이 사건 탈세제보는 원고의 조세 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 인정되는 자료에 해당, 재조사의 예외사유임

사 건 수원지방법원2018구합66440 원 고 000 피 고 00세무서장 변 론 종 결 2019.12.19. 판 결 선 고 2020.02.14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 12. 14. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 576,413,160원(가산세 포함)의 부과처분과 소득자를 홍yy, 소득금액을 1,200,366,888원으로 하는 소득금액 변동통지를 각 취소한다

• 가. 전자결제관련 써비스를 기반으로 신규 및 응용사업을 통한 부가가치 창출업 등을 사업목적으로 하는 회사인 원고와 카자흐스탄 알마티시에 본점을 둔 유한회사 EZ(이하 ‘○○’라 한다)는 2007년에 1.원고가 2007. 11. 30.까지 카자흐스탄 알마티 시내버스 1,800대에 교통카드가 사용 가능한 통합교통카드단말기를 설치 완료하여 2007. 12. 16.에 운영을 개시하도록 해주고, 2. ○○가 원고에게 공급금액으로 미화 34,987,000원 달러(관세 별도) 또는 이에 상응하는 약 32,945,786,000원(관세별도)을 지급하기로 하는 시스템공급계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 피고는 원고가 이 사건 계약의 이행을 위해 2007. 12. 25. 공급가액 1,093,858,125원의 원재료(이하 ‘이 사건 원재료’라 한다)를 세금계산서 수취 없이 매입하여 2007 사업연도의 비용으로 계상하였음에도 2008. 1.부터 2008. 2.까지 공급가액합계 1,091,242,625원의 이 사건 원재료의 세금계산서를 수취한 후 2008 사업연도의비용으로 계상하였으므로, 위 1,091,242,625원은 이중으로 계상된 것이어서 가공원가에해당한다는 이유로 이 사건 원재료의 공급대가 1,200,366,888원(= 1,091,242,625원 ×1.1)을 원고의 2008 사업연도의 익금에 산입하고, 이 사건 원재료의 부가가치세109,124,263원(= 1,091,242,625원 × 0.1)을 같은 사업연도의 손금에 산입하며, 위 공급대가 1,200,366,888원을 원고의 2008 사업연도의 대표이사 ○○○에 대한 상여로 소득처분하였다.
• 다. 이에 따라 피고는 2015. 12. 14. 원고에게 1. 2008 사업연도 법인세 576,413,160원(가산세 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)과 ② 소득자를 홍yy,소득금액을 1,200,366,888원으로 하는 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, 이 사건 부과처분과 합쳐서 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)를 하였다.
• 라. 원고는 2016. 8. 4. 조세심판원에 이 사건 각 처분에 대한 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 7. 21. “이 사건 각 처분은 원고가 이 사건 계약과 관련하여 매입한원재료 1,093,858,125원을 2007 사업연도 및 2008 사업연도에 각각 손금으로 중복 계상하였는지 여부, 이 사건 각 처분이 중복조사에 의한 것인지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 국세부과제척기간이 만료되었는지 여부를 결정하고 그 과세표준 및 세액, 소득금액변동통지금액을 각각 경정한다.”라는 결정(이하 ‘이 사건 재조사결정’이라 한다)을 하였다.
• 마. 그러나 피고는 2017. 9. 8. 원고에게 “재조사 결과 당초 처분이 정당한 것으로 결정함”이라는 내용의 세무조사 결과 통지를 하였다.

