중고자동차 매입세액 공제 특례 적용여부

사 건 2020구합63062 부가가치세등부과처분취소 원 고 박AA 피 고 aa세무서장 변 론 종 결

2021. 1. 28. 판 결 선 고

2021. 2. 10.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 9. 3. 원고에 대하여 한 2014년 제1기 부가가치세 189,421,710원, 2014년제2기 부가가치세 216,002,650원, 2015년 제1기 부가가치세 312,341,640원, 2015년 제2기 부가가치세 288,635,940원, 2016년 제1기 부가가치세 368,909,500원, 2016년 제2기 부가가치세 456,869,250원의 각 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위(다툼 없는 사실)

• 가. 원고는 aa시 bb구 cc로 882에서 ‘○○자동차’라는 상호로 자동차관리법에 따라 자동차매매업등록을 한1) 사업자이다.
• 나. dd지방국세청장은 2017. 9. 5.부터 2018. 7. 9.까지 사이에 원고에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 조사’라고 한다)를 실시한 결과, 원고가 2014년 제1기부터 2016년 제2기까지의 과세기간에 자동차관리법에 따른 중고자동차2) 매도로 신고한 금액이 위 회사 소속 딜러(이하 ‘이 사건 딜러’리고 한다)의 계좌에 실제 입금된 것(이하 위 계좌 거래내역을 ‘이 사건 자료’라고 한다)보다 소액임을 확인한 후 누락 매출에 관한 원고의 소명결과를 반영하여 ① 실제 매매계약서로 확인된 12건의 거래에 관하여는 실제 매입액 합계 167,844,172원을, ② 세금계산서 수취분 등을 제외한 미확인 거래 1,718건에 관하여는 지방세법 제4조 제2항 3), 지방세법 시행령 제4조 제1항 제3호 4)에 따른 시가표준액 합계 14,532,524,749원(이하 ‘이 사건 시가표준액’이라고 한다)을 각 취득가액으로하여 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전 2014. 12. 31.이었던 중고자동차 취득기한이 연장된 것 외에는 해당 조항의 내용이 동일한바, 이하 ‘법’이라고 한다) 제108조 제1항 제2호5)에 따라 매입세액 1,213,791,929원 { = (167,844,172원 + 14,532,524,749원) × 9/109 }을 매출세액에서 공제한 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 다. 피고는 위 통보에 따라 2018. 9. 3. 원고에 대하여 부가가치세 2014년 제1기분189,421,710원, 2014년 제2기분 216,002,650원, 2015년 제1기분 312,341,640원, 2015년 제2기분 288,635,940원, 2016년 제1기분 368,909,500원, 2016년 제2기분 456,869,250원(각 가산세 포함)6)을 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.
• 라. 원고는 dd지방국세청장에게 이의신청7)(이하 ‘이 사건 이의신청’이라고 한다)을 하여 이 사건 시가표준액으로 경정한 거래에 관하여 이 사건 딜러와 매도자로부터 실제 매입한 가액을 재조사하여 그 결과에 따라 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 재조사 결정9)을 받았으나, 재조사 결과 이 사건 처분이 정당하다는 취지의 통지를 받았고, 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2019. 12. 16. 기각결정을 받았다.

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 조사 당시 매출가액 산정의 근거가 된 이 사건 자료를 바탕으로 하여 실제 매입가액 산정이 가능하였음에도 원고의 실제 매입가액 조사 및 공개 요청이 무시된 채 이 사건 시가표준액으로 매입가액이 산정되었다. 따라서 적법절차의 원칙에 반하여 원고의 방어권이 침해된 채 이루어진 이 사건 조사 결과를 기초로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 판단 이 사건 처분의 경위에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 실제 매입가액이 조사되거나 이 사건 자료가 원고에게 공개되지 않았다고 하더라도 이 사건 조사가 적법절차의 원칙을 위반한 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

(1) 원고가 법 제108조 제1항에 따른 매입세액공제를 받기 위해서는 시행령 제110조 제5항에 따라 공급자의 등록번호와 명칭 및 대표자의 성명(제1호) 및 취득가액(제2호)이 기재된 매입세액공제신고서를 제출하여야 한다. 따라서 실제 매입가액을 조사하여제출할 의무는, 과세당국이 아닌 원고에게 있다.

(2) 원고는 이 사건 조사 당시에는 이 사건 딜러의 업무 자율성 등을 이유로 중고자 동차 매입에 관한 금융거래내역 및 매매계약서 등을 제출할 수 없다고 주장하였다. 그러나 이 사건 이의신청부터 이 사건 소에 이르기까지는 위 주장에 반하여 이 사건 딜러로부터 취득한 실제 매입금액에 관한 자료를 바탕으로 경정해줄 것을 요구하고 있는바, 과세당국이 이 사건 조사 과정에서 원고에게 이 사건 자료를 제공하지 않았다고 하여 원고의 권리 행사에 지장을 초래하였다고 볼 수 없다.

