부가가치세부과처분 취소 청구의 건

사 건 2020구합597 부가가치세부과 취소 청구의 건 원 고 AAA 피 고 BBB세무서장 변 론 종 결

2020. 10. 29. 판 결 선 고

2020. 11. 12.

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2001년 10월부터 2012년 1월 27일까지 원고에 대하여 한 별지 목록 기재와 같이 부과한 부가가치세 154,679,550원의 부과처분을 취소한다.

원고는 간호사 면허를 가진 사람으로서 1998. 12. 5.경부터 2012. 2. 1.경까지 ○○시 ○○구 ○○대로211번길 16, 10호(○○동, &&&&프라자)에서 ‘NNN산후조리원’이란 상호로 산후조리원(이하 ‘이 사건 산후조리원’이라 한다)을 운영하면서, 아래[표] 기재와 같이 2001. 10. 25.부터 2012. 5. 29.까지 각 과세기간에 대한 부가가치세(합계 154,697,550원, 이하 ‘이 사건 각 부가가치세’라고 한다)를 신고‧납부하였다. [표]

• 나. 심판청구 등

1. 원고의 남편 KKK은 2019. 1. 8. 원고를 대신하여 기획재정부에 ‘원고가 납입한 이 사건 각 부가가치세에 대하여 면세가 적용되어야 하는지와 면세 적용 시 환급이 가능한지 여부’에 대한 질의를 하였고, 위 기획재정부장관은 2019. 2. 21. KKK에게 “2012. 2. 2. 이전 간호사가 개설한 산후조리원에서 제공한 산후조리용역은 구 부가가 치세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역에 해당하지 아니한다”라는 취지의 회신(이 하 ‘이 사건 회신’이라 한다)하였다.

2. 원고는 이 사건 회신을 받은 후 이에 불복하여 2019. 10. 25. 피고를 상대로 조세심판원에 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2020. 1. 30. “위 부가가치세 면세관련 질의에 대하여 기획재정부장관이 회신한 것은 단순 민원 회신에 불과할 뿐 심판청구의 대상인 ‘처분’으로 볼 수 없다”는 이유로 원고의 심판청구를 각하하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 간호사인 원고가 운영하는 이 사건 산후조리원에서 제공한 분만 직후의 산모와 출생 직후의 신생아에 대한 돌봄 용역은 간호사가 제공하는 의료보건용역에 해당하므로 당시 시행되던 부가가치세법 시행령 제29조 등에 따라 면세대상이다. 따라서 원고의 이 사건 산후조리원에 대하여 2001. 10.부터 2002년까지 부과된 이 사건 각 부가가치세는 취소되어 환급되어야 한다.
• 나. 판단 원고의 이 사건 소는 다음과 같은 이유로 부적법하다.

1. 과세처분의 부존재

• 가) 이 사건 각 부가가치세는 신고납세 방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며, 국가는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이다(대법원 2018. 9. 13 선고 2016두53326 판결 등 참조). 그리고 이와 같은 신고납부방식의 조세에 있어서 과세관청이 납세의무자에게 자진신고 납부서나 신고납부용 고지서를 교부하는 행위는 납세의무자의 편의를 도모하기 위한 사무행위에 불과하고, 과세관청이 납세의무자의 신고에 따라 세액을 수령하는 것 역시 단순한 사실행위에 불과할 뿐 확인적 부과처분으로 볼 수 없다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두8014 판결 참조). 따라서 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 신고한 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 것은 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수는 없고(대법원 2004. 9. 24. 선고 2003두8920 판결 등 참조), 납세의무자가 당초 신고를 한 데 대하여 이후 과세관청이 증액하여 신고하도록 안내를 함에 따라 수정신고를 하였다고 하더라도, 그 증액 신고된 부분에 대한 납세고지가 단순한 징수처분이 아니라 증액 경정 취지의 조세 부과처분이 되는 것은 아니라 할 것이다(대법원 2014. 2. 13. 선고 2013두19066 판결). 그러나 납세의무자가 당초에 신고한 과세표준과 세액에 누락이나 오류가 있다고 보아 과세관청이 증액정경처분을 한 경우에는, 당초의 신고에 의하여 발생한 조세채무의 확정력은 소멸되고, 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 된다고 할 것이다(대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두5989 판결, 대법원 2013. 4. 26. 선고 2010두26179판결 등 참조).
• 나) 이 사건에 돌아와 보건대, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보면, 원고는 2001. 10. 25.부터 2012. 5. 29.까지 위 [표] 기재와 같이 이 사건 각 부가가치세를 정기신고 또는 수정신고에 의하여 신고‧납부한 사실이 인정되고(원고도 이 사실을 자인하고 있다), 원고가 신고‧납부한 세액에 관하여 피고의 증액정경처분 등 부과처분이 있었음을 알 수 있는 아무런 자료가 없다. 따라서 이 사건 각 부가가치세에 관하여는 원고의 신고행위만이 있을 뿐 피고에 의한 별도의 부과처분이 존재하지 아니하므로, 이 사건 소는 존재하지 않는 부가가치세 과세처분의 취소를 구하는 것으로서 부적법하다고 할 것이다.

