허위의 하위 업체를 만들어 사실과 다른 세금계산서를 수취한 사건에 대한 매입세액 불공제한 당초 처분은 정당함

사 건 2021구합75697 부가가치세등부과처분취소 원 고 주식회사 VVV 대표이사 손00 피 고 AA세무서장 변 론 종 결 2025.4.17. 판 결 선 고 2025.6.19.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지

1. 피고가 2021. 2. 18. 원고에게 한 2018년 제1기 부가가치세 288,397,540원(가산세포함)의 부과처분을 취소하고, 2018년 제2기 부가가치세 276,319,750원(가산세 포함)의 부과처분 중 193,280,350원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 피고가 2021. 2. 18. 원고에게 한 2018 사업연도 법인세 81,080,660원(가산세 포함)의 부과처분 중 28,552,340원을 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 2017. 10. 16. 전자제품, 자동차부품 제조업 등을 목적으로 설립된 법인이고, 원고의 대표이사 손00 및 손00의 친구 장00은 원고를 공동으로 운영하였다. 원고는 실제로는 인력공급업을 운영하였다.
• 나. 원고는 2018. 1. 1.부터 2019. 12. 31. 사이에 주식회사 대00, 주식회사 한00,주식회사 드00, 주식회사 브00, 주식회사 오00, 주식회사 조00, 주식회사 마00(이하에서는 ‘주식회사’ 기재를 생략하고, 위 7개 회사를 합하여 ‘이 사건 거래처들’이라고 한다)으로부터 세금계산서를 발급받고, 이를 반영하여 법인세 및 부가가치세 신고를 하였다. 원고는 2019. 12. 31. 폐업하였다.
• 다. 00지방국세청장은 2020. 9. 17.부터 2020. 12. 31.까지 원고를 상대로 세무조사를 실시한 후 원고가 이 사건 거래처들로부터 공급가액 합계 5,601,417,932원(업체별 세금계산서 수취금액은 아래 표 기재와 같다) 상당의 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다고 보고 이를 피고에게 통보하였다.
• 라. 피고는 2021. 2. 18. 원고에게 부가가치세 합계 1,045,356,120원(= 2018년 제1기288,397,540원 + 2018년 제2기 276,319,750원 + 2019년 제1기 220,855,750원 + 2019년 제2기 259,783,080원), 법인세 합계 148,549,810원(= 2018 사업연도 81,080,660원 + 2019 사업연도 67,469,150원)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).
• 마. 원고는 2021. 5. 13. 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였다. 조세심판원은 2021. 9. 29. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다(조심 2021중3177).
• 바. 손00과 장00은 ① 원고에게 부과될 부가가치세 등을 탈루할 목적으로 2018. 2. 9.경부터 2020. 1. 20.경까지 드00 등으로부터 23회에 걸쳐 공급가액 합계 5,399,917,932원 상당의 허위 세금계산서를 발급받아 ｢특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률｣을 위반하고, ② 2018. 7. 26.경부터 2020. 1. 26.경까지 부가가치세 합계 539,991,686원을, 2019. 4. 1.경부터 2020. 4. 1.경까지 법인세 합계 97,174,016원을 각 포탈하여 조세범 처벌법을 위반하였다는 공소사실로 공소제기되었다. 수원지방법원은 2025. 2. 14. 위 공소사실을 모두 유죄로 인정하고, 손00을 징역 2년 및 벌금 6억 원에, 장00을 징역 1년 6개월 및 벌금 6억 원에 각 처하는 판결을 선고하였다(2024고합647. 이하 ‘관련 형사판결’이라고 한다). 상호(매입처) 세금계산서 수취금액(원) 개업일 폐업일 대00 1,198,511,900 2019. 1. 7. 2019. 6. 30. 한00 1,445,850,080 2019. 7. 9. 2019. 12. 31. 드00 994,984,000 2017. 10. 25. 2018. 6. 30. 브00 488,504,540 2015. 11. 24. 2018. 5. 24. 오00 1,023,067,412 2017. 8. 8. 2018. 12. 31. 조00 201,500,000 2017. 5. 23. 2018. 7. 31. 마00 249,000,000 2018. 5. 28. 2019. 5. 15. 합계 5,601,417,932 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5 내지 8호증(가지번호 포함. 이하 같다), 을 제1 내지 3, 10, 12, 13, 21 내지 24, 28 내지 35, 37 내지 41호증의 각 기재, 증인 유00의 증언, 변론 전체의 취지

손00이 하위 인력공급업체들을 운영하다가 이들을 폐업하는 방식으로 원고가 납부해야 할 부가가치세를 포탈한 사실은 있다. 그러나 원고는 이 사건 거래처들 중 오00, 대00, 한00 등 3개 업체(이하 ‘원고 관여 업체들’라고 한다)의 설립과 운영에만 관여하였고, 원고 관여 업체들을 제외한 나머지 업체들(드00, 브00, 조00, 마00을 말한다. 이하 ‘이 사건 쟁점 업체들’이라고 한다)의 설립이나 운영에는 관여하지 않았으므로, 이 사건 부과처분 중 이 사건 쟁점 업체들에 관한 부분은 취소되어야 한다. 이 사건 쟁점 업체들이 발급한 세금계산서는 진정한 것이다. 이에 따르면 부가가치세의 정당세액은 2018년 제1기는 0원, 2018년 제2기는 193,280,350원이므로(계산내역은 별지1 원고의 주장에 따른 정당세액 제1항 참조), 이 사건 부과처분 중 ① 2018년 제1기 부가가치세는 전부 취소되어야 하고, ② 2018년 제2기 부가가치세는 193,280,350원을 초과하는 부분이 취소되어야 한다. 한편 2018 사업연도 법인세의 정당세액은 28,552,340원이므로(계산내역은 별지1 원고의 주장에 따른 정당세액 제2항 참조), 이 사건 부과처분 중 2018 사업연도 법인세는 28,552,340원을 초과하는 부분이 취소되어야 한다.

