미국법인에 지급한 특허 사용료 중 국내 미등록 특허권의 사용대가에 해당하는 부분은 국내원천소득에 해당하지 아니함

사 건 2019구합73292 경정거부처분취소 청구의 소 원 고

○○ 피 고

□□세무서장 외 3명 변 론 종 결 2021. 8. 19. 판 결 선 고 2021. 10. 7.

1. 피고들이 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 미합중국(이하 ‘미국’이라 한다) AA주 법률에 따라 설립된 사립 공과대학으로, 다음과 같이 내국법인들과 특허권 사용계약(이하 계약을 통틀어 ‘이 사건 각 계약’이라 한다)을 체결하였다.

1. 원고는 2014. 11. 21., 2015. 7. 1. 및 2016. 2. 9. BB전자 주식회사(이하 ‘BB전자’라 한다)와 사이에 원고가 특허 25개에 관한 사용권을 부여하고 그 대가로 미화 2,500,000달러를 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 제1계약’이라 한다)을 체결하였다.

2. 원고는 2011. 8. 9. 주식회사 CC화일(이하 ‘CC화일’이라 한다)과 사이에 원고가 특허 60개에 관한 사용권을 부여하고 그 대가로 미화 2,325,114.57달러를 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 제2계약’이라 한다)을 체결하였다.

3. 원고는 2011. 12. 5. DD 주식회사(이하 ‘DD’이라 한다)와 사이에 원고가 특허 60개에 관한 사용권을 부여하고 그 대가로 미화 1,250,000달러를 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 제3계약’이라 한다)을 체결하였다.

4. 원고는 2011. 8. 9. EE 주식회사(이하 ‘EE’라 한다)와 사이에 원고가 특허 60개에 관한 사용권을 부여하고 그 대가로 미화 2,635,164.34달러를 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 제4계약’이라 한다)을 체결하였다.

• 나. 이 사건 제1계약과 관련된 특허 중 미국 등 세계 각국에 등록된 특허는 24개이고 위 등록된 특허 가운데 국내에 등록된 특허(등록번호가 기재된 것을 말한다)는 1개이다. 한편 이 사건 제2, 3, 4계약과 관련된 특허 중 미국 등 세계 각국에 등록된 특허는 59개이고 국내에 등록된 특허는 1개이다.
• 다. BB전자, CC화일, DD, EE(이하 ‘소외회사들’이라 한다)는 이 사건 각 계약에 따른 사용료를 원천징수 대상 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아, 원고에게 이 사건 각 계약에 따른 사용료(이하 ‘이 사건 각 사용료’라 한다)를 지급하면서 ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한미조세협약’이라 한다) 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 원고로부터 별지1 목록 각 ‘경정청구대상 법인세 원천징수세액’을 원천징수한 후 각 해당 피고들에게 납부하였다.
• 라. 원고는 피고들에 대하여 이 사건 각 사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허권 사용에 대한 대가는 원천징수 대상 국내원천소득이 아니므로 위 원천징수된 각 세액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
• 마. 이에 대하여 피고들은 별지1 목록 ‘거부처분일’ 기재 각 일자에 원고의 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다(피고 □□세무서장의 경우 경정청구 기한이 경과하였다는 이유로 각하처분을 하였으나 그 실질적인 내용은 거부처분에 해당한다).
• 바. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2019. 7. 25. 이를 모두 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 한미조세협약 제6조 제3항에 의하면, 미국 거주자가 국내 거주자로부터 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용에 대한 대가로서 받은 지급금은 원천징수대상인 국내원천소득에 해당되지 않는다. 따라서 국내에 등록되어 있지 않은 특허권에 대한 사용대가가 대부분인 이 사건 각 사용료가 국내원천소득에 해당하여 원천징수대상이 된다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지2 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 16008호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다)제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조․판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제28조는 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 구 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단해야 한다. 그런데 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결 참조). 따라서 이 사건 각 사용료 중 국외에서 등록되었으나 국내에는 등록되지 아니한 특허권의 사용대가에 해당하는 부분은 그 특허권이 국내에서 제조․판매 등에 사실상 사용되었는지를 따질 필요 없이 국내원천소득에 해당하지 않는다고 보아야 한다.

2. 한편, 경정거부취소소송에 있어서도 적법하게 부과될 정당한 세액에 관한 입증책임은 피고에게 있고 이러한 입증책임을 다하지 못하는 경우 그 불이익은 처분청인 피고가 받게 되는 것인바, 이 사건의 경우 정당한 과세표준에 해당하는 ‘이 사건 각 사용료 중 국내에 등록된 특허의 사용대가에 해당하는 부분의 액수’는 이 사건 각 계약 상 특정되어 있지 않은 점, 이 사건 각 계약에 포함되어 있는 특허에는 피고가 주장하는 바와 같이 효력이 소멸된 특허 등이 포함되어 있는데 이러한 특허의 가치를 산정할 수 있는 자료가 제출되어 있지 않고, 국내 등록 특허권에 대한 사용료를 특정할 수 있는 자료 또한 존재하지 않는 점 등을 종합하여 볼 때, 이 사건 각 처분 전부를 취소하기로 한다.

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.