주택부분의 임대사업과 관련된 부가가치세 매입세액 공제 가능 여부

사 건 2019구합1594 부당이득금 반환 원 고 유 피 고 *세무서장 변 론 종 결

2020. 5. 7. 판 결 선 고

2020. 6. 4.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고는 원고에게 117,931,369원 및 이에 대하여 이 사건 소장 송달일 다음 날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.

• 가. 원고는 2017. 11. 20. 주식회사 건합건설(이하 ‘건설’이라고만 한다)과 사이에, 안양시 동안구 동 89 지상 ‘강***스빌’ 주차빌딩(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 신축공사를 공급가액 4,620,000,000원에 도급하기로 하는 아래와 같은 내용의 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다. 민간건설공사 표준도급계약서

1. 공사명: **동 주차빌딩 신축공사(면적 4,808.96㎡)

2. 공사장소: 안양시 동안구 동 89번지

3. 착공일: 2016. 12. 23.

4. 준공예정일: 2018. 1. 30.

5. 계약금액: 일금 사십육억 원정(4,620,000,000원) (부가가치세 별도)

• 나. 한편, 원고는 이 사건 건물에 관하여 2017. 11. 23. 아래 [표 1]과 같은 내용으로 건축허가를 받고 2018. 7. 6. 건출물의 사용승인을 받았는데, 이 사건 건물 중 아래 공동주택 부분이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제51조의2 제3 항, 제106조 제4항 제1호에 따라 그 건설용역에 관하여 부가가치세가 면제되는 ‘국민주택 규모 이하의 주택’인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. [표 1] 이 사건 건물의 용도별 면적 및 비율

1. 주차관련시설 3,388.30 70.41%

2. 근린생활시설 300.70 6.25% 4,811.98㎡

3. 공동주택 1,122.98 23.34%

• 다. 원고는 이 사건 건물의 신축공사와 관련하여, 2017. 12. 6.경부터 2018. 8. 1.경까지 사이에 건**설로부터 2017년 제2기분, 2018년 제1기분, 2018년 제2기분에 해당하는 공급가액 합계 4,520,000,0001원의 전자세금계산서 3매(아래 [표 2] 순번 1 내지 3)를 발급받고, 2017. 12. 6. 남궁억으로부터 2017년 제2기분에 해당하는 공급가액 113,690,000원의 세금계산서 1매(아래 [표 2] 순번 4)를 발급받아, 매입세금계산서 총 4매(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라고 한다)를 수취하였다.
• 라. 원고는 ***세무서에 2017년 제2기 및 2018년 제1기분 부가가치세 확정신고와 2018년 제2기분 부가가치세 예정신고를 하면서, 이 사건 각 세금계산서의 공급가액에 해당하는 부가가치세액을 위 각 과세기간별 매출세액(0원)에서 공제할 매입세액에 해당한다고 보아, ① 2018. 1. 25. 2017년 제2기분 매입세액 합계 336,823,545원, ②2018. 7. 25. 2018년 제1기분 매입세액 54,934,232원1), ③ 2018. 10. 22. 2018년 제2기분 매입세액 72,454,545원을 각 환급 신청하였다.
• 마. 이에 대하여 ***세무서장은 조사결과, ‘원고가 부가가치세 면세 대상인 국민주택 규모 이하의 연립주택을 포함한 이 사건 건물의 공사비에 대하여 공통매입세액의 안분계산 없이 매입세액 전액을 환급 신청하였으나, 그 중 면세분에 해당하는 매입세액은 공제하여서는 아니 된다’는 이유로, 원고에 대하여 아래 [표 3] 기재 내용과 같이 각 과세 기간별 환급 신청액 중 면세공급(예정)비율인 23.34%에 해당하는 금액 및 초과 환급신고 가산세를 차감한 나머지 금액만을 환급할 예정이라는 내용의 부가가치세 경정·고지를 하였다(이하 아래 제1 내지 3처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 바. 그 후 ***안양세무서장은 원고에 대하여 [표 4] 기재와 같은 금액을 각 과세기간별 부가가치세 환급금으로 결정하여 통지하고, 원고의 계좌로 각 환급액을 지급하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 8, 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제2 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 건물 중 주택 부분에 대한 매입세액 불공제를 이유로 한 이 사건 처분은 아래와 같이 위법하여 무효이거나 취소되어야 하므로, 피고는 원고에게 환급되지 않은 합계 117,931,369원을 부당이득으로 반환하여야 한다.