2. 전심절차를 거치지 아니함 가) 국세기본법 제56조 제2항, 제3항은 ‘ 국세기본법 또는 세법에 따른 위법한 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 통지받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정하고, 같은 법 제61조 제1항과 제68조 제1항은 ‘심사청구 또는 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정하고 있다. 그러므로 국세기본법 또는 세법에 따른 처분의 취소를 구하는 항고소송은 심사청구 또는 심판청구를 거쳐서 제기하여야 하고, 전심절차인 심사청구나 심판청구가 기간을 넘겨 부적법한 경우에는 그 항고소송은 전심절차를 거치지 아니한 것이 되어 부적법하다(대법원 2014. 4. 30. 선고 2013두24927 판결 참조).

• 나) 이 사건에 돌아와 보건대, 설령 이 사건 각 부가가치세 납부에 신고에 의하지 아니하고 과세처분이 이루어진 것이 일부 포함되어 있다고 하더라도(그러나 피고의 과세처분 또는 증액경정처분이 존재하지 아니함은 위에서 본 바와 같다), 원고가 그 과세처분일(만약 과세처분이 있었다면 2001. 10. 25.경부터 2012. 5. 29.까지 기간 중 특정한 어느 날이 될 것이다)로부터 90일 이내에 심사청구 또는 심판청구 등 전심절차를거치지 않았으므로(원고의 이 사건 회신에 대한 위 심판청구를 위 부과처분에 대한 취소청구소송의 전심절차로 볼 수도 없고, 위 심판청구가 90일의 심판청구기간 내에 제기되지도 않아 부적법하다), 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 이러한 점에서도 부적법하다고 할 것이다.

3. 부가적 판단 - 원고의 신고행위에 하자가 없음

• 가) 원고의 이 사건 각 부가가치세 신고행위에 하자가 있고 그 하자가 중대하고 명백한 경우에는 당연무효가 될 수도 있을 것이다. 한편 조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하고, 세금의 부과는 납세의무 성립 시, 즉 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조).
• 나) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제5호는 ‘의료보건용역으로서(수의사의 용역을 포함한다) 대통령령으로 정하는 것’에 대하여 부가가치세를 면세한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 일부 개정되기 전의 것) 제29조는 “법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다”고 규정하면서, 각 호의 의료보건용역 중 하나로 “의료법에 따른 의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호사가 제공하는 용역”(제1호), “ 모자보건법 제2조 제11호 에 따른 산후조리원에서 분만 직후의 임산부나 영유아에게 제공하는 급식·요양 등의 용역(제15호)”을 규정하고 있다. 그런데 위 구 부가가치세법 시행령 제29조 제15호 는 2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정된 구 부가가치세법 시행령 제29조 제15호 로 최초 신설된 조항이다. 위 구 부가가치세법 시행령 제29조 제15호 가 2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 신설되기 전까지는 산후조리원에서 제공하는 용역에 대해서는 부가가치세 면세가 인정되지 않았다. 산후조리원은 산후조리 및 요양 등에 필요한 인력과 시설을 갖추고, 분만 직후의 임산부나 출생 직후의 영유아에게 급식ㆍ요양 등의 용역을 제공하는 업을 하는 곳으로서 모자보건법의 규율 대상이 될 뿐, 의료법에 따른 의료기관에 해당하지 아니하고 의료인이 하는 의료·조산·간호 등 의료기술의 시행, 즉 의료행위가 행해지는 곳이 아니므로 의료법의 규율 대상에 해당하지 아니하며, 따라서 간호사가 운영하는 산후조리원에서 분만 직후의 임산부나 출생 직후의 영유아에게 제공하는 용역에 대해서는, 위 구 부가가치세법 시행령 제29조 제1호 에서 정한 “의료법에 따른 의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호사가 제공하는 용역”에 해당한다고 볼 수 없기 때문이었다. 그러나 산후조리원이란 사업의 내용이 동일함에도 간호사 등이 운영하는 산후조리원은 부가가치세 과세대상이 되고, 의료기관 부속 산후조리원은 면세되는 것은 사업자간 형 평성에 문제가 있다는 점이 지적되었고, 이러한 불합리 등을 제거하기 위하여 2012. 2.2. 대통령령 제23595호 개정을 통해 위 구 부가가치세법 시행령 제29조 제15호 가 신설되었다.
• 다) 이와 같이 간호사가 설치․운영한 산후조리원에서 제공하는 산후조리용역은 위 구 부가가치세법 시행령 제29조 제1호 에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당하지 아니하고, 2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 신설된 위 구 부가가치세법 시행령 제29조 제15호 에 따라 비로소 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당하는 것이다. 그러므로 원고의 이 사건 각 부가가치세 신고․납부행위에는 아무런 하자가 없고, 이와 다른 전제에서 이 사건 각 부가가치세가 취소되어 환급되어야 한다는 원고의 주장은 결국 이유 없다.

그렇다면 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.