국내 미등록 특허 사용료는 외국법인의 국내원천소득이 아니므로 법인세 과세대상 아님

사 건 2019구합72961 법인세 부과처분취소 등 원 고 ○○○○○○○○ 주식회사 피 고 ○○세무서장 변 론 종 결 2020. 10. 29. 판 결 선 고 2020. 12. 24.

1. 피고가 2014. 5. 1. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 17,112,485,030원의 징수처분 중 241,141,188원을 초과하는 부분 및 가산세 1,711,248,500원의 부과처분 중 24,114,118원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 피고가 2015. 11. 2. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 20,305,765,100원에 관한 경정거부처분 중 286,139,399원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 5. 1. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 17,112,485,030원의 징수처분 및 가산세 1,711,248,500원의 부과처분을 취소한다. 피고가 2015. 11. 2. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 20,305,765,100원에 관한 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위(다툼 없는 사실)

• 가. 특허권자의 설립 목적 및 지배구조

(1) IV는 ◇◇ 및 ◆◆ 등 5개의 펀드로부터 그들이 보유한 특허권의 관리를 위임받아 처리하는 미국의 특허관리전문기업으로 2000년경 설립되었다.

(2) ●●는 위 펀드등이 보유한 특허권을 관리할 목적으로 미국 델라웨어주에 설립된 유한책임회사이고, ☆☆은 2010. 6. 21. 아일랜드에서 설립된 무한책임회사인바, ●●는 유럽연합 회원국인 키프로스 소재 AA의 지분을 100%, AA는 ☆☆의 지분을 99.9% 각 소유하고 있다.

(3) ●●는 위 펀드 보유의 특허권을 재허여 받았고, ☆☆에게 위 특허권을 재허여하였다.

• 나. 2012 사업연도 법인세 및 가산세 부과처분

(1) 원고는 2012. 9. 19. ☆☆과의 사이에 IV 보유의 특허권 45,941개(이하 ‘이 사건 특허’라고 한다)을 7년간 사용하고 사용료(이하 ‘이 사건 사용료’라고 한다)를 지급하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결한 후 ☆☆에게 2012. 9. 27.이 사건 사용료 중 계약금으로 미화(이하 ‘달러’라고만 표시한다) 85,000,000달러(이하 ‘이 사건 계약금’이라고 한다)를 지급하였는데, 대한민국과 아일랜드간의 소득 및 양도소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 ‘한·아일랜드 협약’이라고 한다) 제12조1)(이하 ‘이 사건 면세 조항’이라고 한다)에 따라 이 사건 계약금에 관한 법인세를 원천징수하지 않았다.

(2) 피고는 조세회피 목적으로 설립된 도관회사2)에 불과한 ☆☆이 아니라 ●●가 이 사건 사용료의 수익적 소유자로서 한·아일랜드 협약이 아닌 한·미 협약이 적용되어 이 사건 계약금에 관하여 외국법인의 국내원천소득에 관한 법인세를 원천징수하여야 함을 이유로 2014. 5. 1. 원고에 대하여 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제98조 제1항 제3호 본문3), 제93조 제8호4), 구 국제조세조정에 관한 법률(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 이 사건 사용료 지급 중 한 차례 개정되었으나, 이 사건과 관련된 부분은 실질적 내용의 변경이 없는바, 이하 ‘국제법’이라고 한다.) 제2조 제1항 제12호5), 제29조 제1항 제2호6), 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한·미협약’이라고 한다) 제14조 제1항7)에 따른 2012 사업연도 법인세 17,112,485,030원8) 및 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘기본법’이라고 한다) 제47조의59)에 따른 원천징수불이행 가산세 1,711,248,500원10)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).

• 다. 2013 사업연도 법인세 경정거부처분

(1) 원고는 2013. 9. 24. ☆☆에게 이 사건 사용료 중 잔금으로 105,061,275달러11)(이하 ‘이 사건 잔금’이라고 한다)를 지급하고, 원천징수한 법인세 20,305,765,100원12)을 2013. 10. 10. 피고에게 신고·납부하였다.

