특별조치법에 따른 소유권이전등기 시 등기원인이 된 매매계약의 대금청산여부에 까지 그 추정력이 미치지는 여부

사 건 2020구단6857 양도소득세경정거부처분취소 원 고 AAAA종중 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2020.07.10 판 결 선 고 2020.08.14

1. 피고가 2019. 5. 20. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1994. 4. 28. ○○시 ○○구 ○○동 ○○○외 4필지 임야 11,916㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 구 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법(1992. 11. 30. 법률 제4502호로 제정된 것, 이하 ‘특별조치법’이라 한다)에 따라 ‘1983. 5. 10. 매매’를 원인으로 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2015. 2. 11. 주식회사 CC에 이 사건 토지를 매매대금 216억 2,000만 원에 양도한 후 2015. 4. 30. 피고에게, 이 사건 토지의 취득시기를 소득세법 부칙(1994. 12. 22. 법률 제4803호) 제8조에 따라 1985. 1. 1.(이하 ‘의제취득일’이라 한다)로 보아 이를 기준으로 환산한 580,717,200원을 이 사건 토지의 취득가액으로 하여 산정한 양도소득세 5,575,472,698원을 예정신고․납부하였다.
• 다. 이후 원고는 2019. 4. 16. 피고에게, 이 사건 토지의 취득시기를 원고 명의의 위 소유권이전등기 접수일인 1994. 4. 28.로 보아야 하므로 이를 기준으로 환산한1,718,671,015원을 이 사건 토지의 취득가액으로 보아야 한다고 주장하며 이미 신고․납부한 양도소득세 304,037,995원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 라. 이에 대하여 피고는, 원고가 의제취득일 이전부터 이 사건 토지를 보유하고 있었던 사실이 확인되므로 이 사건 토지의 취득시기는 의제취득일로 보아야 한다는 이유로 2019. 5. 20. 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 8. 16. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 12. 20. 원고의 심판청구를 기각하였다.

• 가. 원고 주장의 요지 관련 법령에 의하면, 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기는 원칙적으로 해당 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 않은 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 취득시기로 보도록 규정하고 있다. 이 사건에서 이 사건 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기의 등기원인이 ‘1983. 5. 10. 매매’로 되어 있기는 하나, 위 날짜는 취득의 원인이 된 법률행위를 한 날에 불과할 뿐 대금을 청산한 날이 아니고, 그 외 이 사건 토지의 대금을 청산한 날을 확인할 수 있는 어떠한 증거도 존재하지 않으므로, 결국 이 사건 토지의 취득시기는 원고 명의의 위 소유권이전등기 접수일인 1994. 4. 28.로 보아야 함에도, 피고가 이와 달리 판단하여 원고의 양도소득세 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.
• 나. 관련 법령 별지와 같다.
• 다. 판단 1) 소득세법 제98조 는 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다’고 규정하고, 그 위임에 따른 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 는 ‘대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일’을 그 취득시기로 보도록 규정하고 있다. 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석․적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것이고(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 등 참조), 특별조치법에 따라 소유권이전등기가 이루어진 경우도 이와 달리 볼 것은 아니다. 한편 조세부과처분 취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있으므로 위 법령상의 취득시기나 양도시기는 원칙적으로 과세권자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2003. 8. 22. 선고 2003두5099 판결 등 참조).

2. 이 사건 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기의 등기원인이 ‘1983. 5. 10.매매’로 되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제4호증의 1, 2, 3, 을 제5호증의 각 기재에 의하면, 원고가 용인군수에게 특별조치법 제10조 소정의 확인서 발급신청을 하여 1994. 3. 21. ‘원고가 이 사건 토지를 1983. 5. 10. 장DD 외 2인으로부터 매수하여 현재 사실상 소유하고 있다’는 내용의 확인서(이하 ‘이 사건 확인서’라 한다)를 발급받은 사실, 원고가 위 확인서 발급신청을 하면서 이 사건 토지 인근에 거주하는 한EE 등 3인의 보증인이 작성한 ‘이 사건 토지는 1983. 5. 10.부터 장DD 외 2인으로부터 원고가 매수하여 현재 사실상 소유하고 있음을 연대하여 보증한다’는 내용의 보증서(이하 ‘이 사건 보증서’라 한다)를 용인군수에게 제출한 사실을 인정할 수 있다.

3. 그러나 앞서 든 증거들에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어보면, 위 2)항에서 본 사정만으로는 이 사건 토지에 대한 매매대금이 위 1983. 5. 10. 청산되었다거나 또는 의제취득일이 적용되는 1984. 12. 31. 이전에 청산되었다는 점을 인정하기 부족하고, 그 외 피고가 이 사건에 제출한 증거들을 모두 종합해 보더라도 이와 같은 점을 인정하기 부족하다.

① 특별조치법에 의하여 마친 등기는 실체적 권리관계에 부합하는 등기로 추정되므로(대법원 2013. 4. 26. 선고 2012다53451 판결 등 참조), 그 등기원인이 된 법률 행위의 존재와 유효성, 등기절차의 적법성 등이 추정되지만, 등기원인이 된 매매계약에 따라 ｢매매대금이 모두 지급된 사실｣에까지 그 추정력이 미치는 것은 아니다.

② 이 사건 확인서에는 원고가 이 사건 토지를 1983. 5. 10. 장DD 외 2인으로 부터 매수하여 현재 사실상 소유하고 있다는 내용만 기재되어 있을 뿐 매매대금의 지급 여부에 관하여는 아무런 기재 내용이 없고, 피고의 주장과 같이 이 사건 확인서의 기재 내용으로부터 위 1983. 5. 10. 즈음 매매대금이 청산되었다는 점이 사실상 추정된다고 보기도 어렵다(매도인이 원고의 종중원들이었다는 사정을 고려하더라도 달리 보기 어렵다). 이러한 확인서는 읍․면장이 위촉한 보증인의 보증서를 근거로 신청인이 당해 부동산을 그 소유권의 등기명의인으로부터 사실상 양수한 자라는 사실을 증명하는 서면에 지나지 않고, 확인서에 기재되어 있는 양수일에 매수인이 매매대금을 지급하였음을 증명하는 문서가 아니다(확인서를 발급받기 위해 매매대금 등을 지급하였음을 입증할 자료의 제출이 요구되는 것도 아니다). 또한 이 사건 보증서에도 매매대금의 지급 여부나 잔금 지급일시를 알 수 있는 아무런 내용이 없다.

③ 이외에 원고가 1983. 5. 10. 또는 의제취득일이 적용되는 1984. 12. 31. 이전에 매도인에게 이 사건 토지의 매매대금을 실제로 모두 지급하였다는 사실을 인정할 아무런 증거가 없고, 달리 이 사건 토지의 대금청산일을 확인할 증거가 없다.

4. 따라서 이 사건 토지의 매매대금을 청산한 날이 분명하지 않다고 할 것이므로 소득세법 제98조, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 에 따라 이 사건 토지에 관한 원고 명의의 위 소유권이전등기 접수일인 1994. 4. 28.을 이 사건 토지의 취득시기로 보아야 한다. 그러므로 이와 다른 전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.