연구개발비 세액공제 제도는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 함

사 건 2019구합64687 경정청구거부처분취소 원 고 주식회사 ○○○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2020.04.09. 판 결 선 고 2020.05.21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 8. 3. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인세 6,168,981,729원, 2015 사업연도 법인세 1,827,488,408원, 2016 사업연도 법인세 1,911,692,574원, 2017 사업연도 법인세 9,013,686,108원의 각 경정청구에 대한 거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2014. 9. 1. 인적분할을 통해 자동차 부품 제조 및 판매업 등을 영위하는 주식회사 AA(이하 ‘이 사건 분할신설법인’이라 한다)를 설립하고, 분할 후 남은 투자사업만을 영위하기로 하여 회사명을 주식회사 BBB로 변경하였다(이하 원고를 분할 전후로 구분할 때에는 ‘분할 전 원고’ 및 ‘분할 후 원고’라 한다).
• 나. 구 조세제한특례법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하‘조세제한특례법’이라 한다) 제10조 제1항 제3호는 일반연구․인력개발비(이하 ‘연구개발비’라 한다)에 대한 세액공제를 규정하고 있는데, 해당 과세연도에 발생한 연구개발비가 직전 과세연도보다 증가하였을 경우 그 증가분에 대하여 세액공제를 해주는 방식(제10조 제1항 제3호 가목, 이하 '증가 발생액 방식'이라 한다)과, 해당 과세연도에 발생한 연구개발비에 대하여 세액공제를 해주는 방식(제10조 제1항 제3호 나목, 이하 ‘당기 발생액 방식’이라 한다) 중 유리한 방식을 선택하여 해당 과세연도의 법인세에서 공제할 수 있도록 규정하고 있다.
• 다. 원고는 2015. 3.경 2014 사업연도 법인세 신고를 하면서 2014. 1. 1.부터 2014. 12. 31.까지 발생한 연구개발비 83,480,499,058원(이하 ‘이 사건 연구개발비’라 한다)에 대하여 ‘당기 발생액 방식’을 적용하여 3,339,219,962원을 공제세액으로 신고하였다.
• 라. 원고는 2018. 5. 16. 피고에 대해 이 사건 연구개발비에 대한 세액공제 적용방식을 ‘당기 발생액 방식’에서 ‘증가 발생액 방식’으로 변경하여 산출한 공제세액이30,052,939,518원이라고 주장하면서, 당초 신고납부한 법인세와의 차액인18,921,848,919원을 환급해 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는 2018. 8. 3. "분할존속법인(원고)의 해당 과세연도 개시일부터 소급하여2년간 발생한 연구개발비는 우선 분할신설법인에게 귀속된 금액을 계산(분할이후 사업연도 개월 수로 환산)한 후 총 발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하여 계산하는 것으로, 이와 같은 방식으로 재계산할 경우 당초 신고한 연구개발비 세액공제보다 작아지므로 경정청구 실익이 없음"을 근거로 위 경정청구를 거부하였다(이하 위 거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 10. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 1. 15. 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

조세제한특례법 제10조 제1항은 내국법인이 과세연도에 연구개발비가 있는 경우 이를 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 하고 있는데, 제3호 가목은 그 계산 방법으로 해당 과세연도에 발생한 연구개발비가 직전 과세연도에 발생한 연구개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액을 공제하도록 규정하고 있다. 한편 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 조세제한특례법 부칙 제36조는 조세제한특례법 제10조 제1항 제3호 가목의 "직전 과세연도에 발생한 연구개발비에 대해 2014. 1. 1.부터 2014. 12. 31.까지 개시하는 과세연도까지는 "해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액"으로 보도록 규정하였다. 결국 조세제한특례법 제10조 제1항 제3호 가목은 분할연도인 2014년에 관하여 아래와 같이 증가 발생액 방식에 따라 공제되는 세액을 계산할 것을 규정하고 있다. 또한 조세제한특례법 제10조 제2항의 위임을 받은 조세제한특례법 시행령 제9조 제5항의 취지에 따르면, 위 '직전 2년간 연구개발비 연평균 발생액'을 다음과 같이 계산하여야 한다. 원고의 해당 과세연도인 2014년에 발생한 연구개발비가 83,480,499,058원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 다만 원고와 피고는 2014 사업연도 중 ‘주식회사 AA’가 원고와 이 사건 분할신설법인으로 분할됨에 따라 위 연구개발비에서 공제하여야 하는 ‘해당 과세연도 직전 2년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액’의 계산방식을 다음과 같이 달리하고 있다.

