주택의 부속토지만 소유한자는 주택분 종합부동산세의 납세의무자가 될 수 있음

사 건 2022구합1150 종합부동산세등부과처분취소 원 고 A 피 고 B세무서장 변 론 종 결

2025. 3. 20. 판 결 선 고

2025. 4. 24.

1. 이 사건 소 중 주위적 청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 예비적 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지

○ 주위적 청구: 피고가 2021. 12. 9. 원고에 대하여 한 2021년도 귀속 종합부동산세 중 주택분 21,363,422원 종합합산토지분 11,329,045원을 합한 32,692,467원 및 농어촌특별세 6,538,493원을 초과하는 부과처분은 이를 각 취소한다.

○ 예비적 청구: 피고가 2021. 11. 19. 1) 원고에 대하여 한 2021년도 귀속 종합부동산세 중 주택분 21,363,422원 종합합산토지분 11,329,045원을 합한 32,692,467원 및 농어촌특별세 6,538,493원을 초과하는 부과처분은 각 무효임을 확인한다.

• 가. 원고는 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1. 아래와 같은 부동산(이하 개별 부동산은 아래 표의 해당 ‘비고’란의 기재와 같이 특정한다) 및 여주시 C 토지 등 12필지(이하 ‘종합합산토지’라 한다)를 소유하고 있었다. 부동산 소유 형태 비고 서울특별시 D아파트 E호 주택(아파트), 토지, 건물 소유 제1 주택 여주시 F 주택 주택(단독주택), 토지, 건물 소유 제2 주택 여주시 G 주택부속토지 토지만 소유 제1 주택부속토지 여주시 H 주택부속토지 토지만 소유 제2 주택부속토지
• 나. 피고는 2021. 11. 19. 제1, 2 주택, 제1, 2 주택부속토지 및 서귀포시 I 주택 토지(이하 ‘ I 토지’라 한다), 종합합산토지에 대하여 2021년 과세연도 종합부동산세 65,257,231원, 농어촌특별세 13,051,446원을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 당초 처분’이라 한다).
• 다. 피고는 2021. 12. 9. 당초 처분의 과세대상물건에 포함되었던 I 토지를 관리시설로 보아 이를 제외하여 이 사건 당초 처분 중 종합부동산세 466,008원, 농어촌특별세 93,202원을 감액경정하였다(이하 ‘이 사건 감액경정처분’이라 하고, 위 감액경정 후 남은 세액 종합부동산세 64,791,223원, 농어촌특별세 12,958,244원 부분만을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).
• 라. 피고는 이에 불복하여 2022. 2. 28. 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2022. 5. 11. 기각결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다[이하 ‘구 종합부동산세법(2020. 8. 18. 법률 제17478호로 개정되고, 2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것)’은 ‘구 종합부동산세법’, ‘구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것)’은 ‘구 국세기본법’이라 한다].

2)

• 가. 피고는 2021. 12. 9. 이 사건 감액경정처분을 하였고, 그 실질은 원고에 대하여 1, 2 주택, 제1, 2 주택부속토지를 과세물건으로 하여 종합부동산세 64,791,223원, 농어촌특별세 12,958,244원의 부과처분이다(이하 원고가 주장하는 내용의 위 처분을 이 사건 감액경정처분과 구별하기 위하여 ‘2021. 12. 9.자 처분’이라 한다). 2021. 12. 9.자 처분은 이 사건 당초 처분과 과세물건이 다르므로, 이 사건 당초 처분의 주요 내용을 변경하는 내용의 후속 처분에 해당한다. 따라서 이 사건 당초 처분은 효력을 상실하고 2021. 12. 9.자 처분만이 항고소송의 대상이 된다.
• 나. 원고 소유의 제1, 2 주택부속토지는 원고가 그 지상 건물을 소유하고 있지 않으므로, 구 종합부동산세법에서 원용하는 지방세법, 주택법상의 주택에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 피고는 원고에 대하여 2주택을 소유한 경우에 대한 구 종합부동산세법 제9조 제1항 제1호 를 적용하여야 하나, 위 각 토지를 주택으로 보아 4주택을 소유한 경우에 대한 구 종합부동산세법 제9조 제1항 제2호 를 적용하였으므로, 2021. 12. 9.자 처분 및 이 사건 당초 처분에는 중대·명백한 위법이 있다. 이에 원고는 청구취지와 같이 주위적으로 2021. 12. 9.자 처분의 일부에 대하여 취소를, 예비적으로 당초 처분의 일부에 대하여는 무효의 확인을 구한다.