이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

• 가. 이 사건 재조사결정의 기속력 위반 이 사건 재조사결정은 피고에게 이 사건 각 처분에 대한 정당한 근거를 보완하라는 취지의 재조사를 명한 것인데, 피고는 재조사 시에 당초 제시한 자료 외에는 추가 자료를 보완하지 않고 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이 사건 각 처분은 이 사건 재조사결정의 기속력에 반한다.
• 나. 이 사건 부과처분에 관하여

1. 위법한 재조사 원고는 2011. 12. 1.부터 2012. 1. 29.까지 0국세청 0국으로부터 알선수수료에 대한 허위세금계산서 수취 혐의 등에 관한 법인사업자 통합조사를 받았음에도 00세무서 조사과팀은 2015. 2. 5.부터 2015. 8. 19.까지 원고에 대한 법인세 부분조사를 한 후 이 사건 각 처분을 한바, 위 법인세 부분조사는 국세기본법이 금지하는 재조사에 해당하여 위법하다.

2. 이 사건 원재료의 중복계상 여부

• 가) 이 사건 원재료가 원고의 2007 사업연도의 원재료 계정에 기록되어 있으나, 이 사건 원재료의 공급가액 1,093,858,125원을 포함한 금액이 2007. 12. 25. 원재료 계정에 계상된 후 연말에 재료비 계정으로 전기되었고, 재료비 계정에서 재공품 계정으로전기되었다가 다시 제품 계정으로 전기되었다. 그러나 제품 계정을 확인해보면 이 사건 원재료가 제품 계정에서 매출원가 계정으로 전기된 것이 아니라 지분법적용투자주식 계정으로 전기되어 상계되었다. 따라서 원고의 2007 사업연도에 이 사건 원재료는가공자산인 지분법적용투자주식을 수정 분개하여 상계되었으므로 매출원가를 구성하지않았다.
• 나) 그러므로 원고는 이 사건 원재료의 공급가액을 2007 사업연도와 2008 사업연도에 중복 계상한 것이 아니다.

3. 부과제척기간 도과 원고는 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 없었으므로 원고의 2008 사업연도 법인세의 부과제척기간은 5년인데, 피고는 위 부과제척기간이 지난 후에 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 이 사건 소득금액변동통지에 관하여 소득금액변동통지의 부과제척기간은 5년인데, 피고는 위 부과제척기간이 지난 후에 이 사건 소득금액변동통지를 하였다.

