국내 미등록된 특허에 대한 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않음

사 건 2018구합74311 법인세경정거부처분취소 원 고

○○○○ 인코퍼레이티드 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2021. 5. 13. 판 결 선 고

2021. 6. 17.

1. 피고가 2017. 3. 31. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 8,744,315,1041)원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

1. 처분의 경위(다툼 없는 사실)

• 가. 미국법인인 〇〇〇 Patent Corp.(이하 ‘〇〇〇’라고 한다)은 2011. 11. 18. 〇〇〇〇 주식회사(이하 ‘소외 회사’라고 한다)와의 사이에 소외 회사에게 특허 238개(이하 ‘이 사건 특허’라고 한다)의 사용권을 부여하고 소외 회사로부터 사용료를 지급받기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하였다.
• 나. 소외 회사는 2012. 1. 11. 이 사건 계약에 따라 지급한 사용료 00,000,614,600원 (이하 ‘이 사건 사용료’라고 한다)에 관하여 2012. 2. 10. 법인세 0,000,542,199원(이하 ‘이 사건 세액’이라고 한다)을 원천징수하여 피고에게 신고·납부하였다.
• 다. 2012. 1. 12. 〇〇〇를 흡수 합병한 미국법인인 원고는 이 사건 특허 중 국내에 등록되지 않은 225개의 사용료 00,000,433,970원(= 225개/238개 × 00,000,614,600원)은 원천징수의 대상이 되는 국내원천소득에 해당하지 않음을 이유로 2016. 11. 4. 피고에게 이 사건 세액 중 0,000,315,104원(= 225개/238개 × 0,000,542,199원)의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 3. 31. 이를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.

2. 이 사건 사용료 소득의 귀속자

• 가. 피고 주장의 요지 이 사건 사용료 소득은 도관회사에 불과한 〇〇〇의 지분 100%를 소유하고 있는 미국법인 000000 Research Group LLC(이하 ‘〇〇〇〇’라고 한다)에게 실질적으로 귀속되었다. 그런데 〇〇〇〇는 단체가 아니라 그 구성원이 납세의무를 부담하는 이른바 투과과세단체(Fiscally Transparent Entity)로서 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한미조세협약’이라고 한다)의 적용을 받지 않는다. 이처럼 이 사건 사용료 소득의 귀속에 관하여 명의와 실질이 괴리되어 있고, 〇〇〇에 대하여 적용되는 위 협약상의 제한세율 등 혜택을 받기 위한 것으로서 조세를 회피할 목적에서 비롯되었으므로, 이 사건 사용료 소득에 관하여 위 협약을 적용할 수 없다.
• 나. 관련 법리 국세기본법 제14조 제1항 과 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제4조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다. 그러므로 재산의 귀속명의자는 재산을 지배·관리할 능력이 없고 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 명의에 따른 조세조약 적용을 부인하고 재산에 관한 소득은 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 과세한다. 그러나 그러한 명의와 실질의 괴리가 없는 경우에는 소득의 귀속명의자에게 소득이 귀속된다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2017두33008 판결 등 참조). 한미조세협약 제3조 제1항 (b)호는 “‘미국의 거주자’라 함은 다음의 것을 의미한다.”고 규정하면서, (i)목에서 ‘미국법인’을, (ii)목에서 ‘미국의 조세 목적상 미국에 거주하는 기타의 인(법인 또는 미국의 법에 따라 법인으로 취급되는 단체를 제외함), 다만 조합원 또는 수탁자로서 행동하는 인의 경우에, 그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 미국의 조세에 따라야 하는 범위에 한한다.’를 들고 있다. 위 단서 규정은 ‘미국 세법상 조합원 등의 구성원으로 이루어진 단체의 활동으로 얻은 소득에 대하여 그 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 단체(투과과세단체)의 소득에 대하여 그 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 범위에서 그 단체를 한미조세협약상 미국의 거주자로 취급한다. 그 단체가 원천지국인 우리나라에서 얻은 소득 중 그 구성원이 미국의 거주자로 취급되지 아니하는 범위에 대하여는 한미조세협약을 적용할 수 없다.’ 는 의미로 해석된다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두11836 판결, 대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두55134 판결 참조).
• 다. 판단 아폴로가 도관회사에 해당하거나 아카시아가 투과과세단체에 해당한다고 인정할 만한 증거가 전혀 없으므로, 피고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

• 가. 관계 법령 및 관련 법리 법 제2조 제1항 제2호는 외국법인에 대하여 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고 있고, 제2조 제5항 및 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다. 그런데 법 제93조는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”라고 하면서, 제8호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리․자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.“라고 규정하고 있다. 한편 한미조세협약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 하면서, 제a호에서 “문학ㆍ예술ㆍ과학작품의 저작권 또는 영화필름․라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금”을 규정하고 있고, 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 하면서, 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.“라고 규정하고 있다. 이와 같이 미국법인의 특허권 사용료 소득을 국내원천소득으로 보는 범위에 관하여 한미조세협약 제6조와 법 제93조는 그 규정의 내용과 해석을 달리하고 있는바, 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제28조는 ”비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.“라고 규정하고 있으므로, 미국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 법 제93조에도 불구하고 위 협약이 우선하여 적용되어야 한다. 그런데 한미조세협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 위 협약 규정은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 위 협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로, 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조).
• 나. 위 가.항 기재 법리의 적용 범위

(1) 피고 주장의 요지 위 법리는 국내뿐만 아니라 국외에조차 등록되지 않은 특허, 국외에 등록되었더라도 유효기간이 만료된 특허, 이 사건 계약 체결 당시 아폴로가 보유하고 있지 않았던 특허의 사용료에 관하여는 적용할 수 없다.

(2) 판단 위 법리의 취지상 이 사건 특허가 국외에 등록되었는지 여부나 그 등록이 유효한지 여부 및 그 특허의 보유자가 누구인지와 무관하게, 그것이 국내에 등록되지 않은 이상 그 사용료 소득을 국내원천소득으로 볼 수 없으므로, 피고의 주장은 나아가 살필 필요없이 이유 없다.

• 다. 취소의 범위 과세처분취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 과세금액의 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 경정거부취소소송에 있어서도 적법한 세액을 산출할만한 자료가 없다면 위 법리에 따라 법원은 경정거부처분 전부를 취소할 수밖에 없고 그에 따른 불이익은 처분청인 피고가 부담하여야 한다. 이 사건 특허 중 국내에 등록된 것의 사용료를 알 수 있는 자료가 없다. 따라서 원고가 자인하는 0,000,180,628원(= 13개/238개 × 00,000,614,600원)에 관한 법인세 000,227,094원(= 13개/238개 × 0,000,542,199원)을 초과하는 부분을 취소할 수밖에 없다.

이 사건 처분은 위법하므로, 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용한다.