이 사건 토지가 비사업용토지에 해당하는지 여부

사 건 2019구합65970 종합소득세경정거부처분취소 원 고 AA 피 고 aa세무서장 변 론 종 결 2019.11.28. 판 결 선 고 2020.01.16.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 6. 9. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 종합소득세 1,317,142,316원2)의경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고의 토지 및 건물 취득과 사업자등록

1. 원고는 2003. 3. 24. 주식회사 bb금고로부터 ① ○○시 ◆◆(이하 ‘◆◆’이라고만 한다) 27-39 전 337㎡(2007. 1. 12. 면적이 305㎡로 정정되었다), ② ◆◆27-40 전 560㎡, ③ ◆◆ 27-41 전 531㎡, ④ ◆◆ 27-64 전 145㎡(2005. 7. 14. 지목이 ‘대’로 변경되었다), ⑤ ◆◆ 27-73 전 532㎡, ⑥ ◆◆ 27-146 전 212㎡(2007. 4. 9. 지목이 ‘대’로 변경되었다), ⑦ ◆◆ 27-32 대 1,320㎡를 매수하였고, 2003. 9. 4. 위 각 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

2. 원고는 2003. 8. 3. BB로부터 ◆◆ 27-59 전 290㎡(2007. 4. 9. 지목이 ‘대’로변경되었다)를 매수한 후 2003. 9. 4. 소유권이전등기를 마쳤고, 2003. 8. 7. 안연옥으로부터 ◆◆ 27-69 전 123㎡를 매수한 후 2003. 8. 8. 소유권이전등기를 마쳤다.

3. 원고는 2003. 9. 22. 유인숙으로부터 ◆◆ 27-32 지상 에이동 조립식구조 판넬지붕 단층 제1종근린생활시설(소매점) 70㎡, 비동 일반철골구조 기타지붕(경량판넬지붕)단층 제1종근린생활시설(소매점) 1층 375.5㎡, 1층 15㎡(화장실), 1층 6㎡(방풍실)를 매수하였고, 2003. 9. 23. 위 에이동, 비동 각 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

4. 2007. 4. 9. ① ◆◆ 27-69 전 123㎡가 ◆◆ 27-69 전 53㎡(2007. 4. 9. 지목이‘대’로 변경되었다)와 ◆◆ 27-157 전 70㎡로, ② ◆◆ 27-39 전 305㎡가 ◆◆ 27-39 전 269㎡(2007. 4. 9. 지목이 ‘대’로 변경되었다)와 ◆◆ 27-154 전 36㎡로, ③ ◆◆ 27-40 전 560㎡가 ◆◆ 27-40 전 477㎡(2007. 4. 9. 지목이 ‘대’로 변경되었다)와 27-155 전 83㎡로, ④ ◆◆ 27-41 전 531㎡가 ◆◆ 27-41 전 389㎡(2007. 4. 9. 지목이 ‘대’로 변경되었다)와 ◆◆ 27-156 전 142㎡로, ⑤ ◆◆ 27-73 전 532㎡가 ◆◆ 27-73 전 440㎡(2007. 4. 9. 지목이 ‘대’로 변경되었다)와 ◆◆ 27-158 전 92㎡로 각 분할되었다.

5. 2007. 4. 10. ① ◆◆ 27-69 대 53㎡, ② ◆◆ 27-39 대 269㎡, ③ ◆◆ 27-40대 477㎡, ④ ◆◆ 27-41 대 389㎡, ⑤ ◆◆ 27-64 대 145㎡, ⑥ ◆◆ 27-73 대 440㎡, ⑦ ◆◆ 27-146 대 212㎡, ⑧ ◆◆ 27-32 대 1,320㎡, ⑨ ◆◆ 27-59 대 290㎡가 합병되어 ◆◆ 27-32 대 3,595㎡(이하 ‘제1 토지’라 한다)로 되었다.

