국내 미등록특허권 사용료소득 원천징수

사 건 2020구합62106 법인세경정거부처분취소 원 고 AAA 외1 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2021. 5. 13. 판 결 선 고

2021. 6. 17.

1. 피고가 2020. 1. 2. 원고 인텔렉추얼 벤처스 글로벌 라이센싱 엘엘씨에 대하여 한 2018 사업연도 법인세 2,646,927,300원의 경정거부처분 중 47,644,691원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고 인텔렉추얼 벤처스 글로벌 라이센싱 엘엘씨의 나머지 청구와 원고 인텔렉추얼 벤처스 인터내셔널 라이센싱의 청구를 모두 기각한다.

3. 원고 인텔렉추얼 벤처스 인터내셔널 라이센싱과 피고 사이에 생긴 소송비용은 원고 인텔렉추얼 벤처스 인터내셔널 라이센싱이, 원고 인텔렉추얼 벤처스 글로벌 라이센싱 엘엘씨와 피고 사이에 생긴 소송비용은 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 10. 29. 원고 인텔렉추얼 벤처스 인터내셔널 라이센싱에 대하여 한 2018년 사업연도 법인세 2,646,927,300원의 경정거부처분, 2020. 1. 2. 원고 인텔렉추얼 벤처스 글로벌 라이센싱 엘엘씨에 대하여 한 2018 사업연도 법인세 2,646,927,300원의 경정거부처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위(다툼 없는 사실)

• 가. Intellectual Ventures Management, L.L.C.(이하 ‘IV’라고 한다)는 Invention Investment Fund Ⅰ, L.P. 및 Invention Investment Fund Ⅱ, L.L.C. 등 5개의 펀드로부터 그들이 보유한 특허권의 관리를 위임받아 처리하는 미국의 특허관리전문기업으로2000년경 설립되었다.
• 나. 원고 인텔렉추얼 벤처스 글로벌 라이센싱 엘엘씨(이하 ‘원고2’라고 한다)는 위 펀드 이 보유한 특허권을 관리할 목적으로 미국 델라웨어주에 설립된 유한책임회사이고, 인텔렉추얼 벤처스 인터내셔널 라이센싱(이하 ‘원고1’이라고 한다)은 2010. 6. 21. 아일랜드에서 설립된 무한책임회사인바, 원고2는 유럽연합 회원국인 키프로스 소재 Senarodos Limited(이하 ‘Senarodos’라고 한다)의 지분을 100%, Senarodos는 원고1의 지분을 99.9% 각 소유하고 있다.
• 다. 원고2는 위 펀드 보유의 특허권을 재허여 받았고, 원고1에게 위 특허권을 재허여하였다.
• 라. 원고1은 에스케이하이닉스 주식회사(이하 ‘소외 회사’라고 한다)와의 사이에 2017. 12. 31. 소외 회사에게 IV 보유의 특허권 47,156개(이하 ‘이 사건 특허’라고 한다)의 사용권을 7년간 부여하고 소외 회사로부터 사용료를 지급받기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결한 후 2018. 1. 30. 소외 회사로부터 위 계약에 따른 사용료 17,646,182,048원(이하 ‘이 사건 사용료’라고 한다)을 지급받았고, 이에 관하여 소외 회사는 같은 날 원고1이 아닌 원고2가 위 사용료의 수익적 소유자에 해당한다고 보아 원고2를 소득자로 한 법인세 2,646,927,300원(이하 ‘이 사건 세액’이라고 한다)을 원천징수하여 피고에게 신고·납부하였다.
• 마. 원고1은 대한민국과 아일랜드 공화국간의 소득 및 양도소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 ‘한·아일랜드 협약’이라고 한다) 제12조(이하 ‘이 사건 면세조항’이라고 한다)에 따라 이 사건 사용료가 국내에서 과세되지 않는 소득에 해당함을 이유로 2019. 6. 21. 피고에게 이 사건 세액의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나 피고는 2019. 10. 29. 이를 거부(이하 ‘이 사건 제1처분’이라고 한다)하였다.
• 바. 원고2는 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한·미 협약’이라고 한다)에 따라 이 사건 사용료가 원천징수의 대상이 되는 국내원천소득에 해당하지 않음을 이유로 2019. 11. 7. 피고에게 이 사건 세액의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나 피고는 2020. 1. 2. 이를 거부(이하 ‘이 사건 제2처분’이라고 한다)하였다.