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 재조사결정의 기속력 위반 여부에 관한 판단

• 가. 재조사 결정의 기속력 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의하면 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 하나(본문), 다만 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다(단서). 위 규정은 국세기본법 제81조 전문에 따라 심판청구에도 준용된다. 국세기본법 제65조 제1항 제3호 단서의 재조사 결정은 국세기본법이 2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되면서 신설된 결정의 유형인데, 위 개정 전에도 실무상 법적근거 없이 심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 행해지고 있었고, 이에 관해 대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결은 “심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로, 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다고 보아야 한다. 따라서 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다.”라고 판시하였다. 국세기본법 부칙(2016. 12. 20.)에 의하면 이 법은 2017. 1. 1.부터 시행하고(제1조 본문), 제65조 제1항 제3호 단서(제81조에서 준용하는 경우 포함)의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정하는 분부터 적용하는바(제4조 제2항), 이 사건 재조사결정은 2017. 7. 21.에 있었으므로, 국세기본법 제65조 제1항 제3호 단서에 의한 재조사 결정에 해당한
• 다. 그러나 국세기본법 제65조 제1항 제3호 단서의 신설로 인해 재조사 결정의 법적 성격이 달라졌다고 볼 수 없으므로, 국세기본법 제65조 제1항 제3호 단서에 의한 재조사 결정의 경우에도 위 판례가 그대로 적용된다고 봄이 타당하다.
• 나. 이 사건 재조사결정의 기속력 위반 여부 갑 제1호증의 기재에 의하면 조세심판원은 “피고는 이 건 법인세를 조사하는 과정에서 확보한 원고의 전산장부 및 법인세 신고서 등을 근거로 제조원가명세서 및 전산장부의 원재료 계정별원장상 기초잔액, 당기매입액 및 기말잔액이 일치하여 당초 계상된 쟁점원재료가 차감된 사실이 없다고 보았으나, 원고는 쟁점원재료가 차감되지 아니하였다면 상대계정인 미처분이익잉여금이 동일 금액만큼 증가하여야 할 것이나 이익잉여금처분계산서에 변동내역이 나타나지 아니하는 점을 근거로 2007 사업연도의 결산조정분개를 통하여 쟁점원재료를 가공자산인 지분법적용투자주식 계정과 상계하여 제품 매출원가에서 제외하였다고 주장하고 있어 당사자들이 동일한 자료를 두고 다른 주장을 하고 있는 점…(중략)…등에 비추어 이 건 조사가 국세기본법에서 금지하는 중복 (재)조사에 해당하는지 및 쟁점원재료를 손금산입한 것이 가공비용의 중복계상에 해당하는지 또는 단순한 손익의 귀속시기 차이에 불과한지 여부 등에 대하여 재조사할 필요가 있다.”