외국납부세액 공제 부인의 적법여부 및 상표권 미수취 익금산입 적법여부

사 건 2018구합72698 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 00세무서장 변 론 종 결

2020. 6. 4. 판 결 선 고

2020. 9. 17.

1. 피고가 원고에 대하여 한 2017. 1. 10.자 2011 사업연도 법인세 360,196,115원(가산세 포함)의 부과처분 중 43,619,274원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세 529,485,109원(가산세 포함)의 부과처분 중 9,480,652원을 초과하는 부분, 2013 사업연도 법인세 980,725,272원(가산세 포함)의 부과처분 중 52,599,683원을 초과하는 부분, 2017. 1. 11.자 2014 사업연도 법인세 1,515,675,584원(가산세 포함)의 부과처분 중 168,035,591원을 초과하는 부분, 2015 사업연도 법인세 6,155,810,569원(가산세 포함)의 부과처분 중 2,954,999,844원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고의 사업 현황, 거래 구조 등 원고는 디지털 셋톱박스(디지털 위성방송용 수신 장비로서 위성방송 등을 수신하여 TV 화면으로 보여주는 기능을 한다, 이하 ‘이 사건 제품’이라 한다) 등을 제조 및 판매하는 회사이다. 이 사건 제품의 구체적인 생산 및 판매방식은, ① 원고가 해외 위탁가공업체를 통해 제조한 이 사건 제품을 국내에 직접 판매하거나 해외판매법인(원고의 해외현지법인 중 이 사건 제품을 판매하는 법인을 의미한다, 이하 같다)을 통하여 해외에 판매하는 경우, ② 해외제조법인(원고의 해외현지법인 중 이 사건 제품을 제조하는 법인을 의미한다, 이하 같다)인 AAA 폴란드 법인(원고가 지분 100%를 보유하고 있는 원고의 자회사이다, 이하 ‘폴란드 법인’이라 한다)이 원고로부터 공급받은 부품과 기술적 정보 등 을 이용해 이 사건 제품을 제조한 후 해외판매법인을 통하여 판매하는 경우, ③ 해외 제조․판매법인인 AAA 브라질 법인(원고가 지분 100%를 보유하고 있는 원고의 자 회사이다, 이하 ‘브라질 법인’이라 한다)이 해외 위탁가공업체의 반제품, 원고로부터 공급받은 부품을 이용해 이 사건 제품을 제조하여 직접 판매하는 경우로 나뉜다. 원고의 해외사업 현황 내지 거래 구조를 요약하면 아래와 같다.
• 나. 원고와 폴란드 법인의 기술사용계약 원고는 위 ②의 경우와 관련하여 폴란드 법인과 라인선스와 기술적 지원에 대한 계약(이하 ‘이 사건 기술사용 계약’이라 한다)을 체결하였는데, 이에 따르면 기술적 정보 및 지적재산권의 제공 대가로 폴란드 법인으로부터 폴란드 법인 매출액의 4.25%를 사용료(이하 ‘이 사건 기술사용료’라고 한다)로 지급받는다. 한편 ‘대한민국 정부와 폴란드 공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세 방지를 위한 협약’에 따라 이 사건 기술사용료는 국외원천소득에 해당하고, 그 중 약 10%가 폴란드에서 원천징수되어 차감된 후 원고에게 지급되고 있다. 원고는 국내 법인세 신고 시 이 사건 기술사용료 수입 전액을 국외원천소득 액으로 보아 외국납부세액 공제한도[= 법인세 산출세액 × (국외원천소득 / 법인세 과세표준)]를 계산한 후 폴란드에서 원천징수된 세액을 외국납부세액으로 전액 공제하여 2011~2015 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.
• 다. 원고의 상표사용계약 이 사건 제품에 부착되는 상표(00max, 이하 ‘이 사건 상표’라고 한다)는 원고의 모회사인 주식회사 AAA홀딩스(이하 ‘AAA홀딩스’라고 한다)가 그 상표권을 소유하고있는데, 원고는 2009. 10.경 AAA홀딩스와 체결한 AAA브랜드 사용계약(이하 ‘이 사건 상표사용계약’이라 한다)에 따라 지역 제한 없이(대한민국 전역 및 원고가 거래하는전 세계 국가) 이 사건 상표의 사용권을 부여받고 그 대가로 AAA홀딩스에게 이 사건 상표를 사용한 원고의 제조․판매로 발생한 연결재무제표상 매출액의 0.2%를 상표권 사용료(이하 ‘이 사건 상표사용료’라고 한다)로 지급하고 있다. 한편 원고는 이 사건 상표권을 직접 사용하거나 해외현지법인이 사용하도록 하고 있는데, 이에 관하여 해외현지법인과 상표권 사용계약을 체결하거나 별도의 상표사용료를 받은 사실이 없다.
• 라. 피고의 법인세 부과

1. 원고는 당초 2011~2015 사업연도 법인세(이하 통칭하는 경우 ‘이 사건 법인세’ 라고 한다)를 아래와 같이 신고․납부하였다.