6. 2007. 5. 9. ① ◆◆ 27-157 전 70㎡, ② ◆◆ 27-154 전 36㎡, ③ ◆◆ 27-155전 83㎡, ④ ◆◆ 27-156 전 142㎡, ⑤ ◆◆ 27-158 전 92㎡가 합병되어 ◆◆ 27-154 전 423㎡(이하 ‘제2 토지’라 하고, 제1 토지와 합쳐서 ‘이 사건 각 토지’라 한다)로 되었다.

7. 원고는 2008. 8. 5. 이 사건 각 토지를 사업장소재지로 하여 상호를 “cc임대”, 주업태를 부동산, 주종목을 부동산 개발 및 공급업으로 하는 사업자등록(이하 ‘이 사건 사업자등록’이라 한다)을 하였다.

8. 원고는 2012. 3. 22. 이 사건 건물을 철거하였다.

• 나. 원고의 이 사건 각 토지 매도 및 토지등 매매차익예정신고, 피고의 예정결의 및경정결정

1. 원고는 2015. 8. 12. dd공사에 이 사건 각 토지를 매매대금 126억 원에 매도하고, 2015. 8. 18. 소유권이전등기를 마쳐주었다.

2. 원고는 이 사건 각 토지의 매도에 관해 2015. 11. 2. ee세무서장에게 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조에 따른 토지 등 매매차익예정신고(이하 ‘이 사건 예정신고’라 한다)를 하였고, 산출세액2,754,600,000원(계산방식은 아래 표1과 같다) 중 2015. 11. 2. 280,882,590원, 2015.12. 31. 630,000,000원, 합계 910,882,590원(이하 ‘예정신고 기납부세액’이라 한다)을 납부하였다.

3. 피고는 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제129조 제3항에 따라 2016. 3. 30. 원고의 이 사건 각 토지 매도의 매매차익과 세액을 결정(이하 ‘이 사건 예정결의’라 한다)하고, 2016. 4. 1. 원고에게 이를 통지하였다.

4. 피고는 2016. 4. 28. 이 사건 예정결의에 관한 경정결정(이하 ‘이 사건 경정결정’ 이라 한다)을 하였다.

• 다. 원고의 2015년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고

1. 원고는 2016. 6. 30. 피고에게 2015년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고(이하 ‘이 사건 확정신고’라 한다)를 하였는데, 구 소득세법 시행령 제128조 제1항 제4호 에 의하면 구 소득세법 제69조 제3항 에 따른 토지등의 매매차익은 그 매매가액에서 구 소득세법 제95조 제2항 의 규정에 의한 장기보유특별공제액 등을 공제한 것으로 한다. 구 소득세법 제95조 에 의하면 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 ‘양도가액’이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ‘양도차익’이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 하고(제1항), ② 제1항에서 ‘장기보유 특별공제액’이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 등에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율(보유기간이 10년 이상인 경우 30%)을 곱하여 계산한 금액을 말한다(제2항 본문). 따라서 비사업용 토지는 장기보유특별공제액 계산에서 제외되는바, 피고는 이 사건 각 토지 면적 합계 4,018㎡(= 제1 토지 3,595㎡ + 제2 토지 423㎡) 중 이 사건 건물의 면적 합계 466.5㎡(= 70㎡ + 375.5㎡ + 15㎡ + 6㎡)의 3배인 1,399.5㎡는 사업용 토지로, 나머지 2,618.5㎡(= 4,018㎡ - 1,399.5㎡)는 비사업용 토지로 보고, 이 사건 각 토지의 양도차익 7,402,696,360원(= 매매가액 12,600,000,000원 - 필요경비 5,197,303,640원)에 이 사건 각 토지 중 사업용 토지 부분의 면적비율(= 1,399.5/4,018)과 보유기간별 공제율(30%)을 곱한 금액인773,524,655원(= 7,402,696,360원 × 1,399.5/4,018 × 0.3)을 장기보유특별공제액으로 계산하였다. 구 소득세법 제69조 제3항 본문에 의하면 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 구 소득세법 제104조 제1항 에 의하면 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(토지 또는 건물)의 경우 제55조 제1항에 따른 세율을(제1호), 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 10%를 더한 세율을(제8호) 각 적용한다. 구 소득세법 제55조 제1항 에 의하면 종합소득과세표준이 1억 5,000만 원을 초과하는 경우 세율은 [3,760만 원 + 1억 5,000만 원을 초과하는 금액의 38%]이다. 원고는 이 사건 예정신고를 하면서 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 기본세율을 적용하였고, 피고도 이 사건예정결의, 이 사건 경정결정을 하면서 위 기본세율을 적용하였다.

