국내 미등록특허는 한미조세조약에 따라 국내 원천소득이 아님(일부국패)

사 건 2020구합68272 법인세경정거부처분취소 원고, 항소인 AAA, BBB 피고, 피항소인 DDD세무서장, YYY세무서장 변 론 종 결

2021. 8. 12. 판 결 선 고

2021. 10. 14.

1. 피고 DDD이 원고 AAA에게 한 별지1 원고 AAA 경정거부처분 내역의 ‘경정청구세액’란 기재 금액에 대한 경정거부처분 중 같은 내역의 ‘정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 피고들이 원고 BBB에게 한 별지1 원고 BBB 경정거부처분 내역의 ‘경정청구세액’란 기재 금액에 대한 경정거부처분 중 같은 내역의 ‘정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고 AAA의 피고 DDD에 대한 나머지 청구, 원고 BBB의 피고들에 대한 나머지 청구를 각 기각한다.

4. 소송비용 중 원고 AAA과 피고 DDD 사이에 생긴 부분의 1/10은 원고 AAA이, 나머지는 피고 DDD이 각 부담하고, 원고 BBB과 피고들 사이에 생긴 부분의 1/10은 원고 BBB이, 나머지는 피고들이 각 부담한다. 청구취지 피고 DDD이 원고 AAA에에게 한 별지1 원고 AAA 경정거부처분 내역의 ‘경정청구세액’란 기재 금액에 대한 경정거부처분과 피고들이 원고 BBB에게 한 별지1 원고 BBB 경정거부처분 내역의 ‘경정청구세액’란 기재 금액에 대한 경정거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고들의 지위 원고 AAA(이하 ‘원고 AAA’라고 한다)과 원고 BBB(이하 ‘원고 BBB’라고 한다)은 반도체의 제조 등에 필요한 특허권을 보유하고 있는 미국법인이다.
• 나. 특허 라이선스 계약의 체결 1) 원고 BBB는 2014. 1. 24. SSS 주식회사(이하 ‘SSS’라고 한다)와 사이에 원고 BBB가 보유 중인 특허권에 관한 라이선스 계약을 체결하였다(이하 ‘제1계약’이라고 한다). 2) 원고 BBB의 계열사로서 미국법인인 TTT.(이하 ‘TTT’라고 한다)는 2014. 1. 24. SSS와 사이에 TTT가 보유 중인 특허권에 관한 라이선스 계약을 체결하였다(이하 ‘제2계약’이라고 한다). 3) 원고 BBB는 2012. 12. 26. KKK 주식회사(이하 ‘KKK’라고 한다)와 사이에 원고 BBB가 보유 중인 특허권에 관한 라이선스 계약을 체결하였다(이하 ‘제3계약’이라고 한다). 4) TTT는 2012. 12. 26. KKK와 사이에 TTT가 보유 중인 특허권에 관한 라이선스 계약을 체결하였다(이하 ‘제4계약’이라고 한다). 5) 원고 AAA는 2018. 12. 7. SSS와 사이에 원고 AAA가 보유 중인 특허권에 관한 라이선스 계약을 체결하였다(이하 ‘제5계약’이라고 하고, 위 각 계약을 통틀어 ‘이 사건 계약’이라고 한다).
• 다. 사용료의 지급 및 원천징수세액 납부 1) SSS의 원고 BBB에 대한 사용료 지급 및 원천징수세액 납부 SSS는 제1계약에 따라 원고 BBB에게 특허권의 사용료를 지급하였고, 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한미조세협약’이라고 한다) 제14조 제1항에 따른 15%의 세율로 원천징수한 법인세 000원을 DDD세무서에 납부하였다[제2계약 제2.1조 (a)항은 “SSS가 제1계약에 따라 원고 BBB에게 사용료를 적시에 전부 지급하는 경우 본 계약에 따라 사용료를 지급할 필요가 없다.”라고 규정하고 있고, SSS는 제1계약에 따라 원고 BBB에게 사용료를 전부 지급하였으므로, 별도로 TTT에게 지급된 사용료는 없다]. 구체적인 내역은 아래와 같다. 2) KKK 의 원고 BBB에 대한 사용료 지급 및 원천징수세액 납부 KKK는 제3계약에 따라 원고 BBB에게 사용료를 지급하였고, 한미조세협약 제14조 제1항에 따른 15%의 세율로 원천징수한 법인세 000원을 YYY세무서에 납부하였다[제4계약 제2.1조 (a)항은 “KKK가 제3계약에 따라 원고 BBB에게 사용료를 적시에 전부 지급하는 경우 본 계약에 따라 사용료를 지급할 필요가 없다.”라고 규정하고 있고, KKK는 이 사건 제3계약에 따라 원고 BBB에게 사용료를 전부 지급하였으므로, 별도로 TTT에게 지급된 사용료는 없다]. 구체적인 내역은 아래와 같다. 3) SSS의 원고 AAA에 대한 사용료 지급 및 원천징수세액 납부 SSS는 제5계약에 따라 원고 AAA에게 사용료를 지급하였고, 한미조세협약 제14조 제1항에 따른 15%의 세율로 원천징수한 법인세 000원을 DDD세무서에 납부하였다. 구체적인 내역은 아래와 같다.
• 라. 원고들의 경정청구와 피고들의 거부처분 원고들은 피고들에게 SSS 및 KKK로부터 위와 같이 지급받은 사용료(이하 ‘이 사건 사용료’라고 한다) 중 국내 미등록 특허에 대한 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않는다는 이유로, SSS와 KKK가 위와 같이 원천징수하여 납부한 법인세(이하 ‘이 사건 원천징수세액’이라고 한다)의 원천징수대상자로서 그 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고들은 별지1 각 경정거부처분 내역과 같이 원고들의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 마. 원고들의 심판청구 및 기각결정 원고들은 2020. 2. 19. 및 2020. 7. 2. 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2020. 10. 14. 및 2021. 7. 13. 