2. 00지방국세청은 2016. 5. 23.부터 2016. 8. 24.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 후, 피고에게 아래와 같은 내용 등이 포함된 세무조사결과를 통보하였다. 세표준)]를 계산한 후 폴란드에서 원천징수된 세액을 외국납부세액으로 전액 공제하여2011~2015 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

• 다. 원고의 상표사용계약 이 사건 제품에 부착되는 상표(00max, 이하 ‘이 사건 상표’라고 한다)는 원고의 모회사인 주식회사 AAA홀딩스(이하 ‘AAA홀딩스’라고 한다)가 그 상표권을 소유하고 있는데, 원고는 2009. 10.경 AAA홀딩스와 체결한 AAA브랜드 사용계약(이하 ‘이 사건 상표사용계약’이라 한다)에 따라 지역 제한 없이(대한민국 전역 및 원고가 거래하는 전 세계 국가) 이 사건 상표의 사용권을 부여받고 그 대가로 AAA홀딩스에게 이 사건 상표를 사용한 원고의 제조․판매로 발생한 연결재무제표상 매출액의 0.2%를 상표 권 사용료(이하 ‘이 사건 상표사용료’라고 한다)로 지급하고 있다.한편 원고는 이 사건 상표권을 직접 사용하거나 해외현지법인이 사용하도록 하고 있는데, 이에 관하여 해외현지법인과 상표권 사용계약을 체결하거나 별도의 상표사용료를 받은 사실이 없다.
• 라. 피고의 법인세 부과

1. 원고는 당초 2011~2015 사업연도 법인세(이하 통칭하는 경우 ‘이 사건 법인세’ 라고 한다)를 아래와 같이 신고․납부하였다.

2. 00지방국세청은 2016. 5. 23.부터 2016. 8. 24.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 후, 피고에게 아래와 같은 내용 등이 포함된 세무조사결과를 통보하였다.

① 원고가 이 사건 기술사용료와 관련하여 공제받은 외국납부세액의 경우, 원고의 비용 중 폴란드 법인이 판매하는 제품과 관련하여 지출한 연구개발비(이하 ‘이 사건 연구개발비’라 한다)와 제3자에게 지급한 특허권사용료(이하 ‘이 사건 특허사용료’라고 한다)가 이 사건 기술사용료 수입에 대응되는 비용임에도 이를 차감하지 않아 국외원천소득이 과다 계상되었다. 위 비용을 차감하여 국외원천소득을 재계산하면 국외원천소득은 0이 되므로, 원고가 받은 외국납부세액공제는 법인세법상 외국납부세액 공제한도를 초과하여 전액 부인되어야 한다(이하 ‘① 사유’라고 한다).

② 원고가 폴란드 법인과 브라질 법인으로부터 이 사건 상표에 관한 사용료를 받지 않았으므로 폴란드 법인과 브라질 법인의 각 사업연도 매출액의 0.2%(총3,070,906,399원)를 국제조세 조정에 관한 법률(이하 ‘국제조세조정법’이라 한다) 제4조에 따른 정상가격으로 보아 익금산입해야 한다(이하 ‘② 사유’라고 한다).

3. 원고는 2016. 10. ① 사유에 한정하여 과세전적부심사를 청구하였고, 이에 피고는 우선 2016. 11. 1. 원고에게 ① 사유를 제외한 나머지 세무조사결과(② 사유 외에다른 사유도 포함되어 있다)를 근거로 세액을 산출하여 2011~2015 사업연도 법인세(가산세 포함, 이하 같다)를 추가로 부과하였다(이하 ‘1차 증액경정처분’이라 한다). 원고가 이에 불복하여 2017. 2. 7. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 8. 29. 이를 기각하였다.

4. 원고의 위 과세전적부심사청구가 기각되었고, 이에 피고는 2017. 1. 10. 및 2017. 1. 11.1) 원고에게 ① 사유를 근거로 세액을 산출하여 2011~2015 각 사업연도 법인세를 추가로 부과하였다(이하 ‘2차 증액경정처분‘이라 한다). 원고가 이에 불복하여 2017. 4. 14. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2018.10. 24. 이 사건 연구개발비와 특허사용료를 원고의 폴란드 법인에 대한 부품매출과기술사용료수입에 공통되는 경비로 보고 이를 폴란드 법인과의 거래에서 발생한 전체이익률을 고려하여 배분함이 타당하다고 판단하여 ‘원고가 폴란드 법인으로부터 지급받은 이 사건 기술사용료 수입에 폴란드 법인과의 거래이익률[1 - (매출원가 + 연구개발비 + 특허사용료) / (부품매출액 + 기술사용료수입)]을 곱한 금액을 국외원천소득으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다’는 취지로 원고의 심판청구를 일부 인용하는결정하였다. 이에 따라 00지방국세청은 2018. 11. 6. 이 사건 증액경정처분 중 2012~2014사업연도 법인세를 감액경정하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 감액경정처분’이라 한다).