3. 중고자동차 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례

• 가. 원고 주장의 요지 법 제108조 제1항, 시행령 제110조 제5항에 따라 실제 매입가액에 따른 매입세액공제를 받아야 한다. 그럼에도 피고는 실제 매입가액과 차이가 크고 부가가치세법상 아무런 근거도 없는 이 사건 시가표준액을 매입가액으로 하여 부가가치세를 부과하였으므로, 이 사건 처분은 조세법률주의에 반하여 위법하다.
• 나. 관계 법령 및 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하고(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조), 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조). 법 제108조 제1항은 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등으로부터 중고자동차를 2016. 12. 31.까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를공급하는 경우에는 취득가액에 109분의 9를 곱하여 계산한 금액을 각 부가가치세법 규정에 따라 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있도록 정하고 있고, 제3항12)은 제1항을 적용하는 경우 매입세액 공제방법을 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 시행령 제110조 제5항13)에서는 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 부가가치세 신고시 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출하여야 하는데, 이 경우 매입세액공제신고서에 공급자의 등록번호와 명칭 및 대표자의 성명(제1호), 취득가액(제2호)이 기재되어야 하고, 위 사항이 기재되어 있지 아니하거나 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 않도록 규정하고 있다.
• 다. 판단 이 사건 처분의 경위에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 처분이 조세법률주의를 위반한 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

(1) 법 제108조의 중고자동차 등에 대한 매입세액공제 특례는 사업자가 세금계산서를 발행할 수 없는 간이과세자 또는 일반인들로부터 재활용폐자원 등을 수집하여 판매하는 경우에 매입가액 중 일정액을 매입세액으로 공제하여 전(前)단계 매입세액공제를받지 못하는 것을 전부 또는 일부 보전해 주는 제도이다. 다만 중고자동차를 수집하는 사업을 영위한다고 해서 모든 경우 매입세액공제 특례를 적용받을 수 있는 것은 아니고 일정한 요건을 갖추어야 한다. 전단계 세액공제 방식을 택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 매출세액에서 공제하는 매입세액은 사업자가 거래 전단계에서 부담한세액을 원칙으로 하나, 위 특례는 거래 전단계에서 부가가치세를 부담하지 않는 경우라 하더라도, 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등으로부터 중고자동차를 매입하여 판매하는 경우 매입금액 중 일정금액을 부가가치세 매입세액으로 공제하여 줌으로써 중고자동차 수집이 보다 원활하게 이루어질 수 있도록 하여 환경보전을 도모하고자 하는데 그 취지가 있다. 따라서 이는 감면요건 중 명백히 특례규정이라 할 것이므로 그 요건을 엄격하게 해석하여야 한다. (2) 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 는 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 도는 용역에 대한 부가가치세액”을 “매출세액에서 공제하는 매입세액”으로 규정하고 있으며, 제39조 제1항 제1호는 “제38조에도 불구하고 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액은매출세액에서 공제하지 아니한다.”라고 규정하고 있는바, 부가가치세법에서도 매입세액의 공제를 위해서는 부가가치세법상 일정 요건을 충족하여야 함을 분명히 하고 있고, 무조건 매출세액에서 매입세액을 공제하는 것이 아니다.

(3) 원고는 2014년 제1기부터 2016년 제2기까지 부가가치세 신고를 하면서 250억원 이상의 매출을 누락하였으므로, 위 과세기간 원고가 제출한 매입세액공제신고서에 기재된 취득가액은 사실과 다르므로, 원고는 누락 매출이 밝혀진 후 제출한 자료들을 바탕으로 법 제108조에 따른 부가가치세 매입세액공제를 주장할 수 없다. 이에 대하여 원고는 신뢰보호원칙에 반한다는 취지로 주장하나, 과세당국이 누락 매출에 관하여 실제 매입가액에 따라 매입세액 공제를 하겠다는 취지의 공적인 견해 표명을 하였다고 인정할 만한 증거가 없다.

(4) 원고는 실제 매입금액으로 매입세액공제를 하여야 하고, 최소한 매매계약서 및 금융거래내역 등을 통하여 확인된 부분은 공제되어야 한다고 주장한다. 그러나 실제매입금액으로 법 제108조의 적용을 받지 못하는 것은, 원고가 부가가치세 신고 당시 사실과 다른 매입세액공제신고서를 제출하여 위 법령에서 규정하고 있는 매입세액공제의 요건을 갖추지 못하였기 때문이므로(매입가액이 확인된다고 하여 무조건 매입세액 공제를 적용해야 하는 것은 아니고 일정 요건을 갖춘 경우에만 매입세액공제를 적용하고 있는 것이 법 및 부가가치세법의 취지임은 앞서 본 바와 같다. 따라서 당초 중고자 동차 매입가액을 허위로 기재하여 매입세액 공제를 받은 후 세무조사로 인해 허위임이 확인되는 경우 매입세액공제의 특례를 적용하지 않는 것은 진실하게 신고하지 아니한사업자에 대한 일종의 제재장치로 봄이 상당하고, 이는 사실과 다른 세금계산서를 제출한 경우 매입세액을 불공제하는 것에 비추어 보더라도 그러하다.), 이 사건 시가표준액이 실제 매입금액과 동일한지 여부는 이 사건 처분의 위법성과 무관하다.

(5) 원고는 이 사건 시가표준액을 매입가액으로 인정할 수 있는 법률상 근거가 없다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 원고가 매입세액공제를 주장할 수 없음에도 불구하고, 피고가 원고에게 유리하게 누락 매출에 대하여 이 사건 시가표준액으로 매입세액공제를 인정해 준 것이므로, 납세의무자의 재산권을 침해한 바 없다.

이 사건 처분은 적법하므로, 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각한다.