• 가. 원고의 주장

○ 원고의 직전 2년간 연구개발비 합계액: 분할 전 원고의 직전 2년간 연구개발비합계액(A) - 이 사건 분할신설법인(주식회사 AA)의 직전 2년간 연구개발비 합계액(B) = C

○ 원고의 직전 2년간 연평균 연구개발비: C/2 􌝦 12/12 = D

○ 공제세액: (당기 발생액 83,480,499,058원 - 직전 2년간 연평균 발생액 D) ×40%

• 나. 피고의 주장

○ 원고의 직전 2년간 연평균 연구개발비: 분할 전 원고의 직전 2년간 연구개발비 연평균 발생액 중 8개월분을 월할계산한 금액(분할 전 원고의 직전 2년간 연구개발비 합계액 A/2 × 8/12) + 이 사건 분할신설법인의 직전 2년간 연구개발비 연평균 발생액 중 4개월분을 월할 계산한 금액 (이 사건 분할신설법인인 주식회사 AA의 직전 2년간 연구개발비 합계액)/2 × 4/12)

• 다. 결국 이 사건의 쟁점은 원고의 2014년 과세연도 직전 2년간 연구개발비 연평균 발생액을 산정함에 있어 위와 같은 원고와 피고의 계산방식 중 어떠한 방식을 취하는 것이 합당한지 여부이다.

별지 기재와 같다.

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 그렇지만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2017. 10. 12. 선고 2016다212722 판결 참조). 조세특례제한법에서 마련하고 있는 연구개발비 세액공제 제도의 취지, 법령의 문언, 체계 등에 비추어 인정할 수 있는 다음과 같은 이유를 종합하여 보면, 원고의 2014년 과세연도 직전 2년간 연구개발비의 연평균을 산정함에 있어 피고가 주장하는 계산방식에 의하는 것이 타당하므로, 이 사건 처분은 적법하다.

