법인세 신고서 기재 사실만으로 업무무관비용으로 볼 수 없음

사 건 2019구합61251 법인세부과처분취소 원 고 재단법인 SS 피 고 AA세무서장 변 론 종 결 2019.12.12. 판 결 선 고 2020.2.6.

1. 피고가 2017. 8. 10. 원고에 대하여 한 2015년도 귀속 법인세 449,594,121원, 가산세 110,779,991원 및 2016년도 귀속 법인세 446,866,981원, 가산세 61,176,089원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다 1)

원고(변경 전 상호: 재단법인 NNNN)는 1976. 7. 21. 공원묘지 조성 및 유지관 리사업 등을 목적으로 하여 설립된 법인이다.

• 나. ‘NNNN 장묘사업’의 시행 경과

1. 원고는 ○○시 ○○읍 ○○리 ○1-3 내지 1-6 등의 임야 일원에 공원묘지(납골 묘)를 조성하여 분양하는 ‘NNNN 장묘사업’(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행하고자 2000. 5. 3. 주식회사 KKK직스(이하 ‘KKK직스’라 한다)와 사이에 아래와 같은 내용의 위임계약(이하 ‘2000. 5. 3.자 위임계약’이라 한다)을 체결하였다. 위임계약서 (내용생략)

2. KKK직스는 2000. 5. 3.자 위임계약 체결 전부터 용역업체와의 계약을 체결하는 방법 등으로 이 사건 사업에 따른 사설납골당 설치허가신청을 위한 개발계획 및 설계용역, 교통영향평가용역 등을 추진하였고, 이에 따라 원고는 2000. 12. 20. 경기도지사로부터 이 사건 사업에 따른 사설납골당 설치허가를 받았다.

3. 한편 원고는 2000. 5. 24. 그의 대리인 지위에 있는 KKK직스, 원고와 KKK직스의 연대보증인인 이LL(KKK직스의 당시 대표이사), 주식회사 DD(이후 2000.12. 27. 분할되어 주식회사 DD건설을 설립하였고, 위 분할된 회사가 아래 도급계약에 따른 권리와 의무를 승계하기로 하였다. 이하에서는 분할 전후를 불문하고 위 회사를‘DD건설’이라 하고, 원고, KKK직스, 이LL과 DD건설을 통틀어 ‘원고 등 4인’이라 한다)와, 원고가 DD건설에게 이 사건 사업에 따른 납골묘의 조성공사를 28,391,000,000원(부가가치세 포함, 이하 같다)에 도급주기로 하는 계약(이하 ‘2000. 5. 24.자 공사도급계약’이라 한다)을 체결하면서 위 계약의 내용으로 원고가 DD건설로부터 50억 원을 차용하고, 향후 분양수입금에서 그 대여원리금을 충당하기로 약정하였다.

4. 원고 등 4인은 2000. 5. 24.자 공사도급계약에 관하여 2000. 6. 12.부터 2003.10. 6.까지 6차례에 걸쳐 계약금액 등의 내용을 변경하는 계약을 체결하였고, 이 사건 사업 및 DD건설의 대여금 등과 관련하여 2001. 2. 14.자 업무대행계약 및 이에 대한 특별약정에 해당하는 합의서, 2004. 1. 31.자 합의서, 2005. 1. 3.자 합의서 등을 각 체결하기도 하였다.

5. 이에 원고 등 4인은 이 사건 사업과 관련되어 체결된 각 계약서 등에서 정하고있는 제반 사항을 정리하고 본 사업과 관련된 각 당사자들의 권리, 의무에 관한 사항을 명백히 하기 위하여 2005. 11. 17. 기본합의(이하 ‘2005. 11. 17.자 기본합의’라 한다)를 체결하였는데, 여기에는 아래와 같은 내용이 포함되어 있다. 기본합의서 (내용생략)

6. 원고 등 4인은 위와 같이 2005. 11. 17.자 기본합의에서 정한 바에 따라 2005.11. 17. 아래와 같은 내용의 “KKK직스와의 금전소비대차계약”과 “업무대행계약”(이하 각 ‘2005. 11. 17.자 금전소비대차계약’, ‘2005. 11. 17.자 업무대행계약’이라 한다)을 각 체결하였다.