4. 피고의 본안 전 항변에 관한 판단

• 가. 피고의 본안 전 항변의 요지 이 사건 당초 처분 중 이 사건 감액경정처분으로 취소되지 않고 남은 부분, 즉 이 사건 부과처분만이 항고소송이 될 수 있으므로, 그 제소기간 도과 여부는 이 사건 당초 처분 기준으로 판단하여야 한다. 원고는 이 사건 당초 처분의 송달일(2021. 11. 24.)로부터 심사청구 기간인 90일이 지난 2022. 2. 28. 이 사건 소의 전심절차로 심사청구를 하였으므로, 위 청구는 부적법하다. 따라서 이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 않고 제기된 것으로 부적법하다.
• 나. 판단

1. 항고소송의 대상

• 가) 관련 법리 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경에 해당하므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두7370 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 위와 같은 법리에 비추어 보면, 이 사건에서 항고소송의 대상은 피고가 2021. 12. 9. 이 사건 감액경정처분을 함으로써 이 사건 당초 처분 중 취소되지 않고 남은 부분(이 사건 부과처분)이다. 한편, 원고는, 2021. 12. 9.자 처분은 이 사건 당초 처분과 과세물건이 달라졌으므로, 감액경정처분에 관한 위와 같은 법리를 적용할 수 없다고도 주장하나, 과세대상 물건의 변동에 따라 과세표준, 세율, 세액이 달라지고, 피고는 그에 따라 감액된 세액을 경정한 것이므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

2. 제소기간 도과 여부

• 가) 관련 법령의 내용 및 법리 구 국세기본법에 의하면, 국세기본법에 따른 처분에 대해서는 그 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 않으면 행정소송을 제기할 수 없으며(제56조 제2항 본문), 원처분에 대한 행정소송은 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다(제56조 제3항 본문). 이러한 심사청구 또는 심판청구는 행정심판법 제4조 에서 정한 ’특별행정심판‘에 해당한다(대법원 1995. 5. 26. 선고 94누11385 판결 등 참조). 심판청구에 대한 재결서 통지일부터 90일 이내에 제기한 취소소송이 제소기간을 준수한 것이라고 하려면 심판청구 자체가 제기기간 내에 적법하게 제기된 것이어야 한다. 원처분이 있음을 안 날부터 90일을 넘겨 이루어진 부적법한 심판청구에 대한 재결이 있은 후 그 재결서 송달일부터 90일 이내에 원처분에 대하여 취소소송을 제기하였다고 하여 그 취소소송이 제소기간을 준수한 것이라고 할 수는 없다(대법원 2011. 11. 24. 선고 2011두18786 판결 등 참조). 이러한 점은 행정심판기관이 행정심판의 제기기간을 도과한 부적법한 심판에 대하여 그 부적법을 간과한 채 실질적 재결을 하였다 하더라도 달라지는 것이 아니다(대법원 1991. 6. 25. 선고 90누8091 판결 등 참조).
• 나) 주위적 청구 앞서 본 바와 같이 이 사건 당초 처분 중 이 사건 감액경정처분으로 취소되지 않고 남은 부분이 항고소송의 대상이 되므로, 원고는 행정소송 제기에 앞서 심사청구 등의 전심절차를 이 사건 당초 처분이 있음을 안 날로부터 90일 내에 적법하게 제기하여야 한다. 그러나 앞서 본 사실, 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 2021. 11. 24. 이 사건 당초 처분을 송달받고, 2022. 2. 28. 심사청구를 한 사실을 인정할 수 있는바, 위 심사청구는 그 제기기간(90일)을 도과하여 이루어진 것으로 부적법하므로, 이를 간과하고 이루어진 위 심사청구에 관한 결정 후 제기된 이 사건 소 중 주위적 청구 부분은 부적법하다. 따라서 주위적 청구에 관한 피고의 본안 전 항변은 이유 있다.
• 다) 예비적 청구 조세부과처분의 무효확인소송에 있어서도 그 성질상 다른 행정처분에 대한 무효확인소송과 마찬가지로 행정심판 전치주의나 제소기간 제한이 적용되지 않으므로(무효확인소송 절차를 규정한 행정소송법 제38조 는 전심절차에 관한 규정인 행정소송법 제18조 를 준용하고 있지 않다), 원고는 전심절차를 거치지 않고 이 사건 소를 제기할 수 있다. 따라서 예비적 청구에 관한 피고의 본안 전 항변은 이유 없다.