(2) 원고는 2015. 5. 13. 이 사건 잔금에 관하여 이 사건 면세 조항에 따라 과세할 수 없음을 이유로 피고에게 위 (1)항 기재 납부세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 11. 2. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라고 하고, 이 사건 부과처분과 함께 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

2. 이 사건 사용료의 수익적 소유자

• 가. 실질과세원칙과 수익적 소유자 이 사건 면세 조항의 도입 연혁과 그 문맥 등을 종합할 때, 수익적 소유자는 당해 사용료 소득을 지급 받은 자가 타인에게 이를 다시 이전할 법적 또는 계약상의 의무 등이 없는 사용․수익권을 갖는 경우를 뜻한다. 이러한 수익적 소유자에 해당하는지는 해당 소득에 관련된 사업활동의 내용과 현황, 그 소득의 실제 사용과 운용 내역 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다. 한편 기본법 제14조 제1항13)과 법 제4조 제1항14)에서 규정하는 실질과세의 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다. 그러므로 사용료 소득의 수익적 소유자에 해당한다고 할지라도 기본법 및 법상 실질과세의 원칙에 따라 조약 남용으로 인정되는 경우에는 그 적용을 부인할 수 있다. 즉, 재산의 귀속명의자는 재산을 지배․관리할 능력이 없고 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배․관리하는 자가 따로 있으며 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 그 명의에 따른 조세조약 적용을 부인하고 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배․관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 과세한다. 그러나 그러한 명의와 실질의 괴리가 없는 경우에는 소득의 귀속명의자에게 소득이 귀속된다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2017두33008 판결 등 참조). 명의와 실질의 괴리가 있는 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리․처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는바(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결 등 참조), 명의자가 법인인 경우 그 설립 목적과 설립 경위, 사업활동 내역, 그 임직원 및 사무소의 소재를 비롯한 인적․물적 시설, 문제된 당해 거래행위와 관련한 의사결정과정, 거래행위의 대가로 지급된 자금의 이동 내역 등 제반 사정을 고려하여야 하고, 특히 설립 목적과 관련하여서는 조세회피의 목적이 주된 것인지 여부를 중점적으로 살펴보아야 한다.
• 나. 입증책임 외국법인에게 지급하는 국내원천소득에 대하여 당해 외국법인에게 법인세를 부과하기 위한 과세요건 사실은 국내원천소득을 지급받는 자가 외국법인, 즉 국내에 본점 또는 주사무소를 두지 아니한 법인이라는 점을 주장․입증함으로써 족하고, 더 나아가 그 외국법인의 주된 사무소가 구체적으로 어느 곳인지의 점까지 확정하여야 하는 것은 아니다(대법원 1994. 4. 15. 선고 93누13162 판결 참조). 한편 소송에 있어서 비과세·면세 요건에 대한 입증책임은 납세자 측에게 있고(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 참조), 납세자가 어떠한 외국법인에게 조세가 면제 또는 감면되는 조세조약이 적용된다고 주장하려면 당해 외국법인이 우리나라가 조세조약을 체결한 타방 체약국의 거주자이고 조세조약상 그 소득에 대한 과세권이 우리나라가 아닌 타방 체약국에 있다는 점을 입증하여야 한다. 따라서 이 사건 면제 조항이 적용되려면, 원고가 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자가 ☆☆임을 입증하여야 한다.
• 다. 판단 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 사용료의 수익적 소유자가 ☆☆이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 갑11호증, 갑19호증, 갑20호증, 갑22호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, ☆☆은 형식상 거래당사자의 역할만을 수행하면서 이 사건 사용료 소득의 대부분을 계약상 미리 정한 비율에 따라 ●●에 이전해야 할 의무를 부담할 뿐이고, 이 사건 사용료 소득을 실질적으로 지배․관리할 능력이 없었으며, ☆☆을 실질적으로 지배하는 미국 법인인 ●●가 이 사건 사용료 소득을 실질적으로 지배․관리하였는바, 그러한 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯되었다할 것이다. 따라서 이 사건 사용료의 수익적 소유자는 아일랜드 법인인 ☆☆이 아니므로, 이 사건 면제 조항을 적용할 수 없다.

