소득세법상 무주택 세대 여부 판정할 때 조세특례제한법 제99조의 2 제1항을 적용받는 주택(특례주택)은 주택 수에서 제외되어야 함

사 건 2022구단7953 양도소득세부과처분취소 원 고 조AA 피 고

○○ 세무서장 변 론 종 결

2022. 12. 16. 판 결 선 고

2023. 2. 3.

1. 피고가 2021. 12. 1. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 123,256,910원(가산 세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2016. 7. 20. 주식회사 ○○종합건설과 하남시 ○○동 ○○번지 ○○리버파크 ○○동 ○○호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 매수하기로 하는 매매계약을 체결하고 위 회사에 계약금 8,000만 원을 지급하였으며, 위 계약금 지급사실은 주택공급계약서 및 위 회사 발행의 세대별 납입현황서에 의해 증명된다. 이후 원고는 2018. 10. 2. 분양대금(할인액 및 연체액을 반영한 407,016,700원)을 완납하여 이 사건 주택을 취득하였고, 2020. 11. 23. 김○○, 류○○에게 이 사건 주택을 740,000,000원에 양도하였다.
• 나. 원고와 원고의 배우자 최○○(이하 ’원고 세대‘라 한다)은 이 사건 주택을 양도할 당시 이 사건 주택 외에도 아래 표 기재와 같이 조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 한다) 제99조의2 제1항을 적용받는 주택(이하 ‘특례주택’이라 한다) 2채를 소유하고 있었다. 특례주택의 표시 (전용면적) 소유자 매매계약일 취득일 약칭 하남시 ○○아파트 (84.98㎡) 원고

2013. 7. 1.

2016. 2. 18.

○○아파트 하남시 △△아파트 (84.67㎡) 최◎◎

2013. 12. 24.

2016. 8. 17. △△아파트

• 다. 하남시는 원고가 이 사건 주택을 취득하기 전에 조정대상지역으로 지정되어 있었고, 원고 세대는 주민등록표상 이 사건 주택의 취득일부터 양도일까지 이 사건 주택에서 거주한 바 없다.
• 라. 원고는 2020. 12. 11. 피고에게 2020년 귀속 양도소득세 신고를 하면서, 이 사건 주택의 양도가 1세대 1주택 비과세 특례의 요건을 충족한 것으로 보아 납부할 세액이 없는 것으로 신고하였다.
• 마. 피고는, 이 사건 주택이 2017. 9. 19. 대통령령 제28293호로 개정된 소득세법 시행령 부칙 제2조 제2항 각 호에 해당하지 않아 이 사건 주택의 양도가 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하는지 여부는 개정된 소득세법 시행령 제154조 에 따라 판단하여야 하는데, 개정된 소득세법 시행령 제154조 는 종전 규정과 달리 취득 당시 조정대상지역에 있는 주택에 대해서는 거주기간 요건이 신설되어 보유기간 및 거주기간이 2년 이상일 것을 요구하고 있으므로, 이 사건 주택에서 거주한 적이 없는 원고는 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못한다는 이유로, 2021. 12. 1. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 123,256,910원(가산세 포함, 원미만 버림)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2022. 4. 11. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1~4, 14~16호증, 을 1~3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 요지

1. 원고 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가) 조특법 제99조의2 제2항은 ‘ 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 특례주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다’고 규정하고 있므로, 소득세법 시행령 부칙(2017. 9. 19. 대통령령 제28293호, 이하 ‘이 사건 부칙’이라 한다) 제2조를 해석할 때에도 특례주택은 거주자의 보유주택 수에서 제외하여야 한다. 따라서 이 사건 주택은 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호에서 정한 주택에 해당하므로, 종전 규정인 구 소득세법 시행령(2017. 9. 19. 대통령령 제28293호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 시행령’이라 한다) 제154조 제1항이 적용되므로, 거주기간의 제한을 받지 아니하여 구 소득세법(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제89조 제1항 제3호 가목, 개정 전 시행령 제154조 제1항에 따라 이 사건 주택에 대한 양도소득세는 비과세되어야 한다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
• 나) 원고는 국민신문고를 통해 국세청으로부터 ‘특례주택은 1세대 1주택 비과세 요건 판단 시 주택 수에서 제외된다’는 질의회신(갑 8, 9호증)을 받고 이를 신뢰하여 이 사건 주택을 양도하였다. 따라서 국세청의 기존 답변내용과 배치되는 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 위배되고, 국세기본법 제18조 제3항, 국세기본법 시행령 제10조 제1항 에 따라 기존 답변내용과 같이 이 사건 주택에 대한 양도소득세는 비과세되어야 한다. 다) 헌법 제13조 제2항 및 국세기본법 제18조 제2항 은 원칙적으로 법령의 소급적용을 금지하고 있으므로, 이 사건 주택의 양도에 대한 1세대 1주택 비과세 요건은 이 사건 주택의 매매계약 체결일인 2016. 7. 20. 당시 시행되던 소득세법령을 기준으로 판단하여야 한다.