라는 이유로 이 사건 재조사결정을 한 사실이 인정된다. 따라서 이 사건 재조사결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단은 원고가 이 사건 원재료의 공급가액을 2007 사업연도와 2008 사업연도에 각 손금으로 중복계상하지 않았다거나 이 사건 각 처분이 중복조사에 기한 것이어서 위법하다는 것이 아니라, 그와 같은 쟁점에 관해 다시 한 번 조사를 해보고 그 조사결과에 따라 이 사건 각 처분을 그대로 유지할 것인지 아니면 취소 또는 경정할 것인지를 결정하라는 것이다. 그러므로 피고가 이 사건 각 처분을 그대로 유지하였다는 이유만으로 이 사건 재조사결정의 기속력에 저촉된다고 볼 수 없고, 이 사건 재조사결정의 내용은 당초 확인된 자료 이외에 추가 자료가 보완되지 않으면 이 사건 각 처분을 그대로 유지하지 않아야한다는 것이 아니므로, 피고가 추가 자료를 보완하지 않고 이 사건 각 처분을 그대로 유지하였다는 이유만으로 이 사건 재조사결정의 기속력에 저촉된다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5. 이 사건 부과처분에 관한 판단

• 가. 위법한 재조사 해당 여부

1. 재조사 해당 여부

• 가) 인정사실

(1) 0국세청 0국은 2010. 1. 11.부터 2010. 2. 5.까지 원고에 대해 조사대상 사업연도를 2005년으로 하여 법인세 통합조사(이하 ‘1차 세무조사’라 한다)를 하였는데, 관련 항목에 관해 세무조사 범위가 확대됨에 따라 2004, 2006 내지 2008 각 사업연도에 관하여도 부분적인 세무조사가 이루어졌다.

(2) 0국세청장은 원고에게 조사대상 세목을 “법인사업자 통합조사[법인세, 부가세, 원천세, 주식변동조사(비계열법인) 등 포함]”, 조사대상 과세기간을 “2007년부터 2010년까지(2007~2008년 기부분조사분 제외)”, 조사기간을 “2011. 12. 1.부터 2012. 1.29.까지”, 조사사유를 “위 조사대상기간에 대한 귀 법인의 신고내용을 검토한바, 알선수수료에 대한 허위세금계산서 수취 혐의, 해외현지법인 비용 부당계상 혐의, ㈜○○에 대여한 대여금 적정 여부, 원가 과대계상 혐의, 지분법적용처분손실 적정 여부, 대손비적정 여부 등에 대한 조사가 필요하여 조사대상자 선정”, 조사제외대상을 “2007년~2008년 기부분조사분 법인세”로 하는 세무조사 통지를 하였고, ○○지방국세청 조사○국은 위 통지에 따른 세무조사(이하 ‘2차 세무조사’라 한다)를 하였다.

(3) 피고는 원고가 2007. 12. 25. 원재료매입 10억 9,300만 원을 계상하고, 같은 금액을 2008년에 세금계산서를 수취하면서 다시 원재료매입으로 중복 계상한 혐의가 있다는 이유로 2014. 12. 10. 원고를 세무조사 대상자로 선정하였고, 2015. 2. 5.부터 2015. 8. 19.까지 원고의 2007, 2008 각 사업연도에 대한 법인세 부분세무조사(이하‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였다.