(1) ○○는 2004년부터 IV와의 사이에 IV 보유 특허권의 침해에 따른 손해배상 및 사용료에 관한 협상을 진행해 오다가 2010. 11. 11. 최종적으로 ☆☆과의 사이에 위 협상에 따른 계약을 체결하였다. ■■는 2008년부터 IV와의 사이에 IV 보유 특허권의 침해에 따른 손해배상 및 사용료에 관한 협상을 진행해 오다가 2011. 11. 3. 최종적으로 ☆☆과의 사이에 위 협상에 따른 계약을 체결하였다. ▲▲은 2010년부터 IV와의 사이에 IV 보유 특허권의 침해에 따른 손해배상 및 사용료에 관한 협상을 진행해 오다가 2011. 8.31. 최종적으로 ☆☆과의 사이에 위 협상에 따른 계약을 체결하였다. 원고 등은 2010. 12.경부터 ●●와의 사이에 IV 보유의 특허권 침해에 따른 손해배상책임과 관련하여 미국 법원에서 소송을 진행해 오다가 2012. 9. 19. ☆☆과의 사이에 이 사건 계약을 체결하였다. 그런데 ☆☆은 ○○과의 계약이 체결되기 불과 몇 개월 전인 2010. 6. 21. 설립되었고, 조세회피처인 키프로스에 설립된 AA를 통하여 ☆☆ 지분 99.9%를 보유하고 있던 ●●는 2010. 11. 8. ☆☆에게 ◇◇, ◆◆ 보유 특허권을 재허여하였다. 이러한 ☆☆과 원고 등 사이의 계약체결 경위 및 위 각 계약에 따라 ☆☆이 지급받은 사용료의 규모(○○ 370,000,000달러, ■■ 45,000,000달러, ▲▲ 26,000,000달러, 원고 190,061,275달러), ☆☆의 특허 사용료 관련 계약금액 중 원고 등을 비롯한 우리나라 회사들이 차지하는 비중{2010년도 세계 기준 약 99%(아시아 기준 100%), 2011년도 세계 기준 약 55%(아시아 기준 100%), 2012년도 세계 기준 약 93%(아시아 기준 약 93%) }, 한·아일랜드 협약에 의할 때에는 이 사건 면제 조항에 따라 사용료 관련 법인세가 부과되지 않는 반면 한·미 협약에 의할 때에는 이 사건 제한세율로 사용료 관련 법인세가 부과될 수 있는 점,유럽에 있는 아일랜드 법인인 ☆☆이 아시아에 있는 우리나라 회사와 계약을 체결하는 경우 미국 법인인 ●●보다 접근성이나 언어적 측면에서 더 유리하다고 보기 어려운 점 등을 종합해 보면, 미국 법인인 ●●가 우리나라 회사들인 원고 등과 직접 계약을 체결하지 않고 굳이 아일랜드 법인인 ☆☆을 설립한 후 이를 통하여 복잡한 다단계의 계약을 체결한 이유를 조세 회피 목적 외에는 설명할 수 없다.

(2) ○○은 과세당국을 상대로 ① ☆☆이 ○○ 사용료의 수익적 소유자여서 ○○에게 법인세 원천징수의무가 없고, ② 수익적 소유자를 ●●로 본다고 하더라도 한·미 협약이 적용되어야 하므로 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않으며, ③ ○○은 수익적 소유자를 확인하기 위한 주의의무를 다하였으므로 원천징수불이행 가산세 부과는 부당하다는 취지로(위 ① 내지 ③ 주장은 이 사건에서 원고의 주장과 취지가 같다.) 2010 사업연도 법인세 및 가산세 부과처분(이하 ‘이 사건 선행처분’이라고 한다) 취소청구의 소를 제기하였다(이하 ‘이 사건 선행소송’이라고 한다). 위 사건 항소심은 이 사건 면제 조항을 적용할 수 없고, 한·미 협약을 적용하여야 한다고 판단하면서 ☆☆은 ●●의 도관회사에 불과함을 이유로 하였고(서울고등법원 2016. 5. 24. 2015누47043 판결 참조), 상고심 역시 위 판단이 타당하다고 보았다(대법원은 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 참조). ▲▲(서울고등법원2019. 9. 25. 선고 2016누42427 판결, 대법원 2020. 2. 6. 2019두55774 판결 참조) 및 ■■(서울고등법원 2019. 9. 25. 선고 2016누77959 판결, 대법원 2020. 2. 13. 2019두57275 판결 참조) 사용료에 관한 소송의 결과 역시 위와 동일하다.

