이 사건 대여금은 특수관계자에게 지급한 대여금이므로 저리대여에 대하여 부당행위계산부인은 적법함

사 건 2020구합62755 법인세등부과처분취소 원 고 주식회사 ○○○ 피 고

○○세무서장 외 2 변 론 종 결

2025. 9. 4. 판 결 선 고

2025. 10. 30.

1. 원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 소를 각하한다.

2. 원고의 피고 ○○세무서장, ○○시 ○○구청장에 대한 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 원고에 대하여, 피고 ○○세무서장이 2019... 한 별지 1 목록 기재 각 부가가치세 및 법인세 부과처분을, 피고 ○○시 ○○구청장이 2019... 한 별지 2 목록 기재 각 법인지방소득세 부과처분을, 피고 ○○지방국세청장이 2019... 한 별지 3 목록 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

• 가. 당사자의 지위 원고는 2007... 디지털컨텐츠 중개업 등을 목적으로 설립된 법인이다.
• 나. 이 사건 각 처분 등

1. 피고 ○○지방국세청장은 원고에 대하여 2014년도 내지 2018년도 귀속 법인통합 조사를 실시한 뒤 피고 ○○세무서장에게, ① 원고가 주식회사 ○○기술지원의 대표 이사 AAA에게 대여한 ,,원(이하 ‘제1대여금’이라고 한다)과 관련하여 AAA가 원고의 특수관계인에 해당한다고 보아 제1대여금에 대한 인정이자와 약정이자율을 적용한 이자소득과의 차액을 익금산입하고 AAA에게 기타소득처분을 하는 내용, ② 원고가 ○○전자로부터 구입한 오디오 등 음향기기(이하 ‘이 사건 음향 기기’라고 한다)와 관련하여 사주인 양○○의 개인적 사용을 목적으로 이 사건 음향기기를 구입한 것으로 보아 그 구입비용을 손금부인하고 부가가치세를 경정하며 양○○ 에게 배당처분을 하는 내용, ③ 원고가 BBB에게 지급한 대여금 ,,0원 중 미상환 대여금 ,,***원(이하 ‘제2대여금’이라고 한다)을 대손처리한 것과 관련하여 양○○에게 제2대여금을 대여한 것으로 보아 손금부인하고 양○○에게 배당처분을 하는 내용 등의 조사 결과를 통보하였다.

2. 원고에 대하여, 피고 ○○세무서장은 2019... 별지1 목록 기재 각 부가가치세 및 법인세를 부과․고지하였고, 피고 ○○시 ○○구청장은 2019... 법인세 과세표준 증가에 따른 별지2 목록 기재 각 법인지방소득세를 부과․고지하였으며(이하 피고 ○○세무서장, ○○시 ○○구청장의 위 각 처분을 통칭하여 ‘이 사건 각 처 분’이라고 한다), 피고 ○○지방국세청장은 2019... 별지3 목록 기재 각 소득금액 변동통지(이하 ‘이 사건 각 소득금액변동통지’라고 한다)를 하였다.

• 다. 원고의 심판청구 원고는 2019.., 2019... 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019... 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 16호증, 을가 제1, 2, 4 내지 6호증(가지 번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

제1대여금의 경우 AAA는 원고의 특수관계인에 해당하지 않고, 이 사건 음향기기의 경우 원고가 양○○의 개인적 사용을 목적으로 구입한 것이 아니며, 제2대여금의 경우 원고가 BBB에게 대여한 것이다. 피고 ○○세무서장, ○○시 ○○구청장이 한 이 사건 각 처분 및 피고 ○○지방국세청장이 한 이 사건 각 소득금액변동통지는 모두 위법하다.

별지 4 기재와 같다.

4. 피고 ○○지방국세청장의 본안전 항변에 관한 판단

• 가. 주장의 요지 원고는 피고 ○○지방국세청장이 한 이 사건 각 소득금액변동통지에 관하여 심판청구를 한 사실이 없으므로, 원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 소는 부적법하다.
• 나. 관련 법령 및 법리

1. 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조 제1항 본문에 의하면 국세기본법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있고, 구 국세기본법 제56조 제2항 본문에 의하면 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조 제1항 본문, 제2항 및 제3항에도 불구하고 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없다.

2. 조세소송에서는 국세기본법 규정에 의하여 행정소송법 제18조 제2항, 제3항 및 제20조의 규정이 적용되지 아니하나, 다만 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적․발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에, 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 조세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니 하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 등 참조).