5. 이 사건 법인세 경정 내역을 요약하면 아래와 같고(2차 증액경정처분과 이 사건 감액경정처분 사이에 두 번의 감액경정이 있었는데, 이 사건 쟁점과 관련이 없으므로 그 결과만을 아래에 기재한다), 음영으로 표시된 부분이 해당 사업연도 법인세에 대한 피고의 최종 처분세액으로서 이 사건 소송의 대상이 되는 과세처분이다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 5, 13 내지 17호증(각가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 처분 중 ①, ② 사유 부분은 아래와 같이 위법하므로, 정당세액을 초과한 부분은 취소되어야 한다.

• 가. 외국납부세액 공제 부인(① 사유) 국외원천소득은 국외에 원천을 둔 익금 총액에서 그와 관련된 손금 총액을 공제하여 계산하는데, 이 사건 연구개발비와 특허사용료는 이 사건 기술사용료(국외원천소득)와 관련된 비용이 아니라 부품매출과 관련된 직접 비용이므로, 국외원천소득 산정 시 이를 공제할 수 없다. 설령 이 사건 이 사건 연구개발비와 특허사용료가 이 사건 기술사용료(국외원천소득)와 부품매출에 공통되는 비용이라고 하더라도, 매출액을 기준으로 안분하는 것이 타당하고, 전체 거래이익률을 기준으로 국외원천소득을 구하는 것은 근거가 없을 뿐만 아니라 합리적인 기준이라고 볼 수도 없다.
• 나. 상표권 사용료 익금 산입(② 사유) 이 사건은 원고의 해외제조법인에 대한 부품 판매에 상표권의 사용이 수반되는 전형적인 경우에 해당하고, 원고는 상표권의 사용 대가를 별도로 받지 않는 법률관계를 선택하였다(해외제조법인에게 상표사용권이 부여됨을 전제로 부품의 공급가격을 산정하였다). 그럼에도 피고는 원고의 이러한 법률관계의 선택 및 이전가격과세를 위한 분석절차를 무시한 채, 원고가 해외제조법인으로부터 상표권 사용대가를 반드시 별도로받아야 하고, 원고가 이 사건 상표사용료를 지급하므로 해외제조법인으로부터 같은 금액을 지급받아야 한다는 근거 없는 전제에서 상표권 사용료를 익금 산입하였으므로, 이는 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 외국납부세액 공제 부분

1. 인정 사실

• 가) 폴란드 법인은 원고로부터 부품을 공급받아, 먼저 PCBA(Printed Circuit Board Assembly, PCB7)에 회로부품과 연결단자, 전선 등을 붙인 부분품)를 제조한 후다른 부품들과 함께 조립하여 셋톱박스 완제품을 생산한다.
• 나) 원고와 폴란드 법인이 체결한 이 사건 기술사용계약에는 아래와 같은 내용이 포함되어 있다.
• 나) 이 사건 기술사용료에 관한 이전가격보고서에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.
• 다) 원고가 폴란드 법인의 사업 내지 생산․판매하는 제품과 관련하여 투입한 이 사건 연구개발비(원고의 연구개발비 분류 중 제품화 과제 부분 연구개발비이고, 제품화 과제란 거래처 판매를 목적으로 수행하는 연구개발을 의미한다)와 지급한 이 사건 특허사용료 및 부품매출원가는 아래와 같다.
• 라) 원고가 폴란드 법인으로부터 지급받은 부품매출 수입과 이 사건 기술사용료 수입은 아래와 같다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 6호증, 을 제6, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 연구개발비와 이 사건 특허사용료가 이 사건 기술사용료 수입과 관련 된 비용(손금)인지 여부