2. 원고는 2016. 7. 1. 이 사건 사업자등록에 의한 사업을 폐업하였다.

• 라. 원고의 수정신고 및 경정청구와 이 사건 처분

11. 구 소득세법 제64조 제1항 에 의하면 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 ‘부동산매매업’이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 ‘부동산매매업자’라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제8호 및 제10호의 어느 하나에 해당하는 주택 또는 토지의 매매차익(이하 이 조에서 ‘주택등매매차익’이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 ① 종합소득 산출세액(제1호), ② 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액(가목)과 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액(나목)의 합계액(제2호) 중 많은 것으로 한다. 원고는 위 규정에 따라 위 제1호의 세액을 390,737,565원으로, 위 제2호의 세액을 565,315,192원으로 각 산출한 후 그 중 다액인 565,315,192원을 종합소득 산출세액으로 한 것이다.

1. 원고는 2016. 11. 21. 피고에게 이 사건 확정신고에 관한 수정신고(이하 ‘이 사건수정신고’라 한다)를 하였다.

2. 원고는 2017. 4. 18. 피고에게 “원고는 2003년에 이 사건 각 토지를 취득하여 아파트나 오피스텔을 신축하려고 하였으나, ○○시의 경우 건축면적 800㎡ 이상 건축물을 신축하려면 ○○시의 조례에 따라 ○○시장으로부터 오염물질 배출허가권을 취득한자에 한하여 건축허가를 신청할 수 있었기 때문에 원고가 수차례 배출허가권을 신청하였으나 허가권을 취득하지 못해 2012년까지 사업을 할 수가 없었다. 이와 같은 사유로원고가 사업을 하지 못한 정당한 사유가 있는데도 원고가 양도한 토지 중 일부를 비사업용 토지로 신고하여 소득세를 과다납부하였으므로 과다납부한 세액 1,317,142,316원을 환급하여 달라. 그렇지 않을 경우 원고가 비사업용 토지로 신고한 제2 토지는 사용이 제한된 토지에 해당하므로 비사업용 토지에서 제외하여야 하고, 나머지 토지에 대하여 장기보유특별공제를 배제하여 신고하였으나, 구 소득세법 시행령 제122조 제2항 제3호 에 의거 장기보유특별공제를 인정하여 세액을 환급하여 달라.”는 내용의 과세표준 및 세액의 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.

3. 그러나 피고는 2017. 6. 9. 원고에게 “원고는 부동산 매매업자에 해당하여 부득이한 경우의 비사업용 토지로 보지 아니하는 기준(소득세법 시행규칙 제83조의5)을 적용받을 수 없음. 관련 법규정에 의거 쟁점토지는 비사업용 토지로 판단되는바 본건 처리불가함”이라는 이유로 이 사건 경정청구에 대한 거부통지(이하 ‘이 사건 처분이라 한다)를 하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 13호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 아래와 같은 이유로 이 사건 각 토지는 비사업용 토지에 해당하지 않으므로, 이 사건 각 토지가 비사업용 토지임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

1. 제1 토지에 관하여 가) 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제1호 에 의하면 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가․허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)․면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지는 건축허가가 제한된 기간 동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하나(제1항 본문), 다만 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물 건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호를 적용하지 아니한다(제1항 단서).