1. 주위적으로, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제3호 규정이 2014. 1. 1. 삭제된 것은 면세되는 재화 또는 용역을 공급하면서 세금계산서를 발급받아 부가가치세를 모두 납부한 경우의 매입세액 불공제 규정 자체가 삭제된 것으로서, 면세사업분에 해당하는 매입세액이더라도 이미 세금계산서가 발급되어 부가가치세를 모두 납부한 경우에는 부당이득이 되지 않도록 매입세액 공제가 가능하다는 국세청의 유권해석에 따라, 또는 전액 과세사업 부분에 대한 매입세액으로 간주하여 이를 환급하여야 한다.

2. 예비적으로, 납부 또는 징수의 기초가 된 신고 또는 부과처분이 부존재하거나 당연 무효임에도 불구하고 납부 또는 징수된 세액은 착오로 납부한 오납액으로서 당연히 환급되어야 한다. 원고와 건설은 건설업계의 일반적인 상관습에 따라 면세부분과 과세부분 부가가치세액을 사전에 구별하지 않고 일률적으로 공사금액에 포함시켜 계약하였는데, 면세사업분에 관한 세금계산서는 발급할 의무가 없는 점 등에 비추어 원고는 면세 대상인 거래를 과세거래로 오인한 나머지 납부하지 않아도 될 세금을 오납한 것이므로, *세무서장은 부가가치세법 규정에 따라 원고의 면세부분 과오납을 확인하고 즉시 경정하거나 수정세금계산서 발급을 요청 또는 독려하였어야 함에도, 이러한 절차 없이 환급신청을 거부하여 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 원고의 주위적 주장에 대한 판단

1. 관련 법리 가) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’을 들고 있고, 같은 법 제26조 제1항 제12호는 ‘주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것’에 해당하는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다. 이에 따라 부가가치세법 시행령 제41조 제2항 에서는 ‘임대주택에 부가가치세가 과세되는 사업용 건물(이하 ’사업용 건물‘이라 한다)이 함께 설치되어 있는 경우에는 주택과 이에 부수되는 토지의 임대의 범위는 다음 각호에 따른다’고 하면서 제2호에서 ‘주택 부분의 면적이 사업용 건물 부분의 면적과 같거나 그보다 작은 때에는 주택 부분 외의 사업용 건물 부분은 주택의 임대로 보지 아니한다’고 정하고 있다. 또한, 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제106조 제1항 제4호, 같은법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28626호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제4항 제1, 2호 및 제51조의2 제3항에 의하면, ‘국민주택 규모 이하의 주택 및 그 주택의 건설용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다’고 규정하고 있다.

• 나) 한편, 부가가치세법 제40조 의 위임에 따른 같은 법 시행령 제81조 제1항은 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ’공통매입세액‘이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 원칙적으로 [면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액]의 계산식(이하 ’공통매입세액 안분기준‘이라 한다)에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다”고 규정하고 있다.