• 가. 조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 한다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147 판결 참조).
• 나. 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항 은 증가분을 산정하기 위한 기준인 연평균발생액의 원칙적인 계산방식을 규정하면서 과세연도가 12개월에 미달하는 경우 연평균 발생액을 다시 월할 산정하도록 하고 있는데, 이와 같은 규정의 취지는 연평균 발생액을 당기 발생액의 개월 수로 환산하여 개월 수 차이에서 오는 왜곡을 없애고 당해연도 발생 연구개발비 발생액과 직전 2년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액을 동일한 선상에서 비교하기 위한 것으로 보인다.
• 다. 조세제한특례법 제9조 제6항은 제5항의 계산식 중 "해당 과세연도 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 연구개발비의 합계액을 계산할 때 분할신설법인의 경우 분할을 하기 전 분할법인으로부터 발생한 연구개발비는 분할신설법인에서 발생한 것으로 본다. 다만 분할신설법인이 분할법인이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 분할법인에서 분할을 하기 전에 발생한 연구개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율(이하 '매출액 비율'이라 한다)과 각 사업연도 말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율(이하 '자산가액 비율'이라 한다) 중 큰것을 곱한 금액을 분할신설법인에서 발생한 연구개발비로 본다"고 규정하고 있다. 이는 분할신설법인의 경우 분할 전까지 실체가 존재하지 않기 때문에 소급하여 4년간 발생한 연구개발비가 존재할 수 없으므로 분할 전 분할법인으로부터 발생한 연구개발비를 분할신설법인으로부터 발생한 것으로 의제하되, 분할신설법인이 분할 전 법인의 사업부문 중 일부를 승계한 경우에는 그 사업부문 매출액 비율이나 자산가액 비율로 분할 전 법인의 이전 과세연도 지출 연구인력개발비를 안분하도록 한 것이다. 즉, 위 조항은 분할신설법인의 직전 4년간 연구개발비의 계산 방법만을 정하고 있고 분할법인의 직전 4년간 연구개발비 계산방식을 명시적으로 규정하고 있지는 않다. 따라서 분할법인인 원고의 직전 4년간 연구개발비 산정은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제의 대상으로 삼고자 하는 조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제도의 취지에 부합하는 방식으로 이루어져야 한다.
• 라. 이에 대하여 원고는, 조세특례제한법 제9조 제6항 의 해석상 분할 전 법인이 지출한 과거 연구개발비 중 분할신설법인 몫이 안분된 나머지는 당연히 분할법인의 몫이라는 것을 전제로 주장하고 있다. 그러나 위 법 규정의 해석에 의하더라도, 원고의 주장과 같이 이전 과세연도에 분할 전 법인이 지출했던 연구개발비 중 분할신설법인이 승계하고 남은 사업부문에 해당하는 부분을, 분할법인이 이전 과세연도에 지출한 연구개발비와 동일하다고 의제하여 분할법인의 연구개발비 증가분을 산출하는 것으로 필연적으로 귀결되는 것은 아니다. 왜냐하면, 과세연도 중간에 분할이 일어나는 경우 해당 과세연도에 연구개발비를 지출한 분할법인 역시 분할이 일어난 시점을 기준으로 '분할전 법인'(이 사안에서는 '분할 전 원고')과 '분할존속법인'(이 사안에서는 '분할 후 원고')로 나뉘어지게 되고, 이처럼 '분할 전 법인'과 '분할존속법인'의 실체를 모두 가지는 분할법인을 분할신설법인이 승계하고 남은 사업부문과 동일하다고 할 수 없기 때문이다. 따라서 조세특례제한법 제9조 제6항 은 위 조항이 명시적으로 규정하고 있는 바와 같이, 분할이 일어난 해의 분할신설법인에 적용되는 규정이지, 분할존속법인인 원고에게 적용되는 규정이 아니므로 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.