• 나) 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에 의하면 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지는 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항 에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 그럼에도 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 단서에서 부동산매매업을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여 제1호를 적용하지 아니한다고 규정한 것은 위 시행령 규정과 모순되고, 위임의 범위를 위배한 것이며, 투기목적이 아닌 사업목적으로 부동산매매업을 영위하는 자가부동산을 취득하여 관청에서 건축허가를 제한하여 사업을 못 한 경우 다른 업종의 사업자보다 차별하여 불리하게 법을 적용하는 것은 구 소득세법이나 구 소득세법 시행령의 취지에 맞지 않으므로, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 단서는 무효이다. 한편원고는 이 사건 각 토지에 공동주택을 건축하려고 하였으나 ○○시의 2단계 오염총량관리계획이 끝나는 2012. 12. 31.까지는 공동주택 건축허가를 받을 수 없었으므로, 위시점까지는 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제1호 에 따라 제1 토지를 사업용 토지로 보아야 한다. 다) 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 단서가 무효가 아니라고 하더라도, 원고는 ① 2013. 1. 18. 주업종을 부동산임대에서 부동산매매업으로 변경하였고, 2013. 4. 11.이 사건 각 토지에 오피스텔 건축허가를 받았으므로, 2013. 4. 11.부터 ‘부동산매매업을 영위하는 자’에 해당하고, 위 시점 전까지는 건설업을 영위하는 자이므로 ‘부동산매매업을 영위하는 자’에 해당하지 않으며, ② 제1 토지를 공동주택이나 오피스텔을 신축하여 분양하거나 임대할 목적으로 취득한 것이지 나대지를 매매할 목적으로 취득한 것은 아니므로, 제1 토지는 ‘매매용부동산’에 해당하지 않는다. 따라서 제1 토지에 대하여는 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 단서가 적용되지 않는다.

2. 제2 토지에 관하여 가) 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호 에 의하면 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지는 당해 사유가 발생한 기간 동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

• 나) ○○시장은 1988. 12. 13. 제2 토지를 도로 예정부지로 지정했다가 2012. 2. 23.지정을 해제했는데, 이는 도로 예정부지로 지정할 필요가 없는 토지를 잘못 지정한 것이다. 원고는 ○○시장의 도로 예정부지 지정으로 인해 제2 토지의 지목이 ‘전’으로 유지되어 2003. 9. 4.부터 2012. 2. 23.까지는 제2 토지를 당초 목적대로 사용할 수 없었다. 따라서 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호 에 따라 2003. 9. 4.부터 2012. 2. 23.까지는 제2 토지를 사업용 토지로 보아야 한다.
• 다) 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 가목에 의하면 지방세법 또는 관계 법률에따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지는 비사업용 토지에서 제외되는바, 제2 토지는 조례에 의해 재산세의 50%가 면제되었으므로, 위 규정에 따라 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 보아야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고 주장의 정리와 판단순서 이 사건 경정청구의 내용은 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않음에도 원고가 이 사건 수정신고 시에 이 사건 각 토지 중 일부를 비사업용 토지로 잘못 판단하여 종합소득 총결정세액을 2,581,371,395원으로 과다 산출하였으므로, 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않음을 전제로 다시 산출한 종합소득 총결정세액1,264,229,079원과의 차액 1,317,142,316원(= 2,581,371,395원 - 1,264,229,079원)을 환급해달라는 주장(이하 ‘제1 주장’이라 한다)과 예비적으로 이 사건 각 토지 매도에 관해 장기보유특별공제가 적용되어야 하므로 원고의 2015년 귀속 종합소득 총결정세액이 이 사건 수정신고의 종합소득 총결정세액보다 줄어들어야 한다는 주장(이하 ‘제2 주장’이라 한다)이다. 그런데 원고가 이 사건 경정청구에서 종합소득 총결정세액을 1,264,229,079원으로 산출한 계산방식을 보면 사업소득 필요경비가 실제로는 6,368,065,035원임에도 이 사건 수정신고에서는 5,164,656,887원으로, 이월결손금이 실제로는 2,936,756,408원임에도 이 사건 수정신고에서는 795,183,251원으로 각 과소 신고함으로 인해 사업소득금액(= 사업소득 총수입금액 - 사업소득 필요경비 - 이월결손금)이 과다 산출되었고, 그로인해 ① 종합소득금액(= 사업소득금액 + 이자소득금액 + 배당소득금액), ② 종합소득과세표준(= 종합소득금액 - 소득공제), ③ 종합소득 산출세액, ④ 종합소득 결정세액(=종합소득 산출세액 - 세액공제), ⑤ 종합소득 총결정세액(= 종합소득 결정세액 + 가산세)이 순차로 과다 산출되었다는 주장(이하 ‘제3 주장’이라 한다)이다. 앞서 본 것과 같이 원고는 이 사건 소송에서는 제1 주장만을 하고 있다. 따라서 이 법원은 제1 주장만을 판단하면 될 것이나, 원고의 주장을 최대한 선해하여 이 사건 경정청구에서 한 제1 내지 제3 주장을 모두 판단하기로 한다. 그 판단의 순서는 아래 2)항에서 제1, 2 주장에 관해 먼저 살펴보고, 아래 3)항에서 제3 주장에 관해 살펴보면서이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않으면 원고의 2015년 귀속 사업소득 필요경비와 이월결손금이 이 사건 수정신고에서 계산한 것보다 늘어나야 하는지(다시말해 제1 주장과 제3 주장이 연관된 것인지)를 함께 살펴보기로 한다.