• 가) KKK직스와의 금전소비대차계약의 내용 KKK직스와의 금전소비대차계약서 (내용생략)
• 나) 업무대행계약의 내용 업무대행계약서 (내용생략)

7. 원고 등 4인과 AAAAA 유한회사(이후 2014. 8. 22. ‘GGGG관리 유한회사’로 상호를 변경하고, 2015. 12. 9. GGGG대부 주식회사로 합병되었다, 이하 상호변경 및 합병 여부를 불문하고 ‘AAAAA’이라 한다)는 2012. 6. 26. DD건설이 원고, KKK직스 및 이LL에 대하여 가지는 채권을 AAAAA에게 양도하는 채권양도양수계약을 체결하였다.

8. 원고, KKK직스, 이LL과 위와 같이 그들에 대한 채권을 양수한 AAAAA은 2012. 6. 26. 아래와 같은 내용의 기본합의(이하 ‘2012. 6. 26.자 기본합의’라 한다)를 체결하였다. 기본합의서 (내용 생략)

9. 원고는 2012. 6. 27. KKK직스에게 운영경비 명목으로 1,200,000,000원을 지급하고, 2012. 7. 26.부터 2014. 8. 22.까지 AAAAA에게 KKK직스가 부담하는 채무의 이자 중 합계 7,806,731,434원을 상환하였다(이하 원고가 지급한 위 금원의 합계9,006,731,434원을 ‘이 사건 지급금’이라 한다).

• 다. 원고의 법인세 신고􎇍납부

1. 원고는 2015년도 귀속 법인세를 신고하면서 제출 서류 중 일부인 ‘가지급금 등의 인정이자 조정명세서’에 이 사건 지급금을 기초로 계산된 인정이자로 621,464,468원을, ‘업무무관부동산등에 관련한 차입금 이자조정명세서’에 이 사건 지급금을 기초로 계산된 손금불산입 지급이자로 1,626,506,135원을 각 기재하였음에도 실제로는 위 각 금액을 익금산입하거나 손금불산입하지 아니한 채 과세표준 8,212,699,742원, 산출세액 1,622,539,948원을 신고하고 납부하였다.

2. 이후 원고는 2016년도 귀속 법인세에 관하여도 이 사건 지급금에 관한 인정이 자를 익금산입 처리하거나, 이에 관한 지급이자를 손금불산입 처리하지 아니한 채 과세표준 4,972,659,547원, 산출세액 974,531,909원을 신고하고 납부하였다.

• 라. 피고의 법인세 경정·고지 피고는 ① 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제88조 제1항에 근거하여 이 사건 지급금에 대하여 부당행위계산을 부인하고, 구 법인세법 시행령 제89조 제3항 이 정하는 바대로 계산한 인정이자를 익금에 산입하고, ② 이 사건 지급금을 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나.목, 구 법인세법 시행령 제53조 소정의 업무 무관 가지급금 등으로 보아 위 시행령 조항에서 정한 바에 따라 계산한 지급이자를 손금에 불산입하여 원고의 2015, 2016년도 귀속 법인세의 과세표준과 세액을 모두 다시 계산한 뒤 2017. 8. 10. 원고에 대하여 2015년도 귀속 법인세 449,594,121원, 가산세 110,779,991원 및 2016년도 귀속 법인세 446,866,981원, 가산세 61,176,089원을 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 조세심판원의 결정 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 11. 7. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 10. 26. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9, 10, 12, 13, 15 내지 38, 49호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제4 내지 8, 10 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 지급금의 실질은 2012. 6. 26.자 합의에 따라 KKK직스에게 적법, 유효하게 지급된 업무대행보수이므로, 위 금원이 부당행위계산 부인의 대상이나 업무 무관가지급금에 해당할 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 내려진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리

• 가) 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다.
• 나) ‘부당행위계산 부인’이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어내어 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당되는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하고, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2006. 5. 11. 선고 2004두7993 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결, 대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조). 그리고 법인과 특수관계자 사이의 거래가 경제적 합리성을 결하여 법인세법상 부당행위계산부인 사유에 해당한다는 사실의 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 1995. 12. 26. 선고 95누3589판결, 대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두13909 판결 등 참조).
• 다) 또한 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나.목에 규정된 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 있어 가지급금의 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 1992. 11. 10. 선고 91누8302 판결, 대법원 2004. 3. 26. 선고 2003두14796 판결 등 참조).
• 라) 한편, 처분문서는 그 성립의 진정함이 인정되는 이상 법원은 그 기재 내용을 부인할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없으면 처분문서에 기재된 문언대로 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 한다(대법원 2018. 7. 12. 선고 2017다235647판결, 대법원 2017. 2. 15. 선고 2014다19776, 19783 판결 등 참조).