별지2 기재와 같다.

4. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 쟁점의 정리 피고는 원고가 이 사건 거래처들로부터 실제로 인력을 공급받지 않았음에도 마치 인력을 공급받은 것처럼 위장하고 사실과 다른 세금계산서를 발급받았음을 이유로 원고에게 이 사건 부과처분을 하였다. 1) 원고는 원고 관여 업체들로부터 사실과 다른 세금계산서를 발급받은 사실을 인정하고 있으므로, 이 사건의 쟁점은 원고가 이 사건 거래처들 중 원고 관여 업체들을 제외한 이 사건 쟁점 업체들로부터 발급받은 세금계산서가 사실과 다른 것인지 여부이다.2)
• 나. 판단 앞서 든 각 증거와 을 제4 내지 8, 15 내지 19, 25호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 원고 관여 업체들뿐만 아니라 이 사건 쟁점 업체들로부터도 사실과 다른 세금계산서를 발급받았음을 인정할 수 있다.

1. 원고를 운영하였던 손00과 장00(이하 ‘손00 등’이라고 한다)이 공모하여 재화 또는 용역을 공급받지 않고 공급가액 합계 5,399,917,932원 상당의 허위 세금계산서를 발급받아 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄로 유죄판결을 받은 사실은 앞서 본 바와 같다. 손00 등에 대한 형사판결문(갑 제8호증)에는 원고에게 허위 세금계산서를 발급한 거래상대방으로 원고 관여 업체들뿐만 아니라 브00, 드00, 마00도 기재되어 있다.3)

2. 피고는 원고가 이 사건 거래처들로부터 공급가액 합계 5,601,417,932원 상당의 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다고 보고 이를 근거로 이 사건 부과처분을 하였다. 피고가 이 사건 부과처분의 근거로 삼은 허위 세금계산서의 공급가액 합계와 관련 형사판결에서 허위로 인정된 세금계산서들의 공급가액 합계 5,399,917,932원 사이에는 210,500,000원의 차이가 있다. 이에 대해 피고는 피고가 고발서를 작성할 때 착오로 조00이 공급가액을 201,500,000원으로 하여 발급한 세금계산서를 누락하였기 때문이라고 주장하고 있는데, 이 사건이 진행된 경과나 관련 정황에 비추어 보면 피고의 위 주장을 수긍할 수 있으므로, 비록 관련 형사판결에서 원고의 거래상대방으로 조00이 기재되어 있지 않더라도 조00이 발급한 위 세금계산서 또한 사실과 다른 것이라고 인정할 수 있다.

3. 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자 측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 증명할 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조). 원고가 2018년과 2019년의 법인세와 부가가치세를 신고하면서 신고한 비용 중 원고 관여 업체들에 대한 것은 원고가 사실과 다른 것임을 자인하였고, 드00, 브00, 마00에 대한 것은 관련 형사판결에서 범죄사실로 인정되었으며, 앞서 본 바와 같이 조00이 발급한 세금계산서 또한 사실과 다른 것임이 추인되므로, 이 사건 쟁점 업체들이 발급한 세금계산서가 허위임이 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수 있다. 따라서 원고는 이 사건 쟁점 업체들이 발급한 세금계산서에 기재된 공급가액이 실제로 지출되었다는 점을 증명하여야 하는데, 원고는 손00이 이 사건 쟁점 업체들의 설립이나 운영에 관여하지 않았다고만 주장하고 있을 뿐이고, 갑 제4, 10, 11호증의 각 기재와 증인 유00의 증언만으로는 피고가 허위라고 판단한 세금계산서에 기재된 공급가액이 실제로 지출되었다고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

4. 그밖에 00지방국세청장의 세무조사 결과 확인된 원고와 이 사건 거래처들의 소재지, 주주 및 직원 구성, 맥 어드레스(MAC Address),4) 세무대리인 등의 동일성 내지 유사성(구체적인 내용은 별지3 기재 표 참조), 이 사건 거래처들과 손00 사이의 금전거래내역 등에 비추어 보면 이 사건 쟁점 업체들을 포함한 이 사건 거래처들과 원고 사이에 밀접한 연관성이 있음을 추단할 수 있고, 손00이 이 사건 쟁점 업체들의 설립이나 운영에 관여하였는지와 무관하게 원고와 이 사건 쟁점 업체들이 통모하여 사실과 다른 세금계산서를 발급․수수하였다고 인정할 수 있다.

• 다. 소결론 원고가 이 사건 쟁점 업체들로부터 사실과 다른 세금계산서를 발급받았으므로, 피고가 이를 근거로 매입세액 불공제 및 손금불산입을 하여 이 사건 부과처분을 한 것은 적법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.