• 나) 판단 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세 목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 다시 특정하기 전까지 같다) 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두 12062 판결 참조). 살피건대, 조사대상을 2005 사업연도 법인세로 하여 시작된 1차 세무조사 도중 관련항목에 관해 세무조사 범위가 확대되어 2007, 2008 각 사업연도 등의 법인세에 관해 부분적인 세무조사가 이루어진 사실은 앞서 본 것과 같으므로, 2차 세무조사 중 2007, 2008 각 사업연도 법인세에 관한 부분은 1차 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항 목에 대하여 다시 세무조사를 하는 것에 해당하여 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당하지 않는다. 그러나 2차 세무조사 중 2007, 2008 각 사업연도 법인세에 관한 부분은 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 2007, 2008 각 사업연도 법인세에도 동일한잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 것이 아니고, 처음부터 2007, 2008 각 사업연도 법인세를 조사대상으로 삼아 그 중 1차 세무조사에서 조사된 항목을 제외하고 원가 과대계상 혐의 등에 관한 세무조사를 한 것이다. 따라서 원고의 2007, 2008 각 사업연도 법인세 중 원재료매입 중복 계상 혐의에 관해 이루어진 이 사건 세무조사는 2차 세무조사 중 2007, 2008 각 사업연도 법인세에 관한 부분의 “원가 과대계상 혐의”라는 항목과 세무조사의 내용이 중첩되는 것으로 보일 뿐 아니라, 가사 세무조사의 내용이 중첩되지 않는다고 하더라도 세목과 과세기간이 중첩되고 2차 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 인정되지도 않으므로, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당한다.

2. 재조사의 예외적 허용사유 해당 여부 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 는 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사가 허용되는 것으로 규정하고 있는데, 이는 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결 참조). 따라서 객관성과 합리성이 뒷받침되지 않는 한 탈세제보가 구체적이라는 사정만으로는 여기에 해당한다고 보기 어렵다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결).을 제23호증의 기재에 의하면 2014. 3. 국세청에 탈세제보서(이하 ‘이 사건 탈세제보서’라 한다)가 제출되었는데, 제보내용으로 “저희는 단말기 제조업체이다. 알마티로 수출을 하면서 2007년도에 수출과 원자재를 같이 투입하여 매출과 매입을 작성하였다.…(중략)…자재도 마무리를 지으려고 2007. 12. 25. 날짜로 1,093,858,125원으로 세금계산서를 받지 않고 먼저 원가에 넣었다. 당기순이익이 많이 나온 관계로 2007년도에 ○○로 매출 모두 일으켰으니 매입도 잡아달라고 세무사님께 요청하여 [원자재 1,093,858,125 / 미처분이익잉여금 1,093,858,125]로 수정사항을 작성해주었다. 너무 바쁜 관계로 원자재/외상매입금으로 수정사항을 작성하셔서 2008년도에 세금계산서 받은금액을 빼줘야 하는데 미처분이익잉여금으로 잡아서 합산에 그만큼 차이가 발생한다(1,093,858,125). 결론은 2007년도에 1,093,858,125를 세금계산서 수취하지 않고 원자재로 투입하여 결산마무리를 지었고 2008년도에 1,093,858,125만큼 원자재를 마이너스로기재하여 2007년도에 투입된 자재를 2008년도에 빼줘야 하는데 빼주지 못하여 이중으 원자재가 투입된 상황이다. 2008년도 AL프로젝트로 여러 건이 잡혀있는 것 모두2007년도에 세금계산서를 받지 않은 금액이다. 이 모두를 합하면 2007년도의 금액이나온다.…(중략)…세금계산서를 뒤늦게 받게 된 이유는 업체 쪽에서 세금계산서를 발행해준 그쪽에서 세금을 내야 하기 때문에 밀어달라고 함. 저희 결제는 3개월 현금 결제임”이라고 기재되어 있고, 원고의 2007, 2008 각 사업연도 원재료 계정별원장과 2007.12. 25.자 (대체)전표가 첨부되어 있는 사실이 인정된다. 원고는 위 계정별원장과 (대체)전표가 2차 세무조사 당시 이미 조사된 자료이므로 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당하지 않는다고 주장하나, 2차 세무조사 당시 위 계정별원장과 (대체)전표가 제출되어 그에 대한 조사가 이루어진 사실을 인정할 증거가 없다. 가사 그와 같은 사실이 인정된다고 하더라도, 위 계정별원장과 (대체)전표의 작성방식과 기재이유, 이 사건 원재료에 관해 세금계산서를 뒤늦게 받게 된 이유와 원고의2007. 12. 25.자 (대체)전표(을 제7호증, 이하 ‘전표23’이라 한다)에 차변 금액합계가 5,184,538,874원이고, 대변 금액합계가 6,278,396,999원으로, 1,093,858,125원(=6,278,396,999원 - 5,184,538,874원)의 차액이 발생하는 이유, 원고의 2007, 2008 각 사업연도의 이 사건 원재료 공급가액 이중계상 혐의가 기재되어 있고, 원고의 직원이었던 사람이 작성한 것으로 보이는 이 사건 탈세제보서는 객관성과 합리성이 뒷받침되고 원고의 조세 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 인정되는 자료에 해당하고, 2차 세무조사에서 이미 조사된 자료가 아니므로, 그 자체가 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없고, 이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 에 의해 허용되는 재조사이므로 적법하다.