원고들의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 16호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장 이 사건 사용료 소득에 대하여 적용되는 한미조세협약 제6조 제3항에 의하면, 미국 거주자가 국내 거주자로부터 지급받은 국내 미등록 특허권의 사용료는 원천징수대상인 국내원천소득에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 원천징수세액 중 국내 미등록특허권의 사용료에 대한 원천징수세액은 원천징수대상자에게 환급되어야 하는바, 이를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 피고의 주장 1) 한미조세협약 제4조는 어느 한 체약국 내에 원천이 있는 소득은 그 어느 한 체약국에서 과세할 수 있음을 규정함으로써 원천지국 과세의 입장을 취하고 있고, 한미조세협약 제6조 제3항의 “어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라는 규정에 의하면, 국내에서 원고들이 보유한 특허를 사용하는 권리에 대하여 국내법인인 SSS와 KKK가 그 대가를 지급하는 경우에는 국내에 원천을 둔 소득에 해당한다고 해석해야 한다. 따라서 이 사건 계약의 대상인 특허권 중 국내 미등록 특허권의 사용료도 국내원천소득에 해당한다. 2) 설령 국내 미등록 특허권의 사용료를 국내원천소득으로 볼 수 없다고 하더라도, 전체 특허권의 개수와 국내 등록 특허권의 개수를 산정하여 이 사건 사용료 중 전체 특허권에서 국내 등록 특허권이 차지하는 비율에 해당하는 부분만큼을 국내원천소득으로 배분하여야 한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 국내 미등록 특허권의 사용료를 국내원천소득으로 볼 수 있는지 여부 1) 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제2호는 외국법인에 대하여 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고, 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 제93조 는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”라고 하면서, 제8호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.“라고 규정하고 있다. 한편, 한미 조세협약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 사용료라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 하면서 제a호에서 ’문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금‘을 규정하고, 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 하면서 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.“라고 규정하고 있다. 2) 위와 같이 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 국제조세조정에 관한 법률 제28조 는 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단해야 한다. 그런데 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없고(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결 참조), 이에 반하는 피고의 주장은 이유 없다. 3) 따라서 이 사건 사용료 중 국내 등록 특허권의 사용료는 구 법인세법 제93조 제8호 가 정한 외국법인의 국내원천소득에 해당하고, 나머지 부분, 즉 국내 미등록 특허권의 사용료는 그 특허권이 국내에서 제조·판매 등에 사실상 사용되었는지 여부와 관계없이 국내원천소득에 해당하지 않으므로, 이 사건 처분 중 위 나머지 부분의 사용료에 대응하는 부분은 위법하다.
• 나. 정당세액의 산정 1) 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서 심판 대상은 과세관청이 부과·고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위 내에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 등 참조). 2) 이 사건 계약에는 이 사건 사용료 중 국내 등록 특허권의 사용료가 얼마인지 특정되어 있지 아니하고, 달리 이를 확인할 자료도 발견되지 않으므로, 이 사건 계약의 대상인 전체 특허권의 개수와 국내 등록 특허권의 개수를 산정하여 이 사건 사용료 중 전체 특허권에서 국내 등록 특허권이 차지하는 비율에 해당하는 부분만큼을 국내원천소득으로 배분하는 것이 합리적이다(원고와 피고 모두 위와 같은 방법에 동의하고 있다). 위 인정사실, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하면, 이 사건 계약의 대상인 전체 등록 특허권의 개수[원고가 제출한 특허권 목록에서 PCT 국제출원 및 유럽특허청(EPO) 출원 목록, 등록 전 특허 및 말소된 특허 목록, 특허 출원 중인 목록을 특정하고, 이를 제외한 목록을 전체 특허권 개수로 본다]와 국내 등록 특허권의 개수, 이를 토대로 산정한 전체 등록 특허권에서 국내 등록 특허권이 차지하는 비율과 그 비율에 따라 배분한 국내원천소득과 그에 대한 법인세는 아래와 같다.
• 다. 소결 위 법인세를 원고들의 경정청구 및 피고들의 이 사건 처분 내역에 따라 귀속 연도별로 합산하면 별지1 원고 AAA 경정거부처분 내역의 ’정당세액’란 기재 금액 및 별지1 원고 BBB 코퍼레이션 경정거부처분 내역의 ’정당세액’란 기재 금액과 같다. 따라서 이 사건 처분 중 위 ‘정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

그렇다면 원고 AAA의 피고 DDD에 대한 청구와 원고 BBB의 피고들에 대한 청구는 각 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 각 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.