• 마. 원고는 2014 사업연도 계속 중인 2014. 9. 1. 분할되었는데, 그에 따라 원고의2014 사업연도에 발생한 당해연도 연구개발비는 2014. 1. 1.부터 2014. 8. 31.까지의 분할 전 원고의 연구개발비와 2014. 9. 1.부터 2014. 12. 31.까지 분할 후 원고의 연구개발비의 합산액이 된다. 그런데 2014. 1. 1.부터 2014. 8. 31.까지의 분할 전 원고의 연구개발비에는 분할 이후로 이 사건 분할신설법인에게 승계되어 원고가 더 이상 영위하지 않게 된 사업 부문인 자동차 부품 제조 및 판매업에 대한 연구개발비가 포함되어 있다. 따라서 원고의 직전 2년간 연구개발비의 연평균 액수를 산정함에 있어서도 위 사업부문에 대응하는 연구개발비 부분이 포함될 수 있도록 하여야 한다. 그런데 원고의 주장과 같이 분할 전 원고의 직전 2년간 연구개발비 합계액에서 분할신설법인의 직전 2년간 연구개발비 합계액을 공제하는 방식으로 원고의 직전 2년간 연평균 연구개발비를 계산할 경우, 실제로는 분할 후 원고의 직전 2년간 연구개발비만이 산정되는 결과가 되어 타당하지 않다. 즉, 원고의 주장과 같이 계산하게 되면, 당해연도 연구개발비 산정에는 2014. 1. 1.부터 2014. 8. 31.까지 분할 전 원고와 분할신설법인에서 발생한 연구개발비가 포함됨에도 원고의 직전 2년간 연구개발비 산정에서는 분할신설법인에서 발생한 연구개발비가 포함되지 않아, 결과적으로 원고는 2014. 1. 1.부터 2014. 8. 31.까지 분할신설법인에서 발생한 연구개발비 전액을 세액공제받게 된다. 이와 같은 계산방식은 해당 과세연도의 연구개발비에 직접적으로 대응하는 비용을 산정하는 적절한 방식이라고 볼 수 없다.
• 바. 조세제한특례법 제9조 제5항은 직전 4년간의 연구개발비 산정에 있어 과세연도가 12개월에 미달하는 경우 연평균 발생액을 월할 산정하도록 하는 산식을 정하고 있다. 당해 연도 연구개발비 발생액과 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액을 동일한 선상에서 비교하고자 하는 위 규정의 취지에 비추어 보면, 원고의 직전 2년간 2014 사업연도 연구개발비는 당해연도 연구개발비와 대응되도록 분할일을 기준으로 월할 계산하여 산정하는 것이 타당하다.
• 사. 한편 원고는 법인 간의 합병이 있었던 사례에서는 법원과 과세관청이 연구비 증가분에 대한 공제세액을 월할계산하는 것이 부당하다고 하여 배척하였음에도, 본 사안에서는 그와 다른 계산방식을 취하는 것은 부당하다는 취지의 주장을 한다. 살피건대, 원고가 참고자료로 제시하고 있는 대전지방법원 2016. 4. 27. 선고 2015구합101718판결(항소심: 대전고등법원 2016. 9. 1. 선고 2016누11146 판결)은, 합병이 사업연도 중간에 이루어져 피합병법인으로부터 승계받은 연구소에서 발생한 연구비의 증가분을 계산할 때 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 의 ‘해당 과세연도 개월수’를 ‘합병 후 개월 수’로 보아야 한다는 원고의 주장에 대하여, 위 규정에서 말하는 ‘해당 과세연도 개월수’는 세액공제를 받으려는 자의 해당 과세연도를 의미함이 문언상 명백하다는 이유로, 원고가 주장하는 바와 같이 이를 ‘합병 후 개월 수’로 월할 계산할 수 없다고 배척한 사안이다. 또한 위 사안에서 원고는, 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액을 산정할 때 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항 단서를 적용하여 피합병법인의 사업연도에서 합병 후 연구비가 발생한 기간이 차지하는 비율인 6/12에 따라 그 금액을 환산하여야 한다고 주장하였는데, 위 주장은 " 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항 단서는 합병법인이 피합병법인의 사업 일부를 승계한 경우에 적용됨이 문언상 명백하고, 이 사건과 같이 원고가 피합병법인의 사업 전부를 승계한 경우에는 적용 또는 유추적용될 수 없다"고 하여 배척되었다. 그렇다면 위 사안은 이 사건 분할신설법인이 분할 전 원고로부터 일부 사업부문(자동차 부품 제조 및 판매)만을 승계한 본 사안과는 사실관계를 달리하므로(결국 원고가 주장하는 것과 같이 "분할존속법인의 과거 연구개발비는 분할 전 법인의 과거 연구개발비에서 분할신설법인 몫의 과거 연구개발비를 뺀 나머지 값으로 산정되어야 한다"는 명제가 이 사안에서 성립할 수 없는 본질적 이유는 위와 같이 법인이 분할되면서 분할 전 법인 사업의 일부만을 원고가 승계하게 되었기 때문이고, 그러한 점에서 본 사안과 위 판례 사안은 결정적인 차이가 있다), 이 사건에서 원고의 주장을 정당화하는 근거로 원용할 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한