2. 이 사건 제1처분에 관한 판단

• 가. 원고1 주장의 요지 아일랜드 법인인 원고1은 이 사건 사용료의 수익적 소유자이고, 명의와 실질의 괴리나 조세회피 목적도 없으므로, 국세기본법상 실질과세원칙에 따라 이 사건 사용료에 관하여 이 사건 면세조항을 적용하여야 한다.
• 나. 관련 법리 이 사건 면세조항은 “타방체약국의 거주자에 의하여 취득되고 수익적으로 소유되는 일방체약국 내의 원천으로부터 발생하는 사용료는 동 타방국에서만 과세된다.”라고 규정하고 있다. 이에 따라 우리 법인세법상 국내원천소득에 해당하는 사용료 소득일지라도 아일랜드의 수익적 소유자인 거주자에게 지급되는 경우에는 국내에서 과세될 수 없다. 위 조약 규정의 도입 연혁과 문맥 등을 종합할 때, 수익적 소유자는 당해 사용료소득을 지급 받은 자가 타인에게 이를 다시 이전할 법적 또는 계약상의 의무 등이 없는 사용·수익권을 갖는 경우를 뜻한다. 이러한 수익적 소유자에 해당하는지는 해당 소득에 관련된 사업활동의 내용과 현황, 소득의 실제 사용과 운용 내역 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2017두33008 판결 등 참조). 한편 국세기본법 제14조 제1항 1) 과 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제4조 제1항 2) 에서 규정하는 실질과세의 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조). 그러므로 사용료 소득의 수익적 소유자에 해당한다고 할지라도 국세기본법상 실질과세의 원칙에 따라 조약 남용으로 인정되는 경우에는 그 적용을 부인할 수 있다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2017두33008 판결 등 참조). 즉, 재산의 귀속명의자는 재산을 지배·관리할 능력이 없고 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 그 명의에 따른 조세조약 적용을 부인하고 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 과세한다. 그러나 그러한 명의와 실질의 괴리가 없는 경우에는 소득의 귀속명의자에게 소득이 귀속된다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조). 위와 같은 명의와 실질의 괴리가 있는 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리·처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는바(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결 참조), 명의자가 법인인 경우 그 설립 목적과 설립 경위, 사업활동 내역, 그 임직원 및 사무소의 소재를 비롯한 인적·물 적 시설, 문제된 당해 거래행위와 관련한 의사결정 과정, 거래행위의 대가로 지급된 자금의 이동 내역 등 제반 사정을 고려하여야 하고, 특히 설립 목적과 관련하여서는 조세회피의 목적이 주된 것인지 여부를 중점적으로 살펴보아야 한다.
• 다. 판단 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 사용료 소득의 실질적 귀속자는 원고1이 아닌 원고2이므로, 이에 관하여 한·아일랜드 협약을 적용할 수 없다. 따라서 원고1의 주장은 이유 없다.

(1) 원고1은 2010. 11. 11. 삼성전자 주식회사와, 2011. 11. 3. 엘지전자 주식회사와, 2011. 8. 31. 주식회사 팬택과, 2012. 9. 19. 소외 회사와 각 IV 보유 특허권에 대한 계약을 체결하고 그들(이하 ‘삼성전자 등’이라고 한다)로부터 사용료를 지급받았다.

(2) 삼성전자 등이 과세당국을 상대로 위 (1)항 기재 사용료에 관한 법인세 등 경정거부처분 취소를 구한 사건 전부(이하 ‘선행 사건’이라고 한다)에서 법원은 ‘원고1은 형식상 거래당사자의 역할만을 수행하고 사용료 대부분을 계약상 미리 정하여진 비율에 따라 원고2에 이전해야 할 의무를 부담하였을 뿐, 사용료를 실질적으로 지배·관리할 능력이 없었고, 원고1을 실질적으로 지배하는 미국 법인인 원고2가 사용료를 실질적으로 지배·관리하였으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯되었다.’는 취지로 한·아일랜드 협약을 적용할 수 없다고 판단하였다.