2. 판단

• 가) 위와 같은 규정들과 앞서 인정한 사실을 종합하여 보면, 원고 명의로 신축한 이 사건 건물은 면세 대상 재화인 공동주택(연립주택)과 사업용 건물인 주차관련시설(주차장) 및 근린생활시설이 함께 설치되어 있는 경우로서, 위 주택 부분은 국민주택규모 이하의 주택에 해당하고 해당 주택 부분의 면적(전체 면적의 23.34%)이 나머지 사업용 건물 부분의 면적(전체 면적의 76.66%)보다 작은 때에 해당하여, 결국 원고는 면세사업인 주택 부분의 임대업과 과세사업인 나머지 사업용 건물 부분의 임대업을 겸영하는 것으로 볼 수 있다. 또한 면세용역인 ’주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역‘을 공급하는 사업, ’국민주택규모 이하의 주택 및 그 주택의 건설용역‘을 공급하는 사업은 부가가치세가 면제되는 면세사업에 해당하므로, 원고가 이 사건 건물의 신축공사를 위하여 지급한 공사대금 상당의 매입세액 중 주택 부분의 건설을 위하여 지출한 비용 상당액은 ‘면세사업에 관련된 매입세액’으로서 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 에 따라 이를 매출세액에서 공제하여서는 아니 된다.
• 나) 한편, 원고의 주장과 같이 이 사건 건물의 공사대금을 면세사업분과 과세사업분으로 구별할 수 없다 하더라도, 위 부가가치세법 제40조, 같은 법 시행령 제81조 제1항이 그와 같이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 ‘공통매입세액’으로 규정하여 공통매입세액 안분기준에 따라 안분하여 계산하여야 한다고 정하고 있는 이상, 원고의 주장과 같이 세금계산서가 발급된 부가가치세액 전부를 과세사업분에 해당하는 매입세액으로 간주하여야 한다고 볼 아무런 근거가 없다.
• 다) 따라서 ***세무서장이 위와 같은 공통매입세액 안분기준에 따라 원고의 각 환급신청액 중 주택 부분 비율(23.34%)에 상응하는 금액을 산정하여 면세사업에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제되지 않는다고 보아 이 사건 각 처분을 한것은 적법하고, 이와 전제를 달리하는 원고의 이 부분 주장은 앞서 본 현행 부가가치세법령의 명문 규정에 반하는 것으로서 받아들일 수 없다.
• 라. 원고의 예비적 주장에 대한 판단

1. 관련 법리 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조의2, 부가가치세법 제57조 에 따르면, 부가가치세는 신고납세방식의 조세로서 납세의무자의 과세표준 및 세액의 신고(확정신고 또는 예정신고, 이하 같다)에 의해 납부세액과 환급세액이 확정되고, 다만 신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우 등으로 과세관청이 해당 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한 경우에는 결정 또는 경정된 과세표준 및 세액에 따라 그 납부세액이나 환급세액이 변경·확정된다. 한편 부가가치세법 제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 제8호에 의하면, 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 경우 위 시행령에서 정한 방법으로 수정세금계산서를 발급할 수 있고, 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제2호, 제3항에 의하면, 각 세법에 따른 결정 또는 경정후의 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액에 미치지 못할 때에는 해당 결정 또는 경정처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있고, 이러한 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날로부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 경정하거나, 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구인에게 통지하여야 한다.

2. 판단 이러한 법리에서 보는 바와 같이 과세처분(경정처분 포함)도 행정처분의 일종으로 과세처분이 내려진 경우 공정력이 발생하므로, 납세자는 과세처분이 당연무효인 경우를 제외하고 해당 과세처분이 취소되지 않고서는 국가를 상대로 부당이득의 반환을 구할 수 없다. 원고가 세무서장에게 2017년 제2기, 2018년 제1기, 2018년 제2기분 부가가치세 환급세액을 각 336,823,545원, 54,934,232원, 72,454,545원으로 신고하였으나, 그 후 세무서장이 위 각 환급세액을 경정하는 이 사건 각 처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 납세의무자인 원고에게 지급하여야 하는 위 과세기간별 각 부가가치세 환급세액은 그 무렵 이 사건 각 처분에서 경정된 금액으로 확정되었다. 그런데 원고가 위 관계법령에서 정한 절차에 따라 수정세금계산서를 발급받거나 부가가치세 수정신고를 하지 않은 사실 및 이 사건 각 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 환급세액 경정청구를 하지 않은 사실은 원고의 주장 자체로 명백하고 위 관계법령의 규정 형식 등에 비추어 과세관청에게 이러한 경정청구 등을 독려할 법적 의무가 있다고 보기는 어려운 점, 앞서 본 바와 같이 ***세무서장은 부가가치세법 제57조 제1항 에 근거하여 원고의 환급세액을 조사한 후 이 사건 각 처분을 한 점, 그 후 피고는 원고에게 위와 같이 확정된 환급세액 및 환급가산금을 적법한 절차에 따라 모두 지급한 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 각 처분에 법규의 중요한 부분을 위반한 중대하고 객관적으로 명백한 하자가 있다고 보기 어려우며, 달리 이 사건 각 처분에 원고가 주장하는 당연 무효 사유가 있음을 인정하기 어렵다. 따라서 이 사건 각 처분이 취소되지 않는 이상 피고에게 원고가 주장하는 부가가치세 환급액을 지급할 공법상 의무가 있다고 볼 수는 없으므로, 결국 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.