 원고의 종합소득과 과세표준을 임의로 계산하여 위법하다.

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

• 가. 주위적 청구에 대한 판단 다음과 같은 이유에 의하면, 구 소득세법 제64조 제1항 제1호 의 종합소득 산출세액 산정시 장기보유특별공제를 적용하지 않음이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

1. 구 소득세법 제64조 제1항 제1호 는 ‘종합소득 산출세액’이라고 규정되어 있을 뿐 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 명시적인 규정이 존재하지 않고, 부동산매매업자의 사업소득에 관한 종합소득 과세표준의 계산방법은 소득세법 제19조 제2항 이 적용된다. 2) 소득세법 시행령 제122조 제2항 문언상 ‘법 64조 제1항에 따른 주택등매매차익’이라고 규정하고 있다는 이유만으로 구 소득세법 제64조 제1항 제1호 의 종합소득 산출세액에도 위 시행령 규정에 의하여 당연히 장기보유특별공제가 적용되는 것이라고단정할 수 없다.

3. 부동산매매업자의 대하여 장기보유특별공제를 필요경비로 규정하고 있는 법령이 없고, 장기보유특별공제는 소득세법상 필요경비항목에도 포함되지 않는다.

4. 양도소득과 종합소득은 별개의 소득으로 그 입법취지에 따라 공제항목은 얼마든지 다르게 설정될 수 있는 것이고, 이로 인하여 동일한 주체에 대한 양도소득과 종합소득의 과세표준이 달라지는 것도 당연한 결과이다.

5. 구 소득세법 제64조 제1항 제1호 의 종합소득 산출세액 산정시 장기보유특별공제를 적용하지 않음으로 인해서 동조 제1호의 세액이 동조 제2호의 세액보다 다액이 된다는 이유만으로 이 것이 부동산매매업자에 대한 차별 취급이라고 볼 수 없다.

6. 원고는 갑 제1호증의 3에 의하면 피고가 2021. 8. 13. 원고의 2017년 귀속 종합소득세 중 126,723,829원을 다시 감액 경정하였을 때 구 소득세법 제64조 제1항 제1호 의 종합소득 산출세액 산정시 소득세법 시행령 제122조 제2항 제2호 의 양도소득기본공제액을 차감했으므로 동조 제2항 제3호의 장기보유특별공제도 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 이는 종합소득산출세액계산서상 1. 종합소득산출세액 비교 중 ‘(라)소 득공제(양도소득기본공제)’라는 항목의 표제에서 구 소득세법 제64조 제1항 제1호 의 종합소득 산출세액과 동조 제1항 제2호의 비교산출세액을 표로 한 번에 표시하기 위하여 기재된 것으로 보일 뿐, 피고가 종합소득 산출세액에서 양도소득기본공제액을 차감한 것으로 보이지 않는다[비교산출세액시 공제된 양도소득기본공제액(2,500,000원)과 종합소득 산출세액시 공제된 공제액(4,585,009원)의 액수도 다르다].

• 나. 예비적 청구에 대한 판단 앞서 본 바와 같이, 조세심판원은 2021. 6. 22. ‘피고는 원고의 자본적 지출액 및 취득세 등의 필요경비를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 원고가 불복과정에서 제출한 증명서류 등을 바탕으로 실지조사에 따라 이 사건 토지의 실제 매입비용 및 자본적 지출액 등 확인되는 실제 경비액 96,596,597원을 추가로 공제하여 2021. 8. 13. 2017년 귀속 종합소득세 중 126,723,829원을 다시 감액 경정한 것으로 보인다. 따라서 이 사건 처분은 ‘구 소득세법 시행령 제143조 제3항 의 소득금액을 추계경정하는 경우’에 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 받아들이지 아니한다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.