• 가. 제1, 2 주택부속토지가 종합부동산세의 과세대상인 ’주택‘에 포함되는지 여부

1. 원고 주장의 요지 원고는 제1, 2 주택부속토지만 소유하고, 그 지상 건물은 소유하고 있지 않다. 구 종합부동산세법의 주택은 주택법 제2조 제1호 의 주택을 말하고, 위 주택은 건물과 부속토지의 결합체로서 그 구성요소인 부속토지만 주택법상 주택이 될 수 없다. 따라서 주택 중 부속토지만 소유한 경우를 구 종합부동산세법상 주택을 소유한 것으로 볼 수 없다.

2. 판단

• 가) 과세기준일 현재 ‘주택분 재산세’의 납세의무자는 주택분 종합부동산세를 납부할 의무가 있고(구 종합부동산세법 제7조 제1항, 제8조 제1항), 종합부동산세의 과세대상이 되는 ‘주택’은 구 종합부동산세법 제2조 제3호 본문, 지방세법 제104조 제3호, 주택법 제2조 제1호 에 따라 ‘세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지‘를 말하는 것으로서, 위 ‘주택’의 건물과 부속토지는 일반적인 토지나 건축물에 대한 재산세와 구분되는 별도의 재산세인 ‘주택분 재산세’의 과세대상이 되며(구 종합부동산세법 제2조 제5호, 지방세법 제104조, 제105조, 제107조), 주택분 재산세의 과세대상인 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우에는 그 주택에 대한 산출세액을 건축물과 그 부속토지의 시가표준액 비율로 안분 계산한 부분에 대하여 각자 납세의무를 부담하도록 되어 있다(지방세법 제107조 제1항 단서 제2호). 그리고 주택에 대한 종합부동산세는 납세의무자가 소유한 주택 수에 따라 과세표준에 해당 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다(구 종합부동산세법 제9조 제1항).
• 나) 위 관계 규정의 문언 내용에 아울러, 2005. 1. 5. 재산세 개편 및 종합부동산세 도입 이전에는 주택의 건물과 부속토지를 구분하여 각각 재산세와 종합토지세의 과세대상으로 삼았던 점, 주택의 부속토지만을 보유한 소유자도 주택분 재산세의 납세의무가 있는 점(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두23910 판결 등 참조) 등을 종합하여 보면, 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우 주택의 부속토지만을 소유한 자는 과세기준금액의 초과 여부에 따라 주택분 종합부동산세의 납세의무자가 될 수 있고, 세율 및 세액에 관한 구 종합부동산세법 제9조 제1항 의 ‘납세의무자가 소유한 주택 수’는 납세의무자가 소유한 과세대상으로서 주택의 수로 봄이 상당하다.
• 다) 한편, 원고는 위와 같이 부속토지만으로는 주택법상 주택에 해당되지 않으므로 구 종합부동산세법상 주택으로 볼 수 없다고 하나, 이는 받아들이기 어렵다. 즉, 앞서 본 바와 같이 지방세법의 주택은 과세대상으로서의 주택이고, 지방세법은 주택의 건물, 부속토지의 소유자가 다른 경우 부속토지의 소유자에게도 주택분 재산세를 부과하고 있으므로, 부속토지만 소유한 자도 지방세법상 과세대상인 주택을 소유하고 있다고 보아야 한다. 구 종합부동산세는 위 재산세의 과세대상에 해당하는 경우 부과되는 것이고, 구 종합부동산세법 제8조 제4항 은 “1주택(주택의 부속토지만을 소유한 경우는 제외한다)과 다른 주택의 부속토지(주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다른 경우의 그 부속토지를 말한다)를 함께 소유하고 있는 경우에는 1세대 1주택자로 본다.”고 정하고 있는바, 이는 부속토지만을 소유한 경우도 원칙적으로 주택을 소유한 경우에 해당한다는 전제 아래 1세대의 세대원들이 1주택과 함께 다른 주택의 부속토지만을 1개 소유하고 있는 경우에는 예외적으로 그 다른 주택의 부속토지를 주택으로 보지 않음으로써 그 1주택의 소유자를 1세대 1주택자의 범위에 포함한다는 취지이다(위 대법원 2010두23910 판결 등 참조).
• 라) 이러한 사정을 종합하면, 제1, 2 주택부속토지는 구 종합부동산세법상 과세대상이 되는 주택에 포함된다.
• 나. 소결론 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 예비적 청구는 이유 없다.

그렇다면 원고의 주위적 청구는 부적법하여 이를 각하하고, 예비적 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 별지 ■ 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "국세"(國稅)란 국가가 부과하는 조세 중 다음 각 목의 것을 말한다.

