국내 미등록특허는 한미조세조약에 따라 국내 원천소득이 아님

사 건 2021구합62745 법인세경정거부처분취소 원고, 항소인 AAA 피고, 피항소인 YYY세무서장 변 론 종 결

2021. 7. 14. 판 결 선 고

2021. 9. 1.

1. 피고가 2020. 2. 6. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 법인세 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 미합중국(이하 ‘미국’이라 한다) ○○주에 소재한 미국 법인으로 2014. 6. 26. 내국법인인 BBB 주식회사(이하 ‘BBB’라고 한다)와 사이에, 원고가 보유한 미국, 한국 등 세계 각국에 등록된 특허 ○○건(이하 ‘이 사건 특허’라고 한다)에 관하여 BBB 및 그 계열사에 사용권을 부여하고 그 대가로 미화 ○○만 달러를 2014년부터 2020년까지 7년에 거쳐 8회에 분할하여 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하였다.
• 나. BBB는 2014. 9. 30., 2015. 9. 30., 2016. 9. 30., 2017. 9. 29., 2018. 9. 28., 2019. 9. 30.에 각 미화 ○○만 달러를 원고에게 지급하면서, 지급한 사용료 전액을 국내원천소득으로 보고 ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한미조세협약’이라 한다) 제14조에 따라 사용료소득에 대한 제한세율 15%를 적용한 법인세를 원천징수하여 피고에게 아래와 같이 법인세를 신고·납부하였다.
• 다. 원고는 위와 같이 지급받은 사용료 중 국내에 등록된 특허 ○○건에 대한 부분만이 원천징수 대상인 국내원천소득이고, 국내에 등록되지 않은 특허 ○○건에 대한 분은 원천징수 대상인 국내원천소득에 해당하지 않는다고 주장하면서, 피고를 상대로 2019. 10. 8. 2014년부터 2018년 분 법인세에 대하여, 2019. 10. 22. 2019년도 법인세에 대하여 별지 1 목록과 같은 금액의 과다 납부된 원천 징수세액에 대한 감액경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2020. 2. 6. 원고에 대하여 국내미등록 특허권이라고 하더라도 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내원천소득에 해당한다는 이유로 위 각 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 2020. 4. 24. 이 사건 처분에 불복하여 국세청장에 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2021. 9. 16. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분에는 아래와 같은 사유가 있어 위법하므로 취소되어야 한다. 1) 국내에 등록되지 않은 특허에 대한 사용료는 한미조세협약 제6조 제3항에 따라 국내원천소득으로 볼 수 없다. 2) 발명, 기술 등에 관한 비공개 정보가 국내에서 사용되고 그 대가가 지급되는 경우 그 대가를 국내원천소득으로 과세할 수 있다고 하더라도, 이 사건 특허는 공개된 정보이므로 그에 대한 사용료가 비공개 정보를 사용하는 대가에 해당한다고 할 수 없고, 이 사건 특허 중 외국의 특허가 국내에서 특정 제품을 제조하는데 사용되었다는 것에 대한 주장·입증도 없다.
• 나. 관계 법령 별지 2 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고가 한미조세협약이 적용되는 ‘미국의 거주자’인지 여부 한미조세협약 제3조 제1항 (b)호는 “‘미국의 거주자’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 규정하면서, (i)목에서 ‘미국법인’을 들고 있다. 갑 제1, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 미국에서 설립된 미국법인인 사실인 인정되므로, 원고는 한미조세협약상 ‘미국의 거주자’에 해당한다고 판단된다.

2. 국내 미등록 특허 사용료가 국내원천소득인지 여부

• 가) 원고는 법인세법상 외국법인에 해당 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3호, 법인세법 시행령 제2조 제2항 제1호 및 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제1조 제3호, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 19. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제1조 제2항 제1호에 의하면, 법인세법상 ‘외국법인’이란 설립된 국가의 법에 따라 법인격이 부여된 단체를 의미하는바, 원고가 미국법에 따라 설립된 미국법인인 사실은 앞서 본 것과 같으므로, 원고는 법인세법상 외국법인에 해당한다. 나) 원고는 법인세법상 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있음 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제2호는 외국법인에 대하여 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고, 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것) 제3조 제5항, 제98조 제1항, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5항, 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다. 원고는 법인세법상 외국법인에 해당하므로 국내원천징수소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있고, 이 경우에만 BBB가 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다.
• 다) 국내 미등록 특허 사용료에 대한 법인세법과 한미조세조약의 규정

(1) 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것) 및 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)은 제93조에서 외국법인의 국외원천소득에 대하여 구분하면서, 제8호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리․자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”고 하면서 가목으로 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(공정), 라디오·텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를, 나목으로 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우를 규정하고 있다.

(2) 한편, 대한민국의 법인세를 그 적용대상에 포함하는 한미조세협약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 하면서 제a호에서 ’문학ㆍ예술ㆍ과학작품의 저작권 또는 영화필름․라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금‘을 규정하고, 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 하면서 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.“라고 규정하고 있다. 한미조세협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 위 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정한 것이고(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조), 특허권이 등록된 국가 외 에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다고 해석된다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2022. 2. 10. 선고 2018두36592 판결 등 참조).