2. 제1, 2 주장에 관한 판단

• 가) 이 사건 각 토지의 양도로 인한 소득의 종류 부동산의 양도로 인한 소득이 소득세법상 사업소득인지 혹은 양도소득인지는 양도인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하고, 그 판단을 함에 있어서는 단지 당해 양도 부동산에 대한 것뿐만 아니라, 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 한다(대법원 2010. 7. 22. 선고 2008두21768 판결). 원고는 2008. 8. 5. 주종목을 부동산 개발 및 공급업으로 하는 이 사건 사업자등록을 하였고, 원고가 한 이 사건 확정신고, 이 사건 수정신고, 이 사건 경정청구는 모두 원 고의 이 사건 각 토지 양도로 인한 소득(이하 ‘이 사건 소득’이라 한다)이 소득세법상사업소득임을 전제로 하고 있으므로, 이 사건 소득은 사업소득이라고 봄이 타당하다.
• 나) 종합소득과세표준 및 세액의 계산 구 소득세법 제14조 제1항, 제92조 제1항에 의하면 거주자의 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준은 각각 구분하여 계산하고, 거주자의 양도소득에 대한 과세표준은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다. 구 소득세법 제4조 제1항 제1호 에 의하면 거주자의 종합소득은 이 법에 따라 과세되는 모든 소득에서 퇴직소득 및 양도소득을 제외한 소득으로서 이자소득, 배당소득, 사업소득, 근로소득, 연금소득, 기타소득을 합산한 것이므로, 사업소득에 해당하는 이 사건 소득에 관하여는 종합소득세의 계산방식에 의해 종합소득세액을 산출하여야 한다.다만 구 소득세법 제69조 제1항 전문에 의하면 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 ‘토지 등’이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야하고, 원고가 2015. 11. 2. 위 규정에 따른 이 사건 예정신고를 한 사실은 앞서 본 것과 같으며, 토지등 매매차익 예정신고와 납부는 양도소득세 예정신고와 납부의 규정을 대부분 준용하고 그 내용이 거의 유사하나, 구 소득세법 제76조 제1항, 제3항 제2호에 의하면 부동산매매업자는 해당 과세기간의 종합소득세액을 납부할 때 구 소득세법 제69조 에 따른 토지등 매매차익예정신고 산출세액 또는 그 결정·경정한 세액을 공제하여납부하게 될 뿐, 부동산매매업자라고 해서 종합소득세액 산출에 있어서 양도소득세의계산방식을 적용받는 것은 아니다.
• 다) 구 소득세법의 비사업용 토지에 관한 규정 구 소득세법 제104조의3 에 의하면 ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 ‘비사업용 토지’란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말하고(제1항), ② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다(제2항). 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호 에 의하면 구 소득세법 제104조의3 제2항 에 따라 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지는 기획재정부령으로 정하는 기간 동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사 업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 본문에 의하면 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호 에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.
• 라) 이 사건 각 토지의 비사업용 토지 해당 여부가 이 사건 수정신고의 종합소득 총 결정세액 산출에 영향을 미치는지 여부

