양도소득세 부과처분 취소

사 건 2021구단8768 양도소득세부과처분취소 원 고 한〇〇 피 고 평〇세무서장 변 론 종 결 2023.04.19. 판 결 선 고 2023.07.12.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2020. 12. 1. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 469,549,450원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 평택시 **동 29*-8 전 2,191㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 2007. 1.

8. 취득하였다가 2016. 4. 29. 주식회사 상AA디에 2,236,262,000원에 양도하였다. 한편 2008. 1. 14. 이 사건 토지를 포함한 평택시 **동 301-2 일원은 평택 용BB구도시개발사업(이하 ‘이 사건 도시개발사업’이라 한다) 구역으로 지정되었다.

• 나. 원고는 2016. 6. 30. 이 사건 토지가 비사업용 토지가 아니라고 보고 장기보유특별공제를 하고 일반세율을 적용하여 피고에게 2016년 귀속 양도소득세 394,356,844 원을 예정신고·납부하였다.
• 다. 피고는 2020. 12. 1. 이 사건 토지가 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목의 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 장기보유 특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하 여 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 469,549,450원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)
• 라. 원고는 2021. 2. 17. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2021. 6. 2. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재 및 변 론 전체의 취지.

• 가. 원고 주장의 요지

1. 이 사건 토지는 ‘농지’가 아니고, 비사업용 토지에서 제외되는 재산세 분리과세 대상에 해당한다. 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 에서 ‘농지’의 판단은 공부상 지목이 아니라 실제로 경작에 사용되는지 여부에 따라야 한다. 이 사건 토지는 과수원으로 이용되다가 2009. 3경 그 지상 과수 등이 도시개발사업조합에 협의취득되었고 벌채까지 되었다. 도시개발사업조합에서는 경작금지 안내문을 설치하고 사업구역에 가설휀스를 설치하고 출입을 통제하였다. 이로 인해 원고는 2009. 3.경부터는 이 사건 토지를 과수원 용도로 사용이 불가능하였으므로 ‘농지’로 볼 수 없다. 그리고 이 사건 토지는 2011년 과세기준일부터 재산세 분리과세 대상(지방세법 제106조 제1항 제3호 마목)이었다. 결국 이 사건 토지는 농지 외의 토지로서 ‘재산세 분리과세 대상’에 해당하므로, 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에 따라 ‘비사업용 토지’에서 제외된다.

2. 이 사건 토지의 사용 제한 이 사건 토지가 농지에 해당한다고 하더라도, 비사업용 토지로 인정되기 위해서는 기간기준(소득세법 제104조의3 제1항, 시행령 제168조의6 제1호)을 충족하여야 하고, 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 기간은 위 기간기준에서 제외 된다(소득세법 제104조의3 제2항, 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호). 이 사 건 토지의 사용이 제한된 기간은 아래와 같고, 이를 제외하면 위 기간기준을 충족하지 못하게 된다.

• 가) 도시개발법에 따른 제한 이 사건 도시개발사업구역의 지정 및 고시가 있었던 2008. 1. 14.부터는 도시개발 법 제9조 제5항, 같은 법 시행령 제16조 제1항에 의해 과목식재나 형질변경은 허가를 받아야 하므로, 그때부터 이 사건 토지의 사용이 법령상 제한된다.
• 나) ‘매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률’에 따른 제한 위 법률에 따라 매장문화재 유존지역은 보호되어야 하므로(같은 법 제4조), 경작 행위도 금지되고, 그곳에서 개발사업을 하려면 미리 문화재청장과 협의하여야 하므로 (같은 법 제8조), 매장문화재의 시굴, 발굴 작업이 진행되면 해당 토지를 사용하는 것 은 사실상 불가능하다. 문화재청의 발굴허가에 따라 2009. 4. 6.부터 2016. 5.까지 이 사건 도시개발사업구역 내 유적에 대하여 발굴조사가 이루어졌으므로, 그 기간 동안은 이 사건 토지의 사용이 제한된다.
• 다) 이 사건 도시재개발사업조합이 이 사건 토지 지상의 배나무 등을 협의취득하고 철거하였을 뿐만 아니라 이 사건 도시개발사업의 시행자로서 조합은 설립인가를 받음으로써 행정주체로서의 지위를 부여받게 되는데, 2008. 9.경부터 경작금지 안내문을 설치하고 2009. 5.경 가설휀스를 설치하여 출입을 통제함으로써 행정주체로서 토지사 용 제한조치를 한 것이다. 이로 인해 원고는 사실상 이 사건 토지를 종래와 같은 용도 로 사용하는 것이 불가능하게 되었다.
• 나. 피고 주장 요지

1. 이 사건 토지는 지목이 전이고, 2011년부터 2013년 항공사진에 의하더라도 고랑과 이랑이 확인되므로 그 현황 역시 농지이다.

