시공사와 별도로 약정한 이익배분금이 작업진행률에 따라 안분하여 손금으로 산입되어야 하는지 여부 등

사 건 2021구합72988 법인세부과처분취소 원 고 삼OOO 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2022. 9. 15. 판 결 선 고

2022. 11. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 1. 4. 원고에 대하여 한 2018년 법인세 349,167,440원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 3. 4. 설립되어 부동산 분양 및 대행업 등을 목적으로하는 회사이다.
• 나. 원고는 2016. 6. 30. ‘광교신도시 5-2BL 업무복합시설’ 신축 및 분양사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행하기 위하여, 주식회사 AA(이하 ‘AA’이라 한다) 및 BB기업 주식회사(이하 ‘BB기업’이라 한다)와 도급공사비를 720억 원(부가가치세 별도), 공사기간은 실착공일로부터 30개월로 정하여 위 업무복합시설 신축에 관한 공사도급계약을 체결하였다(이하 위 신축공사를 ‘이 사건 공사’라 한다).
• 다. 원고는 2016. 8. 22. AA과 다음과 같은 내용의 합의서(이하 ‘이 사건 합의서’라 한다)를 작성하였다.
• 라. 원고는 2019. 10.경 AA 및 BB기업과 다음과 같은 내용의 정산합의서(이하 ‘이 사건 정산합의서’라 한다)를 작성하였다.
• 마. 원고는 2017, 2018 사업연도에는 총공사예정비 중 ‘보존등기세액 등 기타비용’ 항목에 이 사건 합의서 기재 사업시행이익 배분금 15억 원(이하 ‘이 사건 이익배분금’이라 한다)을 포함하여 작업진행률을 산정하였고, 2019 사업연도에는 이 사건 정산합의서에 따라 총공사예정비에서 이 사건 이익배분금을 제외하였다. 원고가 산정한 총공사예정비와 작업진행률은 아래 표 기재와 같다.
• 바. 중부지방국세청장은 2020. 7. 23.부터 2020. 9. 22.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 이 사건 이익배분금이 총공사예정비에 포함되어서는 안 된다고 보고 총공사예정비 및 작업진행률을 다시 계산하여 법인세를 경정하도록 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 사. 피고는 원고의 2017 사업연도 이월결손금 534,654,233원을 감액하고, 2021. 1. 4. 원고에게 2018 사업연도 귀속 법인세 349,167,440원(가산세 포함)을 부과하였으며, 2019 사업연도 귀속 법인세 70,590,750원을 감액하는 내용으로 법인세를 경정․고지하였다(이하 2018 사업연도 귀속 법인세 349,167,440원의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라한다).
• 아. 원고는 2021. 2. 16. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 28. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 AA과 이 사건 합의서에서 최초 약정한 도급공사비에 더하여 이 사건 이익배분금을 지급하기로 약정하였으므로 이 사건 이익배분금은 도급공사비에 포함되는 항목이고, 설령 도급공사비에 포함되지 않더라도 이 사건 공사와 관련하여 원고가 지출해야 하는 비용으로서 총공사예정비 및 작업진행률 산정에 포함되어야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