(1) 부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례 적용 여부 구 소득세법 제64조 제1항 에 의하면 부동산매매업자로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제8호(제104조의3에 따른 비사업용 토지) 및 제10호(미등기양도자산)의 어느 하나에 해당하는 주택 또는 토지의 매매차익이 있는 자의 종합소득 산출세액은 제1호의 종합소득 산출세액과 제2호의 비교산출세액 중 많은 것으로 한다. 그러나 원고는 이 사건 수정신고를 하면서 위 제2호의 비교산출세액을 계산하지 않고 위 제1호의 종합소득 산출세액만을 계산하여 그에 따라 종합소득과세표준 및 세액을 산출하였으므로, 이미 원고 스스로 자신이 부동산매매업자에 해당하지 않거나 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 판단하여 구 소득세법 제64조 제1항 을 적용하지 않은 것으로 보이고, 따라서 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 해서 이 사건 수정신고의 종합소득 산출세액이 달라지는 것은 아니다 (부연하면 원고가 이 사건 수정신고를 하면서 위 제1호의 종합소득 산출세액과 제2호의 비교산출세액을 모두 계산하고 그 중 제2호의 비교산출세액이 다액으로 산출되어 제2호의 비교산출세액을 종합소득 산출세액으로 하였는데, 사실은 원고가 부동산매매업자에 해당하지 않거나 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않아 원고에게 구 소득세법 제64조 제1항 이 적용되지 않아야 한다면 이 사건 수정신고의 종합소득 산출세액이 줄어들어야 할 것이다. 그러나 원고는 자신에게 구 소득세법 제64조 제1항 이 적용되지 않음을 전제로 이 사건 수정신고를 하였으므로, 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않아 원고에게 구 소득세법 제64조 제1항 이 적용되지 않는다고 하더라도 이 사건 수정신고의 종합소득 산출세액이 줄어드는 것은 아니다).

(2) 양도소득세의 세율 적용 여부 구 소득세법 제104조 제1항 제8호 에 의하면 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 양도에 관하여는 양도소득세율로 제55조 제1항에 규정된 기본세율에 10%를 더한 세율을 적용받게 된다. 그러나 위 규정은 양도소득세의 세율에 관한 규정일 뿐 종합소득세의 세율과는 무관하다. 갑 제1호증, 을 제7호증의 각 기재에 의하면 원고도 이 사건 수정신고를 하면서 종합소득 산출세액을 2,517,160,768원[= J37,600,000원 + (6,687,791,497원 - 2,000만 원 - 1억 5,000만 원) × 0.38 + (2,000만 원 × 0.14)]으로 계산한 사실이 인정되는바, 종합소득과세표준이 1억 5,000만 원을 초과할 경우의 기본세율 38%를 적용한 것이지 48%를 적용한 것이 아니다. 따라서 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 해서 이 사건 수정신고의 적용세율이 달라지는 것은 아니다.

(3) 가산세가 달라지는지 여부 이 사건 수정신고의 가산세는 납부불성실가산세 61,001,545원(= 미납부세액1,329,009,695원 × 0.0003 × 153일)과 보고불성실가산세 6,166,000원으로 구성되어 있다. 위 보고불성실가산세는 이 사건 경정청구에서 계산한 금액도 동일하다. 위 미납부세액 1,329,009,695원의 계산근거는 알 수 없으나, 이 사건 경정청구의 계 산방식과 같이 [종합소득 결정세액 - 예정신고 기납부세액 - 이자소득 원천징수세액 - 배당소득 원천징수세액]을 미납부세액으로 계산하면 1,596,847,260원(= 2,514,203,850원 - 910,882,590원 - 81,480원 - 6,392,520원)이 되어 위 미납부세액보다 늘어나므로, 이 사건 각 토지의 비사업용 토지 해당 여부가 위 납부불성실가산세에 영향을 미치지 않는다. 따라서 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 해서 이 사건 수정신고의 가산세가 달라지는 것은 아니다.