• 다. 판단

1. 이 사건 각 소득금액변동통지는 법인세법과 소득세법에 근거한 것으로 구 국세기본법 제55조 제1항 본문에서 정한 ‘세법에 따른 처분’에 해당하므로, 원고는 국세청장에 대한 심사청구 또는 조세심판원장에 대한 심판청구 등 전심절차를 거친 이후에 그 취소를 구하는 소송을 제기할 수 있다. 그러나 원고는 이 사건 각 처분에 대하여만 조세심판원에 심판청구를 하였을 뿐 이 사건 각 소득금액변동통지에 대하여는 전심절차를 거치지 않았다.

2. 갑 제3호증, 을가 제5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들, 즉 ① 원고가 심판청구 당시 작성한 조세심판청구서에 이 사건 각 소득금액변동통지는 기재되어 있지 않은 점, ② 이 사건 각 처분과 이 사건 각 소득금액변동통지는 그 처분청이 다르고 위 각 처분이 단계적․발전적 과정에서 이루어진 것으로 볼 수 없으며 소송 중에 그 대상인 과세처분이 변경된 경우에 해당하지도 않는 점, ③ 조세심판원 심판 과정에서 이 사건 각 처분에 대한 적법 여부에 관한 판단이 이루어짐에 따라 사실상 이 사건 각 소득금액변동통지의 적법 여부에 관한 판단이 이루어진 것으로 볼 수 있다고 하더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 각 처분과 독립한 별개의 처분인 이 사건 각 소득금액변동통지에 대하여도 심판청구 절차를 거친 것으로 볼 수는 없는 점, ④ 원고는 2020... 이 사건 소를 제기하면서 이 사건 각 처분의 취소만을 구하였다가 2020... 피고 경정 및 청구취지정정 신청서 를 제출하면서 피고 ○○지방국세청장이 한 이 사건 각 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분을 추가하였으나, 행정소송에서의 피고 경정과 조세소송에서의 필요적 전치주의의 제도적 차이 등에 따르면 위와 같은 사정만으로는 원고가 전심절차를 거치지 않은 하자가 치유되었다고 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 원고로 하여금 이 사건 각 소득금액변동통지에 대하여 전심절차를 거치게 하는 것이 지나치게 가혹하거나 원고가 전심절차를 거치지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

3. 따라서 원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 소는 전심절차를 거치지 않아 부적법하다.

5. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 제1대여금 관련

1. 관련 법령 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항에 의하면 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 ‘특수관계인’과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있고, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제6호 본문에 의하면 ‘조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’에는 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율․요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우가 포함된다. 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호 에 의하면 ‘특수관계인’에는 당해 법인이 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원이 포함된다. 구 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣(2020. 12. 29. 법률 제17799호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2호 나목에 의하면 ‘기업집단’은 동일인이 회사가 아닌 경우 그 동일인이 지배하는 2이상의 회사의 집단으로 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다.

2. 판단 을가 제9, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들, 즉 ① 양○○는 이 사건 각 처분 당시 주식회사 ○○기술원의 주식 99%를 소유하고 있었고, 주식회사 ○○기술원은 원고, 주식회사 ○○서비스, 주식회사 ○○기술의 주식 100%를 소유하고 있었으며, AAA는 주식회사 ○○기술지원의 대표이사였던 점, ② AAA는 2014... 주식회사 ○○기술원의 주식 100%를 취득하였는데, ○○세무서장은 양○○가 AAA에게 위 주식을 명의신탁한 것으로 보고 AAA에게 주식명의신탁에 따른 증여세를 결정․고지를 한 점, ③ AAA는 ○○세무서장을 상대로 위 증여세 결정․고지에 대한 취소소송을 제기하였으나 제1심 법원(수원지방법원 2020구합70312)은 2021... 양○○가 위 주식의 실제 소유자로서 AAA에게 이를 명의신탁하였다고 봄이 타당하다는 이유로 AAA의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고, 항소심 법원(수원고등법원 2021누14338) 은 2022... AAA의 항소를 기각하는 판결을 선고하였으며, 2023... 심리불속행기각(대법원 2022두61021)으로 위 판결이 그대로 확정된 점, ④ AAA는 2018... 경찰 조사에서 ‘주식회사 ○○기술지원의 매출 대부분이 양○○가 실질적으로 소유 하는 위디스크, 파일노리에서 발생하기 때문에 양○○의 영향력이 있을 수밖에 없다.’ 라고 진술한 점 등을 종합하면, 원고와 주식회사 ○○기술지원은 모두 양○○가 사실상 그 사업내용을 지배하는 기업집단에 속하므로, 주식회사 ○○기술지원의 임원인 AAA는 원고의 특수관계인에 해당한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 나. 이 사건 음향기기 관련