2. 이 사건에서의 판단

• 가) 앞서 본 각 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 갑 제8, 11, 14, 39 내지 44, 46호증, 을 제1, 3, 9, 14호증의 각 기재에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 지급금이 부당행위계산 부인의 대상이 되거나 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 이 사건 지급금은 원고가 KKK직스에게 2012. 6. 26.자 기본합의 등 적법한 법률관계에 따라 지급한 업무대행보수라고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에서 내려진 이 사건 처분은 위법하다.

(1) 원고와 KKK직스 등 사이에 체결된 2012. 6. 26.자 기본합의서는 그 성립의 진정함에 대하여 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 특별한 사정이 없는 한 위 문서에 기재된 문언대로 계약당사자들의 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 할 것이다. 앞서 본 2012. 6. 26.자 기본합의서의 내용을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 사업의 시행자이고, KKK직스는 이 사건 사업에 관한 업무의 처리를 위임받아 이를 수행하는 자로서 제6조에서 정한 바에 따라 KKK직스가 이 사건 사업과 관련하여 지출하는 운영경비 및 그가 부담하게 된 대여원리금 등의 채무액을 포함한 금원을 업무대행보수로 원고로부터 지급받기로 하였음이 인정된다. 이를 근거로 한 이 사건 지급금의 지출은 원고의 KKK직스에 대한 업무대행보수의 변제방법으로 보아야 한다.

(2) 설령 원고가 회계장부상 이 사건 지급금을 ‘선급금’으로 계상하고, 2015년도 귀속 법인세를 신고함에 있어 익금산입 또는 손금불산입의 대상이 되는 것과 같이취급한 서류를 제출하였으며, KKK직스가 당해 회사의 감사보고서에 이를 ‘선급금’으로 기재하거나, 이에 관한 부가가치세 및 법인세 신고를 하지 아니한 사정이 있다고 하더라도, 그러한 사후적인 회계 또는 세무처리 방식이 처분문서인 2012. 6. 26.자 기본합의서의 기재 내용을 부인할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증에 해당한다고 보기에는 부족하고, 달리 반증을 찾을 수 없다.