(4) 장기보유특별공제에 관하여 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 의하면 비사업용 토지의 양도로 인한 양도소득세 계산에 있어서는 장기보유특별공제를 적용받지 못한다. 그러나 장기보유특별공제는 양도소득세 계산에 있어서 문제되는 것이지 종합소득세 계산에는 아예 적용되지 않는다.한편 피고가 이 사건 경정결정을 하면서 이 사건 각 토지 면적 합계 4,018㎡ 중1,399.5㎡는 사업용 토지로, 나머지 2,618.5㎡는 비사업용 토지로 보고, 이 사건 각 토지의 양도차익 7,402,696,360원에 이 사건 각 토지 중 사업용 토지 부분의 면적비율과 보유기간별 공제율을 곱한 금액인 773,524,655원을 장기보유특별공제액으로 계산한 사실은 앞서 본 것과 같으므로, 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다면, 위 장기보유특별공제액이 늘어나게 되어 이 사건 경정결정의 납부할 세액이1,660,775,297원보다 줄어들어야 하나, 이 사건 경정청구는 이 사건 경정결정과 무관하다[다시 말해 이 사건 경정청구는 이 사건 각 토지 매도의 매매차익과 세액 관련 결정인 이 사건 경정결정의 ‘납부할 세액’(표1 참조)을 경정해달라는 것이 아니다. 원고는 이 사건 경정청구에서도 이 사건 수정신고와 마찬가지로 이 사건 경정결정의 납부할 세액을 1,660,775,300원으로 기재하고 이를 기납부세액에 포함시켜 종합소득 총결정세액에서 공제하여 환급할 총세액을 산출하였다]. 결국 기납부세액은 이 사건 수정신고와 이 사건 경정청구에서 2,578,131,890원으로 동일하므로 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 해서 이 사건 수정신고의 기납부세액이 달라지는 것은 아니고, 장기보유특별공제는 이 사건 수정신고의종합소득과세표준 및 세액 계산과 무관하다.

• 마) 소결론 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부는 이 사건 수정신고의 종합소득 총결정세액 산출에 영향을 미치지 못하므로, 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분의 위법 여부와도 관련이 없다. 따라서 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않으므로 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 제1 주장(원고가 이 사건 소송에서 한 주장)은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다. 양도소득세가 아닌 종합소득세 계산에는 장기보유특별공제가 적용되지 않으므로, 원고의 제2 주장도 이유 없다.

3. 제3 주장 등에 관한 판단

• 가) 제3 주장에 관하여

(1) 필요경비와 이월결손금의 관계 및 제3 주장의 취지 구 소득세법 제19조 제2항 에 의하면 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 ‘결손금’이라 한다. 구 소득세법 제45조 에 의하면 사업자가 비치·기록한 장부에 의하여 해당 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 발생한 결손금은 그 과세기간의 종합소득과세표준을 계산할 때 근로소득금액·연금소득금액·기타소득 금액·이자소득금액·배당소득금액에서 순서대로 공제하고(제1항), 제1항에 따라 공제하고 남은 결손금(이하 ‘이월결손금’이라 한다)은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서대로 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액 및 배당소득금액에서 순서대로 공제한다(제3항 제1호). 따라서 사업소득의 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액인 결손금을 그 과세기간의 종합소득과세표준을 계산할 때 근로소득금액 등에서 공제하고 남은 결손금이 이월결손금이므로, 결국 제3 주장의 취지는 원고의 2015년 귀속 사업소득의 필요경비 및 그 전 과세기간의 사업소득의 필요경비가 이 사건 수정신고 당시 신 고한 것보다 많다는 것이다. 이 사건 수정신고 이 사건 경정청구 발생 과세기간 발생금액 당기공제액 발생금액 및 당기공제액 2009년 526,047,766

(2) 필요경비와 이월결손금의 증명책임 종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결). 따라서 원고의 2015년 귀속 사업소득의 필요경비가 6,368,065,035원이고, 이월결손금이 2,936,756,408원인 사실을 원고가 입증하여야 한다고 봄이 타당하다.

