조정대상지역 내 1세대 3주택 이상에 해당하는 9억 원을 초과하는 주택을 양도할 때 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 처분의 적법 여부

사 건 2021구합64925 양도소득세부과처분 취소청구의 소 원 고 고AA 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2021. 10. 7. 판 결 선 고

2021. 11. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20xx. x. x. 원고에 대하여 한 20xx년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 20xx. xx. xx. ○○ □□구 △△동 xx ☆☆아파트 xxx동 xxxx호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 xx억 x,xxx만 원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하고 이 사건 주택이 1세대 1주택인 고가주택에 해당한다고 보아 9억 원을 초과하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 및 일반 세율을 적용하여 20xx. xx. x. 20xx년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원을 신고․납부하였다.
• 나. 피고는 원고가 이 사건 양도 당시 이 사건 주택 외에 원고와 원고 배우자 공동 명의로 ○○시 □□구 △△△로 xxx, xx동 xxxx호(이하 ‘이 사건 대체주택’이라 한다)을 소유하고 있고, 원고 배우자 명의로 장기임대주택인 ○○ □□구 △△△로x길 xx, xxx호(이하 ‘이 사건 장기임대주택’이라 한다)를 소유하고 있는 사실을 확인하고, 원고가 이 사건 양도 당시 조정대상지역에 1세대 3주택 이상의 주택을 소유하고 있다고 보아 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 해당하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(100분의 20)을 적용하여 20xx. x. x. 원고에게 20xx년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원을 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 20xx. x. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 20xx. x. xx. 기각되었다.

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 처분은 법령에 대한 기존 해석을 새로이 변경하여 소급과세한 것으로 위법하다. 일시적 2주택 비과세특례는 원고와 같이 이 사건 주택과 대체주택 외에 장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 적용되어야 함이 상당하므로, 주거이전을 목적으로 이 사건 대체주택을 취득하여 일시적 2주택자에 불과하였던 원고가 이 사건 주택을 양도한 것은 ‘대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’에 해당하지 않는다. 따라서 피고가 이 사건 주택의 양도가 ‘대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’임을 전제로 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세율을 중과하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따르면 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우, 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세율을 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 ‘구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 함은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택을 들고 있다. 이 사건 주택은 서울에 소재하여 조정대상지역에 있는 주택에 해당하고, 이 사건 주택의 양도 당시 원고 세대가 이 사건 주택 외에도 이 사건 임대주택과 이 사건 대체주택을 소유하고 있었던 사실은 앞서 본 바와 같은바, 앞서 본 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에 따르면 장기임대주택은 주택 수를 계산할 때 산입되는 점, ② 원고 세대는 장기임대주택 외에도 이 사건 대체주택을 소유하고 있었으므로 장기임대주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없어 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 가 적용되지 않으며, 위 조문에는 장기임대주택을 제외하고 1개의 주택을 소유하고 있던 자가 대체주택의 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 이를 1개의 주택으로 본다는 특례규정 등이 없어 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 를 유추적용할 수도 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 주택의 양도는 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당한다. 따라서 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하여야 함이 타당하므로, 결국 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다.

2. 원고는, 장기임대주택을 보유한 자에 대하여도 일시적 2주택 특례가 적용되고 고가주택으로서 9억 원 초과분에 해당하는 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제가 적용된다는 취지의 장기간에 걸친 국세청 질의회신이 있었는데, 이러한 해석을 변경하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 비적용한 것은 소급 과세한 것이나 다름없다고 주장하나, 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세율을 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정한 구 소득세법 규정은 2017. 12. 19. 소득세법이 개정되면서 신설된 것으로 해당 소득세법 부칙에 따라 2018. 4. 1.부터 시행된 것인데, 위 조항의 신설 이유는 조정대상지역 내의 부동산 투기를 억제하기 위하여 2주택 이상 보유자가 조정대상지역 내의 주택을 양도하는 경우에 양도소득세를 중과하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세형평을 제고하기 위한 것으로서 2018. 4. 1. 이후에 양도된 주택에 대하여 적용된다. 따라서 원고가 주장하는 장기간에 걸친 국세청의 질의회신 등은 이처럼 소득세법이 개정되기 전의 사안에 관한 것으로서 위와 같이 개정·신설된 법조항이 적용되는 이 사건에 그대로 적용할 수 있다고 보기 어렵다.

3. 또한 원고는, 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다는 취지의 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결에 비추어 이 사건 처분이 위법하다는 취지의 주장도 하나, 원고가 이 사건 대체주택을 20xx. x. xx. 취득하고 이 사건 주택을 20xx. xx. xx. 양도함으로써 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 약 2년 5개월에 이르고 위 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보지 아니할 특별한 사정이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.