• 가) 관련 규정 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다” 고 규정하고 있는데, 국외원천소득인 이 사건 기술사용료에 관하여 원고는 제1호의 방법, 즉 ‘해당 사업연도의 법인세액에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 “공제한도”라고 한다)로 외국법인세액 을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법’을 선택하였다. 제1호에서 정한 공제한도(= 법인세액 × 국외원천소득 / 과세표준)를 산출하기위해서는 국외원천소득을 계산해야 하는데, 종래 국외원천소득의 의미에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 않았으나, 판례에 의하면 구 법인세법 제57조 제1항 제1호 에 따라 외국법인세액 공제한도를 계산할 때 ‘국외원천소득금액’은 내국법인의 해당 사업연도에 속하는 국외에 원천을 둔 익금 총액에서 그와 관련된 손금 총액을 공제하여 산정하여야 하고, 이는 내국법인이 국외원천소득이 발생한 원천지국에 고정사업장을 두지아니하여 그 국외원천소득에 대하여 수입금액에 일정한 원천징수세율을 곱하여 산출된법인세를 부담하였던 경우에도 마찬가지이다(대법원 2015. 3. 26. 선고 2014두5613 판결 등 참조). 2013. 2. 15 신설된 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제94조 제15항은 “법 제57조 제1항의 규정이 적용되는 국외원천 소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 계산에 관한 규정을 준용하여 산출한 금액으로 한다. 이 경우 법 제57조 제1항 제1호에 따라 외국법인 세액의 공제가 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액으로 하며, 그 차감된 금액에 대해서는 법 제57조 제2항을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 따라서 이 사건 기술사용료에 관한 국외원천 소득은 이 사건 기술사용료 수입에서 이 사건 기술사용료 수입과 직접 또는 간접적으로 대응하는 비용(손금)을 차감한 금액이 된다. 이는 수익․비용 대응의 원칙에 따른 논리적 귀결이라 할 것이다.
• 나) 이 부분 쟁점 먼저 피고는 원고가 폴란드 법인에 제공하는 부품은 이미 표준화된 기성품이 이라는 등의 이유로, 이 사건 연구개발비와 특허사용료가 부품 매출과는 무관한 비용 (이 사건 기술사용료 수입에만 대응하는 비용)이라는 취지로 주장한다.8) 그러나 위 인정 사실 및 을 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 법인세 과세기간 중 이 사건 연구개발비와 특허사용료의 합계가 1,813억 원인 반면 이 사건 기술사용료 수입의 합계가 496억 원이므로 경험칙상 이 사건 연구개발비와 특허사용료가 이 사건 기술사용료 수입을 위해서만 소요된 비용이라고 보기는 어려운 점, ② 부품거래에 관한 이전보고서에 의하면 원고의 거래 예상 비용 중에 자체 생산 비용(자체 생산 시설에서 원고에 의해 제조되는 구성 요소의 경우) 이 포함되어 있는 등 원고가 폴란드 법인에 원고의 연구개발 등이 필요 없는 기성품만 제공하는 것으로 보이지 않는 점, ③ 이 사건 제품을 생산하기 위해서는 고도로 전문화된 기술이 집약된 부품이 필요한데, 그러한 부품의 개발이나 성능 향상 등을 위해서는 연구개발과 특허가 당연히 필요할 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 이 사건 연구개발비와 특허사용료는 부품 매출과 관련된 비용이라고 봄이 타당하다. 나아가 이 사건 연구개발비와 특허사용료가 이 사건 기술사용료 수입과도 관련된 비00지에 관하여 아래에서 살펴본다.
• 다) 이 사건 연구개발비 부분 살피건대, 위 인정 사실, 을 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 알수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 연구개발비는 이 사건 기술사용료수입과도 관련된 비용이라고 봄이 타당하다.

① 이 사건 기술사용료에 관한 이전가격보고서에 원고의 거래 예상비용 중 하 나로 연구개발비가 명백히 기재되어 있다(또한 원고의 기능 중 하나로 연구개발활동이 기재되어 있다). 위 이전보고서에 연구개발비가 기재된 경위에 대하여 납득할 만한 설명이 필요함에도 원고는 아무런 주장을 하지 않고 있다.

② 이 사건 기술사용계약에 의하면 원고가 제공하는 기술 정보는 제품의 제조, 판매, 사용에 직접 연계되며 원고가 발효일 현재 개발했거나 달리 일반적으로 사용하는 모든 기술 지식, 노하우, 데이터 그리고 정보를 의미하는데, 이러한 내용의 기술정보를 제공하기 위해서는 연구개발활동이 당연히 필요할 것으로 보인다. 원고 스스로도 이 사건 기술사용계약상의 기술 정보 중 일부(예를 들어 완제품 단계의 회로도)는 원고의 연구개발활동을 통해 취득하였다는 취지로 주장하고 있다(소장 20, 22쪽 참조).

