이 사건 매출의 재화를 공급하는 사업장은 본점임

사 건 2020구합71995 부가가치세부과처분취소청구의소 원 고 제일AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2021. 5. 20. 판 결 선 고

2021. 6. 24.

1. 피고가 2019. 8. 10. 원고에 대하여 한 2017년 1기분 부가가치세 366,832,580원의 부과처분 및 2017년 2기분 부가가치세 2,104,499,730원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 구 제일약품 주식회사는 1978. 9. 25. 주사업장 총괄 납부를 승인받아 서울시 서초구 사평대로 343에 있는 본점 사업장(이하 ‘본점 사업장’이라 한다)에서 부가가치세 를 총괄하여 납부해 오다가, 2017. 6. 1. 제일파마홀딩스 주식회사와 의약품 제조·판매업 등을 영위하는 원고로 인적 분할하였고, 원고의 본점 사업장(사업자등록증 등록번호: 628-88-00669)과 용인시 처인구 백암면 청강가창로 7에 있는 지점 사업장(사업자 등록증 등록번호: 242-85-00620, 이하 ‘지점 사업장’이라 한다)은 같은 날 사업자 등록을 마쳤다.
• 나. 원고는 새롭게 주사업장 총괄 납부 승인을 받지 않은 상태에서 본점 사업장 명의로 2017년 1기분 12,420,030,000원, 2017년 2기분 71,173,210,000원의 각 매출 세금계산서(이하 합하여 ‘이 사건 세금계산서‘라 한다)를 발급하였다.
• 다. 원고는 2017. 10. 11. 주된 사업장을 본점 사업장으로 한 주사업장 총괄 납부를 신청하여 같은 날 승인을 받았고, 2018년 1기부터 본점 사업장에서 부가가치세 납부를 총괄하고 있다.
• 라. 피고는 위 나.항 기재 매출(이하 ’이 사건 매출‘이라 한다)을 지점 사업장의 매출로 보고, 지점 사업장이 이 사건 세금계산서를 발급하고 매출세액을 신고했어야 함에도 그렇게 하지 않아 세금계산서 미발급, 과소신고, 영세율이 적용되는 과세표준 신고 불성실에 해당한다는 이유로 2019. 8. 10. 원고에게 부가가치세 가산세 2017년 1기분366,832,580원, 2017년 2기분 2,104,499,730원의 각 부과처분(이하 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 2019. 10. 31. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를제기하였고, 2020. 6. 26. 위 심판청구는 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 을 1, 2호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자들의 주장

1. 원고의 주장 계약상 원인에 따라 이 사건 매출과 관련된 거래처에 의약품 등 재화를 공급한 사업장은 본점 사업장이므로 본점 사업장 명의로 발급된 이 사건 세금계산서는 적법한세금계산서이고, 지점 사업장 명의로 세금계산서가 발급되지 않았다는 이유 등으로 이사건 처분을 할 수 없다.

2. 피고의 주장 이 사건 매출은 원고의 주사업장 총괄 납부 승인 전의 기간을 대상으로 하는 것이고, 가산세 부과 처분에 있어 사업자등록증을 받은 날부터 20일 이내에 주사업장 총괄납부 신청을 하지 않은 원고 측의 과실은 고려되지 않으며, 지점 사업장에서 이 사건매출과 관련된 의약품 등의 생산과 인도가 이루어지므로, 이 사건 세금계산서는 지점사업장에서 발급되었어야 할 세금계산서이다.

• 나. 관계법령 별지와 같다.
• 다. 어느 사업장이 이 사건 매출의 재화를 공급하는 사업자인지

1. 법리 부가가치세는 재화나 용역이 생산·제공되거나 유통되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하고 소비행위에 담세력을 인정하여 과세하는 소비세로서의 성격을 가지고 있지만, 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’ 이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가 가치세법상 납세의무자에 해당하는지 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 등 참조). 부가가치세법 제8조 제1항 이 사업을 개시하는 자로 하여금 사업장마다 사업자등록을 하도록 규정함으로써 사업장을 실질적인 납세단위로 삼고 있으므로, 동일한 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우 같은 법 제32조 제1항 제2호의 ‘용역을 공급받는자’라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 역무 등을 제공받는 사업장을 의미한다. 따라서 계약상의 원인에 의하여 용역을 공급받는 사업장이 어느 사업장인가를 결정함에 있어서는 당해 용역공급의 원인이 되는 계약의 체결과 대금의 지급을 어느 사업장에서 하였으며 용역공급이 어느 사업장을 위한 것인지, 계약체결의 경위와 각 사업장간의 상호관계는 어떠한지 등의 제반 사정을 고려하여야 한다(대법원 2006. 12.22. 선고 2005두1497 판결, 대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결 등 참조). 이러한 법리는 재화공급의 경우에도 마찬가지로 적용된다(대법원 2013. 11. 14. 선고 2013두11796 판결의 취지 참조). 부가가치세는 사업장마다 신고하여야 하고, 총괄 납부 승인을 받았다 하더라도 주된 사업장에서 일괄하여 납부만 할 뿐이다. 총괄 납부 승인제도는 단지 그 세액의 납부 또는 환급만을 주된 사업장에서 총괄 처리하게 함으로써 사업자의 자금관리 등 편의와 세무관서의 행정능률을 제고하려는 것에 불과하므로, 주사업장 총괄 납부 승인을 받더라도 납부세액 계산에 한하여 사업장간 통산이 허용될 뿐이고, 이때에도 납부의무 이외의 신고의무 등 각종 의무는 사업장마다 이행하여야 한다(대법원 1989. 6. 27. 선고 88누9497 판결, 대법원 2005. 6. 10. 선고 2005도1855 판결, 대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).