• 나. 이 사건 원재료의 중복계상 여부

1. 재무제표의 작성방식 거래를 거래의 이중성(모든 회계상 거래는 반드시 차변요소와 대변요소를 함께 변화시키게 되고 양쪽에 기록되는 화폐금액은 동일하게 된다는 것)에 따라 차변과 대변으로 나누어 기록하는 것을 회계에서는 ‘분개’라고 하고, 거래의 내용인 분개를 한 장의 종이에 기록한 서식을 ‘전표’라고 한다. 전표에 기록된 분개의 내용을 각 계정과목별로 분류해서 해당 계정과목에 옮겨 적는 것을 ‘전기’(轉記)라고 하고, 수많은 계정을 관리 하기 편하도록 하나의 두꺼운 장부에 편철해서 관리하는 것을 ‘총계정원장’이라고 한다. 회계기말이 되면 수정전시산표를 작성해서 회계기간 중에 수행한 회계절차에 오류가 없는지를 확인하고 기말수정분개를 추가적으로 총계정원장에 반영한 후에 수정후시산표를 작성하고 장부를 마감한 다음, 수정후시산표를 기초로 대차대조표와 손익계산서 등 재무제표를 작성한다.

2. 인정사실

• 가) 원고는 2007. 12. 25.자 (대체)전표(을 제6호증, 이하 ‘전표21’이라 한다)에 [원재료 1,093,858,125 / 미처분이익잉여금 1,093,858,125]라고 분개(각 ‘적요’란에는 “알마티제품 제작시 08년 원재료분”이라고 기재하였다)하였고, 2007. 12. 25. 원재료 계정별원장의 차변에 “1,093,858,125”라고 전기하였다.
• 나) 원고의 제조원가명세서에 의하면 2007. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지의 기초 원재료 매입액이 240,077,790원, 당기 원재료 매입액이 17,394,406,489원, 기말 원재료 재고액이 1,795,907,411원이어서 원재료비가 15,838,576,868원(= 240,077,790원 +17,394,406,489원 - 1,795,907,411원)이다.
• 다) 한편 위 당기 원재료 매입액 17,394,406,489원은 원재료 계정별원장의 2007년 누계액 17,634,484,279원에서 전기이월액(= 기초 원재료 매입액) 240,077,790원을 뺀 금액이므로, 2007. 12. 25. 원재료 매입액 1,093,858,125원도 위 당기 원재료 매입액에 포함된다.
• 라) 원고는 1. 위 원재료비 15,838,576,868원, 노무비 543,770,807원, 경비 11,920,864,386원을 합산하여 당기 총제조비용 28,303,212,061원을 산출한 후 이 금액에 기초 재공품 재고액 2,588,245,214원을 더하고 기말 재공품 재고액 1,545,812,795원을 빼서 제조원가 29,345,644,480원을 산출하였고, 2. 기초제품재고액 1,284,841,433원에 위 제조원가 29,345,644,480원을 더하고 기말제품재고액 3,830,759,508원을 빼서 제품매출원가 26,799,726,405원을 산출하였으며, 3.상품매출원가 15,211,802,336원, 위제품매출원가 26,799,726,405원, 용역매출원가 17,489,116,174원, 시스템매출원가272,773,217원을 합하여 매출원가 59,773,418,132원을 산출하였다.마) 원고의 2007. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지의 매출액 75,295,843,027원에서 위 매출원가 59,773,418,132원, 판매비와 관리비 8,640,603,856원을 각 공제하고, 영업 외 수익 3,171,143,633원을 더하며, 영업 외 비용 8,746,432,583원, 법인세비용 -28,943,037원을 각 공제하여 손익계산서의 당기순이익 1,335,475,126원[= 75,295,843,027원 -59,773,418,132원 - 8,640,603,856원 + 3,171,143,633원 - 8,746,432,583원 -(-28,943,037원)]이 산출되었다.

3. 판단 위 인정사실에 의하면 2007. 12. 25. 원재료 매입액 1,093,858,125원은 당기 원재료 매입액 17,394,406,489원에 포함되어 있고, 위 당기 원재료 매입액이 원재료비를 구성하며, 원재료비가 제조원가를 구성하고, 제조원가가 제품매출원가를 구성하며, 제품매출원가가 매출원가를 구성하므로, 결국 위 원재료 매입액 1,093,858,125원이 위 손익계산서에 매출원가라는 비용으로 계상된 것으로 봄이 타당하다. 원고의 주장과 같이 위 원재료 매입액 1,093,858,125원이 위 손익계산서의 매출원가 를 구성하지 않았다고 하려면 [미처분이익잉여금 1,093,858,125 / 원재료1,093,858,125]와 같이 앞서 본 분개의 역분개가 이루어지고, 원재료 계정별원장의 대변에 “1,093,858,125”라고 전기되었어야 하는데, 그와 같은 사실을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 주장을 받아들일 수 없다. 원고가 2008. 1.부터 2008. 2.까지 공급가액 합계 1,091,242,625원의 이 사건 원재료의 세금계산서를 수취한 후 2008 사업연도의 비용으로 계상한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원고는 이미 이 사건 원재료의 공급가액으로 1,093,858,125원을 2007사업연도의 비용으로 계상하였음에도 또다시 위 1,091,242,625원을 2008 사업연도의비용으로 계상하였다고 할 것인바, 위 1,091,242,625원은 가공매입에 해당하여 손금불산입 되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 다. 부과제척기간 도과 여부

1. 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호에 의하면 국세는 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 여기서 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 참조).