③ 원고는 먼저 폴란드 법인이 원고로부터 공급받은 부품 등을 단순히 조립․생산하는 역할을 하는 것에 불과하므로, 원고가 제공하는 기술 정보는 그와 관련된 것에 한정된다고 주장한다. 그러나 이 사건 기술사용계약 부속서류 1.에 기재된 기술적정보 목록에 의하면, 위 기술 정보는 현지 거래처가 요구하는 제품의 사양을 구현하기 위한 정보로 보이고, 단순히 기계적․물리적 조립행위에 관한 정보에 국한된다고 보기 어렵다. 원고가 자인하는 바와 같이 폴란드 법인이 특정 거래처에 판매할 셋톱박스의 사양, 설계, 제조방법을 독자적으로 개발할 능력이 없는 이상, 부품 조립에 관한 단순한 노하우만 가지고 셋톱박스를 제조할 수는 없는 것으로 보인다. 따라서 원고의 위주장은 받아들이기 어렵다.

④ 위와 같이 현지 거래처가 요구하는 제품의 사양을 구현하기 위한 기술적정보를 개발하기 위해서는 그에 관한 연구개발이 필수적으로 수반되어야 한다. 한편 원고의 주장에 의하면 이 사건 연구개발비는 하드웨어, 소프트웨어, 품질인증, 디자인 부분으로 구분된다는 것인데(제출된 자료만으로는 이 사건 연구개발비가 지출된 연구의 내용과 결과물을 구체적으로 파악하기 어렵다), 적어도 위 구분에 따른 품질인증 부분과 디자인 부분은 이 사건 기술사용계약상의 기술 정보와 관련되는 것으로 보인다. 원고 스스로 이 사건 연구개발비 중 일부가 이 사건 기술계약상의 기술 정보와 관련 있음을 인정하기도 하였다(소장 제22쪽 참조).

⑤ 원고는 이 사건 연구개발비를 부품 매출의 높은 이윤을 통하여 회수하고 있으므로 부품 매출의 직접 비용으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 어떠한 소득에 대응하는 비00지 여부는 관련성 등 실질을 따져 결정할 문제이지 어떤 수입(방식)을 통하여 회수되고 있는지에 따라 결정할 것은 아니므로, 위 주장 역시 받아들일 수 없다.

• 라) 이 사건 특허사용료 부분 살피건대, 위 인정 사실, 갑 제8호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 특허사용료는 이 사건 기술사용료 수입과도 관련된 비용이라고 봄이 타당하다.

① 이 사건 기술사용계약에 의하면, 원고가 폴란드 법인에 제공하는 지적재산권 중 하나로 원고가 현재 소유하고 있거나 향후 취득하고, 계약기간 중에 라이선스를통제하거나 부여할 권리를 가지는 특허가 명시적으로 포함되어 있다. 한편 원고는 제3자가 보유하고 있는 특허권(즉, 이 사건 특허사용료를 지급하는 특허권)은 위에서 정한 특허에 해당하지 않는다는 취지로 주장하나, 위 계약의 문언과 내용을 종합하면 위에 서 정한 특허에는 원고가 보유하는 특허만이 아니라 원고가 제3자로부터 특허사용권을 부여받은 특허도 포함되는 것으로 해석되므로, 위 주장은 받아들일 수 없다.

② 이 사건 기술사용계약상의 지적재산권은 제품의 제조나 판매에 사용(적용) 될 수 있는 것을 의미하는데, 이 사건 특허사용료는 원고가 해외제조법인에 공급하는 부품 그 자체뿐만 아니라 해외제조법인이 제조한 제품을 판매하는 것과도 관련이 있는것으로 보이므로, 그러한 제품 판매와 관련된 특허는 이 사건 기술사용계약상의 지적 재산권에 포함된다.

③ 원고는 특허권자와 특허사용계약을 체결하면서 그 계약 자체에서 특허사용자의 범위에 폴란드 법인 등 원고의 자회사를 일괄적으로 포함시켰다(갑 제8호증 및 원고의 2019. 7. 24.자 준비서면 제23쪽 참조). 폴란드 법인이 특허를 사용하지 않는다면 특허사용자의 범위에 포함시킬 이유가 없는 것으로 보인다.

④ 원고는 이 사건 특허사용료와 관련된 특허가 모두 부품에 체화되었으므로 이 사건 특허사용료는 부품 매출에 직접 대응하는 비용이라는 취지로 주장하나, 앞서 본 사정들에 비추어 보면 이 사건 특허사용료와 관련된 특허가 모두 부품에 체화되었다고 인정하기 어렵다. 설령 특허가 부품에 모두 체화되었다고 하더라도, 원고가 부품가격을 산정할 때 특허사용료를 반영하였다고 볼 만한 사정이 없다는 점에서, 특허사용료를 부품 매출로만 회수하였다고 단정할 수도 없다.

