부가가치세법 제39조 제1항 제8호에 따른 사업자등록전 매입세액 해당여부

사 건 수원지방법원 2021구합74694 (2022.08.17) 원 고 유○○ 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2022. 6. 22. 판 결 선 고

2022. 8. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 11. 6. 원고에 대하여 한 2017년 1기분 부가가치세 경정처분(매입세액130,544,000원 불공제), 2017년 2기분 부가가치세 217,379,680원 경정처분(매입세액 165,898,000원 불공제, 가산세 68,588,850원 포함)을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2017. 2. 24. 주택신축판매업을 영위하기 위하여 부가가치세 면세사업자로 사업자등록(개업일 2016. 12. 12.)을 하고, 주거용 오피스텔(이하 ‘이 사건 오피스텔’이라 한다)을 신축하여 2019년경까지 분양하였고, 2019. 11.경 폐업신고를 하였다.
• 나. 원고는 이 사건 오피스텔의 공급이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 (이하 ‘이 사건 면세조항’이라 한다)에 따른 부가가치세 면제대상이라고 보아 이에 대한 부가가치세를 신고, 납부하지 않았다.
• 다. 그러나 피고는 이 사건 오피스텔 공급이 이 사건 면세조항의 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는다고 보아, 2020. 2. 3. 원고를 과세사업자로 직권등록한 다음, 2020. 2. 13. 원고에게 2018년 제1기부터 2019년 제1기까지의 부가가치세 합계315,966,360원을 결정·고지하였다.
• 라. 원고는 피고가 과세사업자로 부가가치세를 부과하자, 2020. 2. 24. 2017년 제1기와 제2기에 면세사업자 등록번호로 발급받은 세금계산서의 매입세액 130,544,400원 및 165,878,250원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 2017년 제1기분 130,544,400원 및 2017년 제2기분 17,107,415원의 환급을 청구하는 기한후 신고를 하였다.
• 마. 피고는 원고가 환급을 구하는 과세기간의 매입세액이 구 부가가치세법(2020. 12. 22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제39조 제1항 제8호에 따른 사업자등록 신청 전의 매입세액에 해당한다고 보아 이를 공제·환급하지 않고, 2020. 11. 6. 원고에게 2017년 제1기 부가가치세 매입세액 130,544,400원을 불공제하며,1) 2017년 제2기 부가가치세 217,379,680원(가산세 68,588,850원 포함)을 부과한다고 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2020. 11. 23. 심판청구를 하였으나, 2021. 8. 26. 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함. 이하 같다), 을 제1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고는 피고의 담당 직원이 ‘국민주택 규모 이하 주거형 오피스텔 분양사업은 면세사업이므로 과세사업자등록을 면세사업자로 바꿔야 한다’고 안내해 준 것을 신뢰하고 면세사업자등록을 하였고, 이후 피고는 원고의 의사와 무관하게 원고를 직권으로 과세사업자로 등록하였다. 그러한 상황에서 과세사업자 직권등록일 이전의 매입세액이라는 이유만으로 원고가 정당하게 수취한 매입세액을 공제하지 않는 것은 부당하다.
• 나. 설령 이 사건 오피스텔 공급이 부가가치세 면제대상이 아니라고 하더라도, 이 사건 면세조항 해석상 견해 대립이 있는 상황에서 원고가 부가가치세 신고·납부를 하지 않은 것에 정당한 사유가 있으므로, 적어도 이 사건 처분 중 가산세 부과처분 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 가. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 나. 과세사업자 등록일 이전 매입세액을 공제하지 않은 것이 위법한지 여부

1. 구 부가가치세법(1998. 12. 28. 법률 제5585호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 같은 법 제17조 제2항 제5호 소정의 '제5조 제1항의 규정에 의한 등록'이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이고, 부가가치세의 면세사업자인지 또는 과세사업자인지 여부를 불문하고 사업자가 '면세사업자용'이라고 기재된 사업자등록증을 교부받은 것만으로는 같은 법 제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로, 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 같은 법 제17조 제2항 제5호 소정의 '제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액'에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(대법원 2004. 3. 12. 선고 2002두5146 판결 참조).

2. 제출된 증거들을 살펴보아도 피고의 담당 직원이 원고에게 이 사건 오피스텔 공급사업에 관하여 면세사업자등록을 하여야 한다고 안내해 주었다는 사정은 엿보이지 않는다. 원고가 2017. 2. 24. 면세사업자로 사업자등록을 한 사실, 피고가 2020. 2. 3. 원고를 과세사업자로 직권등록한 사실은 앞서 본 바와 같다. 원고가 과세사업자로 사업자등록이 되기 이전의 매입세액에 대하여는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 에 따라 매출세액에서 공제받을 수 없다. 피고가 직권으로 원고의 사업자등록사항을 변경하였더라도 그로 인하여 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액을 소급하여 공제할 수 있게 된다고 볼 수 없고, 위와 같은 직권등록이 위법하다고 할 수도 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 다. 부가가치세 가산세 부과가 위법한지 여부

1. 세법상 가산세는 과세권 행사 및 조세채권 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정적 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법해석상 의의로 인한 견해 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2021. 1. 28. 선고 2020두44725 판결 등 참조).

2. 앞서 인정한 사실관계에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사정들에 비추어 보면, 원고에게 이 사건 오피스텔의 공급에 대한 부가가치세를 신고․납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 공부상 용도가 ’업무시설‘인 ’오피스텔‘은 이 사건 면세조항의 ’국민주택‘에 해당한다고 볼 수 없고, 관련 법령의 문언과 체계 등에 비추어 이와 달리 해석할 여지가 있다고 보기 어렵다.

② 조세심판원은 ’오피스텔의 공급이 이 사건 면세조항에 따른 부가가치세 면제대상인지 여부‘에 관하여 2017. 12. 20.자 조세심판관합동회의 결정이 있기 전까지는 이를 긍정하기도 하고 부정하기도 하였다. 그러나 이와 같이 조세심판원 결정이 일관되지 않았다는 사정만으로 세법해석상 의의로 인한 견해 대립이 있었다고 인정할 수 있는 정도에 이르렀다고 보기는 어렵다. 그리고 2017년 2기분 부가가치세 신고기간은 위 결정 이후이다.

③ 원고는 국세청에 질의를 하는 방법 등으로 의문을 충분히 해소할 수 있었을 것으로 보이는데도, 그러한 노력을 전혀 하지 않은 채 만연히 법령을 해석하여 이 사건 오피스텔의 공급에 대한 부가가치세를 신고․납부하지 않았다.

④ 원고가 이 사건 오피스텔의 공급에 대한 부가가치세가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지 또는 착오에 불과하다고 평가할 수 있다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.