창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자란 벤처기업으로 창업한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자를 의미함

사 건 2019구단6387 양도소득세경정거부처분취소 원 고 김○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2019. 7. 24. 판 결 선 고

2019. 9. 4.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 7. 8. 원고에 대하여 한 2014년도 귀속 양도소득세 80,761,340원 및2015년도 귀속 양도소득세 608,718,560원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 비상장법인인 주식회사 AAA(이하 ‘소외 회사’라고 한다)의 발기인으로, 별표 1 기재와 같이 2010. 2. 25. 최초 발행주식 79,000주(이하 ‘이 사건 제1주식’이라고 한다. 지분율: 79%)를 취득하고, 추가로 2011. 12. 30. 이익잉여금 자본전입에 따라 39,500주(이하 ‘이 사건 제 2주식’이라고 한다. 취득 후 지분율: 79%)를 2012. 1. 18. 유상증자에 따라 39,500주를, 2013. 10. 28. 주식발행초과금의 자본전입에 따라 268,600주[= 201,450주(이 사건 제1, 2 주식에 대하여 배정된 주식, 이하 ‘이 사건 제3 주식’이라고 한다. 취득 후 지분율: 71.1%) + 67,150주(위 유상증자받은 주식에 대하여 배정된 주식)]를 각 취득하였다.
• 나. 원고는 2014. 9. 16. 그중 42,660주를 양도한 후 2014년 귀속 양도소득세 80,761,340원을 신고·납부하였고, 2015. 2. 4. 383,940주를 양도한 후 2015년 귀속 양도소득세 608,718,560원을 신고·납부하였다가, 2015. 5. 20. 피고에게 이 사건 제1, 2, 3 주식이 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 의 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식으로서 양도소득세 과세특례대상에 해당한다는 이유로, 위 2014년도 및 2015년도 각 귀속 양도소득세를 환급해 달라는 경정청구를 하였다.
• 다. 피고는 2015. 7. 8. 원고가 소외 회사의 발기인 및 최대주주로서 특수관계에 해당하므로 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 에 해당하지 아니한다고 보아 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2015. 9. 3. 이의신청을 하였으나, 2015. 12. 24. 기각결정을 받았고, 2016. 3. 1. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 11. 6. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 제1 주장 소외 회사는 벤처기업육성법상 벤처기업이고, 원고는 아래 주장내용과 같은 사유로 관계 법령 해석상 이 사건 제1, 2, 3 주식의 취득 당시 소외 회사와 특수관계가 없었으며, 주식 취득 후 3년이 경과된 후 양도하였으므로 조세특례제한법 제14조 에 따라 양도소득세 과세대상에 해당하지 않는다. 그럼에도 불구하고, 원고가 이 사건 제1, 2, 3 주식의 취득 당시 소외 회사와 특수관계가 있었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 가) 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제2호 에서 정한 특수관계가 있는지는 출자 당시를 기준으로 판단하여야 하므로, 출자자가 발기인으로서 자본금을 납입하여그 주식을 취득할 당시에는 그 출자자는 특수관계가 없었다고 보아야 하는데, 원고가 이 사건 제1 주식을 취득할 당시에는 발기인으로서 자본금을 납입한 것이므로 원고는 이 사건 제1 주식을 취득할 당시 소외 회사와 특수관계가 없었다.

• 나) 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주와 이익잉여금의 자본전입에 따른 무상주가 배정되는 경우에는 기존 주식의 재산적 가치에 반영되고 있던 잉여금 등이 전입되면서 자본금이 증가함에 따라 그 증자액에 해당하는 만큼의 신주가 발행되어 기존의 주주에게 그가 가진 주식의 수에 따라 무상으로 배정되는 것이어서 발행법인의 순자산이나 이익 및 주주의 지분비율, 실질적인 재산적 가치에는 아무런 변화가 없으므로, 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주와 이익잉여금의 자본전입에 따른 무상주에 관하여 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부나 3년간의 주식 보유 여부를 판단함에 있어서는 그 무상주의 취득시점을 기준으로 따질 것이 아니라 그 무상주 취득의 근거가 된 주식의 취득시점을 기준으로 따져야 한다. 원고의 이 사건 제2, 3 주식의 경우에도 그 취득의 근거가 된 이 사건 제1 주식의 취득시점을 기준으로 따져야 하므로, 결국 이 사건 제2, 3 주식을 취득할 당시에도 소외 회사와 특수관계가 없었던 것으로 보아야 한다.