(3) ○○, ▲▲, ■■ 계약 중 가장 늦게 체결된 ■■ 계약의 체결시점이 2011. 11.3.인바, 이 사건 계약 체결시점인 2012. 9. 19.보다 불과 10개월 전이다. 위 기간 ☆☆과 ●● 사이에 계약 내지 지배구조의 변화가 없었고, 단지 2012. 3. 20. 이 사건 선행처분이 있었을 뿐인바, 원고는 이 사건 계약 당시에는 이 사건 선행처분을 인지하지 못하여 1의 나.항 기재와 같이 이 사건 면제 조항에 따라 이 사건 계약금에 관하여 원천징수를 하지 않다가 위 처분을 인지한 이후 이 사건 잔금에 관하여 1의 다.항 기재와 같이 위 조항을 적용하지 않고, 이 사건 제한이율을 적용한 법인세를 원천징수하였는바, 이는 이 사건 선행소송에 따른 이 사건 선행처분의 확정 여부를 알 수 없는 상태에서 일단 10%에 달하는 고율의 가산세를 면하기 위한 것이다. 따라서 위 기간에 이루어진 ☆☆의 인적․물적 시설 내지 영업 활동의 변화만으로는 ●●의 도관회사로서의 성격이 바뀌었다고 볼 수 없다. 오히려 그러한 변화는 이 사건 선행처분을 인지한 ☆☆의 ■■ 및 ▲▲ 사용료에 관한 과세당국의 과세처분(■■ 사용료에 관한 과세처분은 2013. 12. 2.에, ▲▲ 사용료에 관한 과세처분은 2013. 8. 1.에 이루어졌다.) 대비책에 불과하다.