2. 원고가 전표21 작성과 원재료 계정별원장에 전기를 통해 이 사건 원재료의 공급가액으로 1,093,858,125원을 2007 사업연도의 비용으로 계상하였음에도 그 후 수취한 이 사건 원재료의 세금계산서의 공급가액 합계 1,091,242,625원을 2008 사업연도의 비용으로 계상하여 2008 사업연도의 법인세를 적게 신고한 사실은 앞서 본 것과 같고, 여기에 1. 원고가 전표21에 [원재료 1,093,858,125 / 미처분이익잉여금 1,093,858,125]라고 기재한 것을 보면 차변에 원재료라는 자산의 증가가 기록되었으면 대변에는 외상매입금과 같은 부채의 증가 또는 현금과 같은 자산의 감소가 기록되어야 하는데, 엉뚱하게 미처분이익잉여금이라는 자본의 증가를 기록한 것으로, 거래의 결합관계에 맞지않는 점(차변에 자산의 증가가, 대변에 자본의 증가가 각 기록되는 경우는 주주가 출자금을 납입하는 경우 등이다), 2. 전표23의 차변 금액합계는 5,184,538,874원이고, 대변금액합계는 6,278,396,999원이어서 대차평균의 원리(거래의 이중성 때문에 거래의 양면을 계정에 기록해보면 장부의 차변과 대변에 기록하는 금액이 동일하게 된다는 것)에어긋나고, 그 차액 1,093,858,125원이 전표21의 원재료 매입액과 일치하는 점, 3.이사건 탈세제보서의 내용을 더해보면, 원고는 고의로 위와 같은 비용의 이중계상을 한것으로 봄이 타당하다.

3. 따라서 원고의 2008 사업연도 법인세의 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 따라 위 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간이 되는바, 위 법인세를 부과할 수 있는 날은 과세표준신고기한인 2009. 3. 31.의 다음날인 2009. 4. 1.이되고, 이 사건 부과처분은 2009. 4. 1.부터 10년이 지나기 전인 2015. 12. 14.에 있었으므로, 부과제척기간이 지나지 않았다. 그러므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

6. 이 사건 소득금액변동통지에 관한 판단

• 가. 인정상여처분으로 인한 소득세의 부과제척기간 법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되나 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로 의제하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수 의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하다. 법인이 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액을 과다계상한 것은 법인의 소득을 은닉함으로써 그에 대한 법인세를 포탈하기 위한 행위로 볼 수 있을지언정, 법인의 대표자가 위와 같이 은닉된 법인의 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 “납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)한 경우”에 해당한다고 볼 수는 없고, 그 대표자의 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로돌아가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의하여 5년이 된다(대법원 2010. 4.29. 선고 2007두11382 판결 참조). 따라서 홍yy에 대한 1,200,366,888원의 인정상여처분으로 인한 소득세의 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 따라 5년이 되는 것이 원칙이다.
• 나. 국세기본법의 개정2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법(이하 ‘개정 국세기본법’이라 한다) 제26조의2 제1항 제1호는 “납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한행위(이하 ‘부정행위’라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로한다.”라고, 국세기본법 부칙(2011. 12. 31.) 제2조 제1항은 “제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법 제67조 에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.”라고 각 규정한다. 위 부칙규정에 의하면 2012. 1. 1. 이후에 소득처분이 있기만 하면 개정 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 가 적용되는 것으로 보이나, 개정 국세기본법 시행 당시 이미부과제척기간이 지난 경우라면 이른바 진정소급입법에 해당하여 헌법적으로 허용될 수없으므로, 위 부칙규정을 개정 국세기본법 시행 당시 아직 부과제척기간이 지나지 않은 경우에만 적용되는 것(부진정소급입법)으로 합헌적으로 해석함이 타당하다.
• 다. 부과제척기간 도과 여부 홍yy의 2008년 귀속 근로소득세의 과세표준신고기한은 2009. 5. 31.이므로 부과제척기간은 그 다음날인 2009. 6. 1.부터 진행하는바, 개정 국세기본법 시행일인 2012. 1..에 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의한 부과제척기간 5년이 아직 지나았다.따라서 위 근로소득세의 부과제척기간은 개정 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 가 적용되어 10년이 되는바, 이 사건 소득금액변동통지는 2009. 6. 1.부터 10년이 지나기전인 2015. 12. 14.에 있었으므로, 부과제척기간이 지나지 않았다. 그러므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 주장은 모두 이유 없고 이 사건 각 처분은 적법하므로, 원고의 청구는 모두 이유 없어 기각한다.