(3) 원고1은 위 (1)항 기재 사용료 지급 이후 이 사건 계약 체결일인 2017. 12. 31.까지 사이에 인적․물적시설을 확충함으로써 이 사건 사용료 소득을 실질적으로 지배·관리할 능력을 갖추었다고 주장하나, 갑9호증의 기재는 원고1이 2010년 체결한 사무실임대차계약서에 불과하여 그것만으로는 원고의 주장을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

3. 이 사건 제2처분에 관한 판단

• 가. 한·미 협약상 미국의 거주자

(1) 관계 법령 한·미 협약 제3조 제1항 (b)호는 “미국의 거주자라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 규정하면서, (i)목에서 “미국법인”을 들고 있고, (ii)목에서 “미국의 조세 목적상 미국에 거주하는 기타의 인(법인 또는 미국의 법에 따라 법인으로 취급되는 단체를 제외함), 다만 조합원 또는 수탁자로서 행동하는 인의 경우에, 그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 미국의 조세에 따라야 하는 범위에 한한다.”라고 규정하고 있다. 위 협약 제2조 제1항 (e)호 (ii)목은 “미국법인 또는 미국의 법인이라 함은 미국 또는 미국의 제 주 또는 콜럼비아 특별구의 법에 따라 설립되거나 또는 조직되는 법인, 또는 미국의 조세목적상 미국법인으로 취급되는 법인격 없는 단체를 의미한다.”라고 규정하고 있다.

(2) 관련 법리 외국의 법인격 없는 사단․재단 기타 단체가 법 제93조에서 규정한 국내원천소득을 얻어 이를 구성원들에게 분배하는 영리단체에 해당하는 경우, 법상 외국법인으로 볼 수 있다면 그 단체를 납세의무자로 하여 국내원천소득에 대하여 법인세를 징수하여야 하고, 법상 외국법인으로 볼 수 없다면 단체의 구성원들을 납세의무자로 하여 그들 각자에게 분배되는 소득금액에 대하여 그 구성원들의 지위에 따라 소득세나 법인세를 징수하여야 한다. 그리고 여기서 그 단체를 외국법인으로 볼 수 있는지 여부에 관하여는 법상 외국법인의 구체적 요건에 관하여 본점 또는 주사무소의 소재지 외에 별다른 규정이 없는 이상 단체가 설립된 국가의 법령 내용과 단체의 실질에 비추어 우리나라의 사법(私法)상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리․의무의 귀속주체로 볼 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두25466 판 결 참조). 한·미 협약 제3조 제1항 (b)호 (ii)목 단서는 그 문언과 체계상 미국의 거주자 중 조합과 같이 미국법인에 이르지 아니하는 단체 등과 관련된 규정으로 보이는 점, 위 단서는 조약의 문맥에 비추어 볼 때 미국 세법에 따라 어떠한 단체의 활동으로 얻은 소득에 관하여 단체가 아니라 그 구성원이 납세의무를 부담하는 이른바 투과과세 단체(Fiscally Transparent Entity)의 경우 원칙적으로 위 협약의 적용을 받을 수 있는 미국의 거주자가 될 수 없으나 그 구성원이 미국에서 납세의무를 지는 경우 예외적으로 그 단체에게 조세조약의 혜택을 부여하려는 특별규정으로 이해할 수 있는 점, 조합과 유한책임회사 등 조합의 형식을 취하지 아니한 단체가 미국세법상 투과과세 단체로서 취급이 같은 이상 그 조합의 형식을 취하지 아니한 단체를 위 단서 규정의 적용대상에서 배제할 만한 뚜렷한 이유를 찾기 어려운 점, 그 밖에 위 협약의 체결목적이 소득에 대한 이중과세의 방지라는 점 등을 종합하여 보면, 위 단서가 규정한 “미국의 조세 목적상 미국에 거주하는 기타의 인” 중 “조합원으로서 행동하는 인”이란 미국 세법상 조합원 등의 구성원으로 이루어진 단체의 활동으로 얻은 소득에 대하여 그 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 단체를 뜻한다고 보아야 하고, “그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 미국의 조세에 따라야 하는 범위에 한한다.”는 의미는 그러한 단체의 소득에 대하여 그 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 범위에서 그 단체를 위 협약상 미국의 거주자로 취급한다는 뜻으로 해석하여야 하며, 이때 구성원들이 미국에서 납세의무를 부담하는지 여부는 현실적으로 과세되는지 여부가 아니라 추상적․포괄적 납세의무가 성립하는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두55134 판결 참조). 따라서 우리나라의 사법(私法)상 외국법인에 해당하는 미국의 어떠한 단체가 우리나라에서 소득을 얻었음에도 미국에서 납세의무를 부담하지 않는 경우 그 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 범위에서만 한·미 협약상 미국의 거주자에 해당하여 조세조약을 적용받을 수 있고, 그 단체가 원천지국인 우리나라에서 얻은 소득 중 그 구성원이 미국의 거주자로 취급되지 아니하는 범위에 대하여는 위 협약을 적용할 수 없다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두11836 판결 참조).