(3) 피고는 이 사건 지급금이 2012. 6. 26.자 기본합의 제6조 제2항 또는 제7조 제3항에서 정한 순서에 반하여 지급되었으므로 이를 업무대행보수라고 볼 수 없다고도 주장하나, 위 합의 제7조 제3항 제1호, 제3호에 해당하는 것으로 보이는 이 사건 지급금이 그 조항이 정한 순서에 위배하여 지급되었다고 인정할 만한 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(4) 한편 KKK직스는 원고를 상대로 서울중앙지방법원 ○○○○가합○○○○○○호로 이 사건 지급금 중 2,717,532,126원에 관한 채무부존재확인의 소를 제기하여 2018. 6.27. 위 법원으로부터 “이 사건 지급금 중 위 금원은 각 업무대행보수에 해당하므로 이에 관하여 KKK직스의 원고에 대한 대여금반환채무 또는 구상금지급채무가 존재하지 아니한다”는 이유로 인용판결을 선고받았고, 위 판결은 2018. 7. 13. 그대로 확정되었다. 피고는, 원고와 KKK직스 사이에 이 사건 지급금의 지급 무렵에는 별다른 분쟁이 없다가 그 지급 시기로부터 수년이 지나 이 사건 처분이 내려진 이후에야 KKK직스가 위 소송을 제기하였고, 위 소송에서 실질적인 다툼이 없었던 사정 및 원고와 KKK직스 사이의 특수관계 등에 비추어 위 확정판결의 내용을 그대로 받아들일 수 없다는 취지로 주장하나, 이 사건 처분이 내려진 이후에야 비로소 원고 또는 KKK직스가 그 전제를 바로잡고자 하는 의도로 민사소송이 제기되었을 가능성도 상정하여 볼 수 있는 점 등을 고려하면, 피고가 주장하는 위와 같은 사정만으로는 위 판결에 따른 판단이 잘못된 것이라고 보기 어려우므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(5) 이러한 사정에다가 ㉠ 원고는 이 사건 사업의 시행자이므로, 분양수입금 등 이 사건 사업에 따른 이익이 원칙적으로 모두 원고에게 귀속되는 한편 앞서 본 이 사건 사업의 시행 과정에서 발생한 관련 비용의 지출이나 채무 또한 원고의 경제적인 부담으로 돌아가는 것이 타당한 점, ㉡ 반면에 KKK직스는 이 사건 사업과 관련한 경비를 지출하고 채무도 직접 부담하게 되었으나, 그는 이 사건 사업을 직접 시행하는 자가 아니라 그 업무를 위임받거나 대행하는 지위에 있을 뿐이므로 이를 자신의 출재로 모두 부담하여야 할 합리적인 근거를 찾아보기 어려운 점, ㉢ 이에 원고와 KKK직스는 2012. 6. 26.자 기본합의를 체결하기 전 2005. 11. 17.자 기본합의 및 업무대행계약 체결 시부터 원고가 KKK직스에게 위임사무 처리에 대한 대가를 지급하기로 하고, 그 대가 안에는 이 사건 사업으로 인하여 KKK직스가 지출하는 경비나 직접 부담하는 채무액을 포함시키기로 하는 의사가 있었던 것으로 보이는 점, ㉣ 이러한 원고 및 KKK직스의 의사는 2012. 6. 26.자 기본합의에서도 그대로 이어진 점, ㉤ 민법 제688조 제1항, 제2항에 따르더라도 수임인은 위임사무의 처리에 관하여 지출한 필요비를 위임인에게 청구하거나, 그가 부담한 채무에 대하여 위임인에게 자기에 갈음하여 이를 변제하게 할 수 있는 점, ㉥ 한편 원고와 KKK직스 사이의 위임 및 보수 지급의 내부적인 법률관계를 떠나 원고와 AAAAA과의 관계에서 보면, 원고는 KKK직스의 연대보증인으로서 보증채무를 스스로 지고 있었으므로, 이 사건 지급금 중 AAAAA에게 상환한 이자는 채무 변제의 성격도 있는 점 등 이 사건 지급금을 둘러싼 여러 사정과 원고의 목적, 영업내용 등을 구체적으로 고려하면, 원고가 KKK직스에게 업무대행보수의 일부로 운영경비를 지급하거나, 보수 지급의 방법으로 AAAAA에게 이자를 직접 상환하는 등 이 사건 지급금을 지출한 것이 경제적 합리성을 결한 거래행위로서 부당행위계산 부인의 대상이 된다거나, 원고의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등에 해당된다고 보기 어렵다.

• 나) 피고는 원고가 법인세 신고 당시 이 사건 지급금과 관련된 인정이자와 손금불산입 지급이자를 계상하고도 그 내용을 부인하면서 이 사건 처분의 위법을 다투는것은 신의성실원칙에 위배된다고 주장한다. 살피건대, 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세실체법과 관련한 신의성실의 원칙의 적용은 합법성을 희생해서라도 구체적 신뢰를 보호할 필요성이 있다고 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것이고, 특히 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거의 언동에 반하는 행위를 하였을 경우에는 세법상 조세감면 등 혜택의 박탈, 각종 가산세에 의한 제재, 세법상의 벌칙 등 불이익처분을 받게 될 것이며, 과세관청은 납세자에 대한 우월적 지위에서 실지조사권 등을 가지고 있고, 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다는 점 등을 고려한다면, 납세의무자에 대한 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 되며(대법원 1997. 3. 20. 선고 95누18383 판결 등 참조), 납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 할 것이다(대법원 1999. 11.26. 선고 98두17968 판결, 2006. 1. 26. 선고 2005두6300 판결 등 참조). 이러한 법리에 비추어 이 사건을 보면, 피고가 주장하는 사정들만으로는 원고의 행위가 신의성실의 원칙에 위배된 것이라고 할 수는 없으므로, 피고의 위 주장도 이유 없다.

3. 소결 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 원고가 소장에 기재한 청구취지 중 ‘2016년도 귀속 법인세 446,864,981원, 가산세 61,178,089원’ 부분은 갑 제4호증의 기재에 비추어 오기임이 명백하므로 주문 제1항 기재와 같이 선해한다.