2. 피고

• 가) 조특법 제99조의2 제2항은 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 ‘1세대 1주택’ 부분에는 적용되나, 1세대 1주택으로 확인된 일반주택에 대한 양도소득세 비과세 요건을 추가한 ‘대통령령으로 정하는 요건’ 부분에는 적용되지 않는다고 보아야 하고, 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호의 괄호 규정의 입법취지도 거주요건에 대한 예외를 제한적으로 인정하여 주택시장 안정대책의 효과를 유지하려는 데 있으므로, 위 괄호 규정의 ‘주택을 보유하지 아니하는 경우‘란 해당 주택의 계약금 지급일 현재 조특법 제99조의2 제1항을 적용받는 특례주택도 보유하지 않는 경우를 의미한다고 해석해야 한다. 기획재정부[재산세제과-941(2018. 11. 1.), 을 4호증] 및 국세청[2018-법령해석재산-240(2018. 5. 3.), 을 5호증]도 계약금 지급일 현재 특례주택을 보유하고 있는 있는 경우 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호의 괄호 규정의 무주택 세대에 해당하지 않는다고 해석하고 있다.
• 나) 원고가 제시하고 있는 국세청 2018. 9. 27.자 회신(갑 8호증)이나 국세상담센터 2019. 2. 12.자 회신(갑 9호증)은 원고의 상담민원에 대하여 일반론적인 답변을 한 것에 불과하고, 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호의 해석에 관한 내용이 포함되어 있지 않으므로, 위 각 회신은 국세기본법 시행령 제10조 에서 정한 ’기획재정부장관 및 국세청장의 세법 해석에 관한 질의회신‘에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분이 국세기본법 시행령 제10조 에 위배되거나 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.
• 다) 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하므로, 개정 시행령을 적용하여 과세한 이 사건 처분에 법령적용을 잘못하거나 소급과세금지의 원칙을 위반한 위법이 없다.
• 나. 관계 법령 등

1. 2017. 9. 19. 대통령령 제28293호로 개정된 구 소득세법 시행령(이하 ‘2017. 9. 19. 개정 시행령’이라 한다) 제154조 제1항은 1세대 1주택 비과세 특례의 요건에 관하여 종전의 규정과 달리 취득 당시 조정지역(이하 편의상 조정대상지역과 구분하지 않고 ‘조정대상지역’이라고만 한다)에 있는 주택에 대해서는 ‘주택의 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것’이라는 거주요건을 새롭게 추가하였고(관계 법령은 별지 기재 참조), 위 개정 규정은 이후 문구만 일부 수정되었을 뿐 현행 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 이르기까지 그대로 유지되고 있다. 그리고 이 사건 부칙[ 소득세법 시행령 부칙(2017. 9. 19. 대통령령 제28293호)] 제2조 제1항에서는 ‘제154조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다’고 규정하면서, 제2항에서 개정규정 적용의 예외로서 ‘2017. 8. 2. 이전에 취득한 주택’(제1호), ‘2017. 8. 2. 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)’(제2호), ‘2017. 8. 3. 이후 취득하여 이 영 시행 전에 양도한 주택’(제3호) 중 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 위 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있다. 종전의 규정인 개정 전 시행령 제154조 제1항 본문은 ‘해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것’이라고 규정하여 보유기간만을 그 요건으로 정하고 있을 뿐, 주택의 조정대상지역 소재 여부나 거주기간을 요건으로 정하고 있지 않았다.

2. 2017. 9. 19. 개정 시행령 제154조 제1항의 개정이유는, 주택 분양 등이 과열되어 있거나 과열될 우려가 있는 조정대상지역 소재 주택에 대하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 요건을 적용할 때 종전의 보유요건에 더하여 2년 이상 실제 거주하여야 하는 요건을 추가하여 실수요 목적의 주택구입을 유도하기 위함이다.

