원고가 수취한 세금계산서들은 필요적 기재사항인 공급받는 자의 등록번호가 사실과 다르게 적힌 경우이므로 그 매입세액은 공제되지 아니함

사 건 2019구합201 부가가치세등 부과처분취소 원 고 윤○○ 피 고

□□세무서장 변 론 종 결 2019. 6. 13. 판 결 선 고 2019. 7. 18.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 12. 1. 원고에 대하여 한 2012년 제1기 부가가치세 60,136,356원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 주식회사 AA종합건설(이하 ‘AA종건’이라 한다)의 건설업 명의를 빌려 시 구 동 3-,3- 지상의 동 ** 교육연구시설 증축공사를 시공하였고, 이와 관련하여 공급받는 자를 AA종건, 공급받는 자의 등록번호를 AA종건의 것으로 기재한 세금계산서들을 수취하였다(위 공사를 이하 ‘쟁점 공사’라 한다).
• 나. 피고는 2015년 11월경 AA종건에 대한 법인통합조사를 실시한 결과 원고가 AA종건의 명의를 대여받아 쟁점 공사를 시공한 사실을 확인하였다. 원고는 쟁점 공사의 실제 사업자임을 인정하고 그에 관하여 2017년 8월경 매출 공급가액을 580,730,000원, 매입 공급가액을 314,700,919원으로 계산한 2012년 1기 부가가치세 20,691,920원을 납부하였다.
• 다. 피고는 원고가 쟁점 공사와 관련하여 수취한 매입세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서라고 판단하여 매입세액을 불공제하고 부당무신고가산세를 적용하여 2017. 12. 1. 원고에게 2012년 1기 부가가치세 67,698,040원(부당무신고가산세 15,663,367원 포함)을 결정·고지하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2018. 12. 12. 부당무신고가산세를 적용한 부분을 경정하고 나머지 청구는 기각하는 결정을 하였다. 이에 따라 피고는 2018. 1. 26. 부당무신고가산세가 아닌 일반무신고가산세를 적용하여 7,831,684원을 감액하는 것으로 앞서의 부과처분을 경정하였다(이와 같이 경정된 부과처분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

원고가 실제 사업자로서 쟁점 공사를 위하여 부담한 매입세액은 실질과세원칙상 당연히 공제되어야 할 뿐 아니라, 이를 공제하지 않는 것은 전단계의 세액을 공제하지 않고 매출액 전체에 대한 부가가치세를 과세하는 결과가 되어 부가가치세 제도의 기본원리에 반하므로, 실제 거래당사자인 원고의 매입세액은 공제되어야 한다. 또한 원고는 세금계산서의 필요적 기재사항을 부실기재한 사실이 없고 공급받는 자의 상호, 성명, 주소는 임의적 기재사항이므로 세금계산서의 효력에 영향이 없어 매입세액 불공제 사유가 되지 못한다. 이러한 점에서 피고가 원고의 실제 매입세액 31,470,091원을 불공제하여 부가가치세를 부과한 것은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 제1항 제2호는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 하나로 ‘공급받는 자의 등록번호’를 들고 있고, 제17조 제2항 제2호 후단은 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다.
• 나. 원고가 쟁점 공사와 관련하여 수취한 세금계산서들은 필요적 기재사항인 공급받는 자의 등록번호가 사실과 다르게 적힌 경우이므로 구 부가가치세 법 제17조 제2항 제2호 본문에 따라 그 매입세액은 공제되지 않는다. 위 법 제17조 제2항 제2호에서 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우에 매입세액을 공제하지 않도록 규정하고 있는 것은 부가가치세제 운영의 기초가 되는 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위해 일종의 제재장치를 마련한 것으로(대법원 2003. 12. 11. 선고 2002두4761 판결 참조), 이 규정에 따라 원고의 매입세액을 공제하지 않는 것은 실질과세원칙이나 부가가치세 제도의 취지에 반하는 것이 아니다. 피고가 원고의 매입세액을 불공제하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.