• 가. 관계 법령 한·미 협약 제3조 제1항 (b)호는 “미국의 거주자라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 규정하면서, (i)목에서 “미국법인”을 들고 있고, (ii)목에서 “미국의 조세 목적상 미국에 거주하는 기타의 인(법인 또는 미국의 법에 따라 법인으로 취급되는 단체를 제외함), 다만 조합원 또는 수탁자로서 행동하는 인의 경우에, 그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 미국의 조세에 따라야 하는 범위에 한한다.”라고 규정하고 있다. 한·미 협약 제2조 제1항 (e)호 (ii)목은 “미국법인 또는 미국의 법인이라 함은 미국 또는 미국의 제 주 또는 콜럼비아 특별구의 법에 따라 설립되거나 또는 조직되는 법인, 또는 미국의 조세목적상 미국법인으로 취급되는 법인격 없는 단체를 의미한다.”라고 규정하고 있다.
• 나. 관련 법리 외국의 법인격 없는 사단․재단 기타 단체가 법 제93조에서 규정한 국내원천소득을 얻어 이를 구성원들에게 분배하는 영리단체에 해당하는 경우, 법상 외국법인으로 볼 수 있다면 그 단체를 납세의무자로 하여 국내원천소득에 대하여 법인세를 징수하여야 하고, 법상 외국법인으로 볼 수 없다면 단체의 구성원들을 납세의무자로 하여 그들 각자에게 분배되는 소득금액에 대하여 그 구성원들의 지위에 따라 소득세나 법인세를 징수하여야 한다. 그리고 여기서 그 단체를 외국법인으로 볼 수 있는지 여부에 관하여는 법상 외국법인의 구체적 요건에 관하여 본점 또는 주사무소의 소재지 외에 별다른 규정이 없는 이상 단체가 설립된 국가의 법령 내용과 단체의 실질에 비추어 우리나라의 사법(私法)상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리․의무의 귀속주체로 볼 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두25466 판결 참조). 한·미 협약 제3조 제1항 (b)호 (ii)목 단서는 그 문언과 체계상 미국의 거주자 중 조합과 같이 미국법인에 이르지 아니하는 단체 등과 관련된 규정으로 보이는 점, 위 단서는 조약의 문맥에 비추어 볼 때 미국 세법에 따라 어떠한 단체의 활동으로 얻은 소득에 관하여 단체가 아니라 그 구성원이 납세의무를 부담하는 이른바 투과과세 단체(Fiscally Transparent Entity)의 경우 원칙적으로 한·미 협약의 적용을 받을 수 있는 미국의 거주자가 될 수 없으나 그 구성원이 미국에서 납세의무를 지는 경우 예외적으로 그 단체에게 조세조약의 혜택을 부여하려는 특별규정으로 이해할 수 있는 점, 조합과 유한책임회사 등 조합의 형식을 취하지 아니한 단체가 미국세법상 투과과세 단체로서 취급이 같은 이상 그 조합의 형식을 취하지 아니한 단체를 위 단서 규정의 적용대상에서 배제할 만한 뚜렷한 이유를 찾기 어려운 점, 그 밖에 한·미 협약의 체결목적이 소득에 대한 이중과세의 방지라는 점 등을 종합하여 보면, 위 단서가 규정한 “미국의 조세 목적상 미국에 거주하는 기타의 인” 중 “조합원으로서 행동하는 인”이란 미국 세법상 조합원 등의 구성원으로 이루어진 단체의 활동으로 얻은 소득에 대하여 그 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 단체를 뜻한다고 보아야 하고, “그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 미국의 조세에 따라야 하는 범위에 한한다.”는 의미는 그러한 단체의 소득에 대하여 그 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 범위에서 그 단체를 한·미 협약상 미국의 거주자로 취급한다는 뜻으로 해석하여야 하며, 이때 구성원들이 미국에서 납세의무를 부담하는지 여부는 현실적으로 과세되는지 여부가 아니라 추상적․포괄적 납세의무가 성립하는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두55134 판결 참조). 따라서 우리나라의 사법(私法)상 외국법인에 해당하는 미국의 어떠한 단체가 우리나라에서 소득을 얻었음에도 미국에서 납세의무를 부담하지 않는 경우 그 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 범위에서만 한·미 협약상 미국의 거주자에 해당하여 조세조약을 적용받을 수 있고, 그 단체가 원천지국인 우리나라에서 얻은 소득 중 그 구성원이 미국의 거주자로 취급되지 아니하는 범위에 대하여는 한·미 협약을 적용할 수 없다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두11836 판결 참조).
• 다. 판단 이 사건 사용료의 수익적 소유자인 ●●는 1의 가.항에서 본 바와 같이 미국에서 설립된 유한책임회사인바, ●●의 소득은 투자지분에 따라 유한책임사원인 ●●의 투자자들에게 배분되고, ●●의 투자자들은 미국 거주자로서 배분받은 소득에 관하여 미국에서 납세의무를 부담한다. 따라서 한·미 협약 제3조 제1항 (b)호 (ii)목 단서에 따라 ●●는 한·미 협약상 미국의 거주자에 해당하고, 이 사건 사용료 소득에 관하여한·미 협약을 적용하여야 한다. 설령 ●●가 미국의 거주자에 해당하지 않는다고 하더라도 다음과 같은 이유에서이 사건 사용료 소득에 관하여는 이 사건 제한이율을 적용하여야 한다. 피고는 이 사건 각 처분 당시 이 사건 제한이율을 적용하였다가 이 사건 소송 중에 비로소 ●●가 미국의 거주자에 해당하지 않으므로 법 제98조 제1항 제3호 본문15)에 따라 100분의 20의 세율을 적용하여야 한다고 주장하고 있다. 그러나 피고가 이 사건 제한이율을 적용하여 이 사건 각 처분을 한 것은, ●●가 미국의 거주자에 해당하여 한·미 협약이 적용된다는 취지의 공적인 견해표명에 해당하고, 귀책사유 없이 이를 신뢰한 원고가 1의 다.항에서 본 바와 같이 이 사건 제한이율을 적용하여 이 사건 잔금에 관한 법인세를 자진 신고·납부하였는바, 피고가 이 사건 제한이율보다 높은 세율의 적용을 주장하는 것은 신뢰보호의 원칙에 반하여 허용될 수 없다(대법원 2006. 6. 9. 선고 2004두46 판결 등 참조).