• 마) 소결론 그렇다면 이 사건 연구개발비와 특허사용료는 부품 매출과 이 사건 기술사용료 수입에 공통적으로 관련되는 비용(이하 이 사건 연구개발비와 특허사용료를 통틀어 ‘이 사건 공통경비’라고 한다)이라 할 것이다. 이 사건 공통경비를 엄밀히 구분하여 부품 매출에 대응하는 비용과 이 사건 기술사용료 수입에 대응하는 비용으로 나누는 것은 현실적으로 불가능하므로(이에 대해서는 당사자 사이에 다툼이 없다), 이 사건 공통경비의 합리적인 배분이 문제되는데, 이에 관하여는 아래에서 살펴본다.

3. 이 사건 공통경비의 합리적인 배분방법

• 가) 피고의 이 부분 주장 요지 국외원천소득의 계산에 있어 공통비용의 배분에 관한 명시적인 법률 규정이 없으므로, 거래의 일반원칙과 당해거래의 특수성 등 제반사정을 종합적으로 고려하여 가장 합리적인 방법으로 배분하여야 하는데, 이 사건의 경우 부품판매와 기술사용료거래가 하나의 사업구조 내에서 이루어진 내부거래라는 특수한 사정을 감안하여야 한다. 원고가 폴란드 법인과의 거래를 통하여 얻는 수입인 기술사용료 수입과 부품판매 수입은 궁극적으로 원고가 100% 소유하는 자회사인 폴란드 법인이 제조․판매하는 이 사건 제품과 관련된 것으로, 그 실질을 보면 원고의 중간단계 수익임과 동시에 공통익금의 성격이 강하다. 한편 원고가 폴란드 법인과의 거래에서 지출한 비00 이 사건 공통경비와 부품매출원가 역시 궁극적으로 폴란드 법인이 제조․판매하는 이 사건 제품과 관련된 것으로 위 공통익금에 대응하는 공통손금의 성격이 강하다. 따라서 관련수익․비용 전체를 하나로 보아 관련 익금(수입)과 관련 손금(비용)을 모두 합산하여전체거래이익률을 계산해 비용을 배분하는 것이 관련 소득의 합리적인 계산방법이라 할 것이다.
• 나) 관련 법리 이 사건 법인세 과세연도 당시 기준으로, 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통되는 경비가 있는 경우 그 공통경비를 안분하는 방법을 규정한 규정은 존재하지 않는다. 판례에 의하면, 외국납부 법인세공제한도액을 결정함에 있어 국외원천소득금액을계산하는 경우에 법인의 당해연도 과세표준금액 계산상 손금에 산입한 각종 충당금,준비금 또는 국내외 전체영업을 위한 공통경비 등이 있을 때에는 이를 그 발생원인에따라 적정하게 안분하여야 한다(대법원 1987. 2. 24. 선고 86누219 판결 등 참조).
• 다) 판단 살피건대, 위 인정 사실에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 피고가 원고와 폴란드 법인의 거래이익률에 따라 이 사건 공통경비를 배분하여 국외원천소득을 계산한 것은 적정하게 안분된 것이라고 볼 수 없고,이 사건 공통경비를 부품 매출액과 이 사건 기술사용료 수입금액에 따라 안분하는 것 이 합리적이라고 봄이 타당하다. ⑴ 피고가 배분한 방법의 문제점 내지 비합리성 ㈎ 피고가 거래의 실질(부품과 기술을 결합하여 이 사건 제품을 생산하는것)을 고려하여 부품 매출과 이 사건 기술사용료 수입을 이 사건 제품 생산이라는 하나의 목적과 관련되었다고 본 것은 나름 수긍할 만하나, 이를 전체적으로 하나로 보고거래이익률을 계산한 후 여기에다가 이 사건 기술사용료 수입을 곱하여 국외원천소득을 산출하는 것은, 애초에 이 사건 공통비용을 배분하는 방법이 아니라, 전체거래이익률을 기준으로 산출된 국외원천소득을 토대로 이 사건 공통비용을 끼워 맞추는 것과 다름 없다. ㈏ 피고의 산출방법은 부품 매출과 이 사건 기술사용료 수입의 각 거래이익률이 동일함을 전제하는 것으로 보인다. 그러나 위 두 거래가 이 사건 제품 생산이라는 하나의 목적을 가진다고 할지라도 각 거래에서 반드시 동일한 거래거래이익률이 발생해야 하는 것은 아니다. 이러한 의미에서 피고가 계산한 거래이익률은 두 거래의 평균 거래이익률에 불과하다. ㈐ 특히, 피고의 산출방법은 부품 매출에 직접 대응하는 비00 부품매출원가를 사실상 부품 매출과 이 사건 기술사용료 수입에 공통되는 비용으로 본다는 점에 서 매우 부당하다. ⑵ 수입금액 또는 매출액 기준으로 안분하는 방법의 합리성 ㈎ 국제조세조정법 제4조 제1항 에 의하면, 과세당국은 거래 당사자의 어느한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있으나, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은과세관청이 부담한다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조). 그런데 원 고가 완전자회사인 폴란드 법인과의 거래에서 익금 배분을 내부 가격정책에 따라 임의적으로 설정하였을 가능성이 있다는 점 등 피고가 주장하는 사유만으로는 부품매출액 이나 이 사건 기술사용료 수입금액이 정상가격의 범주를 벗어났다고 단정할 수 없고,달리 이를 인정할 증거가 없다. 그렇다면, 이 사건에서 부품매출액과 이 사건 기술사용료 수입금액이 불합리하다고 볼 수는 없다. ㈏ 이 사건 법인세 과세연도 당시에도 적용되었던 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 은 비영리법인의 구분경리에 관하여 수익사업과 기타 사업의 공통손금은 업종이 동일한 경우에는 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하고, 업종이 다른 경우에는 개별 손금액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다. 과세연도 당시의 구법인세법이 국외원천소득을 계산하는 경우 공통경비의 배분기준에 관하여 명시적인 규정을 두고 있지 않으므로, 배분기준의 합리성을 판단함에 있어 위 시행규칙의 규정을참작할 수 있다고 할 것인데, 부품 매출과 이 사건 기술사용료는 모두 이 사건 제품제조를 위한 것으로서 업종이 동일하다고 봄이 타당하므로, 위 시행규칙에 의할 때 수입금액 또는 매출액에 비례하여 이 사건 공통경비를 배분하는 것이 합리적이다. 게다가 2019. 2. 12. 개정된 구 법인세법 제94조 제2항 제2호 에 의하면, 국외원천소득 산정 시 직․간접비용을 빼야 하고, 그 중 간접비용은 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용을 의미하는데, 그 위임에 따라 2019. 3. 20. 신설된 법인세법 시행규칙 제47조 는 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하고, 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 다른 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 개별 손금액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다. 이와 같이 이 사건 법인세 과세연도 이후에 법인세법령이 앞서 본 비영리법인의 구분경리에 관한 위 시행규칙의 내용과 동일하게 개정되었다는 점에서, 위 배분 방식의 합리성이 일반적으로 확인되었다고 볼 수 있다. ㈐ 부품매출과 관련해서는 부품매출원가라는 직접 비용이 존재하는 반면, 이 사건 기술사용료와 관련해서는 직접 비용이 존재하지 않으므로, 각 거래의 개별 손금액 전체나 개별 손금액 중 특정 비용을 기준으로 이 사건 공통경비를 안분하는 것은 원천적으로 불가능하다. 나아가 수입금액 또는 매출액 기준으로 안분하는 것 외의 다른 배분 방법을 상정하기 어렵다.