• 다. 판단

1. 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호의 적용 여부와 관련하여, 원고 세대가 2017. 8. 2. 이전인 2016. 7. 20. 이 사건 주택에 관한 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되나, 위 계약금 지급일 현재 특례주택인 ○○ 아파트(2016. 2. 18. 취득)를 보유하고 있었던 사실은 제1항에서 본 바와 같다. 여기서 양도대상 주택의 거주자가 속한 1세대가 해당 주택(이 사건 주택)의 계약금 지급일 현재 특례주택(○○ 아파트)만을 보유한 경우에도 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호가 적용되는지 여부, 즉 ‘ 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 특례주택(조특법 제99조 제1항을 적용받는 주택)은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다’고 규정한 조특법 제99조의2 제2항이 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호 괄호 규정의 ‘무주택 세대’(계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우) 해당 여부를 판 단할 때에도 적용되는지 여부가 이 사건의 쟁점이다.

2. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바, 다음과 같은 사정을 고려할 때, 조특법 제99조의2 제2항은 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호 괄호 규정의 ‘무주택 세대’(계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우) 해당 여부를 판단할 때에도 적용된다고 봄이 타당하다.

• 가) 조특법 제99조의2 제2항은 “ 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택(특례주택)은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있다. 이는 1세대 1주택 양도소득세 비과세 요건과 관련하여 세대의 보유주택 수를 판단할 때에 특례주택을 거주자의 보유주택 수에 산입하지 아니한다는 취지임이 분명하고, 거주자가 특례주택의 취득․보유로 인해 1세대 1주택 양도소득세 비과세 요건과 관련한 보유주택 수 산정에서 불이익을 입지 않도록 혜택을 부여하려는 데 그 입법취지가 있는 것으로 보인다. 나) 소득세법 시행령 제154조 는 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 위임에 따라 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택의 범위 내지 요건을 구체화한 규정이고, 이 사건 부칙 제2조는 2017. 9. 19. 개정 시행령 제154조 제1항, 제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정의 적용례를 정한 규정이므로, 조특법 제99조의2 제2항은 2017. 9. 19. 개정 시행령 제154조 제1항 제5호[이 사건 주택의 양도 당시 시행되던 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제154조 제1항 제5호도 실질적으로 같은 내용이다] 및 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호의 괄호 규정에 규정된 거주자의 ‘주택보유 여부(보유주택의 수)’를 판단할 때에도 적용된다고 해석하는 것이 위 각 규정의 문언이나 규정 체계상 자연스럽고, 엄격해석의 원칙에도 부합한다.
• 다) 피고의 주장에 따르면, 조특법 제99조의2 제2항은 위 개정 시행령 제154조 제1항 각 호 외의 부분 중 각 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우’ 를 판단할 때에는 적용되나, 위 개정 시행령 제154조 제1항 제5호 및 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호 괄호 규정의 각 ‘1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우’를 판단할 때에는 적용되지 않는다는 것인데, 그와 같이 해석할 합리적인 이유나 근거를 찾기 어렵고, 그러한 해석은 엄격해석의 원칙에 반하는 것으로 보인다.
• 라) 양도대상 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 특례주택 외의 다른 일반주택을 보유하고 있었던 경우에는 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호이 적용되지 아니하므로, 조특법 제99조의2 제2항에 따라 특례주택이 위 제2호 괄호 규정의 보유주택에서 제외된다고 보더라도 위 괄호 규정을 사문화시킨다거나 이 사건 부칙 제2조 제2항의 입법취지에 반한다고 단정할 수 없다.

3. 결국 이 사건 주택의 계약금 지급일 현재 특례주택(○○ 아파트)을 제외하고는 주택을 보유하지 아니한 원고 세대가 2017. 8. 2. 이전인 2016. 7. 20.에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 이 사건 주택은 이 사건 부칙 제2조 제2항 제2호에서 정한 주택에 해당하므로, 이 사건 주택의 양도에 대한 1세대 1주택 비과세 요건 충족 여부는 개정 전 시행령 제154조 제1항에 따라 판단하여야 하고, 이에 이 사건 주택이 원고가 이를 취득할 당시(2018. 10. 2.) 조정대상지역(조정지역)에 있었더라도 거주요건이 추가된 개정 소득세법 시행령 제154조 제1항 이 적용되지 아니한다. 그리고 원고 세대는 이 사건 주택의 양도일인 2020. 11. 23. 현재 조특법 제99조의2 제2항에 따라 보유주택에서 제외되는 특례주택(○○ 아파트 및 △△ 아파트)을 제외하고 1주택인 이 사건 주택만을 보유하고 있었고, 이 사건 주택의 보유기간이 2년 이상이므로 개정 전 시행령 제154조 제1항의 보유요건도 충족하였다. 따라서 이 사건 주택의 양도는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목, 개정 전 시행령 제154조 제1항에서 정한 1세대 1주택 비과세 특례 요건을 충족하여 양도소득세가 비과세되어야 하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다(신뢰보호의 원칙 위반 등 원고의 나머지 주장에 관하여는 나아가 판단하지 아니한다).

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.