4. 법 제93조 제8호 단서

• 가. 관계 법령 법 제2조 제1항 제2호는 ”국내원천소득이 있는 외국법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.“라고, 제5항은 ”내국법인 및 외국법인과 소득세법에 따른 거주자 및 비거주자는 이 법에 따라 원천징수하는 법인세를 납부할 의무가 있다.“라고 규정하고 있다. 법 제98조 제1항 제3호 본문은 ”외국법인에 대하여 제93조 제8호의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 그 지급액의 100분의 20에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.“라고, 제93조 제8호는 외국법인의 국내원천소득 중 하나로서 국내원천 사용료소득을 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.“라고 규정하고 있다(이하 법 제93조 제8호 중 ”이 경우“이하의 부분을 ‘이 사건 추가 조항’이라고 한다). 한편 한·미 협약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 사용료라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 규정하면서, 제a호에서 “문학ㆍ예술ㆍ과학작품의 저작권 또는 영화필름․라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금”을, 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 규정하면서, 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.“라고 규정하고 있다.
• 나. 관련 법리 미국법인의 특허권 사용료 소득을 국내원천소득으로 보는 범위에 관하여 한·미 협약 제6조와 법 제93조는 그 규정의 내용과 해석을 달리하고 있는바, 국제법 제28조는 ”비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.“라고 규정하고 있으므로, 미국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 법 제93조에도 불구하고 한·미 협약이 우선하여 적용되어야 한다. 그런데 한·미 협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한·미 협약 규정은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허 실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한·미 협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로, 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조).
• 다. 판단 이 사건 특허 중 국내에 등록된 것의 사용료(이하 ‘이 사건 등록 사용료’라고 한다)만 한·미 협약 제6조 제3항에 의하여 외국법인의 국내원천소득에 해당하고, 국내에 등록되지 않은 것의 사용료(이하 ‘이 사건 미등록 사용료’라고 한다)는 국내에서 사용된 것이 아니므로 외국법인의 국내원천소득이 아니다. 따라서 이 사건 각 처분 중 이 사건 미등록 사용료에 관한 부분은 위법하다. 이에 대하여 피고는, 이 사건 소송 중에 이 사건 미등록 사용료 소득이 법 제93조 제10호16) (차)목에 해당한다고 주장하면서 처분사유를 추가하였다. 그러나 이 사건 계약의 내용에 비추어 보면, ●●가 원고에게 이 사건 특허의 사용권을 부여하고 그 대가로 지급받은 것이 이 사건 사용료인바, 이는 법 제93조 제8호의 소득으로서 위 규정에 따른 소득 외의 소득에 해당하지 않음이 명백하므로 (차)목에 해당하는지 여부를 살필 필요 없이 피고의 위 주장은 이유 없다.

• 가. 관련 법리 과세처분취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세 처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 과세금액의 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 경정거부취소소송에 있어서도 적법한 세액을 산출할만한 자료가 없다면 위 법리에 따라 법원은 경정거부처분 전부를 취소할 수밖에 없고 그에 따른 불이익은 처분청인 피고가 부담하여야 한다.
• 나. 판단 이 사건 사용료에 국내원천소득에 해당하지 않는 이 사건 미등록 사용료가 포함되어 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 포함 범위에 관하여는 다툼이 있다. 과세요건의 입증책임은 과세당국에게 있는 것이 원칙인바, 피고는 이 사건 각 처분 당시 이 사건 특허의 국내 등록 여부에 관하여 아무런 조사를 하지 않았고, 이 사건소송 중에도 이에 관한 증거를 제출하지 않다가 이 법원이 이 사건 선행소송 등에서 국내에 등록 되지 않은 특허의 사용료 소득에 관하여 이 사건 추가 조항을 적용할 수 없다는 취지의 법리가 확립되었음을 밝히자 비로소 이 사건 특허의 국내 등록 여부에 관한 주장을 하였다. 이 법원이 이에 관한 입증을 촉구하자 피고는 3항에 관한 주장 즉, ●●가 미국의 거주자에 해당하지 아니하여 한·미 협약을 적용할 수 없다거나 4 의 다.항 기재와 같이 처분사유를 추가하기도 하였다. 을1호증, 을2호증의 각 기재만으로는 이 사건 등록 사용료를 알 수 없으므로, 이 사건 각 처분 중 원고가 이 사건 등록 사용료 소득이라고 자인하는 부분에 관한 세액(2012 사업연도 법인세 241,141,188원 및 가산세 24,114,118원, 2013 사업연도 법인세 286,139,399원)을 초과하는 부분을 취소할 수밖에 없다.

원고의 이 사건 각 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.