• 라) 국내 미등록 특허 사용료가 법인세법상 과세되는 국내원천소득인지 여부 앞서 본 것과 같이 미국법인의 특허권 사용료 소득을 국내원천소득으로 보는 범위에 관하여 한미조세협약 제6조와 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것) 및 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제93조는 그 규정의 내용과 해석을 달리하고 있다. 즉, 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것) 및 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제93조 제8호에 의하면 국내 미등록 특허가 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 특허권에 대한 사용료 소득으로서 과세대상인 국내원천소득에 해당하나, 한미조세조약 제6조 제3항, 제14조 제4항에 의하면 이는 과세대상인 국내원천소득에 해당하지 않는다. 그런데 헌법 제6조 제1항은 ‘헌법에 의하여 체결ㆍ공포된 조약과 일반적으로 승인된 국제법규는 국내법과 같은 효력을 갖는다.’고 규정하고 있으므로, 국회의 동의를 얻어 체결된 한미조세조약은 법률에 준하는 효력을 가지고, 나아가 한미조세조약에서 규율하고 있는 법률관계에 있어서는 당해 조약이 국내법의 특별법적인 지위에 있으므로 국내법보다 우선하여 적용된다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013다81514 판결, 대법원 2022. 1. 13. 선고 2021다269388 판결 등 참조)[이와 관련하여 구 국제조세조정에 관한 법률 (2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제28조는 “비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”라고 정하고 있으므로, 위 조항이 2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되면서 삭제되기 전에는 위 조항에 따라 외국법인의 국내원천소득의 구분에 대해 한미조세조약을 우선하여 적용할 수 있었으나, 위 조항은 한미조세조약이 국내법의 특별법적인 지위에 있는 점을 고려할 때 당연규정에 불과하므로 위 조항이 삭제되었다고 하여 한미조세조약이 법인세법에 우선적으로 적용되는 것에 변동이 있는 것은 아니다]. 따라서 원고의 국내 미등록 특허가 국내에서 제품의 제조·판매 등에 사용된 경우 그 대가는 법인세법에 의하면 사용료 소득으로서 국내원천소득에 해당하나, 최종적인 과세권 여부는 한미조세조약에 의하여 판정되는바, 한미조세조약에 따라 국내원천소득으로 볼 수 없고, 이와 같은 법리는 해당 특허권이 국내에 등록되어 있지 않는 이상 미국 이외의 국가에 등록된 경우에도 마찬가지로 적용된다고 보아야 한다. 이에 대하여 피고는 이 사건 특허 중 기간만료로 소멸되거나 출원 중인 특허, 특허 등록 여부가 명확하게 확인되지 않는 것은 발명, 기술 등에 관한 비공개 정보로서 법인세법 제93조 제8호 나목, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항에 의하여 그에 대한 사용료는 국내원천소득이라고 주장한다. 그러나 이 사건 특허 중 기간만료로 소멸되거나 출원 중인 특허, 특허 등록 여부가 명확하게 확인되지 않는 것이 있다고 하더라도 이들에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하기 위해서는 이들이 발명, 기술 등에 관한 ① 비공개 정보로서 ② 국내에서 사용되었어야 한다는 요건을 충족하여야 한다(대법원 2022. 2. 10. 선고 2018두36592 판결 참조). 그런데 이 사건에서 피고는 위 요건들에 대하여 주장·입증하지 못하고 있으므로 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 마) 소결론 국내 미등록 특허에 대한 사용료는 미국에 등록되어 있는지, 제3국에 등록되어 있는지, 국내에서 제품 제조에 사용되었는지 여부에 관계없이 원천징수대상인 국내원천소득이라고 할 수 없다.

3. 정당세액의 계산 이 사건 특허 ○○건 중 국내에 등록된 특허가 ○○건인 사실은 앞서 본 것과 같고 이 사건 계약의 속성상 각각의 특허에 대한 사용료 액수가 특정된 것이 아니라 전체 특허에 대하여 일괄적으로 사용료 액수가 결정된 것으로 보이는바, 이 사건 특허에 대한 사용료 중 전체 특허권 수인 ○○건 대비 국내 등록 특허권 수 ○○건의 비율에 해당하는 부분만이 국내원천소득에 해당하고, 그에 대해 법인세율 15%를 곱한 금액이 정당한 원천징수세액이라고 보는 것이 타당하다. 이에 따라 정당한 원천징수세액과 과다 납부금액을 계산하면 다음과 같다. 원고는 위와 같이 2014년부터 2019년까지 합계 ○○원의 법인세를 과다 납부하였고, 피고에 대하여 2019. 10. 8.과 2019. 10. 22. 각 경정청구 한 별지 1 목록 기재 금액이 위와 같이 과다 납부한 법인세액과 같으므로, 원고의 각 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.