2. 예비적으로, 원고는 2017, 2018년도에 이 사건 이익배분금을 지급할 의무가 있다고 판단할 수밖에 없었고, 결과적으로 지급의무가 사라졌다고 하더라도 원고가 이를 예측할 수 없었는바, 원고에게 작업진행률 산정에 대하여 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 이익배분금의 총공사예정비 포함 여부 가) 법인세법 제40조 제1항 은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제69조 제1항 본문은 ‘법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다’고 규정하고 있다. 또한 법인세법 시행규칙 제34조 제1항 은 작업진행률은 ‘해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 ÷ 총공사예정비’의 산식을 적용하여 계산하도록 규정하고 있고, 제2항은 ‘제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다’고 규정하고 있다. 나) 법인세법 제6조 제1항, 제14조 제1항, 제40조 제1항에서는 1년의 범위 내에서 법령이나 법인의 정관 등에서 정하는 하나의 회계기간인 사업연도에 확정된 익금과 손금을 대응시켜 해당 사업연도의 소득을 계산하는 기간손익계산의 원칙을 규정하고 있다. 그런데 건설사업과 같이 실제 익금이 발생할 때까지 하나의 사업연도를 초과하는 장기간이 소요되는 경우 손금만 발생하고 익금은 발생하지 않는 사업연도가 생겨 기간손익의 왜곡이 나타날 수 있다. 이에 법인세법 시행령 제69조 제1항 본문, 법인세법 시행규칙 제34조 에서는 공사 등 작업의 진행 정도에 따라 익금을 각 사업연도에 배분하여 귀속시킴으로써 익금과 손금의 적절한 대응을 도모하고 있다. 나아가 시행규칙 제34조 제1항 제1호 단서에서는 건설의 수익 실현이 건설의 작업시간ㆍ작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등과 ‘비례관계’가 있을 것을 요건으로 공사비의 비율 기준 이외에 이러한 비율을 적용할 수 있도록 정하고 있다. 이들 규정의 문언내용과 공사 등의 진행 정도에 맞추어 손익을 배분함으로써 기간손익의 왜곡을 방지하려는 입법취지 등에 비추어 보면, ‘건설 등’의 전체 과정에 소요된 비용이라고 하더라도 작업의 진행 정도에 직접 연동된다고 볼 수 없는 비용은 작업진행률의 산정에 고려할 수 없다고 보는 것이 타당하다. 그런데 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 합의서에서 이 사건 이익배분금을 ‘도급공사비 외’ 지급할 금원으로 약정한 점, ② 당초 도급공사비를 증액하는 방법으로 이 사건 이익배분금을 지급하기로 하는 합의를 하였으나 이 사건 이익배분금이 공사도급변경계약의 내용에 포함되지 않았고, 별도로 지급시기를 정하지 않은 점, ③ 이 사건 정산합의서에서 원고가 AA에게 미지급공사비 등을 모두 지급하는 것을 조건으로, 미분양 등으로 인하여 이 사건 사업의 시행이익이 확정되지 않은 점 등을 감안하여 이 사건 이익배분금을 지급하지 않기로 합의한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 이익배분금은 이 사건 공사의 실제 진척 정도와는 관계없이 이 사건 공사가 완료되고 원고와 AA 간의 협의 등에 따라 그 지급시기가 결정되는 금원이라고 할 것이므로, 이를 작업진행률의 산정에 고려하는 것은 오히려 기간손익의 왜곡을 초래한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 이익배분금은 작업진행률 산정요소인 총공사예정비에서 배제하는 것이 타당하고, 그에 따른 피고의 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

• 다) 한편 원고는, 설령 이 사건 이익배분금이 작업진행률을 산정하기 위한 총공사예정비에 포함되지 않는다 하더라도, 어차피 이 사건 사업과 관련하여 발생하는 비용으로 토지구입비나 모델하우스비용과 같이 작업진행률 및 분양계약률에 따라 각 사업연도에 인식되어야 하는 비용이므로, 결국 원고가 계산한 법인세 과세표준과 별다른 차이가 없게 된다고도 주장한다. 살피건대, 이 사건 사업은 원고가 수분양자로부터 미리 청약을 받고 장기간(1년 이상)에 걸쳐 업무시설을 신축하여 분양하는 것으로서 법인세법 시행령 제69조 제1항 의 예약매출에 해당하고, 법인세법 기본통칙은 상가 등을 분양하는 경우 토지의 취득원가는 작업진행률 계산시 산입하지 아니하되, 계산된 작업진행률에 의하여 안분하여 손금에 산입하고(40-69…7), 분양계약 전 지출한 모델하우스 설치비용은 그 비용이 확정된 날이 속하는 사업연도의 손금으로 하되, 해당 설치비용을 기업회계기준서 제12호에 따라 선급공사원가로 계상하고, 공사를 착수한 후 공사원가로 대체하는 방법으로 처리할 수 있다(40-69…8)고 규정하고 있다. 이와 같이 법인세법령은 사업 초기에 지출되고 작업의 진행 정도에 연동되지 않는 토지 취득원가나 모델하우스 설치비용에 대하여 기간손익의 왜곡을 방지하기 위하여 작업진행률에 의하여 손금에 산입하는 규정을 두고 있는 것이고, 앞서 본 바와 같이 시공사와 별도로 약정한 이 사건 이익배분금은 그 성질상 토지 취득원가나 모델하우스 설치비용과 같이 작업진행률에 따라 안분하여 손금으로 산입되어야 한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

2. 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 여부 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2021. 1. 28. 선고 2020두44725 판결 등 참조). 살피건대, 이 사건 이익배분금이 총공사예정비에 포함될 수 없다는 점에 관하여 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있다고 할 수 없고, 원고가 이 사건 이익배분금이 총공사예정비에 포함된다고 판단한 것은 법률의 부지나 오해에 해당한다고 보이므로, 원고가 주장하는 사정만으로는 원고에게 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.