(3) 판단 앞서 본 바와 같이 원고2는 미국에서 설립된 유한책임회사인바, 원고2의 소득은 투자지분에 따라 유한책임사원인 원고2의 투자자들에게 배분되고, 위 투자자들은 미국 거주자로서 배분받은 소득에 관하여 미국에서 납세의무를 부담한다. 따라서 한·미 협약 제3조 제1항 (b)호 (ii)목 단서에 따라 원고2는 한·미 협약상 미국의 거주자에 해당하고, 이 사건 사용료 소득에 관하여 한·미 협약을 적용하여야 한다.

• 나. 국내원천소득

(1) 관계 법령 및 관련 법리 법 제2조 제1항 제2호는 외국법인에 대하여 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고 있고, 제2조 제5항 및 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다. 그런데 법 제93조는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”라고 하면서, 제8호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리․자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.“라고 규정하고 있다. 한편 한·미 협약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 하면서, 제a호에서 “문학ㆍ예술ㆍ과학작품의 저작권 또는 영화필름․라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금”을 규정하고 있고, 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 하면서, 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.“라고 규정하고 있다. 이와 같이 미국법인의 특허권 사용료 소득을 국내원천소득으로 보는 범위에 관하여 한·미 협약 제6조와 법 제93조는 내용과 해석을 달리하고 있는바, 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제28조는 ”비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.“라고 규정하고 있으므로, 미국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 법 제93조에도 불구하고 위 협약이 우선하여 적용되어야 한다. 그런데 한·미 협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 위 협약 규정은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 위 협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로, 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조).

(2) 국내 등록 특허 사용료 이 사건 특허 중 국내에 등록된 것(원고는 2,404개라고 주장하고 있다.)의 사용료(원고는 317,631,276원이라고 주장하고 있다.) 소득은 국내원천소득이고, 이에 해당하는 법인세는 47,644,691원이다. 이에 대하여 피고는, 이 사건 특허 중 위 2,404개 외에 특허번호 6639821의 특허(이하 ‘이 사건 쟁점특허’라고 한다)가 특허협력조약(Patent Cooperation Treaty, 이하 ’PCT‘라고 한다)에 의하여 국내에 등록되었다고 주장한다. 그러나 을7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 쟁점특허가 PCT에 의한 출원으로 2009. 1. 15. 국내에 등록되었다가 2012. 1. 16. 등록료 불납으로 소멸 3) 된 사실을 인정할 수 있다. 따라서 이 사건 쟁점특허는 이 사건 계약 체결 내지 이 사건 사용료 지급 당시 국내에 등록된 상태가 아니었으므로, 피고의 주장은 이유 없다.

(3) 국내 미등록 특허 사용료 이 사건 특허 중 국내에 등록되지 않은 특허의 사용료 소득은 국내원천소득이 아니다. 이에 대하여 피고는, 위 소득이 법 제93조 제10호 4) (차)목 5) 에 해당한다고 주장한다. 그러나 이 사건 계약의 내용에 비추어 보면, 원고2가 소외 회사에게 이 사건 특허의 사용권을 부여하고 그 대가로 지급받은 것이 이 사건 사용료인바, 이는 법 제93조 제8호의 소득으로서 위 규정에 따른 소득 외의 소득에 해당하지 않음이 명백하므로 (차)목에 해당하는지 여부를 살필 필요 없이 피고의 주장은 이유 없다.

(4) 취소의 범위 과세처분취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 과세금액의 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 경정거부 취소소송에 있어서도 적법한 세액을 산출할만한 자료가 없다면 위 법리에 따라 법원은 경정거부처분 전부를 취소할 수밖에 없고 그에 따른 불이익은 처분청인 피고가 부담하여야 한다. 앞서 본 바와 같이 이 사건 사용료에 국내에 등록되지 않은 특허의 사용료가 포함되어 있음은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 그 범위에 관하여는 다툼이 있다. 갑1호증, 갑10호증의 각 기재만으로는 이 사건 특허 중 국내에 등록된 것의 사용료를 알 수 없는바, 원고가 자인하는 317,631,276원에 관한 법인세 47,644,691원을 초과하는 부분(이하 ’초과 부분‘이라고 한다)을 취소할 수밖에 없다.

이 사건 제2처분 중 초과 부분은 위법하므로, 그 취소를 구하는 원고2의 이 사건 청 구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 위 처분 중 나머지 부분 및 이 사건 제 1처분은 적법하므로, 원고2의 나머지 청구 및 원고1의 청구는 이유 없어 기각한다.