4. 소결론 따라서 피고가 원고와 폴란드 법인의 전체거래이익률에 따라 이 사건 공통경비를 배분하여 국외원천소득, 외국납부세액 공제한도, 법인세를 산출한 것은 위법하다.

• 나. 상표권 사용료 익금 산입 부분

1. 피고의 이 부분 주장 요지 이 사건 상표사용계약에 의하면 해외제조법인이 상표권을 재사용한 경우 상표권사용료 부담주체는 해외제조법인이지만, 사용료 정산과 지급의 편의를 위해 원고가 해외제조법인을 대신하여 해외제조법인 매출의 0.2%를 상표권 사용료로 지급하기로 한것이다. 그런데 원고는 해외제조법인이 부담해야 할 상표권 사용료를 대신 부담하고도이를 회수하지 않았다. 이에 따라 피고는 원고가 해외제조법인 대신 부담하고도 회수하지 아니한 상표권 사용료 액수 그대로 익금산입한 것이고, 그 가격이 국세조세조정법에서 정한 정상가격인지는 별도로 증명할 필요가 없다.

2. 인정 사실

• 가) 이 사건 상표사용계약과 관련된 계약서는 2019. 10. 1.자(갑 제2호증) 및 2019. 10. 5.자(을 제11호증) 두 개가 존재하는데, 2019. 10. 5.자 계약이 2019. 10. 1. 자 계약의 내용을 구체화하고 있는 것으로 보인다.
• 나) 이 사건 2019. 10. 5.자 상표사용계약 중 이 사건과 관련된 내용은 아래와 같고(“갑”은 AAA홀딩스를, “을”은 원고를 각 의미한다), [별표 2](제3조에 따른 계약 상표 재사용 승인 해외법인 명세)에 폴란드 법인은 포함되어 있으나 브라질 법인은 포함되어 있지 않다.
• 다) 원고의 대표이사는 2016. 8.경 세무조사 과정 중에 아래와 같은 내용의 확인서(이하 ‘이 사건 확인서’라고 한다)를 작성․제출하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 판단 피고의 이 부분 처분사유는 위법하다. 그 이유는 다음과 같다.