1. 관련 법령 및 법리

• 가) 구 법인세법 제27조 제2호, 구 법인세법 시행령 제50조 제1항 제1호 본문에 의하면 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람이 주로 사용하고 있는 장소․건축물․물건 등의 유지비․관리비․사용료와 이와 관련되는 지출금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않는다. 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되 기 전의 것) 제38조 제1항 제1호, 제39조 제1항 제2호 본문에 의하면 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 매입세 액은 매출세액에서 공제하지만, 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
• 나) 행정사건의 재판에 있어서는 다른 민사사건, 형사사건 및 행정사건의 판결에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라 할지라도 이미 확정된 관련 사건의 판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가 된다고 할 것이므로 합리적인 이유설시 없이 이를 배척할 수는 없다(대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두14771 판결 등 참조).

2. 판단 갑 제6호증, 을가 제7, 8, 13, 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고가 2015...부터 2017...까지 총 6회에 걸쳐 ○○전자로부터 합계 ,,원(부가가치세 ,,*원)의 이 사건 음향기기를 구입하고 공급받는 자를 ‘원고’로, 공급자를 ‘○○전자’로 기재한 세금계산서를 발급받은 사실, ② 이와 관련하여 양○○, 원고 등이 관련 형사 사건에서 조세범처벌법위반 등으로 유죄 판결을 선고받아 2025... 위 판결이 확정된 사실, ③ 수원고등법원은 별지5 기재 와 같이 이 사건 음향기기와 관련한 조세범처벌법위반의 점을 유죄로 판단한 근거를 밝힌 사실을 인정할 수 있고, 달리 이를 배척할 만한 증거를 찾을 수 없다. 따라서 이 사건 음향기기의 경우 원고가 양○○의 개인적 사용을 목적으로 구입한 것이라고 봄이 타당하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 다. 제2대여금 관련

1. 관련 법령 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 에 의하면 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자와 그 친족은 특수관계인에 포함되고, 구 국세기본법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33276호로 개정되기 전의 것) 제1조의2 제1항 제1호에 의하면 위 친족에는 6촌 이내의 혈족이 포함된다. 구 법인세법 제19조의2 제1항 에 의하면 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 대손금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지만, 구 법인세법 제19조의2 제2항 제2호, 제28조 제1항 제4호 나목에 의하면 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않는다.

2. 판단

• 가) 갑 제3 내지 5호증의 각 기재에 의하면 원고가 2016...부터 2016...까지 당시 원고의 직원이자 양○○의 동생인 BBB에게 총 4회에 걸쳐 합계 ,,*원을 대여하는 내용의 금전소비대차계약을 체결하고 BBB의 계좌에 위 돈을 이체한 사실, 원고는 제2대여금을 종업원에 대한 주임종 단기채권으로 계상하였다가 BBB의 퇴직 시점인 2017..**. BBB에 대한 대여금으로 대체처리를 하였고, 2017 사업연도 법인세를 신고하면서 제2대여금을 대손처리한 사실을 인정할 수 있다.
• 나) 그러나 한편, 을가 제10호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들, 즉 BBB는 2018... 경찰 조사에서 자신은 원고로부터 위 ,,원을 차용하거나 상환한 사실에 관하여 전혀 모르고 양○○나 김○○ 이사가 돈이 입금되면 인출해달라고 하여 자신의 계좌에 입금된 돈을 수표 또는 현금으로 인출하여 주었을 뿐이라고 진술한 점, BBB가 위 ,,원을 실질적으로 사용하였다고 볼 만한 증거가 없는 점, 원고와 양○○의 관계 등을 종합하면, 제2대여금은 원고가 양○○에게 대여한 것이라고 봄이 타당하다(설령 그렇지 않더라도 BBB는 양○○의 동생으로 원고의 특수관계인에 해당하므로, 피고 ○○세무서장이 제2대여금을 손금부인하고 법인세를 부과한 데에 아무런 잘못이 없다). 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
• 라. 소결론 따라서 이 사건 각 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 소는 부적법하므로 각하하고, 원고의 피고 ○○세무서장, ○○시 ○○구청장에 대한 청구는 이유 없으므로, 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.