(3) 필요경비에 관한 판단 원고는 이 사건 경정청구를 하면서 사업소득 필요경비가 6,368,065,035원이라고 기재하였을 뿐 위 필요경비가 어떤 비용의 합계액인지 기재하지 않았고, 이 사건 소송에 서도 그에 관한 아무런 주장․입증이 없다.

(4) 이월결손금에 관한 판단 갑 제1호증, 을 제7호증의 각 기재에 의하면 원고는 이 사건 수정신고와 이 사건 경 정청구 시 각 이월결손금을 아래 표(단위: 원)와 같이 계산한 사실이 인정된다. 그런데 ① 이 사건 수정신고 시 이월결손금의 발생금액 합계가 1,908,786,213원이라 고 보면서도 왜 이월결손금 공제액을 합계 795,183,251원으로 계산하였는지, ② 이 사건 경정청구 시 이월결손금 발생금액 합계가 왜 2,936,756,408원으로 이 사건 수정신고 시의 이월결손금 발생금액 합계보다 훨씬 늘어나게 되었는지, ③ 위 2,936,756,408원이 어떤 근거로 계산된 것인지에 관해 원고의 아무런 주장․입증이 없으므로, 결국 원고의 2015년 귀속 사업소득의 이월결손금이 2,936,756,408원인 사실에 관한 아무런 입증이 없다고 볼 수밖에 없다.

(5) 소결론 원고의 2015년 귀속 사업소득의 필요경비가 6,368,065,035원이고, 이월결손금이2,936,756,408원인 사실에 관한 아무런 입증이 없으므로, 제3 주장을 받아들일 수 없

• 다. 나) 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않으면 원고의 2015년 귀속 사업소득 필요경비와 이월결손금이 이 사건 수정신고에서 계산한 것보다 늘어나야 하는지에 관하여(제1 주장과 제3 주장의 관련성) 구 소득세법 시행령 제55조 제1항 제7호 에 의하면 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비에는 사업용 자산에 대한 비용으로서 ① 사업용 자산(그 사업에 속하는 일부 유휴시설을 포함한다)의 현상유지를 위한 수선비, ② 관리비와 유지비, ③ 사업용 자산에 대한 임차료, ④ 사업용 자산의 손해보험료가 포함된다. 따라서 원고가 이 사건 각 토지에 현상유지를 위한 수선비, 관리비와 유지비, 손해보험료를 지출한 것이 있다면 이 사건 각 토지가 원고의 사업용 자산인지 아닌지에 따라서 위 비용의 필요경비 해당 여부가 달라질 수 있다. 그러나 ‘사업용 자산’은 ‘구 소득세법 제104조의3 에서 규정하는 비사업용 토지가 아닌 토지’와 개념을 달리할 뿐만 아니라(비사업용 토지의 해당 여부는 구 소득세법 제104조의3 에 따라 판단하여야 하나, 사업용 자산의 해당 여부는 위 규정과 관계가 없다), 원고가 이 사건 각 토지 중 일부가 사업용 자산이 아니라고 생각하여 이 사건 수정신고 시에 사업소득 필요경비와 이월결손금을 이 사건 각 토지 전체가 사업용 자산일 경우보다 적게 산정하였다고 볼 근거도 없다. 따라서 원고의 주장처럼 이 사건 각 토지에 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 해서 당연히 원고의 2015년 귀속 사업소득 필요경비와 이월결손금이 이 사건 수정신고에서 계산한 것보다 늘어나야 한다고 볼 수도 없다(다시 말해 이 사건 각 토지의 비사업용 토지 해당 여부와 이 사건 수정신고의 사업소득 필요경비, 이월결손금 산출이 관련되어 있다고 볼 근거가 없다).

그렇다면 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.