• 라. 종합부동산세

2. "세법"(稅法)이란 국세의 종목과 세율을 정하고 있는 법률과 국세징수법, 조세특례제한법, 국제조세조정에 관한 법률, 조세범 처벌법 및 조세범 처벌절차법을 말한다. 제55조(불복)

① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 조세범 처벌절차법에 따른 통고처분

2. 감사원법에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분

② 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조 제1항 본문, 제2항 및 제3항에도 불구하고 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 대한 제65조 제1항 제3호 단서(제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다)의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대한 행정소송은 그러하지 아니하다.

③ 제2항 본문에 따른 행정소송은 행정소송법 제20조 에도 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 제65조제2항 또는 제80조의2에 따른 결정기간에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 행정소송을 제기할 수 있다. ■ 행정소송법 제18조(행정심판과의 관계)

① 취소소송은 법령의 규정에 의하여 당해 처분에 대한 행정심판을 제기할 수 있는 경우에도 이를 거치지 아니하고 제기할 수 있다. 다만, 다른 법률에 당해 처분에 대한 행정심판의 재결을 거치지 아니하면 취소소송을 제기할 수 없다는 규정이 있는 때에는 그러하지 아니하다. 제38조(준용규정)

① 제9조, 제10조, 제13조 내지 제17조, 제19조, 제22조 내지 제26조, 제29조 내지 제31조 및 제33조의 규정은 무효등 확인소송의 경우에 준용한다. ■ 구 종합부동산세법(2020. 8. 18. 법률 제17478호로 개정되고, 2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

3. “주택”이라 함은 지방세법 제104조 제3호 에 의한 주택을 말한다. 다만, 같은 법 제13조 제5항 제1호에 따른 별장은 제외한다.

4. “토지”라 함은 지방세법 제104조 제1호 에 따른 토지를 말한다. 5. “주택분 재산세”라 함은 지방세법 제105조 및 제107조에 따라 주택에 대하여 부과하는 재산세를 말한다.

6. “토지분 재산세”라 함은 지방세법 제105조 및 제107조에 따라 토지에 대하여 부과하는 재산세를 말한다. 제7조(납세의무자)

① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제8조(과세표준)

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

④ 제1항을 적용할 때 1주택(주택의 부속토지만을 소유한 경우는 제외한다)과 다른 주택의 부속토지(주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다른 경우의 그 부속토지를 말한다)를 함께 소유하고 있는 경우에는 1세대 1주택자로 본다. 제9조(세율 및 세액)

① 주택에 대한 종합부동산세는 다음 각 호와 같이 납세의무자가 소유한 주택 수에 따라 과세표준에 해당 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)으로 한다.

1. 납세의무자가 2주택 이하를 소유한 경우[ 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다) 내 2주택을 소유한 경우는 제외한다]

2. 납세의무자가 3주택 이상을 소유하거나, 조정대상지역 내 2주택을 소유한 경우

④ 주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택 수 계산 및 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ■ 지방세법 제104조(정의) 재산세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “토지”란 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부의 등록대상이 되는 토지와 그 밖에 사용되고 있는 사실상의 토지를 말한다.

3. “주택”이란 주택법 제2조 제1호 에 따른 주택을 말한다. 이 경우 토지와 건축물의 범위에서 주택은 제외한다. 제105조(과세대상) 재산세는 토지, 건축물, 주택, 항공기 및 선박(이하 이 장에서 “재산”이라 한다)을 과세대상으로 한다. 제107조(납세의무자)

① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다.

2. 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우: 그 주택에 대한 산출세액을 제4조 제1항 및 제2항에 따른 건축물과 그 부속토지의 시가표준액 비율로 안분계산(按分計算)한 부분에 대해서는 그 소유자 ■ 주택법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다. 끝 1)

2025. 3. 12.자 청구취지 변경신청서에는 ‘2021. 11. 17.’로 기재되어 있으나, 이는 ‘2021. 11. 19.’의 오기로 보인다. 2) 원고는 4회 변론기일까지는 소장 기재와 같이 종합부동산세가 조세평등원칙위반, 과잉금지원칙위반 등으로 위헌이라는 취지로 주장하였다가, 2024. 12. 2.자 청구취지 변경(감축) 및 청구원인 보충신청서에서 위 주장을 철회한다고 기재하였고, 2024. 12. 5.자 제5회 변론기일에서 위 청구취지 변경(감축) 및 청구원인 보충신청서를 진술하였다.