주택양도에 대하여 소득세법 부칙 제14조 적용의 당부

사 건 수원지방법원2021구단15087 (2022.08.24) 원 고 전○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2022. 5. 25. 판 결 선 고

2022. 8. 24.

1. 피고가 2021. 1. 14. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 75,392,956원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2009. 4. 24. ◇◇시 □□동 0(도로명주소 △△로 **) ☆☆☆☆☆아파트 ☆☆동 ☆☆☆☆호 59㎡(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하였다가 2019. 7. 22. 양도하였다. 위 양도 당시 원고는 1세대 3주택자였고, 이 사건 주택은 주택법에서 정한 조정대상지역 내에 있다.
• 나. 원고는 2019. 9. 30. 소득세법 부칙 제14조 제1항(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)의 특례(일반세율)를 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 105,292,016원을 신고·납부하였다.
• 다. 원고는 다시 2020. 8. 27. 1세대 3주택자에 대한 중과세율(일반세율에 20/100 가산)을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세를 180,684,972원으로 수정신고·납부하였다.
• 라. 원고는 그 후 2020. 12. 14. 정당한 세액은 이 사건 부칙조항을 적용한 105,292,016원이라고 주장하며, 피고에게 이미 납부한 180,684,972원과의 차액 75,392,956원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 원고가 1세대 3주택자이 고 이 사건 주택이 조정대상지역 내에 있으므로 소득세법 제104조 제7항 제3호 (중과세율)을 적용하여야 한다는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 4. 2. 조세심판원에 심판청구를 청구하였으나, 조세심판원은 2021. 7. 15. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 2호증(가지번호포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지.

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 부칙조항은 1세대 3주택에 대한 특례로서, 특정 기간 동안 취득한 주택에 대하여는 그 양도시기와 관계없이 일반세율을 적용한다는 것이고, 이는 현재까지 폐지되지 않고 존치되어 있으므로, 위 특정 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에는 이 사건 부칙조항이 적용되어야 한다. 이후 신설된 소득세법 제104조 제7항 을 적용하는 것은 과세요건의 원인관계가 이미 확정, 고정된 경우임에도 개정법을 적용하는 것으로서 소급과세금지원칙, 유추해석 금지원칙 및 확장해석금지원칙에도 어긋난다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 피고 주장의 요지 1세대 3주택자에 대하여 2003. 12. 30. 법률 제7006호 개정 시부터 양도소득세 중과제도를 시행하여 오던 중 부동산 시장의 침체가 지속됨에 따라 2009년경부터 특정기간에 취득하거나 양도하는 자산에 대하여는 중과를 한시적으로 완화하도록 법이 개정되었고, 그럼에도 불구하고 부동산 시장의 정상화가 이루어지지 않아 2014. 1. 1. 법률 제12169호로 다주택자에 대한 양도소득세 중과제도를 폐지하고, 특정 지역 내 1세대 3주택 이상자에 대해서만 중과하도록 법이 개정되었다. 이러한 개정연혁에 비추어 보면, 이 사건 부칙조항은 2012. 12. 31.까지로 일몰되어 그 효력을 잃었다. 또한 2014. 1. 1. 법률 개정 시 이 사건 부칙조항의 전제가 되는 본칙 제104조 제1항 제4호가 삭제되었으므로, 이 사건 부칙조항의 효력이 장래에 연장된다고 볼 수도 없다. 결국 원고는 1세대 3주택자로서 소득세법 제104조 제7항 제3호 (중과세율)가 적용되어야 한다.
• 다. 관계 법령 별지와 같다.
• 라. 판단 이 사건의 쟁점은 이 사건 부칙조항이 여전히 유효한지, 신설된 소득세법 제104조 제7항 제3호 보다 우선 적용되는지 여부이다. 결론적으로 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 부칙조항은 여전히 유효하고, 위 신설조항의 특례로서 우선 적용되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

1. 법률의 개정 시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 참조). 이는 경과규정 뿐 아니라 다른 부칙조항에서도 마찬가지라 할 것이다. 이 사건 부칙조항 이후에 여러 차례 소득세법의 개정이 있었지만, 이 사건 부칙조항을 삭제하거나 그에 대한 경과규정(예를 들어 ‘0000. 00. 00.까지의 양도분에 한해서만 적용한다’)을 두는 등의 명시적인 조치가 없었고, 현재까지 그대로 존속하고 있다. 이 사건 부칙조항 자체에 효력기한이나 적용기한이 설정된 것도 아니다.

2. 법률의 부칙도 본칙과 동일한 효력을 갖는다. 이 사건 부칙조항은 ‘제104조 제1항 제4호의 규정에도 불구하고’라고 되어 있고, 당시 제104조 제1항 제4호는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세율 규정이다. 이 사건 부칙조항의 의미는 결국 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 하더라도, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조 제1항(일 반세율)에 따른 세율을 적용한다’라는 것이다. 즉 위 기간 동안 취득한 자산은 그 양도시기에 관계없이 특례를 규정한 것이다. 본칙 제104조 제4항 및 제6항이 ‘0000. 00. 00.까지 양도함으로써’라고 규정하여 ‘특정 기간 양도분’ 자산에 대한 세율의 특례를 정한 것이라면, 이 사건 부칙조항은 ‘특정 기간 취득분’ 자산(주택)에 대한 세율의 특례를 정한 것이다.

3. 이 사건 부칙조항이 제104조 제1항 제4호를 인용하여 규정하고 있다고 하여, 그 효력까지 위 제4호의 존속을 전제로 한다고 볼 수 없다. 즉 위 제4호가 이후 개정으로 삭제되었다고 해서 위 부칙조항도 그와 운명을 같이 하여 당연히 실효된다고 볼 수 없

• 다. 4) 2017. 12. 19. 법률 제15225호 개정으로 조정대상지역 안에 있는 1세대 3주택이상의 주택에 대한 중과세율 조항(제104조 제7항 제3호)이 신설되었으나, 이로써 이 사건 부칙조항이 폐지되거나 실효된다고 해석할 수는 없고, 여전히 위 신설조항에 대한 특례로 보는 것이 조화로운 해석이다.

5. 이 사건 부칙조항이 적용되는 취득기간은 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지이고, 원고는 그 기간 내인 2009. 4. 24. 이 사건 주택을 취득하여 2년 이상 보유하다 양도하였으므로, 이 사건 부칙조항에 따른 일반세율이 적용되어야 한다.

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.