• 가) 피고는 이 사건 상표권사용계약을 원고가 해외제조법인의 상표권 사용료(해외제조법인 매출액의 0.2%)를 대신하여 지급하기로 한 것이라고 해석하고 있다. 그러나 원고의 연결재무제표상 매출액의 0.2%를 상표권 사용료 액수로 정한 것은 앞서 본원고의 해외사업 현황 내지 거래구조(원고 → 해외제조법인 → 해외판매법인의 구조를거쳐 소비자에게 판매함으로써 수익 창출)를 고려한 것으로 보일 뿐, 이를 두고 원고가 해외제조법인의 상표권 사용료를 대신 지급하는 것으로 볼 수는 없고, 달리 원고가 해외자회사의 상표권 사용료를 대신 지급하기로 볼 만한 사정이 존재하지 않으므로, 피고의 위와 같은 계약해석은 받아들이기 어렵다. 또한 원고의 대표이사가 세무조사 과정 중에 작성․제출한 이 사건 확인서 내용이 피고의 위 해석에 부합하는 것으로 보이지도 않는다. 따라서 피고는 잘못된 전제(이러한 전제 하에 정상가격에 대한 증명 없이원고가 대신 부담하는 것으로 본 금액 그대로 익금 산입하였다)에서 이 부분 과세처분을 하였다.
• 나) 또한 피고는 원고가 이 사건 상표권사용계약과는 별도로 해외제조법인과 유상의 상표권사용계약을 체결해야 함을 전제하는 것으로 보인다. 해외제조법인이 원고 로부터 상표권 사용을 허여받아 이 사건 상표권을 사용하고 있다는 점에 관하여는 다툼이 없고, 이 사건 2019. 10. 5.자 상표권사용계약 제3조에서 원고가 해외제조법인에게 이 사건 상표의 재사용을 허여하고자 하는 경우 원고는 해외제조법인과 서면으로 상표재사용계약을 체결해야 한다고 정하고 있으므로, 해외제조법인이 정당하게 이 사건 상표권을 사용하기 위해서는 원고와 상표권재사용계약을 체결해야 하는 것으로 보이기는 한다. 그러나 이러한 사정만으로 원고와 해외제조법인이 반드시 유상의 상표권 재사용계약을 체결하여야 한다거나(원고로서는 해외제조법인과 유상의 상표권재사용계 약을 체결하는 것 외의 다른 방법으로도 상표권사용료를 회수할 수 있다), 나아가 피고가 주장하는 것과 같이 이 사건 상표권 사용대가로 해외제조법인 매출액의 0.2%를 지급하는 내용의 계약을 체결해야 한다고 볼 수는 없다.
• 다) 원고의 해외제조법인에 대한 부품 판매에 이 사건 상표권의 사용이 수반된 다는 취지의 원고의 주장을 뒷받침할 만한 객관적인 자료가 부족하기는 하나(부품 판매에 관한 이전가격보고서에 이 사건 상표권에 관한 내용이 전혀 기재되어 있지 않다), 독립된 제3자 간의 거래에서도 재화의 판매에 무형자산(상표권 등)의 사용이 수반되는경우가 흔치 않고, 더구나 이 사건의 경우 원고가 해외제조법인의 지분 100%를 보유하는 특수한 사정이 있는 점, OECD 이전가격과세 지침에서도 무형자산 사용의 대가를재화의 판매가격에 포함시킬 수 있음을 전제하고 있는 점 등을 고려하면, 원고의 위 주장을 함부로 배척할 것은 아니다. 설령 원고의 위 주장을 받아들일 수 없다고 하더라도, 앞서 본 사정들을 고려하면 그러한 사유만으로 이 부분 과세처분이 적법하다고 볼 수도 없다.
• 다. 소결론

1. 이 사건 처분 중 상표권 사용료 익금 산입 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2. 이 사건 처분 중 외국납부세액 공제 부분과 관련하여, 이 사건 공통경비를 부품 매출액과 이 사건 기술사용료 수입금액에 따라 안분하여 국외원천소득, 외국납부세액 공제한도, 이 사건 법인세를 다시 계산하여야 하는데, 원․피고가 제출한 자료만으 로는 정당한 세액을 계산할 수 없다(원고의 청구가 모두 인용될 경우의 정당한 세액이 얼마인지에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없으나, 공통경비 인정 여부에 관하여는 원고의 주장을 받아들이지 않으면서 공통경비의 배분에 관하여는 원고의 주장을 받아 들인 이러한 경우까지 정당한 세액에 대한 다툼이 없는지는 정확히 알 수 없다).

3. 따라서 원고의 청구취지와 같이 이 사건 처분을 일부 취소한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.