2. 사용제한 기간 환지예정지 지정공고에서 정한 대로 도시개발법 제37조 에 의한 사용·수익 정지일인 2014. 7. 27.부터 비로소 사용·수익이 금지되므로, 그때부터 이 사건 토지의 양도일까 지의 기간을 제외하더라도 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 의 기간기준을 충족한다.

• 다. 관계 법령 별지와 같다(이하에서 구 법령의 연혁은 이에 따르고 따로 표시하지 아니한다).
• 라. 기초사실

1. 이 사건 토지는 1989. 8. 19. 구 도시계획법에 따라 도시계획구역 내 일반상업지역으로 지정되었다.

2. 이 사건 도시개발사업의 주요 경과는 다음과 같다.

• 2008. 1. 14. 이 사건 도시개발사업 구역지정 및 개발계획고시(경기도 고시 제2008-*호) (환지방식, 사업면적 743,443㎡)

• 2008. 4. 14. 평택** 도시개발사업 조합(시행자) 설립 인가

• 2010. 11. 24. 도시개발사업 실시계획인가 고시

• 2014. 2. 11. 도시개발사업 개발계획변경, 실시계획변경인가 및 고시

• 2014. 5. 22. 도시개발사업 환지계획 인가

• 2014. 6. 13. 환지예정지 지정 공고 (환지예정지 지정의 효력발생일: 2014. 6. 27., 도시개발법 제37조 에 의한 사용·수익 정지일: 2014. 7. 27.)

• 2014. 11. 5. 도시개발사업의 공사 착공

3. 이 사건 도시개발사업 조합은 2009. 3. 19. 원고에게 이 사건 토지 지상 배나무 등에 대한 농업손실보상금을 지급하였다.

4. 이 사건 도시개발사업 조합은 2008. 9. 29.경 ‘본 지역은 도시개발구역이며, 향후 지장물 철거가 진행될 예정이오니 경작을 금지합니다. 본 공고 이후 경작한 경작물에 대해서는 보상 없이 강제철거합니다‘라는 내용의 경작금지 안내문을 설치하였고, 2012. 3.경과 2013. 3.경에도 같은 취지의 경작금지 안내문을 설치하였으며, 2009. 5.경에는 이 사건 도시개발사업구역에 가설휀스를 설치하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5, 8, 9, 13, 14, 15, 16, 22호증, 을 제7, 8, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지.

• 마. 판단

1. 이 사건의 쟁점 이 사건 토지가 ‘비사업용 토지’에 해당하는지가 쟁점이다. 구체적으로는 ① 구 소 득세법 제104조의3 제1항 제1호의 ‘농지’인지 여부, ② 같은 조 제2항의 법령상 사용 제한된 기간 또는 그 시기가 언제인지가 문제된다. 만일 피고 주장처럼 이 사건 토지 가 ‘농지’에 해당하고, 법령상 사용제한 기간(그 기간은 기간기준에서 제외된다)이

2014. 7. 27.부터 또는 아래에서 보는 바와 같이 2014. 6. 27.부터라고 보면, 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 의 기간기준도 충족하여 결국 이 사건 토지는 ‘비사업용토지’에 해당하게 된다.

2. 이 사건 토지가 농지인지 여부 이 사건 토지의 지목은 ‘전’이다. 그러나 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 에서 농지라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사 용되는 토지를 말한다(소득세법 시행령 제168조의8). 이 사건에서 ① 2009. 3. 10.자 현장조사보고서(갑 제18호증)의 사진에 의하면, 당시 이 사건 토지 지상에 배나무가 있었고, 그 때는 고랑과 이랑이 없었는데, ② 그 후인 2011년부터 2013년까지의 항공사진(을 제5호증)에 의하면, 이 사건 토지에 고랑과 이랑이 있는 것을 보면, 배나무가 벌채된 후로도 이 사건 토지는 실제로 밭으로 경작 에 사용된 것으로 보이므로, ‘농지’에 해당한다. 따라서 농지가 아님을 전제로 한 원고 의 주장은 모두 이유 없다.

3. 이 사건 토지의 사용이 제한된 시기

• 가) 구 도시개발법 제36조 의 제한 피고는 구 도시개발법 제37조 에 따른 사용·수익 정지일인 2014. 7. 27.부터 이 사건 토지의 사용이 제한된다고 주장한다. 살피건대 구 도시개발법 제37조 는 ‘환지를 정하지 아니하기로 결정된 토지 소유자의 사용·수익 정지’에 관한 규정이다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 도시개발사업은 환지방식에 의한 사업이고, 이 사건 토지가 특 별히 ‘환지를 정하지 아니하기로 결정된 토지’에 해당하는 것으로 보이지 아니하므로, 위 제37조는 이 사건 토지에 적용될 수 없다. 한편 구 도시개발법 제36조 제1항 에 의하면, 환지 예정지가 지정되면 종전의 토지의 소유자와 임차권자등은 환지 예정지 지정의 효력발생일부터 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없다. 앞서 본 바와 같이 이 사건 사업의 환지예정지 지정 효력발생일은 2014. 6. 27.이므로, 그 때부터 구 도시개발법 제36조 제1항 에 따라 이 사건 토지의 사용이 법령상 제한된다고 보아야 한다.
• 나) 이 사건 토지의 사용 제한에 관한 원고의 주장은 아래에서 보는 바와 같이 모두 이유 없다.

