중소기업으로서 주권비상장법인인 법인의 주주들에게도 대주주의 개념이 적용됨

사 건 2019구단6851 양도소득세경정거부처분취소 원 고 OOO 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2019. 10. 18. 판 결 선 고

2019. 11. 8.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018.OO.OO. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원에 관한 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2016.OO.OO. 중소기업인 AAA 주식회사가 발행한 비상장주식 OOO주(지분율 67.86%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 주식회사 BBB에 OOO원에 양도하고 2016.OO.OO. 양도소득세 세율 20%를 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 이후 원고는 2018.OO.OO. 피고에게, 증권거래세 OOO원을 필요경비로 추가 공제해야 하고, 원고가 ‘주권상장법인’의 대주주가 아니므로 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 나목의 10%의 양도소득세 세율을 적용해야 한다고 주장하며 양도소득세 합계 OOO원을 환급해달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 다. 이에 대하여 피고는 2018.OO.OO. 원고의 위 주장 중 증권거래세를 필요경비로 추가 인정해야 한다는 주장만 받아들이고, 양도소득세 세율은 원고가 주장하는 위 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 10%가 아닌 같은 호 다목의 20%를 적용해야 한다고 보아 원고의 경정청구를 일부 거부하는 처분(위 처분 중 경정청구를 거부한 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018.OO.OO. 피고에게 이의신청을 하였으나 2018.OO.OO. 기각되었고, 다시 2018.OO.OO. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 2018.OO.OO. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 ‘대주주’의 범위를 대통령령으로 위임하여 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제157조 제4항에서 대주주에 대하여 규정하였으나, 이는 ‘주권상장법인’의 대주주의 범위를 규정한 것으로 비상장법인의 대주주의 범위에 관하여는 아무런 위임이나 규정도 없다고 보아야 한다. 즉 중소기업인 비상장법인의 대주주의 범위에 대하여는 이를 정의하는 규정이 전혀 없으므로, 비상장주식인 이 사건 주식의 양도에 관하여는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목의 20%가 아닌 같은 호 나목의 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다.
• 나. 관련 법령 별지와 같다.
• 다. 판단 앞서 든 증거 등으로부터 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 위임하고 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 이 규정한 대주주의 범위는 주권상장법인뿐만 아니라 비상장법인의 대주주의 범위도 포함한 것으로 보아야 한다. 그런데 원고가 보유하다가 양도한 이 사건 주식은 AAA 주식회사 발행 주식의 67.86%에 해당하여 원고가 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 이 정한 대주주에 해당함이 분명하므로, 이 사건 주식의 양도에 대해서는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 10%가 아닌, 같은 호 다목의 20%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다. 따라서 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.

1. 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 ‘대주주’라 한다)가 양도하는 것”이라고 규정하고 있는데, 여기서 ‘주권상장법인의 주식등으로서’ 부분은 마지막 부분의 ‘양도하는 것’을 수식한다고 보여, 위 가목의 ‘대주주’가 주권상장법인의 대주주만 가리킨다고 보기는 어렵다.

2. 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목은 ‘대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다’고 규정하면서도 대주주의 범위에 관하여 별도로 규정하거나 대통령령에 위임하고 있지 않다. 그러나 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 대주주의 범위를 대통령령에 위임하면서 “대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 ‘대주주’라 한다)”라고 규정하여 대주주의 개념을 같은 장에서 통일적으로 사용할 것임을 분명히 하였고, 위 구 소득세법 제94조 와 제104조가 모두 같은 구 소득세법 제3장에 속해 있는 이상, 위 각 조문에서 쓰인 ‘대주주’의 개념은 동일하게 해석함이 상당하다.

3. 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목의 위임에 따라 대주주의 범위에 관하여 규정한 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 도 주권상장법인과 비상장법인을 구분하지 않고 대주주의 범위를 정하고 있다.

4. 원고는 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목의 1)은 “대통령령으로 정하는 ‘주권상장법인’의 대주주”라고 규정하여 대통령령으로 위임하는 내용이 ‘주권상장법인’의 대주주의 범위임을 명확히 하였는바, 이에 비추어 보더라도 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목의 대주주 역시 주권상장법인의 대주주만 가리키는 것으로 해석해야 한다고 주장한다. 그러나 위 법률 제14389호로 개정된 소득세법은 제94조 제1항 제3호 가목의 일부를 위와 같이 개정함과 동시에, 제104조 제1항 제11호 가목도 ‘소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업의 주식등’으로 개정하였고, 그에 따라 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정된 소득세법 시행령은 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목의 1)에서 위임한 주권상장법인의 대주주의 범위를 제157조 제4항에서 규정한 것과 별도로, 제167조의8 제1항에서 소득세법 제104조 제1항 제11호 가목이 위임한 대주주의 범위를 새로이 규정하였다. 위와 같은 소득세법 및 소득세법 시행령 개정 법령의 내용을 종합하여 보면, 개정 법령은 종전 대주주의 기준에 관하여 주권상장법인과 비상장법인을 구분하지 않고 일괄하여 규정하고 있던 것을 주권상장법인과 비상장법인을 구분하여 대주주의 기준을 일부 달리하는 내용으로 개정한 것으로 보일 뿐, 그것이 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목의 대주주가 주권상장법인의 대주주만 가리키는 것임을 명확히 한 것으로 볼 수는 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.