2. 제2 주장 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제1호 가 “벤처기업 창업 후 3년”이 아니라“창업 후 3년”으로만 규정하였으므로 문리해석상 창업할 당시부터 벤처기업일 것을 요구하지 않고 있고, 기업이 설립 당시부터 벤처기업 창업 요건을 갖추는 것은 여러 가지 법률적, 사회적 장애로 인해 사실상 불가능하기 때문에, 창업을 한 후 3년 이내에 벤처기업 확인을 받은 기업도 위 규정에서 말하는 “창업 이후 3년 이내인 벤처기업”에 포함된다고 해석하여야 한다. 소외 회사의 경우 창업 후 3년 이내인 2011. 12. 14. 벤처기업 확인을 받았으므로, 원고는 창업 이후 3년 이내인 벤처기업이라고 볼 수 있는 소외 회사의 창업 당시 이 사건 제1, 2, 3 주식을 취득한 경우로서 조세특례제한법 제14조 에 따라 양도소득세 과세대상에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 2 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 제1 주장에 관한 판단

• 가) 이 사건 제1주식과 이 사건 제3 주식 중 제 1주식에 대하여 배정된 주식에 관한 판단

(1) 구 조세특례제한법(2015. 1. 28. 법률 제13082호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 및 제14조의 입법취지는 벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 부여하고자 함에 있으므로 제13조 제2항 각 호는 실제로 금전 등의 지출을 수반하거나 이에 준하는 방법으로 주식을 취득하는 새로운 출자를 규정한 것으로 이해된다. 그런데 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주는 기존 출자자로부터 새로이 금전 등의 납입을 받지 않고 단순히 그 보유주식에 비례하여 발행될 뿐이어서 기존 출자자는 그 무상주의 취득으로 인하여 종래의 지분비율에 아무런 영향을 받지 않는다. 만약 이러한 무상주의 취득을 새로운 출자로 본다면 기존 출자자가 보유한 주식의 실질적 가치는 그대로임에도 당초 과세특례의 적용대상인 주식 중 일부가 과세대상으로 전환되는 결과를 초래하게 되어 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 규정한 취지에 반하게 된다. 따라서 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주의 취득은 구 조세특례제한법 제13조 제2항 제3호 가 규정한 ‘잉여금의 자본전입에 의하는 방법’으로 주식을 취득하는 새로운 출자로 볼 수 없으므로, 자본잉여금의 자본전입에 따라 취득한 무상주에 관하여 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부나 3년간의 주식 보유 여부를 판단함에 있어서는 그 무상주의 취득시점을 기준으로 따질 것이 아니라 그 무상주 취득의 근거가 된 주식의 취득시점을 기준으로 따져야 할 것이다(대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두6633 판결, 대법원 2013. 7. 25. 선고 2011두22358 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 주식발행초과금의 자본전입에 따라 취득한 무상주인 이 사건 제3 주식 중 제 1주식에 대하여 배정된 주식(이하 ‘이 사건 제3 배정주식’이라고 한다)은 이 사건 제1 주식의 취득시점을 기준으로 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부를 판단하여 할 것이다.

(3) 그런데 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제2호 에서 정한 특수관계가 있는지는 출자 당시를 기준으로 판단하여야 한다. 발기인은 출자를 하기 전까지는특수관계인이 아니고, 출자를 함으로써 비로소 특수관계인이 된다고 할 것이다. 따라서 출자자가 발기인으로서 자본금을 납입하여 그 주식을 취득할 당시에는 그 출자자는 특수관계가 없었다고 보아야 할 것이므로(대법원 2013. 7. 25 선고 2011두22358 판결 참조), 원고가 이 사건 소외 회사의 발기인으로 취득하였다고 보아야 하는 이 사건 제1, 3 주식의 경우 취득 당시 원고는 소외 회사와 특수관계가 없었다고 보아야 한다.

(4) 위와 같은 사정으로 이 부분 원고의 주장은 일단 근거가 있다고 할 것이다.