(1) 구 도시개발법 제9조 제5항 의 제한 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에서 말하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다고 할 것이다. 여기에서 ‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두7886 판결 등 참조). 이 사건에서 2008. 1. 14. 이 사건 도시개발구역의 지정·고시가 있었고, 구 도시개발법 제9조 제5항 의 위임에 따른 같은 법 시행령 제16조 제1항에 의하면, 도시개발구역에서의 토지의 형질변경(제3호), 죽목의 벌채 및 식재(제7호)는 시장 등의 허가를 받아야 한다. 이로 인해 2008. 1. 14. 이후에는 이 사건 토지에 나무를 새로 식재하는 것은 제한되나, 기존 상태대로 과수원으로 이용하는 것이 제한되는 것은 아니다. 실제로 이 사건 토지는 지상 배나무가 벌채된 2009. 3.경까지 과수원으로 이용되었고, 그후로도 밭으로 이용되었음은 앞서 본 바와 같다. 한편 구 도시개발법 제9조 제6항 제2호, 같은 법 시행령 제16조 제3항에서는 허가를 받지 않고도 할 수 있는 행위들을 규정하면서 그 제2호에서 ‘경작을 위한 토지의 형질변경’을 두고 있다. 따라서 경작을 위한 형질변경과 경작행위 자체가 금지되거나 제한되는 것은 아니므로, 구 도시개발법 제9조 제5항 으로 인해 이 사건 토지가 농지 본래의 용도로서 사용이 금지 또는 제한된다고 볼 수 없다.

(2) ‘매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률’에 따른 제한

① 2008. 10.경 작성된 문화재 시굴조사 계획서(갑 제21호증) 상으로는 이 사건 토지가 ‘제1지점(대상면적 147,007㎡)’에 포함되어 있고, 이 사건 도시개발사업구역 내 문화재 발(시)굴조사 용역계약은 애초 2009. 4. 6.부터 2009. 9. 30.까지이다(갑 제26호 증의 1). 원고는 그 후로도 이 사건 토지에서 발굴조사가 이루어졌다고 주장하나, 위 용역계약 외에 제1지점과 관련된 연장계약서로는 갑 제26호증의6이 있고, 그 계약서 상의 조사면적은 4,335㎡에 불과한데 거기에 이 사건 토지가 포함되어 있다고 볼 증거가 없다. 나머지 조사기간 연장계약서들(갑 제26호증의2, 3, 4)은 제1지점에 대한 것이 아니다.

② 문화재청에 대한 사실조회결과에 의하면, ‘매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률’에 따라 유존지역으로 설정되거나 시굴 및 발굴조사가 진행되는 동안에는 경작 및 굴착 등의 행위는 할 수 없고, 2008년도 기준으로 이 사건 토지에 유존지역이 일부 포함되어 있다고 한다. 그러나 이는 2008년의 사정일 뿐이고, 그 후에도 이 사건 토지가 유존지역에 포함되어 있는지를 확인할 증거가 없다. 또한 ‘매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률’ 제10조에 의하면, 매장문화재 보존조치가 완료되기 전에는 해당 지역에 서 공사를 시행할 수 없기는 하나, 이 사건 토지에 대하여는 보존조치가 이루어지지 않았으므로(을 제11, 12, 14호증), 더 나아가 살피지 아니한다.

(3) 이 사건 도시개발사업조합에서 2008. 9.경부터 경작을 금지한다는 안내문을 설치하고, 그 후 2009. 5.경 가설휀스까지 설치하여 출입을 통제한 사정이 있다 하더라도, 이는 사업시행자인 조합이 지장물 보상을 최소화하고 원활한 사업진행을 위해 경고하거나 사실상 출입을 제한한 것으로 보일 뿐, 그것이 행정작용이라거나 이 사건 토지를 농지로 사용하는 것을 금지하는 법적 구속력이 있다고 볼 수 없다.

4. 소결 결국 이 사건 토지는 농지이고, 2014. 6. 27.부터 법령상 사용이 제한되므로 비사 업용 토지에 해당하고, 피고의 이 사건 처분은 적법하며, 원고의 주장은 이유 없다.

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.