2. 판단 앞에서 본 인정사실에다가 갑 6 내지 11호증을 포함하여 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 지점 사업장이 아니라 본점 사업장이 부가가치세법 제32조 제1항 제1호 에서 언급하는 이 사건 매출의 재화를 공급하는 사업자라고 보는 것이 타당하다.

• 가) 부가가치세법상 주사업장 총괄 납부 규정은 그 세액의 납부 또는 환급만을 주된 사업장에서 총괄 처리하게 함으로써 사업자의 자금관리 등 편의와 세무관서의 행정능률을 제고하려는데 그 취지가 있고, 계약상 또는 법률상의 원인과 관계없이 주사업장 총괄 납부 승인 이전의 거래에 관하여 해당 거래에 조금이라도 관여한 사업장을 모두 사업장으로 간주하겠다는 데에 그 취지가 있는 것이 아니다.
• 나) 이 사건 매출은 의약품 제조에 필요한 원재료 확보, 마케팅 및 영업을 통한거래처 확보, 기본공급계약 체결, 거래처의 발주 요청 및 주문 접수와 등록, 거래처의 여신 현황 등을 고려한 공급 여부 결정, 공장에 생산 및 출고(제품 인도 포함, 이하 같다) 지시, 생산, 출고, 거래처가 발급한 인수증 등을 통한 인수 확인, 거래명세서 발급, 거래처 방문 등을 통한 대금 수금, 미수금이 있는 경우 매출채권 잔액 관리의 과정을 거쳐 발생한다. 이 사건 매출과 관련된 거래처가 발급한 인수증과 거래명세서의 공급자 란에는 모두 본점 사업장이 기재되어 있는 점, 수금용 계좌가 본점 사업장에 인접한 주식회사 하나은행 강남역 지점에서 개설된 점, 본점 사업장과 지점 사업장의 관계 등에 비추어 보면, 위 과정 중 생산과 출고를 제외한 모든 과정은 본점 사업장에서 이루어지는 것으로 보인다.
• 다) 지점 사업장이 생산과 출고를 하는 과정을 보더라도, 이는 지점 사업장의 독립적인 판단이 아니라 본점 사업장이 체결한 계약 및 접수한 주문 내용과 본점 사업장 의 지시에 따라 이루어지는 것으로 보인다.
• 라) 피고는 원고가 이 사건 매출에서 판매된 의약품의 제조에 필요한 원재료를 확보하는 거래에 있어 본점 사업장의 매입세액 공제를 인정하였다.
• 마) 구 제일약품 주식회사가 원고 등으로 분할되기 전에도 본점 사업장은 이 사건 매출과 같은 종류의 거래에 관하여 세금계산서를 발급하고 매출세액을 신고하였고, 분할 후 원고 역시 설립 후 현재에 이르기까지 동일한 방식으로 이 사건 매출과 같은종류의 거래를 하고 있다.
• 바) 이에 대하여 피고는, 성질상 사용·소비 등을 파악하기 어려운 용역의 공급에관한 판례의 법리를 그 공급이 명확하게 확인되는 재화의 공급이 문제된 이 사건 매출 에는 적용할 수 없다고 주장하나, 부가가치세법은 특별한 규정이 없는 한 용역의 공급과 재화의 공급을 병렬적으로 규정하고 있고, 이 사건 매출에 있어 용역과 재화의 공급을 달리 볼 법적 근거를 찾기 어려우므로, 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 라. 소결론 따라서 이 사건 매출의 재화를 공급하는 사업자를 지점 사업장으로 보고, 지점 사업장이 이 사건 세금계산서를 발급하였어야 한다는 점을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.