• 나) 이 사건 제2 주식과 이 사건 제3 주식 중 제2주식에 대하여 배정된 주식에 관한 판단

(1) 살피건대 구 조세특례제한법 제13조 제2항 제3호 가 규정한 ‘잉여금의 자본전입에 의하는 방법’으로 주식을 취득하는 경우, 즉 출자자가 금전으로도 받을 수 있는이익잉여금을 새로이 출자하여 자본에 해당하는 주식을 취득하기로 하는 경우에는 자본잉여금의 자본전입에 따라 무상주를 취득하는 경우와 달리 그 취득 당시를 기준으로 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부나 3년간의 주식 보유 여부를 판단하여야 할 것이다. 한편 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 제2호, 소득세법 시행령 제98조 제1항, 구 법인세법시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항, 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 제1호 가목에 의하면, 벤처기업의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 자는 그 벤처기업과 특수관계에 있다.

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고가 이익잉여금의 자본전입에 따라 이 사건 제2 주식을 취득할 당시와 이 사건 제3 주식 중 제2주식에 대하여 배정받을 당시 각 소외 회사의 발행주식총수의 100분의 70을 초과하여 보유하고 있었으므로, 원고는 소외 회사와 특수관계에 있었다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 제2 주장에 관한 판단 이 사건 제2 주식과 이 사건 제3 주식 중 제2주식에 대하여 배정받은 주식의 양도에 관하여는 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 에서 정한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하지 않음은 앞서 본 바와 같으므로, 여기에서는 이 사건 제1주식과 이 사건 제3 배정주식에 관하여만 살펴보기로 한다.

• 가) 구 조세특례제한법 제14조 제1항 본문은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는주식의 양도에 대해서는 소득세법 제94조 제1항 제3호 (주식 등의 양도로 발생하는 소득을 양도소득으로 한다는 내용이다)를 적용하지 않는다고 규정하면서, 제4호에서 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식’을 들고 있다. 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 은 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 에서 ‘대통령령으로 정하는 주식‘이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다고 규정하면서, 제1호에서 ’창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것‘, 제2호에서 ’개인이 그와 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 의 규정에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것‘을 들고 있다. 위 관련규정을 종합해보면, 이 사건 특례규정이 적용되기 위해서는, ① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 출자하여야 하고, ② 출자자가 해당 벤처기업과 특수관계가 없어야 하며, ③ 출자일로부터 3년이 지난 후 주식을 양도하여야 한다.
• 나) 구 조세특례제한법, 구 조세특례제한법 시행령 등 관련 규정의 문언과 체계, 입법 취지와 개정 연혁 등을 종합하여 보면 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제1호 의 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’란 ‘벤처기업으로 창업한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’를 의미하고, 일반 기업으로 창업한 후 벤처기업으로 전환한 기업에 창업 당시 출자하여 취득한 주식은 위 규정에서 말하는 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’에 의하여 취득한 주식에 해당하지 않는다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11250 판결 참조).
• 다) 소외 회사는 2010. 2. 12. 설립 당시 벤처기업이 아니었고, 2011. 12. 14.에서야 벤처기업 확인을 받은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2호증, 제4호증의 1, 2, 을 제1, 3, 4, 5호증의 각 기재에 의하여 인정되므로, 원고가 소외 회사의 설립 당시 출자하여 취득하였다고 인정되는 이 사건 제1주식과 이 사건 제3 배정주식은 벤처기업에 대한 출자로 취득한 주식이 아니다. 따라서 이 부분 주식 양도는 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 에서 정한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하지 않는다.
• 라) ‘기업의 설립 당시부터 벤처기업 창업 요건을 갖추는 것은 사회적, 법률적 장애로 인하여 사실상 불가능하다’는 취지의 원고의 주장은 갑 제5호증의 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 아무런 근거가 없으며, ‘창업 당시에는 벤처기업이 아니었지만 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업에 대하여 출자한 경우에도 과세특례를 적용하여야 한다’는 원고의 주장은, 앞서 본 법리에 따라 받아들이지 아니한다.

3. 따라서 결과적으로 원고의 이 사건 제1, 2, 3 주식의 양도는 모두 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 에서 정한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하지 않고, 원고의 주장은 이유 없는 것으로 돌아간다.

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.